Метод главных компонент

Материал из MachineLearning.

(Различия между версиями)
Перейти к: навигация, поиск
(Формальная постановка задачи)
(Поиск ортогональных проекций с наибольшим рассеянием)
 
(21 промежуточная версия не показана)
Строка 1: Строка 1:
-
'''Метод Главных Компонент''' (англ. Principal Components Analysis, PCA) — один из основных способов уменьшить [[размерность]] данных, потеряв наименьшее количество [[информация|информации]]. Изобретен К. Пирсоном (англ.[http://en.wikipedia.org/wiki/Karl_Pearson Karl Pearson]) в 1901 г. Применяется во многих областях, таких как [[распознавание образов]], [[компьютерное зрение]], [[сжатие данных]] и т. п. Вычисление главных компонент сводится к вычислению собственных векторов и собственных значений [[Ковариационная матрица| ковариационной матрицы]] исходных данных или к [[Сингулярное разложение|сингулярному разложению]] матрицы данных. Иногда метод главных компонент называют ''преобразованием Кархунена-Лоэва'' (англ. Karhunen-Loeve)<ref>В русскоязычной научной литературе распространено также написание ''преобразование Карунена-Лоэва'', соответствующее английскому прочтению финской фамилии</ref> или преобразованием Хотеллинга (англ. Hotelling transform). Другие способы уменьшения размерности данных — это [[метод независимых компонент]], многомерное шкалирование, а также многочисленные нелинейные обобщения: метод главных кривых и многообразий, [[Поиск наилучшей проекции|поиск наилучшей проекции]] (англ. Projection Pursuit), [[Искусственная нейронная сеть|нейросетевые]] методы «[[Нейросетевое сжатие данных|узкого горла]]», [[Самоорганизующаяся карта Кохонена|самоорганизующиеся карты Кохонена]] и др.
+
'''Метод Главных Компонент''' (англ. Principal Components Analysis, PCA) — один из основных способов уменьшить [[размерность]] данных, потеряв наименьшее количество [[информация|информации]]. Изобретен К. Пирсоном (англ.[http://en.wikipedia.org/wiki/Karl_Pearson Karl Pearson]) в 1901 г. Применяется во многих областях, таких как [[распознавание образов]], [[компьютерное зрение]], [[сжатие данных]] и т. п. Вычисление главных компонент сводится к вычислению собственных векторов и собственных значений [[Ковариационная матрица| ковариационной матрицы]] исходных данных или к [[Сингулярное разложение|сингулярному разложению]] матрицы данных. Иногда метод главных компонент называют ''преобразованием Кархунена-Лоэва'' (англ. Karhunen-Loeve)<ref>В русскоязычной научной литературе распространено также написание ''преобразование Карунена-Лоэва'', соответствующее английскому прочтению финской фамилии</ref> или преобразованием Хотеллинга (англ. Hotelling transform). Другие способы уменьшения размерности данных — это [[метод независимых компонент]], многомерное шкалирование, а также многочисленные нелинейные обобщения: метод главных кривых и многообразий, [[Поиск наилучшей проекции|поиск наилучшей проекции]] (англ. Projection Pursuit), [[Искусственная нейронная сеть|нейросетевые]] методы «[[Нейросетевое сжатие данных|узкого горла]]», [[Нейронная сеть Кохонена|самоорганизующиеся карты Кохонена]] и др.
== Формальная постановка задачи ==
== Формальная постановка задачи ==
Строка 5: Строка 5:
Задача анализа главных компонент, имеет, как минимум, четыре базовых версии:
Задача анализа главных компонент, имеет, как минимум, четыре базовых версии:
* аппроксимировать данные линейными многообразиями меньшей размерности;
* аппроксимировать данные линейными многообразиями меньшей размерности;
-
* найти подпространства меньшей размерности, в ортогональной проекции на которые разброс данных максимален;
+
* найти подпространства меньшей размерности, в ортогональной проекции на которые разброс данных (т.е. среднеквадратичное уклонение от среднего значения) максимален;
* найти подпространства меньшей размерности, в ортогональной проекции на которые среднеквадратичное расстояние между точками максимально;
* найти подпространства меньшей размерности, в ортогональной проекции на которые среднеквадратичное расстояние между точками максимально;
-
* для данной многомерной случайной величины построить такое ортогональное преобразования координат, что в результате корреляции между отдельными координатами обратятся в ноль.
+
* для данной многомерной случайной величины построить такое ортогональное преобразование координат, что в результате корреляции между отдельными координатами обратятся в ноль.
Первые три версии оперируют конечными множествами данных. Они эквивалентны и не используют никакой гипотезы о статистическом порождении данных. Четвёртая версия оперирует случайными величинами. Конечные множества появляются здесь как выборки из данного распределения, а решение трёх первых задач — как приближение к «истинному» преобразованию Кархунена-Лоэва. При этом возникает дополнительный и не вполне тривиальный вопрос о точности этого приближения.
Первые три версии оперируют конечными множествами данных. Они эквивалентны и не используют никакой гипотезы о статистическом порождении данных. Четвёртая версия оперирует случайными величинами. Конечные множества появляются здесь как выборки из данного распределения, а решение трёх первых задач — как приближение к «истинному» преобразованию Кархунена-Лоэва. При этом возникает дополнительный и не вполне тривиальный вопрос о точности этого приближения.
Строка 21: Строка 21:
где <tex>\operatorname{dist}(x_i, L_k) </tex> — евклидово расстояние от точки до линейного многообразия. Всякое <tex>k </tex>-мерное линейное многообразие в <tex>\mathbb{R}^n </tex> может быть задано как множество линейных комбинаций <tex>L_k = \{ a_0 +\beta_1 a_1 +...+ \beta_k a_k | \beta_i \in \mathbb{R} \} </tex>, где параметры <tex> \beta_i </tex> пробегают вещественную прямую <tex>\mathbb{R}</tex>, <tex>a_0 \in \mathbb{R}^n</tex> а <tex>\left\{a_1,..., a_k \right\} \subset \mathbb{R}^n</tex> — ортонормированный набор векторов
где <tex>\operatorname{dist}(x_i, L_k) </tex> — евклидово расстояние от точки до линейного многообразия. Всякое <tex>k </tex>-мерное линейное многообразие в <tex>\mathbb{R}^n </tex> может быть задано как множество линейных комбинаций <tex>L_k = \{ a_0 +\beta_1 a_1 +...+ \beta_k a_k | \beta_i \in \mathbb{R} \} </tex>, где параметры <tex> \beta_i </tex> пробегают вещественную прямую <tex>\mathbb{R}</tex>, <tex>a_0 \in \mathbb{R}^n</tex> а <tex>\left\{a_1,..., a_k \right\} \subset \mathbb{R}^n</tex> — ортонормированный набор векторов
: <tex>\operatorname{dist}^2(x_i, L_k) = \| x_i - a_0 - \sum_{j=1}^k a_j (a_j, x_i - a_0) \| ^2</tex>,
: <tex>\operatorname{dist}^2(x_i, L_k) = \| x_i - a_0 - \sum_{j=1}^k a_j (a_j, x_i - a_0) \| ^2</tex>,
-
где <tex>\| \cdot \| </tex> евклидова норма, <tex> \left(a_j, x_i\right) </tex> — евклидово скалярное произведение, или в координатной форме:
+
где <tex>\|^\ \cdot \ \|^\ </tex> евклидова норма, <tex> \left(a_j, x_i\right) </tex> — евклидово скалярное произведение, или в координатной форме:
: <tex> \operatorname{dist}^2(x_i, L_k) = \sum_{l=1}^n \left(x_{il} - a_{0l}- \sum_{j=1}^k a_{jl} \sum_{q=1}^n a_{jq}(x_{iq} - a_{0q}) \right)^2 </tex>.
: <tex> \operatorname{dist}^2(x_i, L_k) = \sum_{l=1}^n \left(x_{il} - a_{0l}- \sum_{j=1}^k a_{jl} \sum_{q=1}^n a_{jq}(x_{iq} - a_{0q}) \right)^2 </tex>.
Строка 89: Строка 89:
* ...
* ...
-
Фактически, как и для задачи аппроксимации, на каждом шаге решается задача о первой главной компоненте для данных, из которых вычтены проекции на все ранее найденные главные компоненты. При большом числе итерации (большая размерность, много главных компонент) отклонения от ортогональности накапливаются и может потребоваться специальная коррекция алгоритма или другой алгоритм поиска собственных векторов ковариационной матрицы.
+
Фактически, как и для задачи аппроксимации, на каждом шаге решается задача о первой главной компоненте для данных, из которых вычтены проекции на все ранее найденные главные компоненты. При большом числе итерации (большая размерность, много главных компонент) отклонения от ортогональности накапливаются и может потребоваться специальная коррекция [[алгоритм]]а или другой алгоритм поиска собственных векторов ковариационной матрицы.
-
Решение задачи о наилучшей аппроксимации даёт то же множество решений <tex>\left\{a_i\right\}</tex>, что и поиск ортогональных проекций с наибольшим рассеянием, по очень простой причине: <tex>\| x_i-a_k (a_k, x_i)\|^2= \| x_i\|^2-(a_k, x_i)^2, </tex> и первое слагаемое не зависит от <tex> a_k</tex>. Только одно дополнение к задаче об аппроксимации: появляется последняя главная компонента <tex> a_n.</tex>
+
Решение задачи о наилучшей аппроксимации даёт то же множество решений <tex>\left\{a_i\right\}</tex>, что и поиск ортогональных проекций с наибольшим рассеянием, по очень простой причине: <tex>\| x_i-a_k (a_k, x_i)\|^2 \stackrel{\|a_k\|=1}{=} \| x_i\|^2-(a_k, x_i)^2, </tex> и первое слагаемое не зависит от <tex> a_k</tex>. Только одно дополнение к задаче об аппроксимации: появляется последняя главная компонента <tex> a_n.</tex>
=== Поиск ортогональных проекций с наибольшим среднеквадратичным расстоянием между точками ===
=== Поиск ортогональных проекций с наибольшим среднеквадратичным расстоянием между точками ===
