Участник:Strijov/Drafts3en

Материал из MachineLearning.

Перейти к: навигация, поиск

Содержание

2021

Автор Тема научной работы Ссылки Консультант Буквы Рецензент
Гребенькова Ольга (пример) Вариационная оптимизация моделей глубокого обучения с контролем сложности модели LinkReview

GitHub Paper Slides Video

Олег Бахтеев AILP+UXBR+HCV+TEDWSS Шокоров Вячеслав

Review

Пилькевич Антон Existence conditions for hidden feedback loops in recommender systems GitHub

LinkReview Paper Slides Video

Хританков Антон AILB*P-X+R-B-H1CVO*T-EM*H1WJSF Горпинич Мария

Review

Курдюкова Антонина Определение фазы и разладки движения человека по сигналам носимых устройств LinkReview

GitHub Paper Slides Video

Георгий Кормаков AILB*PXBRH1CVO*TEM*WJSF Пилькевич Антон

Review

Яковлев Константин Дифференцируемый алгоритм поиска архитектуры модели с контролем её сложности LinkReview

GitHub Paper Slides Video

Гребенькова Ольга AILB*PXBRH1CVO*TEM*WJSF Пырэу Виталий

Review

Горпинич Мария Регуляризация траектории оптимизации параметров модели глубокого обучения на основе дистилляции знаний LinkReview

GitHub Paper Slides Video

Олег Бахтеев AILB*P+XBRC+VH1O*TEM*WJSF Кулаков Ярослав

Review

Толмачев Александр Анализ метода отбора признаков QPFS для обобщенно-линейных моделей LinkReview

GitHub Paper Slides Video

Адуенко Александр AILB*PXB-R-H1CVO*TEM*WJSF Курдюкова Антонина

Review

Кулаков Ярослав BCI: Выбор согласованных моделей для построения нейроинтерфейса LinkReview

GitHub Paper Slides Video

Исаченко Роман AILB*PXBRH1CVO*TEM*WJ0SF Зверев Егор

Review

Пырэу Виталий Экспериментальное сравнение нескольких задач оперативного планирования биохимического производства. LinkReview

GitHub Paper Slides Video

Тренин Сергей Алексеевич AILB*PXBRH1CVO*TEM*WJSF Яковлев Константин

Review

Баженов Андрей Поиск границ радужки методом круговых проекций LinkReview

GitHub Paper Slides Video

Матвеев Иван Алексеевич AILB*PXB0RH1CVO*TEM*WJ0SF
Зверев Егор Learning co-evolution information with natural language processing for protein folding problem LinkReview

GitHub Paper Slides Video

Сергей Грудинин, Илья Игашов AILB*PXBRH1CVO*TEM*WJSF Толмачев Александр

Review

Горчаков Вячеслав Importance Sampling for Chance Constrained Optimization LinkReview

Github Paper Video

Юрий Максимов AILB*PX0B0R0H1C0V0O*0T0E0M*0W0JS0F Баженов Андрей

Review

Линдеманн Никита Обучение с экспертом для выборки со многими доменами LinkReview

Github Paper Slides

Андрей Грабовой AILPXBRH1C0V0O*TE0M*0W0J0SF0

Задача 74

  • Название: Existence conditions for hidden feedback loops in recommender systems
  • Описание проблемы: В рекомендательных системах известен эффект искусственного непреднамеренного ограничения выбора пользователя вследствие адаптации модели к его предпочтениям (echo chamber/filter bubble). Эффект является частным случаем петель скрытой обратной связи (hidden feedback loop). (см. - Analysis H.F.L.). Выражается в том, что путем рекомендации одних и тех же интересных пользователю объектов, алгоритм максимизирует качество своей работы. Проблема в а) недостаточном разнообразии б) насыщении / изменчивости интересов пользователя.
  • Задача: Понятно, что алгоритм не знает интересов пользователя и пользователь не всегда честен в выборе. При каких условиях, каких свойствах алгоритма обучения и нечестности (отклонении выбора пользователя от его интересов) будет наблюдаться указанный эффект? Уточнение. Рекомендательный алгоритм выдает пользователю объекты a_t на выбор. Пользователь выбирает один из них c_t из Бернулли от модели интереса mu(a_t) . На основе выбора пользователя алгоритм изменяет свое внутреннее состояние w_t и выдает следующий набор объектов пользователю. На бесконечном горизонте нужно максимизировать суммарное вознаграждение sum c_t. Найти условия существования неограниченного роста интереса пользователя к предлагаемым объектам в рекомендательной системе с алгоритмом Thomson Sampling (TS) MAB в условиях зашумленности выбора пользователя c_t. Без шума известно, что всегда неограниченный рост (в модели) [1].
  • Данные: создаются в рамках эксперимента (имитационная модель) по аналогии со статьей [1], внешние данные не требуются.
  • Литература
    1. Jiang, R., Chiappa, S., Lattimore, T., György, A. and Kohli, P., 2019, January. Degenerate feedback loops in recommender systems. In Proceedings of the 2019 AAAI/ACM Conference on AI, Ethics, and Society (pp. 383-390).
    2. Khritankov, A. (2021). Hidden Feedback Loops in Machine Learning Systems: A Simulation Model and Preliminary Results. In International Conference on Software Quality (pp. 54-65). Springer, Cham.
    3. Khritankov A. (2021). Hidden feedback loop experiment demo. https://github.com/prog-autom/hidden-demo
  • Базовый алгоритм: Исходная математическая модель исследуемого явления описана в статье [1]. Метод экспериментального исследования - в статье [2]. Базовый исходный код доступен в [3]
  • Решение: Нужно вывести условия существования положительной обратной связи для алгоритма Thomson Sampling Multi-armed Bandit исходя из известных теоретических свойств этого алгоритма. Затем проверить их выполнение в имитационной модели. Для проверки выполняется серия экспериментов с исследованием диапазонов параметров и оценкой ошибки (variance) моделирования. Результаты сопоставляются с построенной ранее математической моделью эффекта. Есть реализация системы проведения эксперимента, которую можно доработать для данной задачи.
  • Новизна: Исследуемый эффект положительной обратной связи наблюдается в реальных и модельных системах и описан во многих публикациях как нежелательное явление. Есть его модель для ограниченного случая отсутствия шума в действиях пользователя, что не реализуется на практике. В предлагаемых условиях задача ранее не ставилась и не решалась для рекомендательных систем. Для задачи регрессии решение известно.
  • Авторы: Эксперт, консультант - Антон Хританков

