ДНК-микрочип

Материал из MachineLearning.

(Различия между версиями)
Перейти к: навигация, поиск
Строка 1: Строка 1:
[[Изображение:Microarray2.png|thumb|350px|Микрочип для 40000 проб]]
[[Изображение:Microarray2.png|thumb|350px|Микрочип для 40000 проб]]
-
'''ДНК-микрочип''' (англ. DNA microarray) — это сложная технология, используемая в [[молекулярная биология|молекулярной биологии]] и [[медицина|медицине]]. ДНК-микрочип состоит из тысяч микроскопических точек дезокси-[[олигонуклеотид]]ов. Каждая точка содержит порядка [[пико]]молей [[ДНК]] специфической последовательности. Олигонуклеотид может являться коротким участком [[ген]]а или другого компонента ДНК, и используется для [[гибридизация ДНК|гибридизации]] с [[кДНК]] или кРНК. Гибридизация [[зонд]]а и мишени регистрируется и количественно определяется при помощи [[флюоресценция|флюоресценции]] или [[хемолюминесценция|хемолюминесценции]], что позволяет определять относительное количество [[нуклеиновые кислоты|нуклеиновой кислоты]] с заданной последовательностью в образце.
 
-
В обычном ДНК микрочипе (н-р, производства Affymetrix) зонды прикрепляются к твердой поверхности — стеклянному или силиконовому чипу. Другие платформы, например, выпускаемые Illumina, используют микроскопические шарики вместо больших твердых поверхностей. ДНК микрочипы отличаются от других микрочипов только тем, что их применяют для измерения ДНК или как часть более сложной системы детекции и анализа ДНК.
 
-
ДНК микрочипы используют для анализа изменения [[экспрессия генов|экспрессии генов]], выявления [[SNP|однонуклеотидных полиморфизмов]], [[генотип]]ирования или повторного [[секвенирование|секвенирования]] мутантных [[геном]]ов. Микрочипы отличаются по конструкции, особенностям работы, точности, эффективности и стоимости.
+
'''ДНК-микрочип''' (англ. DNA microarray)  — это сложная технология, используемая в молекулярной биологии и медицине. ДНК-микрочип представляет собой небольшую поверхность, на которую с большой плотностью в определённом порядке нанесены фрагменты одноцепочечной синтетической [[ДНК]] с известной последовательностью. Эти фрагменты выступают в роли зондов, с которыми гибридизуются (образуют двуцепочечные молекулы) комплементарные им цепи ДНК из исследуемого образца, обычно меченные флуоресцентным красителем. Чем больше в образце молекул ДНК с определенной последовательностью, тем большее их количество свяжется с комплементарным зондом, и тем сильнее будет оптический сигнал в точке микрочипа, куда был «посажен» соответствующий зонд. После гибридизации поверхность микрочипа сканируется, и в результате каждой последовательности ДНК ставится в соответствие тот или иной уровень сигнала, пропорциональный числу молекул ДНК с данной последовательностью, присутствующих в смеси.
-
== История ==
+
В обычном ДНК микрочипе (н-р, производства Affymetrix) зонды прикрепляются к твердой поверхности — стеклянному или силиконовому чипу. Другие платформы, например, выпускаемые Illumina, используют микроскопические шарики вместо больших твердых поверхностей.
-
Технология [[микрочип]]ов берет начало от [[Саузерн блоттинг]]а — методики, в которой фрагментированную [[ДНК]] переносят на [[субстрат]] и затем вносят [[зонд]] с известным геном или участком гена. Использование набора различных ДНК в чипах для определения паттернов экспрессии генов было впервые описано в 1987 году и ДНК-чипы использовали для определения особенностей регуляции экспресии генов [[интерферон]]ами.<!--
+
Технология ДНК-микрочипов находит самые разнообразные применения в современной биологии и медицине для анализа сложных смесей ДНК — например, совокупности всех транскриптов (матричных РНК) в клетке. ДНК микрочипы используют для анализа изменения [[экспрессия генов|экспрессии генов]], выявления [[SNP|однонуклеотидных полиморфизмов]], [[генотип]]ирования или повторного [[секвенирование|секвенирования]] мутантных [[геном]]ов. Микрочипы отличаются по конструкции, особенностям работы, точности, эффективности и стоимости.
-
--><ref name="Kulesh et al">{{cite journal|author=Kulesh DA, Clive DR, Zarlenga DS, Greene JJ|year= 1987|title=Identification of interferon-modulated proliferation-related cDNA sequences|journal=Proc Natl Acad Sci USA|volume=84|pages=8453–8457|pmid=2446323|doi=10.1073/pnas.84.23.8453}}</ref><!--
 