Строка 123: Строка 123:
Математическое содержание метода главных компонент — это ''спектральное разложение'' ковариационной матрицы <tex> C </tex>, то есть представление пространства данных в виде суммы взаимно ортогональных собственных подпространств <tex> C </tex>, а самой матрицы <tex> C </tex> — в виде линейной комбинации ортогональных проекторов на эти подпространства с коэффициентами <tex> \lambda_i </tex>. Если <tex>\operatorname{X}=\left\{x_1,..., x_m \right\}^T</tex> — матрица, составленная из векторов-строк центрированных данных, то <tex> C = \frac{1}{m-1}\operatorname{X}^T\operatorname{X}</tex> и задача о спектральном разложении ковариационной матрицы <tex> C </tex> превращается в задачу о ''сингулярном разложении'' (англ. [http://en.wikipedia.org/wiki/Singular_value_decomposition Singular value decomposition]) матрицы данных <tex>\operatorname{X}</tex>.
Математическое содержание метода главных компонент — это ''спектральное разложение'' ковариационной матрицы <tex> C </tex>, то есть представление пространства данных в виде суммы взаимно ортогональных собственных подпространств <tex> C </tex>, а самой матрицы <tex> C </tex> — в виде линейной комбинации ортогональных проекторов на эти подпространства с коэффициентами <tex> \lambda_i </tex>. Если <tex>\operatorname{X}=\left\{x_1,..., x_m \right\}^T</tex> — матрица, составленная из векторов-строк центрированных данных, то <tex> C = \frac{1}{m-1}\operatorname{X}^T\operatorname{X}</tex> и задача о спектральном разложении ковариационной матрицы <tex> C </tex> превращается в задачу о ''сингулярном разложении'' (англ. [http://en.wikipedia.org/wiki/Singular_value_decomposition Singular value decomposition]) матрицы данных <tex>\operatorname{X}</tex>.
-
Хотя формально задачи сингулярного разложения матрицы данных и спектрального разложения ковариационной матрицы совпадают, алгоритмы вычисления сингулярного разложения напрямую, без вычисления спектра ковариационной матрицы, более эффективны и устойчивы <ref>''Bau III, D., Trefethen, L. N.'', [http://books.google.com/books?id=bj-Lu6zjWbEC&pg=PA136&dq=isbn:9780898713619&sig=BmAatL8LDJZZRhfJIFVRHLQNJw0#PPP1,M1 Numerical linear algebra], Philadelphia: Society for Industrial and Applied Mathematics, 1997. (Lecture 31) ISBN 978-0-89871-361-9 </ref>.
+
Хотя формально задачи сингулярного разложения матрицы данных и спектрального разложения ковариационной матрицы совпадают, [[алгоритм]]ы вычисления сингулярного разложения напрямую, без вычисления ковариационной матрицы и её спектра, более эффективны и устойчивы <ref>''Bau III, D., Trefethen, L. N.'', [http://books.google.com/books?id=bj-Lu6zjWbEC&pg=PA136&dq=isbn:9780898713619&sig=BmAatL8LDJZZRhfJIFVRHLQNJw0#PPP1,M1 Numerical linear algebra], Philadelphia: Society for Industrial and Applied Mathematics, 1997. (Lecture 31) ISBN 978-0-89871-361-9 </ref>.
Теория сингулярного разложения была создана Дж. Дж. Сильвестром (англ. [http://en.wikipedia.org/wiki/James_Joseph_Sylvester J. J. Sylvester]) в 1889 г. и изложена во всех подробных руководствах по теории матриц <ref>''Гантмахер Ф. Р.'', Теория матриц. — М.: Наука, 1966. — 576 стр.</ref>.
Теория сингулярного разложения была создана Дж. Дж. Сильвестром (англ. [http://en.wikipedia.org/wiki/James_Joseph_Sylvester J. J. Sylvester]) в 1889 г. и изложена во всех подробных руководствах по теории матриц <ref>''Гантмахер Ф. Р.'', Теория матриц. — М.: Наука, 1966. — 576 стр.</ref>.
Строка 151: Строка 151:
[[Изображение:5DFig.png|thumb|Пример: оценка числа главных компонент по правилу сломанной трости в размерности 5.]]
[[Изображение:5DFig.png|thumb|Пример: оценка числа главных компонент по правилу сломанной трости в размерности 5.]]
-
Целевой подход к оценке числа главных компонент по необходимой доле объяснённой дисперсии формально применим всегда, однако неявно он предполагает, что нет разделения на "сигнал" и "шум", и любая заранее заданная точность имеет смысл. Однако часто более продуктивна иная эвристика, основывающаяся на гипотезе о наличии "сигнала" (сравнительно малая размерность, относительно большая амплитуда) и шума (большая размерность, относительно малая амплитуда). С этой точки зрения метод главных компонент работает как фильтр: сигнал содержится, в основном, в проекции на первые главные компоненты, а в остальных компонентах пропорция шума намного выше.
+
Целевой подход к оценке числа главных компонент по необходимой доле объяснённой дисперсии формально применим всегда, однако неявно он предполагает, что нет разделения на "сигнал" и "шум", и любая заранее заданная точность имеет смысл. Поэтому часто более продуктивна иная эвристика, основывающаяся на гипотезе о наличии "сигнала" (сравнительно малая размерность, относительно большая амплитуда) и "шума" (большая размерность, относительно малая амплитуда). С этой точки зрения метод главных компонент работает как фильтр: сигнал содержится, в основном, в проекции на первые главные компоненты, а в остальных компонентах пропорция шума намного выше.
-
Вопрос, как оценить число необходимых главных компонент, если отношение "сигнал/шум" заранее неизвестно? Одним из наиболее популярных эвристических подходов является правило сломанной трости (англ. Broken stick model)<ref>''Cangelosi R. '', ''Goriely A.'', [http://www.biology-direct.com/content/2/1/2 Component retention in principal component analysis with application to cDNA microarray data], Biology Direct 2007, 2:2. [http://pca.narod.ru/ А также на сайте PCA].</ref>. Набор нормированных собственных чисел (<tex>\lambda_i / \tr C</tex>, <tex>i=1,...n</tex>) сравнивается с распределением длин обломков трости единичной длины, сломанной в <tex>n-1</tex>-й случайно выбранной точке (точки разлома выбираются независимо и равнораспределены по длине трости). Пусть <tex>L_i</tex> (<tex>i=1,...n</tex>) - длины полученных кусков трости, занумерованные в порядке убывания длины: <tex>L_1 \geq L_2 \geq... L_n</tex>. Нетрудно найти математическое ожидание <tex>L_i</tex>:
+
Вопрос, как оценить число необходимых главных компонент, если отношение "сигнал/шум" заранее неизвестно? Одним из наиболее популярных эвристических подходов является правило сломанной трости (англ. Broken stick model)<ref>''Cangelosi R. '', ''Goriely A.'', [http://www.biology-direct.com/content/2/1/2 Component retention in principal component analysis with application to cDNA microarray data], Biology Direct 2007, 2:2. [http://pca.narod.ru/ А также на сайте PCA].</ref>. Набор нормированных собственных чисел (<tex>\lambda_i / \tr C</tex>, <tex>i=1,...,n</tex>) сравнивается с распределением длин обломков трости единичной длины, сломанной в <tex>n-1</tex>-й случайно выбранной точке (точки разлома выбираются независимо и равнораспределены по длине трости). Пусть <tex>L_i</tex> (<tex>i=1,...,n</tex>) - длины полученных кусков трости, занумерованные в порядке убывания длины: <tex>L_1 \geq L_2 \geq \ldots \geq L_n</tex>. Нетрудно найти математическое ожидание <tex>L_i</tex>:
:<tex>l_i=\operatorname{E}(L_i)=\frac{1}{n}\sum_{j=i}^{n} \frac{1}{j}.</tex>
:<tex>l_i=\operatorname{E}(L_i)=\frac{1}{n}\sum_{j=i}^{n} \frac{1}{j}.</tex>
По правилу сломанной трости <tex>k</tex>-й собственный вектор (в порядке убывания собственных чисел <tex>\lambda_i</tex>) сохраняется в списке главных компонент, если
По правилу сломанной трости <tex>k</tex>-й собственный вектор (в порядке убывания собственных чисел <tex>\lambda_i</tex>) сохраняется в списке главных компонент, если
-
:<tex>\frac{\lambda_1}{\tr C}>l_1 \& \frac{\lambda_2}{\tr C}>l_2 \&... \frac{\lambda_k}{\tr C}>l_k.</tex>
+
:<tex>\frac{\lambda_1}{\tr C}>l_1 \& \frac{\lambda_2}{\tr C}>l_2 \& \ldots \& \frac{\lambda_k}{\tr C}>l_k.</tex>
На Рис. приведён пример для 5-мерного случая:
На Рис. приведён пример для 5-мерного случая:
:<tex>l_1</tex>=(1+1/2+1/3+1/4+1/5)/5; <tex>l_2</tex>=(1/2+1/3+1/4+1/5)/5; <tex>l_3</tex>=(1/3+1/4+1/5)/5; <tex>l_4</tex>=(1/4+1/5)/5; <tex>l_5</tex>=(1/5)/5.
:<tex>l_1</tex>=(1+1/2+1/3+1/4+1/5)/5; <tex>l_2</tex>=(1/2+1/3+1/4+1/5)/5; <tex>l_3</tex>=(1/3+1/4+1/5)/5; <tex>l_4</tex>=(1/4+1/5)/5; <tex>l_5</tex>=(1/5)/5.
Для примера выбрано
Для примера выбрано
-
:<tex>\frac{\lambda_1}{\tr C}</tex>=0.5; <tex>\frac{\lambda_2}{\tr C}</tex>=0.3; <tex>\frac{\lambda_3}{\tr C}</tex>=0.1; <tex>\frac{\lambda_4}{\tr C}</tex>=0.05; <tex>\frac{\lambda_5}{\tr C}</tex>=0.
+
:<tex>\frac{\lambda_1}{\tr C}</tex>=0.5; <tex>\frac{\lambda_2}{\tr C}</tex>=0.3; <tex>\frac{\lambda_3}{\tr C}</tex>=0.1; <tex>\frac{\lambda_4}{\tr C}</tex>=0.06; <tex>\frac{\lambda_5}{\tr C}</tex>=0.04.
По правилу сломанной трости в этом примере следует оставлять 2 главных компоненты:
По правилу сломанной трости в этом примере следует оставлять 2 главных компоненты:
:<tex>\frac{\lambda_1}{\tr C}>l_1 \;; \; \frac{\lambda_2}{\tr C}>l_2 \;; \;\frac{\lambda_3}{\tr C}<l_3\;.</tex>
:<tex>\frac{\lambda_1}{\tr C}>l_1 \;; \; \frac{\lambda_2}{\tr C}>l_2 \;; \;\frac{\lambda_3}{\tr C}<l_3\;.</tex>
Строка 204: Строка 204:
== Анализ соответствий ==
== Анализ соответствий ==
-
Анализ соответствий (англ. [http://www.statsoft.com/textbook/stcoran.html Correspondence analysis])...
+