Задача 77

  • Название: Определение фазы и разладки движения человека по сигналам носимых устройств
  • Задача: Исследуется широкий класс периодических движений человека или животного. Требуется найти начало и конец движения. Требуется понять, когда заканчивается один тип движения и начинается другой. Для этого решается задача сегментации временных рядов. Строится фазовая траектория одного движения и отыскивается его фактическая размерность. Цель работы в том, что надо описать способ нахождения минимальной размерности фазового пространства. По повторению фазовой сегментировать периодические действия человека. Надо также предложить метод извлечения нулевой фазы в данном пространстве для конкретного действия. Бонус: найти разладку фазовой траектории и указать на смену типа движения. Бонус 2: сделать это для различных положений телефона, предложив модели инвариантных преобразований.
  • Данные: 
Данные состоят из считанных с трехосевого акселерометра временных рядов с явно выделенным периодичным классом (ходьба, бег, шаги вверх и вниз по лестнице и т.п.). Возможно получение собственных данных с мобильного устройства, либо получение модельных данных из датасета UCI HAR
  • Литература:
    1. A. P. Motrenko, V. V. Strijov. Extracting fundamental periods to segment biomedical signals // Journal of Biomedical and Health Informatics, 2015, 20(6).P. 1466–1476
1.(Сегментация временных рядов с периодическими действиями: решалась задача сегментации с использованием фазового пространства фиксированной размерности.) PDFURL
    2. A.D. Ignatov, V. V. Strijov. Human activity recognition using quasi-periodic time series collected from a single triaxial accelerometer. // Multimedia Tools and Applications, 2015, P. 1–14.
( Классификация человеческой активности с помощью сегментации временных рядов
: исследовались классификаторы над получаемыми сегментами.) PDFURL
    3. Grabovoy, A.V., Strijov, V.V. Quasi-Periodic Time Series Clustering for Human Activity Recognition. Lobachevskii J Math 41, 333–339 (2020). (Сегментация временных рядов на квазипериодические сегменты
: исследовались методы сегментации с использованием анализа главных компонент и перехода в фазовое пространство.) Text Slides DOI
  • Базовой алгоритм: 
Базовый алгоритм описан в 1 и 3 работах, код тут, код работы 3 у автора.
  • Решение: 
Предлагается рассмотреть различные алгоритмы понижения размерности и сравнить различные пространства, в которых строится фазовая траектория. Разработать алгоритм поиска минимальной размерности фазового пространства, в котором фазовая траектория не имеет самопересечений с точностью до стандартного отклонения восстановленной траектории.
  • Новизна: 
В статье Мотренко размерность пространства равна двум. Этот недочет надо обязательно исправить. Фазовая траетория не должна самопересекаться. А если мы сможем отличить один тип движения от другого внутри одного периода (перешли с бега на шаг и в течение полутора шагов это поняли) - вообще будет замечательно.
  • Авторы: 
Консультанты: Кормаков Г.В., Тихонов Д.М., эксперт Стрижов В.В.

Задача 78

  • Название: Importance Sampling for Scenario Approximation of Chance Constrained Optimization
  • Задача: Задачи оптимизации с вероятностными ограничениями часто встречаются в инженерной практике. Например, задача минимизации генерации энергии в энергетических сетях, со (случайным образом флуктуирующими) возобновляемыми источниками энергии. При этом необходимо выполнение ограничений безопасности: напряжения у генераторов и потребителей, а также токи на линиях должны быть меньше определенных порогов. Вместе с тем, даже в самых простых ситуациях задача не может быть разрешена точно. Самый известный подход, это методы chance constrained optimization, которые часто дают неплохое приближение. Альтернативный подход – семплирование режимов работы сети и решения задачи на наборе данных задачи классификации: отделение плохих режимов от хороших с заданной ошибкой второго рода. Вместе с тем, для достаточно точного решения, требуются очень большой объем данных, что часто делает задачу численно не эффективной. Мы предлагаем использовать “семплирование по важности” (importance sampling) для уменьшения числа сценариев. Семплирование по важности состоит из подмены выборки из номинального решения, которое часто не несет информации так как все плохие события очень редки, на синтетическое распределение, которое семплирует выборку в окрестности плохих событий.            
  • Формальная постановка: найти минимум выпуклой функции (цены) при вероятностных ограничениях (вероятность превысить определенный порог для системы линейных/квадратичных функций мала) и численно показать эффективность применения семплирования в этой задаче.
  • Данные: Данные доступны в пакетах pypower и matpower в виде csv файлов.
  • Литература: Основу предлагаемых алгоритмов составляют 3 статьи:
    1. Owen, Maximov, Chertkov. Importance Sampling for the Union of Rare Events with Applications to Power Systems LINK
    2. A. Nemirovski. On safe tractable approximations of chance constraints [1]
    3. S. Tong, A. Subramanyam, and Vi. Rao. Optimization under rare chance constraints. LINK
    4. Кроме того у авторов задачи есть черновик статьи, в который нужно добавить численную часть.
  • Базовой алгоритм: Список базовых алгоритмов представлен в этой лекции [2]
  • Решение: в численных экспериментах нужно сравнить требования по размеру выборки для стандартных методов (scenario approximation) и с использованием семплирования по важности для получения сравнимого по качеству решение (и обратная задача, имея равные длины выборки сравнить качество решения)           
  • Новизна: задача давно известна в коммьюнити и scenario approximation один из основных методов. Вместе с тем importance sampling помогает существенно снизить число сценариев. Мы недавно получили ряд интересных результатов, как вычислять оптимальные семплеры, с их использованием сложность задачи существенно снизится
  • Авторы: эксперт – Юрий Максимов, консультант – Юрий Максимов и Александр Лукашевич, студент.

Задача 79

  • Название: Improving Bayesian Inference in Physics Informed Machine Learning
  • Задача: Методы машинного обучения в настоящий момент широко применяются в физике, в частности при решении задач турбулентности или анализа устойчивости физических сетей. Вместе с тем ключевым вопросом является какие режимы выбирать для обучения моделей. Частый выбор – последовательности точек, равномерно покрывающие допустимое множество. Однако, часто такие последовательности мало информативны, особенно в случае, если аналитические методы дают область, где система гарантированно устойчива. В задаче предлагается несколько методов семплирования: позволяющих учесть эту информацию. Нашей целью является их сравнить и найти тот, который требует минимального размера выборки (эмпирическое сравнение).
  • Данные: Эксперимент предлагается провести на модельных и реальных данных. Модельный эксперимент состоит в анализе устойчивости (слегка нелинейных) дифференциальных уравнений (синтетические данные генерируются самостоятельно). Второй эксперимент состоит в анализе устойчивости энергетических систем (данные matpower, pypower, GridDyn).
  • Литература:
    1. Art Owen. Quasi Monte Carlo Sampling. LINK 
    2. Jian Cheng & Marek J. Druzdzel. Computational Investigation of Low-Discrepancy Sequences in Simulation Algorithms for Bayesian Networks [3]
    3. A. Owen, Y Maximov, M. Chertkov. Importance Sampling for the Union of Rare Events with Applications to Power Systems [4]
    4. Polson and Solokov. Deep Learning: A Bayesian Perspective [5]
    5. Кроме того: у авторов задачи есть черновик работы по этой теме
  • Базовой алгоритм: Базовый алгоритм, который мы улучшаем, это Quasi Monte Carlo (QMC, [6]). Задача построить последовательности с низким разбросом (low discrepancy sequence) не покрывающее полиэдральную область и область, данную пересечением квадратичных ограничений. Еще один алгоритм, с которым нам потребуется сравнение:

E. Gryazina, B. Polyak. Random Sampling: a Billiard Walk Algorithm LINK и с алгоритмами типа Hit and Run [7]

  • Решение: методы семплирования по важности, в частности расширение подхода (Boy, Ryi, 2014) и (Owen, Maximov, Chertkov, 2017) и их приложения к ML/DL для физических задач
  • Новизна: в существенном снижении сложности выборки и явном использовании имеющихся и аналитических результатов и лернинга для решения физических задач, до этого ML подходы и аналитические решения шли по большей части параллельными курсами
  • Авторы: эксперт Юрий Максимов, консультант Юрий Максимов и Александр Лукашевич, студент.