-
 
-
--> Ранние [[ДНК-микрочип]]ы были сделаны путем раскапывания микроколичеств [[кДНК]] на [[фильтровальная бумага|фильтровальную бумагу]]. Использование миниатюрных чипов для определения особенностей [[экспрессия генов|экспрессии генов]] было осуществлено в [[1995 год]]у<!--
 
-
 
-
--><ref name="Schena et al">{{cite journal|author=Schena M, Shalon D, Davis RW, Brown PO|year= 1995|title=Quantitative monitoring of gene expression patterns with a complementary DNA microarray|journal=Science|volume=270|pages=467–470|pmid=7569999|doi=10.1126/science.270.5235.467}}</ref><!--
 
-
 
-
--> и полный эукариотический геном (''[[Saccharomyces cerevisiae]]'') был размещен на микрочипе в 1997 году.<!--
 
-
 
-
--><ref name="Lashkari et al">{{cite journal|author=Lashkari DA, DeRisi JL, McCusker JH, Namath AF, Gentile C, Hwang SY, Brown PO, Davis RW |year= 1997| title=Yeast microarrays for genome wide parallel genetic and gene expression analysis|journal=Proc Natl Acad Sci USA |volume=94 |pages=13057–13062 |pmid=9371799 |doi=10.1073/pnas.94.24.13057}}</ref>
 
[[Категория:Биоинформатика]]
[[Категория:Биоинформатика]]

Версия 11:09, 5 мая 2010

Микрочип для 40000 проб
Микрочип для 40000 проб


ДНК-микрочип (англ. DNA microarray)  — это сложная технология, используемая в молекулярной биологии и медицине. ДНК-микрочип представляет собой небольшую поверхность, на которую с большой плотностью в определённом порядке нанесены фрагменты одноцепочечной синтетической ДНК с известной последовательностью. Эти фрагменты выступают в роли зондов, с которыми гибридизуются (образуют двуцепочечные молекулы) комплементарные им цепи ДНК из исследуемого образца, обычно меченные флуоресцентным красителем. Чем больше в образце молекул ДНК с определенной последовательностью, тем большее их количество свяжется с комплементарным зондом, и тем сильнее будет оптический сигнал в точке микрочипа, куда был «посажен» соответствующий зонд. После гибридизации поверхность микрочипа сканируется, и в результате каждой последовательности ДНК ставится в соответствие тот или иной уровень сигнала, пропорциональный числу молекул ДНК с данной последовательностью, присутствующих в смеси.

В обычном ДНК микрочипе (н-р, производства Affymetrix) зонды прикрепляются к твердой поверхности — стеклянному или силиконовому чипу. Другие платформы, например, выпускаемые Illumina, используют микроскопические шарики вместо больших твердых поверхностей. Технология ДНК-микрочипов находит самые разнообразные применения в современной биологии и медицине для анализа сложных смесей ДНК — например, совокупности всех транскриптов (матричных РНК) в клетке. ДНК микрочипы используют для анализа изменения экспрессии генов, выявления однонуклеотидных полиморфизмов, генотипирования или повторного секвенирования мутантных геномов. Микрочипы отличаются по конструкции, особенностям работы, точности, эффективности и стоимости.

Источник — «http://www.machinelearning.ru/wiki/index.php?title=%D0%94%D0%9D%D0%9A-%D0%BC%D0%B8%D0%BA%D1%80%D0%BE%D1%87%D0%B8%D0%BF»
Личные инструменты