[[анализ соответствий|Анализ соответствий]] (англ. [http://www.statsoft.com/textbook/stcoran.html Correspondence analysis])...
== Специальная терминология ==
== Специальная терминология ==
Строка 229: Строка 229:
Метод главных компонент применим всегда. Распространённое утверждение о том, что он применим только к [[Нормальное распределение|нормально распределённым]] данным (или для распределений, близких к нормальным) неверно: в исходной формулировке К. Пирсона ставится задача об ''аппроксимации'' конечного множества данных и отсутствует даже гипотеза о их статистическом порождении, не говоря уж о распределении.
Метод главных компонент применим всегда. Распространённое утверждение о том, что он применим только к [[Нормальное распределение|нормально распределённым]] данным (или для распределений, близких к нормальным) неверно: в исходной формулировке К. Пирсона ставится задача об ''аппроксимации'' конечного множества данных и отсутствует даже гипотеза о их статистическом порождении, не говоря уж о распределении.
-
Однако метод не всегда эффективно снижает размерность при заданных ограничениях на точность <tex> \delta_k</tex>. Прямые и плоскости не всегда обеспечивают хорошую аппроксимацию. Например, данные могут с хорошей точностью следовать какой-нибудь кривой, а эта кривая может быть сложно расположена в пространстве данных. В этом случае метод главных компонент для приемлемой точности потребует нескольких компонент (вместо одной), или вообще не даст снижения размерности при приемлемой точности. Для работы с такими «кривыми» главными компонентами изобретен метод главных многообразий<ref>С этой работы началось изучение главных многообразий. Диссертация ''T. Хасти'': ''Hastie T.'', [http://www.slac.stanford.edu/pubs/slacreports/slac-r-276.html Principal Curves and Surfaces], Ph.D Dissertation, Stanford Linear Accelerator Center, Stanford University, Stanford, California, US, November 1984. [http://pca.narod.ru/HastieThesis.htm А также на сайте PCA]</ref> и различные версии нелинейного метода главных компонент<ref>''Scholz M., Fraunholz M., Selbig J.'', [http://pca.narod.ru/contentsgkwz.htm Nonlinear Principal Component Analysis: Neural Network Models and Applications], In: Gorban A. N. et al (Eds.), LNCSE 58, Springer, 2007 ISBN 978-3-540-73749-0</ref><ref>''Yin H.'' [http://pca.narod.ru/contentsgkwz.htm Learning Nonlinear Principal Manifolds by Self-Organising Maps], In: Gorban A. N. et al (Eds.), LNCSE 58, Springer, 2007 ISBN 978-3-540-73749-0</ref>. Больше неприятностей могут доставить данные сложной топологии. Для их аппроксимации также изобретены различные методы, например [[Самоорганизующаяся карта Кохонена|самоорганизующиеся карты Кохонена]], [[нейронный газ]]<ref>''Martinetz, T.M., Berkovich, S.G., and Schulten K.J.'', Neural-gas network for vector quantization and its application to time-series prediction. IEEE Transactions on Neural Networks, 4 (1993) #4, 558—569.</ref> или топологические грамматики<ref name="TopGram"/>. Если данные статистически порождены с распределением, сильно отличающимся от нормального, то для аппроксимации распределения полезно перейти от главных компонент к ''независимым компонентам''<ref>''Hyvdrinen A, Karhunen J., and Oja E.'', Independent Component Analysis, A Volume in the Wiley Series on Adaptive and Learning Systems for Signal Processing, Communications, and Control. — John Wiley & Sons, Inc., 2001. — XVI+481 pp. ISBN 0-471-40540-X</ref>, которые уже не ортогональны в исходном скалярном произведении. Наконец, для изотропного распределения (даже нормального) вместо эллипсоида рассеяния получаем шар, и уменьшить размерность методами аппроксимации невозможно.
+
Однако метод не всегда эффективно снижает размерность при заданных ограничениях на точность <tex> \delta_k</tex>. Прямые и плоскости не всегда обеспечивают хорошую аппроксимацию. Например, данные могут с хорошей точностью следовать какой-нибудь кривой, а эта кривая может быть сложно расположена в пространстве данных. В этом случае метод главных компонент для приемлемой точности потребует нескольких компонент (вместо одной), или вообще не даст снижения размерности при приемлемой точности. Для работы с такими «кривыми» главными компонентами изобретен метод главных многообразий<ref>С этой работы началось изучение главных многообразий. Диссертация ''T. Хасти'': ''Hastie T.'', [http://www.slac.stanford.edu/pubs/slacreports/slac-r-276.html Principal Curves and Surfaces], Ph.D Dissertation, Stanford Linear Accelerator Center, Stanford University, Stanford, California, US, November 1984. [http://pca.narod.ru/HastieThesis.htm А также на сайте PCA]</ref> и различные версии нелинейного метода главных компонент<ref>''Scholz M., Fraunholz M., Selbig J.'', [http://pca.narod.ru/contentsgkwz.htm Nonlinear Principal Component Analysis: Neural Network Models and Applications], In: Gorban A. N. et al (Eds.), LNCSE 58, Springer, 2007 ISBN 978-3-540-73749-0</ref><ref>''Yin H.'' [http://pca.narod.ru/contentsgkwz.htm Learning Nonlinear Principal Manifolds by Self-Organising Maps], In: Gorban A. N. et al (Eds.), LNCSE 58, Springer, 2007 ISBN 978-3-540-73749-0</ref>. Больше неприятностей могут доставить данные сложной топологии. Для их аппроксимации также изобретены различные методы, например [[Самоорганизующаяся карта Кохонена|самоорганизующиеся карты Кохонена]], [[нейронный газ]]<ref>''Martinetz, T.M., Berkovich, S.G., and Schulten K.J.'', [http://pca.narod.ru/MartinesShultenNeuralGas1993.pdf Neural-gas network for vector quantization and its application to time-series prediction.] IEEE Transactions on Neural Networks, 4 (1993) #4, 558—569. На сайте [http://pca.narod.ru/ PCA]</ref> или топологические грамматики<ref name="TopGram"/>. Если данные статистически порождены с распределением, сильно отличающимся от нормального, то для аппроксимации распределения полезно перейти от главных компонент к ''независимым компонентам''<ref>''Hyvdrinen A, Karhunen J., and Oja E.'', Independent Component Analysis, A Volume in the Wiley Series on Adaptive and Learning Systems for Signal Processing, Communications, and Control. — John Wiley & Sons, Inc., 2001. — XVI+481 pp. ISBN 0-471-40540-X</ref>, которые уже не ортогональны в исходном скалярном произведении. Наконец, для изотропного распределения (даже нормального) вместо эллипсоида рассеяния получаем шар, и уменьшить размерность методами аппроксимации невозможно.
== Примеры использования ==
== Примеры использования ==
Строка 262: Строка 262:
=== Сборник современных обзоров ===
=== Сборник современных обзоров ===
-
* ''Gorban A. N., Kegl B., Wunsch D., Zinovyev A. Y.'' (Eds.), [http://www.springer.com/west/home/math/cse?SGWID=4-10045-22-173750210-0 Principal Manifolds for Data Visualisation and Dimension Reduction], [http://www.springer.com/west/home/math/cse?SGWID=4-10045-69-173622682-0 Series: Lecture Notes in Computational Science and Engineering] 58, Springer, Berlin — Heidelberg — New York, 2007, XXIV, 340 p. 82 illus. ISBN 978-3-540-73749-0 (а также [http://pca.narod.ru/ онлайн]).
+
* ''Gorban A. N., Kegl B., Wunsch D., Zinovyev A. Y.'' (Eds.), [http://www.springer.com/west/home/math/cse?SGWID=4-10045-22-173750210-0 Principal Manifolds for Data Visualisation and Dimension Reduction], [http://www.springer.com/west/home/math/cse?SGWID=4-10045-69-173622682-0 Series: Lecture Notes in Computational Science and Engineering] 58, Springer, Berlin — Heidelberg — New York, 2008, XXIV, 340 p. 82 illus. ISBN 978-3-540-73749-0 (а также [http://pca.narod.ru/ онлайн]).
== Ссылки ==
== Ссылки ==
-
* [http://csnet.otago.ac.nz/cosc453/student_tutorials/principal_components.pdf A tutorial on Principal Components Analysis], Lindsay I Smith, 2002
+
* [http://www.snl.salk.edu/~shlens/pub/notes/pca.pdf A tutorial on Principal Components Analysis], Jonathon Shlens, 22, 2009; Version 3.01.
* [http://pca.narod.ru Нелинейный метод главных компонент] (сайт-библиотека)
* [http://pca.narod.ru Нелинейный метод главных компонент] (сайт-библиотека)
* [http://ru.wikipedia.org/wiki/Метод_главных_компонент Метод главных компонент на wikipedia.org]
* [http://ru.wikipedia.org/wiki/Метод_главных_компонент Метод главных компонент на wikipedia.org]
 +
 +
== Учебное програмное обеспечение ==
 +
 +
Java-апплет «Метод главных компонент и самоорганизующиеся карты» (E.M. Mirkes, [http://www.math.le.ac.uk/people/ag153/homepage/PCA_SOM/PCA_SOM.html Principal Component Analysis and Self-Organizing Maps: applet]. University of Leicester, 2011). Свободно распространяемая программа с моделями метода главных компонент, [[Самоорганизующаяся карта Кохонена|самоорганизуюшихся карт]] (SOM) и растущих самоорганизующихся карт (Growing Self-Organized Maps, GSOM). Дано описание алгоритмов (англ.), приведены тьюториалы и некоторые публикации. Используется для выполнения небольших студенческих исследовательских работ по сравнению различных алгоритмов аппроксимации данных.
== Примечания ==
== Примечания ==
<references/>
<references/>
-
{{Заготовка}}
+
''Незарегистрированные пользователи не видят примечаний и основных литературных ссылок (дефект системы). Зарегистрироваться безопасно и просто.''
 +
 