 

Задача 81

  • Название: NAS — Порождение и выбор архитектур нейронных сетей
  • Задача: Задача выбора оптимальной архитектуры нейросети ставится как задача семплирования вектора структурных параметров. Критерий оптимальности определяется в терминах точности, сложности и устойчивости модели. Сама процедура семплирования состоит из двух шагов: порождение новой структуры и отклонение этой структуры, если она не удовлетворяет критерию оптимальности. Предлагается исследовать различные способы семплирования. Постановка задачи выбора оптимальной структуры описана в работе Потанин-1
  • Данные: : В качестве данных предлагается два отдельных множества. Первое – состоит из одного элемента, это популярный датасет MNIST. Плюсы – является сильным и общепринятым бейзлайном, использовался как бенчмарк для статьи WANN, довольно большой (многоклассовая классификация). Второе множество – набор датасетов для задачи регрессии. Размер варьируется от совсем маленького до довольно большого. Вот ссылка на датасет и ноутбук для загрузки данных данные.
  • Литература:
    1. Потанин - 1
    2. Потанин - 2. Еще одна работа, текст передается заинтересованному студенту, но без публикации.
    3. Стрижов завлаб Функция ошибки
    4. Informtica
    5. WANN
    6. DARTS
    7. Symbols
    8. NEAT
  • Базовой алгоритм: Ближайшая по теме работа, и ее код реализации. Актуальный код от консультанта.
  • Решение: Сейчас уже выполнен ряд экспериментов, где семплирования производится генетическим алгоритмом. Получены приемлемые результаты. Предлагается их проанализировать и улучшить. А именно, выделить два модуля: порождение и отклонение и сравнить несколько видов семплирования. Базовый — Importance sampling, желанный — Metropolis-Hastings (или даже Metropolis-Langevin) sampling. Так как генетический алгоритм рассматривается нами как процесс со скачками, то предлагается учесть это при проектировании процедуры семплирования. Бонус MH в том, что он имеет байесовскую интерпретацию. Первый уровень байесовского вывода применительно к MH описан в работе [Informatica]. Требуется либо переписать его в терминах распределения структурных параметров, либо вообще расписать оба уровня, вынеся структурные параметры во второй уровень (кстати, примерно то же будет в задаче Адуенко).
  • Новизна: Нейронные сети отлично справляются с задачами компьютерного зрения, обучения с подкреплением и обработки естественного языка. Одна из главных целей нейросетей -хорошо выполнять задачи, которые в настоящее время решаются исключительно человеком, то есть природными нейронными сетями людей. Искусственные нейросети по-прежнему работают совсем не так, как естественные нейронные сети. Одно из основных различий заключается в том, что естественные нейронные сети со временем развиваются, меняя силу связей и свою архитектуру. Искусственные нейронные сети могут регулировать силу соединений с помощью весов, но не могут изменять свою архитектуру. Поэтому задача выбора оптимальных структур нейросетей под конкретные задачи представляется важным шагом в развитии способностей нейросетевых моделей.
  • Авторы: консультант Марк Потанин, эксперт Вадим Стрижов.

Задача 82

  • Название: Обучение с экспертом для выборки со многими доменами.
  • Задача: Рассматривается задача аппроксимации multi-domain выборки единой мультимоделью — смесью экспертов. В качестве данных предполагается использовать выборку, которая содержит в себе несколько доменов. Метка домена для каждого объекта отсутствует. Каждый домен аппроксимируется локальной моделью. В работе рассматривается двухэтапная задача оптимизации на основе ЕМ-алгоритма.
  • Данные: В качестве данных используются выборки отзывов сайта Amazon для разных типов товара. В качестве локальной модели предполагается использовать линейную модель, а в качестве признакового описания отзывов использовать tf-idf вектора внутри каждого домена.
  • Литература:
    1. https://arxiv.org/pdf/1806.00258.pdf
    2. http://www.mysmu.edu/faculty/jingjiang/papers/da_survey.pdf
    3. https://dl.acm.org/doi/pdf/10.1145/3400066
  • Базовый алгоритм и решение: Базовое решение представлено тут. В работе используется метод смеси экспертов для задачи Multi-Soruce domain adaptation задачи. Код к статье доступен по ссылке.
  • Новизна: На текущий момент в машинном обучении появляется все больше задач связанных с данными, которые взяты с разных источников. В данном случае появляются выборки, которые состоят из большого количества доменов. На текущий момент не существует полного теоретического обоснования построения смесей локальных моделей для аппроксимации такого рода выборок.
  • Авторы: Грабовой А.В., Стрижов В.В.

Задача 17

  • Название: BCI: Выбор согласованных моделей для построения нейроинтерфейса
  • Задача: При построении систем нейрокомпьютерного интерфейса (brain-computer interface) используются простые, устойчивые модели. Важным этапом построения интерфейса является такой модели является адекватный выбор модели. Рассматривается широкий набора моделей: линейные, простые нейросети, рекуррентные сети, трансформеры. Особенность задачи в том, что при прогнозе требуется моделировать не только исходный сигнал, снимаемый с коры головного мозга, но и целевой, снимаемый с конечностей. Таким образом, требуется построить две модели. Чтобы они работали вместе, строится пространство согласований. Предлагается исследовать свойства этого пространства и свойства получаемого прогноза (нейроинтерфейса) на различных парах моделей.
  • Данные: Наборы данных сигналов мозга ECoG/EEG.
    1. Нужен ECoG (25 набор данных содержит записи ЭЭГ, ЭОГ и движения руки) http://bnci-horizon-2020.eu/database/data-sets
    2. neyrotycho — наши старые данные.
  • Литература:
    1. Яушев Ф.Ю., Исаченко Р.В., Стрижов В.В. Модели согласования скрытого пространства в задаче прогнозирования // Системы и средства информатики, 2021, 31(1). PDF
    2. Исаченко Р.В. Выбор модели декодирования сигналов в пространствах высокой размерности. Рукопись, 2021. PDF
    3. Исаченко Р.В. Выбор модели декодирования сигналов в пространствах высокой размерности. Слайды, 2020. [8]
    4. Isachenko R.V., Vladimirova M.R., Strijov V.V. Dimensionality reduction for time series decoding and forecasting problems // DEStech Transactions on Computer Science and Engineering, 2018, 27349 : 286-296. PDF
    5. Isachenko R.V., Strijov V.V. Quadratic Programming Optimization with Feature Selection for Non-linear Models // Lobachevskii Journal of Mathematics, 2018, 39(9) : 1179-1187. PDF
    6. Motrenko A.P., Strijov V.V. Multi-way feature selection for ECoG-based brain-computer interface // Expert Systems with Applications, 2018, 114(30) : 402-413. PDF
    7. Eliseyev A., Aksenova T. Stable and artifact-resistant decoding of 3D hand trajectories from ECoG signals using the generalized additive model //Journal of neural engineering. – 2014.
  • Базовый алгоритм: Описан в первой работе. Код имеется. В той работе данные — две части изображения. В нашей работе сигнал головного мозга и движение рук. Сверхзадача: довести до ума первую работу. Также код и работы тут.
  • Решение: Рассматривается случай, когда исходные данные гетерогенны: пространства независимой и целевой переменных имеют разную природу. Требуется построить предсказательную модель, которая бы учитывала зависимость в исходном пространстве независимой переменной, а также в пространстве целевой переменной. Предлагается исследовать точность, сложность и устойчивость пар разнообразных моделей. Так как при построении прогноза решается обратная задача, требуется построить обратные преобразования для каждой модели. Для этого можно использовать как базовые приемы (PLS), так и потоки.
  • Новизна: Анализ прогноза и латентного пространства, получаемых парой гетерогенных моделей.
  • Авторы: консультант Роман Исаченко, эксперт Вадим Стрижов