[[Категория:Метод главных компонент]]
[[Категория:Метод главных компонент]]
[[Категория:Регрессионный анализ]]
[[Категория:Регрессионный анализ]]
Строка 279: Строка 284:
[[Категория:Машинное обучение]]
[[Категория:Машинное обучение]]
[[Категория:Энциклопедия анализа данных]]
[[Категория:Энциклопедия анализа данных]]
 +
[[Категория:Популярные и обзорные статьи]]

Текущая версия

Метод Главных Компонент (англ. Principal Components Analysis, PCA) — один из основных способов уменьшить размерность данных, потеряв наименьшее количество информации. Изобретен К. Пирсоном (англ.Karl Pearson) в 1901 г. Применяется во многих областях, таких как распознавание образов, компьютерное зрение, сжатие данных и т. п. Вычисление главных компонент сводится к вычислению собственных векторов и собственных значений ковариационной матрицы исходных данных или к сингулярному разложению матрицы данных. Иногда метод главных компонент называют преобразованием Кархунена-Лоэва (англ. Karhunen-Loeve)[1] или преобразованием Хотеллинга (англ. Hotelling transform). Другие способы уменьшения размерности данных — это метод независимых компонент, многомерное шкалирование, а также многочисленные нелинейные обобщения: метод главных кривых и многообразий, поиск наилучшей проекции (англ. Projection Pursuit), нейросетевые методы «узкого горла», самоорганизующиеся карты Кохонена и др.