Задача 69

  • «Название»: Graph Neural Network in Reaction Yield prediction
  • «Задача»: There are disconnected graphs of source molecules and products in a chemical reaction. The yield of the main product in the reaction is known. It is required to design an algorithm that predicts yield by solving the regression task on given disconnected graphs.
  • «Данные»: Database of reaction from US patents [9]
  • Литература:
    • [10] A general overview.
    • [11] Relational Graph Convolution Neural Network
    • [12] Transformer architecture
    • [13] Graph neural network learning for chemical compounds synthesis
  • «Базовый алгоритм»: Transformer model. The input sequence is a SMILES representation of the source and product molecules.
  • «Решение»: A pipeline for working with disconnected graphs is proposed. The pipeline includes the construction of extended graph with molecule and reaction representation, Relational Graph Convolution Neural Network, Encoder of Transformer. The method is applied to solve yield predictions.
  • «Новизна» A solution for regression problem on the given disconnected graph is constructed; the approach demonstrates better performance compared with other solutions
  • «Авторы»: Nikitin Filipp, Isayev Olexandr, Vadim Strijov

Задача 84

  • Название: Регуляризация траектории оптимизации параметров модели глубокого обучения на основе дистилляции знаний
  • Задача: Рассматривается задача оптимизации параметров модели глубокого обучения. Рассматривается случай, когда при оптимизации доступны ответы более сложной модели (модели-учителя). Классическим подходом к решению такой задачи является обучение с учетом ответов сложной модели (дистилляция знаний). Назначение гиперпараметров производится эмпирически на основе результатов работы модели на отложенной выборке. В данной работе предлагается рассмотреть модификацию подхода к дистилляции знаний, в котором гиперпараметрами выступает коэффициент значимости дистиллирующего слагаемого, а также его градиенты. Обе эти группы параметров позволяют скорректировать оптимизацию параметров модели. Для оптимизации гиперпараметров предлагается рассматривать задачу оптимизации как двухуровневую задачу оптимизации, где на первом уровне оптимизации решается задача оптимизации параметров модели, а на втором --- приближенно решается задача оптимизации гиперпараметров по значению функции потерь на отложенной выборке.
  • Данные: выборка изображений CIFAR-10
  • Литература:
    1. Дистилляция знаний
    2. Оптимизация гиперпараметров в двухуровенвой задаче: жадный метод
    3. Оптимизация гиперпараметров в двухуровенвой задаче: сравнение подходов
    4. Метаоптимизация: нейросеть вместо оператора оптимизации
  • Базовый алгоритм: оптимизация модели без дистилляции и со стандартным подходом к дистилляции
  • Решение: Использование двухуровневой задачи для оптимизации модели. Комбинация градиентов для обоих слагаемых обрабатывается отдельной моделью (LSTM)
  • Новизна: Будет предложен новый подход к дистилляции модели, позволяющий значительно улучшить эксплуатационные характеристики моделей, обучающихся в режиме использования привилегированной информации. Также планируется изучить динамику изменения гиперпараметров в процессе оптимизации.
  • Авторы: Олег Бахтеев, Вадим Стрижов

Задача 85

  • Название: Дифференцируемый алгоритм поиска архитектуры модели с контролем её сложности
  • Задача: рассматривается задача выбора структуры модели глубокого обучения с заранее заданной сложностью. Требуется предложить метод поиска модели, позволяющий контролировать её сложность с небольшими вычислительными затратами.
  • Данные: MNIST, CIFAR
  • Литература:
    1. Гребенькова О.С., Бахтеев О., Стрижов В.В. Вариационная оптимизация модели глубокого обучения с контролем сложности // Информатика и ее применения, 2021, 15(2). PDF
    2. DARTS
    3. гиперсети
  • Базовый алгоритм: DARTS
  • Решение: Предлагаемый метод заключается в использовании дифференцируемого алгоритма поиска архитектуры нейросети(DARTS) с контролем сложности параметров при помощи гиперсети.
  • Новизна: предложенный метод позволяет контролировать сложность модели, в процессе поиска архитектуры без дополнительных эвристик.
  • Авторы: О.Ю. Бахтеев, O. C. Гребенькова

Задача 86

  • Название: Learning co-evolution information with natural language processing for protein folding problem
  • Задача: One of the most essential problems in structural bioinformatics is protein fold recognition since the relationship between the protein amino acid sequence and its tertiary structure is revealed by protein folding. A specific protein fold describes the distinctive arrangement of secondary structure elements in the nearly-infinite conformation space, which denotes the structural characteristics of a protein molecule.
  • Полное описание: request
  • Авторы: Сергей Грудинин, Мария Кадукова.

Задача 87

  • Название: Байесовский выбор структур обобщенно-линейных моделей
  • Задача: Работа посвящена тестированию методов выбора признаков. Предполагается, что исследуемая выборка содержит значительное число мультиколлинеарных признаков. Мультиколлинеарность — это сильная корреляционная связь между отбираемыми для анализа признаками, совместно воздействующими на целевой вектор, которая затрудняет оценивание регрессионных параметров и выявление зависимости между признаками и целевым вектором. Имеется набор временных рядов, содержащих показания различных датчиков, отражающих состояние устройства. Показания датчиков коррелируют между собой. Необходимо выбрать оптимальный набор признаков для решения задачи прогнозирования.
  • Актуальность: Опубликован один наиболее предпочтительных алгоритмов выбора признаков. Он использует структурные параметры. Но теоретического обоснования не имеет. Предлагается построить теорию, описав и проанализировав различные функции априорного распределения структурных параметров. В работах по поиску структур нейросетей также пока нет внятной теории и списка априорных предположений.
  • Данные: Многомерные временные ряды с показаниями различных датчиков из работы 4, для начала все выборки из статьи 1.
  • Литература: Ключевые слова: bootstrap aggreagation, метод Белсли, векторная авторегрессия.
    1. Katrutsa A.M., Strijov V.V. Comprehensive study of feature selection methods to solve multicollinearity problem according to evaluation criteria // Expert Systems with Applications, 2017, 76 : 1-11. PDF
    2. Katrutsa A.M., Strijov V.V. Stresstest procedure for feature selection algorithms // Chemometrics and Intelligent Laboratory Systems, 2015, 142 : 172-183.  PDF
    3. Стрижов В.В. Функция ошибки в задачах восстановления регрессии // Заводская лаборатория. Диагностика материалов, 2013, 79(5) : 65-73. PDF
    4. Зайцев А.А., Стрижов В.В., Токмакова А.А. Оценка гиперпараметров регрессионных моделей методом максимального правдоподобия // Информационные технологии, 2013, 2 : 11-15. PDF
    5. Kuznetsov M.P., Tokmakova A.A., Strijov V.V. Analytic and stochastic methods of structure parameter estimation // Informatica, 2016, 27(3) : 607-624. PDF
    6. Катруца А.М., Стрижов В.В. Проблема мультиколлинеарности при выборе признаков в регрессионных задачах // Информационные технологии, 2015, 1 : 8-18.  PDF
    7. Нейчев Р.Г., Катруца А.М., Стрижов В.В. Выбор оптимального набора признаков из мультикоррелирующего множества в задаче прогнозирования // Заводская лаборатория. Диагностика материалов, 2016, 82(3) : 68-74. PDF
  • Базовый алгоритм: Описан в работе 1: квадратичное программирование для выбора признаков QPFS. Код у Романа Исаченко.
  • Решение: Предлагается рассмотреть структурные параметры, используемые в QPFS на втором уровне байесовского вывода. Ввести информативные априорные распределения параметров и структурных параметров. Сравнить различные априорные предположения.
  • Новизна: Статистический анализ пространства структурных параметров и визуализация
  • Авторы: Александр Адуенко — консультант, Вадим Стрижов