Содержание

Формальная постановка задачи

Задача анализа главных компонент, имеет, как минимум, четыре базовых версии:

  • аппроксимировать данные линейными многообразиями меньшей размерности;
  • найти подпространства меньшей размерности, в ортогональной проекции на которые разброс данных (т.е. среднеквадратичное уклонение от среднего значения) максимален;
  • найти подпространства меньшей размерности, в ортогональной проекции на которые среднеквадратичное расстояние между точками максимально;
  • для данной многомерной случайной величины построить такое ортогональное преобразование координат, что в результате корреляции между отдельными координатами обратятся в ноль.

Первые три версии оперируют конечными множествами данных. Они эквивалентны и не используют никакой гипотезы о статистическом порождении данных. Четвёртая версия оперирует случайными величинами. Конечные множества появляются здесь как выборки из данного распределения, а решение трёх первых задач — как приближение к «истинному» преобразованию Кархунена-Лоэва. При этом возникает дополнительный и не вполне тривиальный вопрос о точности этого приближения.

Аппроксимация данных линейными многообразиями

Иллюстрация к знаменитой работе К. Пирсона (1901): даны точки  на плоскости,  — расстояние от  до прямой . Ищется прямая , минимизирующая сумму
Иллюстрация к знаменитой работе К. Пирсона (1901): даны точки  P_i на плоскости,   p_i — расстояние от   P_i до прямой  AB. Ищется прямая   AB, минимизирующая сумму \sum_i p_i^2

Метод главных компонент начинался с задачи наилучшей аппроксимации конечного множества точек прямыми и плоскостями (К. Пирсон, 1901). Дано конечное множество векторов x_1,x_2,...x_m \in\mathbb{R}^n . Для каждого  k = 0,1,..., n-1 среди всех k-мерных линейных многообразий в \mathbb{R}^n найти такое L_k \subset \mathbb{R}^n , что сумма квадратов уклонений  x_i от  L_k минимальна:

\sum_{i=1}^m \operatorname{dist}^2(x_i, L_k) \to \min,

где \operatorname{dist}(x_i, L_k) — евклидово расстояние от точки до линейного многообразия. Всякое k -мерное линейное многообразие в \mathbb{R}^n  может быть задано как множество линейных комбинаций L_k = \{ a_0 +\beta_1 a_1 +...+ \beta_k a_k | \beta_i \in \mathbb{R} \} , где параметры  \beta_i пробегают вещественную прямую \mathbb{R}, a_0 \in \mathbb{R}^n а \left\{a_1,..., a_k \right\} \subset \mathbb{R}^n — ортонормированный набор векторов

\operatorname{dist}^2(x_i, L_k) = \| x_i - a_0 - \sum_{j=1}^k a_j (a_j, x_i - a_0) \| ^2,

где \|^\ \cdot \ \|^\  евклидова норма,  \left(a_j, x_i\right) — евклидово скалярное произведение, или в координатной форме:

 \operatorname{dist}^2(x_i, L_k) = \sum_{l=1}^n \left(x_{il} - a_{0l}- \sum_{j=1}^k a_{jl} \sum_{q=1}^n a_{jq}(x_{iq} - a_{0q}) \right)^2 .

Решение задачи аппроксимации для   k = 0,1,..., n-1 даётся набором вложенных линейных многообразий L_0 \subset L_1 \subset ... L_{n-1} , L_k = \{ a_0 +\beta_1 a_1 +...+ \beta_k a_k | \beta_i \in \mathbb{R} \} . Эти линейные многообразия определяются ортонормированным набором векторов \left\{a_1,..., a_{n-1} \right\} (векторами главных компонент) и вектором   a_0 . Вектор  a_0 ищется, как решение задачи минимизации для  L_0 :

 a_0 = \underset{a_0\in\mathbb{R}^n}{\operatorname{argmin}} \left(\sum_{i=1}^m \operatorname{dist}^2(x_i, L_0)\right),

то есть

a_0 = \underset{a_0\in\mathbb{R}^n}{\operatorname{argmin}} \left (\sum_{i=1}^m \| x_i - a_0\| ^2\right) .

Это — выборочное среднее: a_0 = \frac{1}{m} \sum_{i=1}^m x_i = \overline{X}. Фреше в 1948 году обратил внимание, что вариационное определение среднего (как точки, минимизирующей сумму квадратов расстояний до точек данных) очень удобно для построения статистики в произвольном метрическом пространстве, и построил обобщение классической статистики для общих пространств (обобщённый метод наименьших квадратов).

Векторы главных компонент могут быть найдены как решения однотипных задач оптимизации:

1) централизуем данные (вычитаем среднее): x_i:= x_i - \overline{X_i}. Теперь \sum_{i=1}^m x_i =0 ;
2) находим первую главную компоненту как решение задачи;
a_1 = \underset{\| a_1 \| =1}{\operatorname{argmin}} \left( \sum_{i=1}^m \| x_i - a_1 (a_1,x_i)\| ^2\right).
Если решение не единственно, то выбираем одно из них.
3) Вычитаем из данных проекцию на первую главную компоненту:
x_i:= x_i - a_1 \left(a_1,x_i\right) ;
4) находим вторую главную компоненту как решение задачи
a_2 = \underset{\| a_2 \| =1}{\operatorname{argmin}} \left( \sum_{i=1}^m \| x_i - a_2 (a_2,x_i)\| ^2\right) .
Если решение не единственно, то выбираем одно из них.
2k-1) Вычитаем проекцию на (k-1)-ю главную компоненту (напомним, что проекции на предшествующие (k-2) главные компоненты уже вычтены):
x_i:= x_i - a_{k-1} \left(a_{k-1},x_i\right) ;
2k) находим k-ю главную компоненту как решение задачи:
a_k = \underset{\| a_k \| =1}{\operatorname{argmin}} \left( \sum_{i=1}^m \| x_i - a_k (a_k,x_i)\| ^2\right) .
Если решение не единственно, то выбираем одно из них.

На каждом подготовительном шаге    (2k-1) вычитаем проекцию на предшествующую главную компоненту. Найденные векторы \left\{a_1,..., a_{ n -1} \right\} ортонормированы просто в результате решения описанной задачи оптимизации, однако чтобы не дать ошибкам вычисления нарушить взаимную ортогональность векторов главных компонент, можно включать a_k \bot \{a_1,..., a_{k -1} \} в условия задачи оптимизации.

Неединственность в определении  a_k помимо тривиального произвола в выборе знака (  a_k и   -a_k решают ту же задачу) может быть более существенной и происходить, например, из условий симметрии данных.

Поиск ортогональных проекций с наибольшим рассеянием

Первая главная компонента максимизирует выборочную дисперсию проекции данных
Первая главная компонента максимизирует выборочную дисперсию проекции данных


Пусть нам дан центрированный набор векторов данных x_i\in\mathbb{R}^n \; (i=1,...,m) (среднее арифметическое значение  x_i равно нулю). Задача — найти такое ортогональное преобразование в новую систему координат, для которого были бы верны следующие условия:

  • Выборочная дисперсия данных вдоль первой координаты максимальна (эту координату называют первой главной компонентой);
  • Выборочная дисперсия данных вдоль второй координаты максимальна при условии ортогональности первой координате (вторая главная компонента);
  • Выборочная дисперсия данных вдоль значений k-ой координаты максимальна при условии ортогональности первым k-1 координатам;

Выборочная дисперсия данных вдоль направления, заданного нормированным вектором  a_k, это

S^2_m \left[ (X, a_k) \right ] = \frac{1}{m} \sum\limits_{i=1}^m \left(\sum\limits_{j=1}^n x_{ij}a_{kj} \right)^2

(поскольку данные центрированы, выборочная дисперсия здесь совпадает со средним квадратом уклонения от нуля).

Формально, если A=\left \{a_1,...,a_n \right \}^T\in\mathbb{R}^{n \times n}, a_k\in\mathbb{R}^n — искомое преобразование, то для векторов a_k должны выполняться следующие условия:

  • a_1 = \underset{\| a_1 \| =1}{\operatorname{argmax}}\,S^2_m \left [(X, a_1) \right ];
Если решение не единственно, то выбираем одно из них.
  • Вычитаем из данных проекцию на первую главную компоненту:
x_i:= x_i-a_1 \left(a_1,x_i\right) ; в результате x_i \bot a_1;
  • находим вторую главную компоненту как решение задачи
a_2 = \underset{\| a_2 \| =1}{\operatorname{argmax}}\,S^2_m \left [ (X, a_2) \right ];
Если решение не единственно, то выбираем одно из них.
  • Вычитаем проекцию на (k-1)-ю главную компоненту (напомним, что проекции на предшествующие k-2 главные компоненты уже вычтены):
x_i:= x_i-a_{k-1} \left(a_{k-1},x_i\right) ; в результате x_i \bot a_l, (l = 1,\dots  k-1);
  • находим k-ю главную компоненту как решение задачи
a_n = \underset{\| a_k\| = 1}{\operatorname{argmax}}\,S^2_m \left [ (X, a_k) \right ];
Если решение не единственно, то выбираем одно из них.
  • ...

Фактически, как и для задачи аппроксимации, на каждом шаге решается задача о первой главной компоненте для данных, из которых вычтены проекции на все ранее найденные главные компоненты. При большом числе итерации (большая размерность, много главных компонент) отклонения от ортогональности накапливаются и может потребоваться специальная коррекция алгоритма или другой алгоритм поиска собственных векторов ковариационной матрицы.

Решение задачи о наилучшей аппроксимации даёт то же множество решений \left\{a_i\right\}, что и поиск ортогональных проекций с наибольшим рассеянием, по очень простой причине: \| x_i-a_k (a_k, x_i)\|^2 \stackrel{\|a_k\|=1}{=} \| x_i\|^2-(a_k, x_i)^2, и первое слагаемое не зависит от  a_k. Только одно дополнение к задаче об аппроксимации: появляется последняя главная компонента  a_n.

Поиск ортогональных проекций с наибольшим среднеквадратичным расстоянием между точками

Ещё одна эквивалентная формулировка следует из очевидного тождества, верного для любых m векторов  x_i:

\frac{1}{m(m-1)}\sum_{i,j=1}^m (x_i-x_j)^2 =\frac{2m^2}{m(m-1)}\left[\frac{1}{m}\sum_{i=1}^m x_i^2 - \left(\frac{1}{m}\sum_{i}^m x_i \right)^2\right].

В левой части этого тождества стоит среднеквадратичное расстояние между точками, а в квадратных скобках справа — выборочная дисперсия. Таким образом, в методе главных компонент ищутся подпространства, в проекции на которые среднеквадратичное расстояние между точками максимально (или, что то же самое, его искажение в результате проекции минимально)[1]. Такая переформулировка позволяет строить обобщения с взвешиванием различных парных расстояний (а не только точек).

Аннулирование корреляций между координатами

Для заданной  n-мерной случайной величины  X найти такой ортонормированный базис, \left\{a_1,..., a_n \right\}, в котором коэффициент ковариации между различными координатами равен нулю. После преобразования к этому базису

\operatorname{cov}(X_i,X_j)=0 для i \neq j .

Здесь  \operatorname{cov}(X_i,X_j)= \operatorname{E}[(X_i-\overline{X_i})(X_j-\overline{X_j})] — коэффициент ковариации.

Диагонализация ковариационной матрицы

Все задачи о главных компонентах приводят к задаче диагонализации ковариационной матрицы или выборочной ковариационной матрицы. Эмпирическая или выборочная ковариационная матрица, это

C = [c_{ij}],\ c_{ij} = \frac{1}{m-1} \sum_{l=1}^m (x_{li}-\overline{X_{i}})(x_{lj}-\overline{X_{j}}).

Ковариационная матрица многомерной случайной величины  X, это

\Sigma = [\sigma_{ij}],\ \sigma_{ij} = \operatorname{cov}(X_i,X_j)=E[(X_i-\overline{X_i})(X_j-\overline{X_j})].

Векторы главных компонент для задач о наилучшей аппроксимации и о поиске ортогональных проекций с наибольшим рассеянием — это ортонормированный набор  \left\{a_1,..., a_n \right\} собственных векторов эмпирической ковариационной матрицы C, расположенных в порядке убывания собственных значений \lambda: \lambda_1 \ge \lambda_2 \ge ... \ge \lambda_n \ge 0. Эти векторы служат оценкой для собственных векторов ковариационной матрицы \operatorname{cov}(X_i,X_j) . В базисе из собственных векторов ковариационной матрицы она, естественно, диагональна, и в этом базисе коэффициент ковариации между различными координатами равен нулю.

Если спектр ковариационной матрицы вырожден, то выбирают произвольный ортонормированный базис собственных векторов. Он существует всегда, а собственные числа ковариационной матрицы всегда вещественны и неотрицательны.

Сингулярное разложение матрицы данных

Математическое содержание метода главных компонент — это спектральное разложение ковариационной матрицы  C , то есть представление пространства данных в виде суммы взаимно ортогональных собственных подпространств  C , а самой матрицы  C — в виде линейной комбинации ортогональных проекторов на эти подпространства с коэффициентами  \lambda_i . Если \operatorname{X}=\left\{x_1,..., x_m \right\}^T — матрица, составленная из векторов-строк центрированных данных, то  C = \frac{1}{m-1}\operatorname{X}^T\operatorname{X} и задача о спектральном разложении ковариационной матрицы  C превращается в задачу о сингулярном разложении (англ. Singular value decomposition) матрицы данных \operatorname{X}.

Хотя формально задачи сингулярного разложения матрицы данных и спектрального разложения ковариационной матрицы совпадают, алгоритмы вычисления сингулярного разложения напрямую, без вычисления ковариационной матрицы и её спектра, более эффективны и устойчивы [1].

Теория сингулярного разложения была создана Дж. Дж. Сильвестром (англ. J. J. Sylvester) в 1889 г. и изложена во всех подробных руководствах по теории матриц [1].

Матрица преобразования к главным компонентам

Матрица A преобразования данных к главным компонентам строится из векторов главных компонент: A=\left \{a_1,...,a_n \right \}^T. Здесь  a_i — ортонормированные векторы-столбцы главных компонент, расположенные в порядке убывания собственных значений, верхний индекс  T означает транспонирование. Матрица A является ортогональной: A A^T=1.

После преобразования большая часть вариации данных будет сосредоточена в первых координатах, что даёт возможность отбросить оставшиеся и рассмотреть пространство уменьшенной размерности.

Остаточная дисперсия

Пусть данные центрированы, \overline{ X}=0. При замене векторов данных  x_i на их проекцию на первые  k главных компонент x_i \mapsto \sum_{j=1}^k a_j (a_j, x_i) вносится средний квадрат ошибки в расчете на один вектор данных:

\frac{1}{m} \sum_{i=1}^m \left\| x_i - \sum_{j=1}^k a_j (a_j, x_i) \right \| ^2=\sum_{l=k+1}^n \lambda_l,

где \lambda_1 \ge \lambda_2 \ge ... \ge \lambda_n \ge 0 собственные значения эмпирической ковариационной матрицы C, расположенные в порядке убывания, с учетом кратности.