Задача 88

  • Название: Поиск границ радужки методом круговых проекций
  • Задача: Дано монохромное растровое изображение глаза, см. примеры. Также известно приблизительное положение центра зрачка. Слово «приблизительное» означает то, вычисленный центр зрачка отстоит от истинного не более чем на половину его истинного радиуса. Необходимо определить приблизительные положения окружностей, аппроксимирующих зрачок и радужку. Алгоритм должен быть очень быстрым.
  • Данные: около 200 тыс. изображений глаз. Для каждого размечено положение истинных окружностей — в целях обучения и проверки создаваемого метода.
  • Базовой алгоритм: Для ускорения работы с изображением предлагается агрегирование данных при помощи круговых проекций яркости. Круговая проекция — функция, зависящая от радиуса, значение которой P(r) равно интегралу направленного градиента яркости изображения по окружности радиуса r (или по дуге окружности). Пример для одной дуги (правой четверти) и для четырёх дуг. Построив сколько-то круговых проекций, исходя из них, можно попытаться определить положение внутренней и внешней границ радужки (кольца) при помощи эвристик и/или нейросети. Интересно оценить возможности нейросети в данной задаче.
  • Литература: Matveev I.A. Detection of Iris in Image By Interrelated Maxima of Brightness Gradient Projections // Applied and Computational Mathematics. 2010. V.9. N.2. P.252-257 PDF
  • Автор: Матвеев И.А.

Задача 53

  • Название: Решение задачи оптимизации, сочетающей классификацию и регрессию, для оценки энергии связывания белка и маленьких молекул.
  • Задача: Целью задачи является решение задачи оптимизации с функциями потерь классификации и регрессии в применении к биологическим данным.
  • Данные: Около 12,000 комплексов белков с маленькими молекулами. Для классификации для каждого из них есть 1 правильное положение в пространстве и 18 сгенерированных неправильных, для регрессии каждому комплексу соответствует значение константы связывания (пропорциональна энергии). Основными дескрипторами являются гистограммы распределений расстояний между различными атомами.
  • Литература:
  • Базовой алгоритм: В задаче классификации мы использовали алгоритм, похожий на линейный SVM, связь которого с оценкой энергии, выходящей за рамки задачи классификации, описана в статье https://hal.inria.fr/hal-01591154/. Для MSE в качестве функции потерь регрессии уже есть сформулированная двойственная задача, с реализации которой можно начать.
  • Решение: Первым этапом будет решение задачи с MSE в функции потерь с использованием удобного для вас солвера. Основной трудностью может стать большая размерность данных, но они разрежены. Далее можно будет менять формулировку задачи.
  • Новизна: Многие модели, используемые для предсказания взаимодействий белков с лигандами, "переобучены" под какую-либо задачу. Например, модели, хорошо предсказывающие энергии связывания, могут плохо выбирать связывающуюся с белком молекулу из множества несвязывающихся, а модели, хорошо определяющие правильную геометрию комплекса, могут плохо предсказывать энергии. В данной задаче предлагается рассмотреть новый подход борьбы с таким переобучением, поскольку сочетание функций потерь классификации и регрессии видится нам очень естественной регуляризацией.
  • Авторы: Сергей Грудинин, Мария Кадукова.

Задача 75

  • Название: Выравнивание элементов изображений с помощью метрических моделей.
  • Задача: Задан набор символов. Каждый символ представлен одним файлом - изображением. Размер изображений в пикселях может отличаться. Известно, что все изображения принадлежат одному классу, например, лица, буквы, цветы или машины. (Более сложный вариант - одному классу, который мы исследуем и шумовым классам.) Известно, что каждое изображение может быть и помощью выравнивающей трансформации совмещено с другим с точностью до шума, либо до некоторого усредненного изображения. (Это изображение может как присутствовать, так и отсутствовать в выборке). Эта выравнивающая трансформация задается в базовом случае нейросетью, а в предлагаемом - параметрическим преобразованием из некоторого заданного класса (первое - частный случай второго). Выравненное изображение сравнивается с исходным с помощью функции расстояния. Если расстояние между двумя изображениями статистически значимо, делается вывод о принадлежности изображений одному классу. Требуется 1) предложить адекватную модель выравнивающей трансформации, которая берет в расчет предположения о характере изображения (например, только вращение и пропорциональное масштабирование), 2) предложить функцию расстояния, 3) преложить способ нахождения усредненного изображения.
  • Данные: Синтетические и реальные 1) картинки - лица и символы с трансформацией вращения и растяжения, 2) лица и автомобили с транфсормацией вращения 3D с проекцией в 2D. Синтетические изображения предлагается создавать вручную с помощью 1) фотографий листа бумаги, 2) фотографий поверхности рисунка на воздушном шарике.
  • Литература
    1. опорная работы - выравнивание картинок с помощью 2D DTW,
    2. опорная работа - выравнивание картинок с помощью нейросетей,
    3. работы по выравниванию DTW в 2D,
    4. работы по параметрическому выравниванию.
  • Базовой алгоритм: из работы 1.
  • Решение: В прилагаемом файле pdf.
  • Новизна: Вместо многомерного выравнивания изображений предлагается параметрическое выравнивание.
  • Авторы: Алексей Гончаров, Вадим Стрижов