Эта величина называется остаточной дисперсией. Величина

\frac{1}{m} \sum_{i=1}^m \left\| \sum_{j=1}^k a_j (a_j, x_i) \right\| ^2=\frac{1}{m} \sum_{i=1}^m  \sum_{j=1}^k (a_j, x_i)^2=\sum_{l=1}^k \lambda_l

называется объяснённой дисперсией. Их сумма равна выборочной дисперсии. Соответствующий квадрат относительной ошибки — это отношение остаточной дисперсии к выборочной дисперсии (то есть доля необъяснённой дисперсии):

\delta^2_k=\frac{\lambda_{k+1}+\lambda_{k+2}+...+\lambda_{n}}{\lambda_{1}+\lambda_{2}+...+\lambda_{n}}.

По относительной ошибке  \delta_k оценивается применимость метода главных компонент с проецированием на первые  k компонент.

Замечание: в большинстве вычислительных алгоритмов собственные числа  \lambda_i с соответствуюшими собственными векторами — главными компонентами  a_i вычисляются в порядке «от больших  \lambda_i — к меньшим». Для вычисления  \delta_k достаточно вычислить первые  k собственных чисел и след эмпирической ковариационной матрицы C, \operatorname{tr} C (сумму диагональных элементов C, то есть дисперсий по осям). Тогда

\delta^2_k=\frac{1}{\operatorname{tr} C}\left(\operatorname{tr} C -\sum_{i=1}^k \lambda_{i}\right).

Оценка числа главных компонент по правилу сломанной трости

Пример: оценка числа главных компонент по правилу сломанной трости в размерности 5.
Пример: оценка числа главных компонент по правилу сломанной трости в размерности 5.

Целевой подход к оценке числа главных компонент по необходимой доле объяснённой дисперсии формально применим всегда, однако неявно он предполагает, что нет разделения на "сигнал" и "шум", и любая заранее заданная точность имеет смысл. Поэтому часто более продуктивна иная эвристика, основывающаяся на гипотезе о наличии "сигнала" (сравнительно малая размерность, относительно большая амплитуда) и "шума" (большая размерность, относительно малая амплитуда). С этой точки зрения метод главных компонент работает как фильтр: сигнал содержится, в основном, в проекции на первые главные компоненты, а в остальных компонентах пропорция шума намного выше.

Вопрос, как оценить число необходимых главных компонент, если отношение "сигнал/шум" заранее неизвестно? Одним из наиболее популярных эвристических подходов является правило сломанной трости (англ. Broken stick model)[1]. Набор нормированных собственных чисел (\lambda_i / \tr C, i=1,...,n) сравнивается с распределением длин обломков трости единичной длины, сломанной в n-1-й случайно выбранной точке (точки разлома выбираются независимо и равнораспределены по длине трости). Пусть L_i (i=1,...,n) - длины полученных кусков трости, занумерованные в порядке убывания длины: L_1 \geq L_2 \geq \ldots \geq L_n. Нетрудно найти математическое ожидание L_i:

l_i=\operatorname{E}(L_i)=\frac{1}{n}\sum_{j=i}^{n} \frac{1}{j}.

По правилу сломанной трости k-й собственный вектор (в порядке убывания собственных чисел \lambda_i) сохраняется в списке главных компонент, если

\frac{\lambda_1}{\tr C}>l_1 \& \frac{\lambda_2}{\tr C}>l_2 \& \ldots \& \frac{\lambda_k}{\tr C}>l_k.

На Рис. приведён пример для 5-мерного случая:

l_1=(1+1/2+1/3+1/4+1/5)/5; l_2=(1/2+1/3+1/4+1/5)/5; l_3=(1/3+1/4+1/5)/5; l_4=(1/4+1/5)/5; l_5=(1/5)/5.

Для примера выбрано

\frac{\lambda_1}{\tr C}=0.5; \frac{\lambda_2}{\tr C}=0.3; \frac{\lambda_3}{\tr C}=0.1; \frac{\lambda_4}{\tr C}=0.06; \frac{\lambda_5}{\tr C}=0.04.

По правилу сломанной трости в этом примере следует оставлять 2 главных компоненты:

\frac{\lambda_1}{\tr C}>l_1 \;; \; \frac{\lambda_2}{\tr C}>l_2 \;; \;\frac{\lambda_3}{\tr C}<l_3\;.

Нормировка

Нормировка после приведения к главным компонентам

После проецирования на первые  k главных компонент с \lambda_1 \ge \lambda_2 \ge ... \ge \lambda_k > 0 удобно произвести нормировку на единичную (выборочную) дисперсию по осям. Дисперсия вдоль  iй главной компоненты равна \lambda_i > 0 \; (1 \le i \le k), поэтому для нормировки надо разделить соответствующую координату на  \sqrt{ \lambda_i}. Это преобразование не является ортогональным и не сохраняет скалярного произведения. Ковариационная матрица проекции данных после нормировки становится единичной, проекции на любые два ортогональных направления становятся независимыми величинами, а любой ортонормированный базис становится базисом главных компонент (напомним, что нормировка меняет отношение ортогональности векторов). Отображение из пространства исходных данных на первые  k главных компонент вместе с нормировкой задается матрицей

K=\left \{\frac{a_1}{\sqrt{ \lambda_1}},\frac{a_2}{\sqrt{ \lambda_2}},...,\frac{a_k}{\sqrt{ \lambda_k}} \right \}^T.

Именно это преобразование чаще всего называется преобразованием Кархунена-Лоэва. Здесь  a_i — векторы-столбцы, а верхний индекс  T означает транспонирование.

Нормировка до вычисления главных компонент

Предупреждение: не следует путать нормировку, проводимую после преобразования к главным компонентам, с нормировкой и «обезразмериванием» при предобработке данных, проводимой до вычисления главных компонент. Предварительная нормировка нужна для обоснованного выбора метрики, в которой будет вычисляться наилучшая аппроксимация денных, или будут искаться направления наибольшего разброса (что эквивалентно). Например, если данные представляют собой трёхмерные векторы из «метров, литров и килограмм», то при использовании стандартного евклидового расстояния разница в 1 метр по первой координате будет вносить тот же вклад, что разница в 1 литр по второй, или в 1 кг по третьей. Обычно системы единиц, в которых представлены исходные данные, недостаточно точно отображают наши представления о естественных масштабах по осям, и проводится «обезразмеривание»: каждая координата делится на некоторый масштаб, определяемый данными, целями их обработки и процессами измерения и сбора данных.

Есть три cущественно различных стандартных подхода к такой нормировке: на единичную дисперсию по осям (масштабы по осям равны средним квадратичным уклонениям — после этого преобразования ковариационная матрица совпадает с матрицей коэффициентов корреляции), на равную точность измерения (масштаб по оси пропорционален точности измерения данной величины) и на равные требования в задаче (масштаб по оси определяется требуемой точностью прогноза данной величины или допустимым её искажением — уровнем толерантности). На выбор предобработки влияют содержательная постановка задачи, а также условия сбора данных (например, если коллекция данных принципиально не завершена и данные будут ещё поступать, то нерационально выбирать нормировку строго на единичную дисперсию, даже если это соответствует смыслу задачи, поскольку это предполагает перенормировку всех данных после получения новой порции; разумнее выбрать некоторый масштаб, грубо оценивающий стандартное отклонение, и далее его не менять).

Предварительная нормировка на единичную дисперсию по осям разрушается поворотом системы координат, если оси не являются главными компонентами, и нормировка при предобработке данных не заменяет нормировку после приведения к главным компонентам.

Механическая аналогия и метод главных компонент для взвешенных данных

Если сопоставить каждому вектору данных единичную массу, то эмпирическая ковариационная матрица  C совпадёт с тензором инерции этой системы точечных масс (делённым на полную массу  m), а задача о главных компонентых — с задачей приведения тензора инерции к главным осям. Можно использовать дополнительную свободу в выборе значений масс для учета важности точек данных или надежности их значений (важным данным или данным из более надежных источников приписываются бо́льшие массы). Если вектору данных  x_l придаётся масса  w_l, то вместо эмпирической ковариационной матрицы  C получим

C^w = [c^w_{ij}],\ c^w_{ij} = \frac{1}{\sum_{l} w_l} \sum_{l=1}^m w_l(x_{li}-\overline{X_{i}})(x_{lj}-\overline{X_{j}}).