Задача 80

  • Название: Обнаружение корреляций между активностью в социальных сетях и капитализацией компаний
  • Задача: в настоящее время существенное влияние на биржевые котировки акций, капитализацию компании и успех или неуспех IPO зависит от социальных факторов, таких как общественное мнение, выраженное в социальных сетях. Недавним ярким примером является изменение котировок компании GameStore, вызванное всплеском активности в Reddit. Нашей задачей на первом этапе является выявление котировок между акциями компаний разного сегмента и активностью в социальных сетях. То есть необходимо выявить корреляции между значительными изменениями в капитализации компании и предшествующими всплесками (положительными или отрицательными) ее обсуждения в социальных сетях. То есть необходимо найти минимум лосс функции при восстановлении зависимости в различных классах моделей (параметрика, нейронные сети и тп). Данная задача часть большого проекта по анализу анализу рынков и влияния социальных факторов на риски (в рамках команды из 5-7 профессоров), которая приведет к серии публикаций достаточной для защиты диссертации.
  • Данные: Задача имеет существенный инженерный контекст, данные – выгрузки из котировок на Московской бирже, а также данные NYT и reddit (кроулинг и парсинг делается стандартными инструментами). У студента, работающего над этой задачей, должны быть сильные инженерные навыки и желание заниматься как практикой машинного обучения, так и инженерными частями задачами.
  • Литература:
    1. Paul S. Adler and Seok-Woo Kwon. Social Capital: Prospects for a new Concept. [14]   
    2. Kim and Hastak. Social network analysis: Characteristics of online social networks after a disaster LINK
    3. Baumgartner, Jason, et al. "The pushshift reddit dataset." Proceedings of the International AAAI Conference on Web and Social Media. Vol. 14. 2020. [15]
  • Базовой алгоритм: Базовые алгоритмы это LSTM и Graph neural networks.
  • Решение: Начнем с применения LSTM, далее попробуем несколько его стандартных расширений
  • Новизна: В данной области достаточно много экономических, модельных решений, однако точность этих решений не всегда высока. Применение современных ML/DL моделей, как ожидается, существенно повысит качество решения.
  • Авторы: эксперт Юрий Максимов, консультант Юрий Максимов, студент.

Задача 88b

  • Название: Поиск зрачка на изображении глаза методом проекций яркости
  • Задача: Дано монохромное растровое изображение глаза, см. примеры. Необходимо определить приблизительные координаты центра зрачка. Слово «приблизительные» означает то, что вычисленный центр зрачка должен лежать внутри окружности с центром в истинном центре зрачка и половинного истинного радиуса. Алгоритм должен быть очень быстрым.
  • Данные: около 200 тыс. изображений глаз. При для каждого размечено положение истинной окружности — в целях обучения и проверки создаваемого метода.

Базовой алгоритм: Для ускорения работы с изображением предлагается агрегирование данных при помощи проекций яркости. Яркость изображения — функция двух дискретных аргументов. Её проекция на горизонтальную ось равна. Аналогично строятся проекции на оси с наклоном. Построив несколько проекций (две, четыре), исходя из них, можно попытаться определить положение зрачка (компактной тёмной области) при помощи эвристик и/или нейросети. Интересно оценить возможности нейросети в данной задаче.

  • Литература: Zhi-Hua Zhou, Xin Geng Projection functions for eye detection // Pattern Recognition. 2004. V.37ю N.5. P.1049-1056. PDF
  • Автор: Матвеев И.А.


Задача 88c

  • Название: Поиск века на изображении как параболического контура методом проекций.
  • Задача: Дано монохромное растровое изображение глаза, см. примеры. Необходимо найти контур верхнего века как параболу, то есть определить параметры.
  • Данные: около 200 тыс. изображений глаз. При некоторых (около 2500) экспертом-человеком размечено положение параболы, приближающей веко.
  • Базовой алгоритм: Первый шаг — предобработка изображения фильтром вертикального градиента с дальнейшей бинаризацией, ниже — типичный результат. На следующем шаге возможны различные варианты. Например, если известны коодрдинаты зрачка, можно задать область интереса (сверху) и в ней по выделенным точка построить параболу аппроксимацией методом наименьших квадратов. Пример результата дан ниже. Возможны более тонкие методы, например, поиск параболы преобразованием Хафа (см. в Википедии). Ещё один способ — использование проективных методов (преобразование Радона). Основная идея: задавшись коэффициентом , применить к изображению преобразование координат в результате которого все параболы вида formula переходят в прямые вида , далее задавшись коэффициентом , применить преобразование координат где , после чего наклонные прямые вида formula переходят в горизонтальные, которые легко определить, например, горизонтальным проецированием (суммированием значений в строках матрицы полученного изображения. Если коэффициенты угаданы правильно, перабола, представляющая веко, даст чёткий максимум в проекции. Перебирая formula (имеющие физический смысл) можно найти, те, что дают максимальное значение проекции, и считать что таким образом определена искомая парабола — веко.
  • Литература: Википедия, статьи «Преобразование Хафа», «Преобразование Радона».
  • Автор: Матвеев И.А.

Задача 62

  • Название: Построение метода динамического выравнивания многомерных временных рядов, устойчивого к локальным колебаниям сигнала.
  • Задача: В процессе работы с многомерными временными рядами распространена ситуация близкого расположения датчиков, соответствующих различным каналам измерений. В результате малые смещения сигнала в пространстве могут приводить к фиксации пика сигнала соседними датчиками, что ведет к значительным различиям измерений в смысле L2 расстояния.
    Таким образом, малые смещения сигнала приводят к появлению значительных флуктуаций показаний датчиков. Рассматривается задача построения функции расстояния между точками временных рядов, устойчивой к шуму, порожденному малыми пространственными смещениями сигнала. Необходимо рассмотреть задачу в приближении наличия карты расположения датчиков.
  • Данные:
    • Измерения активность мозга обезьян
    • Искусственно созданные данные (надо предложить несколько вариантов, например: движение сигнала в пространстве по часовой и против часовой стрелки)
  • Литература:
  • Базовый алгоритм: L2 расстояние между парой измерений.
  • Решение: использовать функцию расстояния DTW между двумя многомерными временными рядами. Выравниваются две оси времени, при этом внутри функционала DTW выбирается расстояние между i-м и j-м измерениями такое, что оно устойчиво к локальным “сдвигам” сигнала. Требуется предложить такой функционал. Базовое решение - L2, улучшенное решение - DTW между i-м и j-м измерениями (dtw внутри dtw).
    Можно предложить какую-либо модификацию, например расстояния между скрытыми слоями автоэнкодера для точек i и j.
  • Новизна: Предлагается способ выравнивания многомерных временных рядов, учитывающий малые колебания сигнала в пространстве.
  • Авторы: В.В. Стрижов - эксперт, Глеб Моргачев, Алексей Гончаров - консультанты.

Задача 58

  • «Название»: Преобразование алгоритма Gerchberg-Saxton с помощью байесовских нейросетей. (или Нейросетевой подход в задаче фазового поиска для изображений с европейского синхротрона)
  • «Задача»: Цель проекта - повысить качество разрешения изображений наноразмерных объектов, полученных в лабораториях Европейского фонда синхротронного излучения.
  • «Данные»: а данными обращаться к консультанту (3GB).