Все дальнейшие операции по приведению к главным компонентам производятся так же, как и в основной версии метода: ищем ортонормированный собственный базис  C^w, упорядочиваем его по убыванию собственных значений, оцениваем средневзвешенную ошибку аппроксимации данных первыми  k компонентами (по суммам собственных чисел  C^w), нормируем и т. п.

Более общий способ взвешивания даёт максимизация взвешенной суммы попарных расстояний[1] между проекциями. Для каждых двух точек данных, x_l , \ x_q вводится вес d_{lq}; d_{lq}=d_{ql} и d_{l}=\sum_{q=1}^m d_{lq}. Вместо эмпирической ковариационной матрицы  C используется

C^d = [c^d_{ij}],\ c^d_{ij} =\sum_{l=1}^m d_l (x_{li}-\overline{X_{i}})(x_{lj}-\overline{X_{j}})  -\sum_{l \neq q, \ l,q=1}^m d_{lq}(x_{li} - \overline{X_{i}})(x_{qj}- \overline{X_{j}}).

При d_{lq}>0 симметричная матрица C^d положительно определена, поскольку положительна квадратичная форма:

\sum_{ij} c^d_{ij}a_i a_j = \frac{1}{2}\sum_{lq}d_{lq}\left(\sum_ia_i(x_{li}-x_{qi})\right)^2.

Далее ищем ортонормированный собственный базис  C^d, упорядочиваем его по убыванию собственных значений, оцениваем средневзвешенную ошибку аппроксимации данных первыми  k компонентами и т. д. — в точности так же, как и в основном алгоритме.

Этот способ применяется при наличии классов: для x_l , \ x_q из разных классов вес d_{lq} вес выбирается бо́льшим, чем для точек одного класса. В результате, в проекции на взвешенные главные компоненты различные классы «раздвигаются» на большее расстояние.

Другое применение — снижение влияния больших уклонений (оутлайеров, англ.Outlier), которые могут искажать картину из-за использования среднеквадратичного расстояния: если выбрать d_{lq}=1/ \| x_l -x_q \|, то влияние больших уклонений будет уменьшено. Таким образом, описанная модификация метода главных компонент является более робастной, чем классическая.

Устойчивость главных компонент

Анализ соответствий

Анализ соответствий (англ. Correspondence analysis)...

Специальная терминология

В статистике при использовании метода главных компонент используют несколько специальных терминов.

Матрица данных \mathbf{X}=\{x_1,... x_m\}^T; каждая строка — вектор предобработанных данных (центрированных и правильно нормированных), число строк — m (количество векторов данных), число столбцов — n (размерность пространства данных);

Матрица нагрузок (Loadings) \mathbf{P}=\{a_1,... a_k\}; каждый столбец — вектор главных компонент, число строк — n (размерность пространства данных), число столбцов — k (количество векторов главных компонент, выбранных для проецирования);

Матрица счетов (Scores) \mathbf{T}=[t_{ij}]; \; t_{ij}=(x_i,a_j); каждая строка — проекция вектора данных на k главных компонент; число строк — m (количество векторов данных), число столбцов — k (количество векторов главных компонент, выбранных для проецирования);

Матрица Z-счетов (Z-scores) \mathbf{Z}=[z_{ij}]; \; z_{ij}=\frac{(x_i,a_j)}{\sqrt{ \lambda_j}}; каждая строка — проекция вектора данных на k главных компонент, нормированная на единичную выборочную дисперсию; число строк — m (количество векторов данных), число столбцов — k (количество векторов главных компонент, выбранных для проецирования);

Матрица ошибок (или остатков) (Errors or residuals) \mathbf{E}=\mathbf{X}-\mathbf{T}\mathbf{P}^T.

Основная формула: \mathbf{X}=\mathbf{T}\mathbf{P}^T+\mathbf{E}.

Пределы применимости и ограничения эффективности метода

Построение ветвящихся главных компонент методом топологических грамматик. Крестики — точки данных, красное дерево с желтыми узлами — аппроксимирующий дендрит.
Построение ветвящихся главных компонент методом топологических грамматик. Крестики — точки данных, красное дерево с желтыми узлами — аппроксимирующий дендрит[1].

Метод главных компонент применим всегда. Распространённое утверждение о том, что он применим только к нормально распределённым данным (или для распределений, близких к нормальным) неверно: в исходной формулировке К. Пирсона ставится задача об аппроксимации конечного множества данных и отсутствует даже гипотеза о их статистическом порождении, не говоря уж о распределении.

Однако метод не всегда эффективно снижает размерность при заданных ограничениях на точность  \delta_k. Прямые и плоскости не всегда обеспечивают хорошую аппроксимацию. Например, данные могут с хорошей точностью следовать какой-нибудь кривой, а эта кривая может быть сложно расположена в пространстве данных. В этом случае метод главных компонент для приемлемой точности потребует нескольких компонент (вместо одной), или вообще не даст снижения размерности при приемлемой точности. Для работы с такими «кривыми» главными компонентами изобретен метод главных многообразий[1] и различные версии нелинейного метода главных компонент[1][1]. Больше неприятностей могут доставить данные сложной топологии. Для их аппроксимации также изобретены различные методы, например самоорганизующиеся карты Кохонена, нейронный газ[1] или топологические грамматики[1]. Если данные статистически порождены с распределением, сильно отличающимся от нормального, то для аппроксимации распределения полезно перейти от главных компонент к независимым компонентам[1], которые уже не ортогональны в исходном скалярном произведении. Наконец, для изотропного распределения (даже нормального) вместо эллипсоида рассеяния получаем шар, и уменьшить размерность методами аппроксимации невозможно.

Примеры использования

Метод главных компонент — наиболее популярный метод сокращения размерности во многих приложениях, в том числе в следующих областях:

  • Визуализация данных;
  • Компрессия изображений и видео;
  • Подавление шума на изображениях;
  • Индексация видео;
  • Биоинформатика;
  • Хемометрика;
  • Психодиагностика;
  • Общественные науки (включая политологию);
  • Сокращение размерности динамических моделей (в том числе — в вычислительной гидродинамике).

Литература

Классические работы

  • Pearson K., On lines and planes of closest fit to systems of points in space, Philosophical Magazine, (1901) 2, 559—572; а также на сайте PCA.
  • Sylvester J.J., On the reduction of a bilinear quantic of the nth order to the form of a sum of n products by a double orthogonal substitution, Messenger of Mathematics, 19 (1889), 42—46; а также на сайте PCA.
  • Frećhet M. Les élements aléatoires de nature quelconque dans un espace distancié. Ann. Inst. H. Poincaré, 10 (1948), 215—310.

Основные руководства (стандарт де-факто)

  • Айвазян С. А., Бухштабер В. М., Енюков И. С., Мешалкин Л. Д. Прикладная статистика. Классификация и снижение размерности.— М.: Финансы и статистика, 1989.— 607 с.
  • Рао С. Р., Линейные статистические методы и их применения.— М.: Наука (Физматлит), 1968.— 548 с.
  • Jolliffe I.T. Principal Component Analysis, Series: Springer Series in Statistics, 2nd ed., Springer, NY, 2002, XXIX, 487 p. 28 illus. ISBN 978-0-387-95442-4

Сборник современных обзоров

Ссылки

Учебное програмное обеспечение

Java-апплет «Метод главных компонент и самоорганизующиеся карты» (E.M. Mirkes, Principal Component Analysis and Self-Organizing Maps: applet. University of Leicester, 2011). Свободно распространяемая программа с моделями метода главных компонент, самоорганизуюшихся карт (SOM) и растущих самоорганизующихся карт (Growing Self-Organized Maps, GSOM). Дано описание алгоритмов (англ.), приведены тьюториалы и некоторые публикации. Используется для выполнения небольших студенческих исследовательских работ по сравнению различных алгоритмов аппроксимации данных.

Примечания


Незарегистрированные пользователи не видят примечаний и основных литературных ссылок (дефект системы). Зарегистрироваться безопасно и просто.

Личные инструменты