Литература:

  • «Базовый алгоритм»: Переход из прямого пространства в обратное пространство происходит с помощью преобразования Фурье. Преобразование Фурье - это линейное преобразование. Поэтому предлагается его аппроксимировать нейросетью. Например автокодировщик для моделирования прямого и обратного Фурье преобразования.
  • «Решение»: Преобразование алгоритма Gerchberg-Saxton c помощью байесовских нейросетей. Использование информации о физических ограничениях и экспертные знания.
  • «Новизна» Использование информации о физических ограничениях и экспертные знания при построении функции ошибки.
  • «Авторы»: эксперты Сергей Грудинин, Юрий Чушкин, В.В. Стрижов. консультант Марк Потанин

Задача 63

  • Название: Иерархическое выравнивание временных последовательностей.
  • Задача: Рассматривается задача выравнивания последовательностей сложных событий. Примером может служить сложносоставное поведение человека: при рассмотрении данных IMU-датчиков можно выдвинуть гипотезу: есть исходный сигнал, есть агрегаты “элементарных действий” и есть агрегаты “действий” человека. Каждый из указанных уровней абстракции можно выделить и оперировать именно им.
    Для того, чтобы проводить точное распознавание последовательности действий возможно применять метрические методы (например DTW, как способ, устойчивый к временным сдвигам). Для более точного качества выравнивания временной шкалы возможно проводить выравнивание на разных уровнях абстракций.
    Предлагается исследовать такой иерархический подход к выравниванию последовательностей, основанный на возможности применения алгоритмов выравнивания к объектам разной структуры, имея функцию расстояние на них.
  • Литература:
  • Базовый алгоритм: классический DTW.
  • Решение: Предлагается выполнять переход от одного уровня абстракции к другому путем применения сверточных и рекуррентных нейронных сетей. Тогда объектом на нижнем уровне абстракции служит исходный сигнал. На втором уровне - сигнал из скрытого слоя модели (построенной на объектах нижнего уровня), размерность которого много меньше, а верхнего слоя - сигнал из скрытого слоя модели (построенной на объектах среднего уровня).
    При этом DTW вычисляется отдельно между нижними, между средними и между верхними уровнями, но формирование объектов для расчета расстояния осуществляется с учетом выравнивающего пути между объектами предыдущего уровня.
    Данный метод рассматривается как способ повышения интерпретируемости процедуры выравнивания и точности классификации действия в связи с переходом к более высокоуровневым паттернам. Кроме того, ожидается существенное увеличение скорости работы.
  • Новизна: Предлагается идея выравнивания временных последовательностей одновременно на нескольких уровнях абстракции. Метод должен существенно улучшить интерпретируемость алгоритмов выравнивания и повысить скорость их работы.
  • Авторы: В.В. Стрижов - эксперт, Глеб Моргачев, Алексей Гончаров - консультанты.

Задача 57

  • «Название»:Аддитивная регуляризация и в задачах привилегированного обучения при решении задачи прогнозирования состояния океана
  • «Задача»: Есть выборка данных с океанских буйков, требуется прогнозировать состояние океана в разные моменты времени.
  • «Данные»: От буйков поступают данные о высоте волн, скорости ветра, направления ветра, периоде волны, давление на уровне моря, температура воздуха и температура поверхности моря с разрешением от 10 минут до 1 часа.
  • Литература:
  • «Базовый алгоритм»: Использование простой нейросети.
  • «Решение»:Добавление к базовому алгоритму(простая нейросеть) системы дифференциальных уравнений. Исследовать свойства пространства параметров учителя и ученика согласно привилегированному подходу.
  • «Новизна» Исследование пространства параметров учителя и ученика и их изменение. Возможно настроить отдельно модели учителя и ученика и проследить на изменением их параметров в процессе оптимизации - дисперсия, изменение качества ученика при добавлении информации учителя, сложность.
  • «Авторы»: В.В. Стрижов, Марк Потанин


Задача 52

  • Название: Предсказание качества моделей белков с помощью сферических сверток на трехмерных графах.
  • Задача: Целью данной работы является создание и исследование новой операции свертки на трехмерных графах в рамках решения задачи оценивания качества трехмерных моделей белков (задача регрессии на узлах графа).
  • Данные: Используются модели, сгенерированные участниками соревнований CASP (http://predictioncenter.org).
  • Литература:
    • [21] Подробно о задаче.
    • [22] Relational inductive biases, deep learning, and graph networks.
    • [23] Geometric deep learning: going beyond euclidean data.
  • Базовой алгоритм: В качестве базового алгоритма будем использовать нейросеть, основанную на методе свертки на графах, который в общем виде описывается в [24].
  • Решение: Наличие в белках пептидной цепи позволяет однозначно вводить локальные системы координат для всех узлов графа, что дает возможность создавать и применять сферические фильтры независимо от топологии графа.
  • Новизна: В общем случае графы являются нерегулярными структурами, а во многих задачах обучения на графах объекты выборки не имеют единой топологии. Поэтому существующие операции сверток на графах очень сильно упрощены, либо не обобщаются на разные топологии. В данной работе предлагается рассмотреть новый способ построения операции свертки на трехмерных графах, для которых возможно однозначно выбрать локальные системы координат, привязанные к каждому узлу.
  • Авторы: Сергей Грудинин, Илья Игашов.



Задача 44+

  • Название: Ранее прогнозирование достаточного объема выборки для обобщенно линейной модели.
  • Задача: Исследуется проблема планирования эксперимента. Решается задача оценивания достаточного объема выборки по данным. Предполагается, что выборка является простой. Она описывается адекватной моделью. Иначе, выборка порождается фиксированной вероятностной моделью из известного класса моделей. Объем выборки считается достаточным, если модель восстанавливается с достаточной достоверностью. Требуется, зная модель, оценить достаточный объем выборки на ранних этапах сбора данных.
  • Цель: на малой простой iid выборке спрогнозировать ошибку на пополняемой большой. Прогностическая модель гладкая монотонная в двух производных. Выбор модели полный перебор или генетика. Модель зависит от редуцированной (исследовать) матрицы ковариации параметров GLM.
  • Данные: Для вычислительного эксперимента предлагается использовать классические выборки из UCI репозитория. Ссылка на выборки https://github.com/ttgadaev/SampleSizeEstimation/tree/master/datasets
  • Литература:
    1. Обзор методов, мотивания и постановка задачи для оценки объема выборки
    2. http://svn.code.sf.net/p/mlalgorithms/code/PhDThesis/..
    3. Метод бутстреп. https://projecteuclid.org/download/pdf_1/euclid.aos/1..

Bishop, C. 2006. Pattern Recognition and Machine Learning. Berlin: Springer. 758 p.

  • Базовый алгоритм: Будем говорить, что объем выборки достаточный, если логарифм правдоподобия имеет малую дисперсию, на подборке размера m, посчитанную при помощи бутстрепа.

Пытаемся аппроксимировать зависимость среднего значения log-likelihood и его дисперсии от размера выборки.

  • Решение: Методы описанные в обзоре являются асимптотическими или же требуют заведомо большого размера выборки. Новый метод должен заключаться в том, чтобы прогнозировать объем на начальных этапах планирования эксперимента, то есть когда данных мало.
  • Авторы: Малиновский Г. (консультант), Стрижов В. В. (эксперт)


Задача 12

  • Название: Обучение машинного перевода без параллельных текстов.
  • Задача: Рассматривается задача построения модели перевода текста без использования параллельных текстов, т.е. пар одинаковых предложений на разных языках. Данная задача возникает при построении моделей перевода для низкоресурсных языков (т.е. языков, для которых данных в открытом доступе немного).
  • Данные: Выборка статей из Wikipedia на двух языках.
  • Литература:
    • [25] Unsupervised Machine Translation Using Monolingual Corpora Only
    • [26] Sequence to sequence.
    • [27] Autoencoding.
    • [28] Training with Monolingual Training Data.
  • Базовый алгоритм: Unsupervised Machine Translation Using Monolingual Corpora Only.
  • Решение: В качестве модели перевода предлагается рассмотреть кобминацию двух автокодировщиков, каждый из которых отвечает за представление предложений на одном из языков. Оптимизация моделей проводится таким образом, чтобы скрытые пространства автокодировщиков для разных языков совпадали. В качестве исходного представления предложений предлагается рассматривать их графовое описание, получаемое с использованием мультиязычных онтологий.
  • Новизна: Предложен способ построения модели перевода с учетом графовых описаний предложений.
  • Авторы: О.Ю. Бахтеев, В.В. Стрижов,


Задача 8

  • Название: Порождение признаков с помощью локально-аппроксимирующих моделей (Классификация видов деятельности человека по измерениям фитнес-браслетов).
  • Задача: Требуется проверить выполнимость гипотезы о простоте выборки для порожденных признаков. Признаки - оптимальные параметры аппроксимирующих моделей. При этом вся выборка не является простой и требует смеси моделей для ее аппроксимации. Исследовать информативность порожденных признаков - параметров аппроксимирующих моделей, обученных на сегментах исходного временного ряда. По измерениям акселерометра и гироскопа требуется определить вид деятельности рабочего. Предполагается, что временные ряды измерений содержат элементарные движения, которые образуют кластеры в пространстве описаний временных рядов. Характерная продолжительность движения – секунды. Временные ряды размечены метками вида деятельности: работа, отдых. Характерная продолжительность деятельности – минуты. Требуется по описанию временного ряда и кластера восстановить вид деятельности.
  • Данные: Временные ряды акселерометра WISDM (Временной ряд (библиотека примеров), раздел Accelerometry).
    • WISDM (Kwapisz, J.R., G.M. Weiss, and S.A. Moore. 2011. Activity recognition using cell phone accelerometers. ACM SigKDD Explorations Newsletter. 12(2):74–82.), USC-HAD или сложнее. Данные акселерометра (Human activity recognition using smart phone embedded sensors: A Linear Dynamical Systems method, W Wang, H Liu, L Yu, F Sun - Neural Networks (IJCNN), 2014)
  • Литература:
    • Motrenko A.P., Strijov V.V. Extracting fundamental periods to segment human motion time series // Journal of Biomedical and Health Informatics, 2016, Vol. 20, No. 6, 1466 - 1476. URL
    • Карасиков М.Е., Стрижов В.В. Классификация временных рядов в пространстве параметров порождающих моделей // Информатика и ее применения, 2016.URL
    • Кузнецов М.П., Ивкин Н.П. Алгоритм классификации временных рядов акселерометра по комбинированному признаковому описанию // Машинное обучение и анализ данных. 2015. T. 1, № 11. C. 1471 - 1483. URL
    • Исаченко Р.В., Стрижов В.В. Метрическое обучение в задачах многоклассовой классификации временных рядов // Информатика и ее применения, 2016, 10(2) : 48-57. URL
    • Задаянчук А.И., Попова М.С., Стрижов В.В. Выбор оптимальной модели классификации физической активности по измерениям акселерометра // Информационные технологии, 2016. URL
    • Ignatov A., Strijov V. Human activity recognition using quasiperiodic time series collected from a single triaxial accelerometer // Multimedia Tools and Applications, 2015, 17.05.2015 : 1-14. URL
  • Базовый алгоритм: Базовый алгоритм описан в работах [Карасиков, Стрижов: 2016] и [Кузнецов, Ивкин: 2014].
  • Решение: Требуется построить набор локально-аппроксимирующих моделей и выбрать наиболее адекватные. Найти оптимальный способ сегментации и оптимальное описание временного ряда. Построить метрическое пространство описаний элементарных движений.
  • Новизна: Создан стандарт построения локально-аппроксимирующих моделей. Соединение двух характеристических времен описания жизни человека, комбинированная постановка задачи.
  • Авторы: В.В. Стрижов (эксперт), Александра Гальцева, Данил Сайранов (консультанты)

2020

Автор Тема научной работы Ссылки Консультант Буквы Рецензент
Гребенькова Ольга Вариационная оптимизация моделей глубокого обучения с контролем сложности модели LinkReview

GitHub Paper Slides Video

Олег Бахтеев AILP+UXBR+HCV+TEDWS Шокоров Вячеслав

Review

Шокоров Вячеслав Распознавание текста на основе скелетного представления толстых линий и сверточных сетей LinkReview

GitHub Paper Slides Video

Денис Ожерелков AIL Гребенькова Ольга

Review

Филатов Андрей Прогнозирование намерений. Исследование свойств локальных моделей при пространственном декодировании сигналов головного мозга LinkReview

GitHub Paper Slides Video

Валерий Маркин AILPHUXBRCVTEDWS Христолюбов Максим

Review

Исламов Рустем Анализ свойств ансамбля локально аппроксимирующих моделей LinkReview

GitHub Paper Slides Video

Андрей Грабовой AILPHUXBRCVTEDWS Гунаев Руслан

Review

Жолобов Владимир Ранее прогнозирование достаточного объема выборки для обобщенно линейной модели. LinkReview

GitHub Paper Slides Video

Григорий Малиновский AILPHUXBRCVTEWSF Вайсер Кирилл

Review

Вайсер Кирилл Аддитивная регуляризация и ее метапараметры при выборе структуры сетей глубокого обучения LinkReview

GitHub Paper Slides Video

Марк Потанин AILP+HUX+BRCV+TEDWS Жолобов Владимир

Review

Бишук Антон Решение задачи оптимизации, сочетающей классификацию и регрессию, для оценки энергии связывания белка и маленьких молекул. LinkReview

GitHub Paper Slides Video

Мария Кадукова AILPHUXBRCVTEDH Филиппова Анастасия

[Антон, не та ссылка]

Филиппова Анастасия Step detection for IMU navigation via deep learning LinkReview

GitHub Paper Slides EnglishPaper Video

Тамаз Гадаев AIL0PUXBRCVSF Бишук Антон

Review

Савельев Николай Распределенная оптимизация в условиях Поляка-Лоясиевича LinkReview

GitHub Paper Slides Video

А. Н. Безносиков AILPHUXBRCVTEDWS Харь Александра

Review

Харь Александра Теоретическая обоснованность применения метрических методов классификации с использованием динамического выравнивания (DTW) к пространственно-временным объектам. LinkReview

GitHub Paper Slides Video

Глеб Моргачев, Алексей Гончаров AILPHUXBRCVTEDCWS Савельев Николай

Review

Христолюбов Максим Порождение признаков с помощью локально-аппроксимирующих моделей (Классификация видов деятельности человека по измерениям фитнес-браслетов) LinkReview

GitHub Paper Slides Video

Александра Гальцева, Данил Сайранов AILPH Филатов Андрей

Review

Мамонов Кирилл Нелинейное ранжирование результатов разведочного информационного поиска. LinkReview

GitHub Paper Slides Video

Максим Еремеев AILPHU+XBRC+V+TEDHWJSF
Павличенко Никита Предсказание качества моделей белков с помощью сферических сверток на трехмерных графах. LinkReview

GitHub Paper Slides Video

Сергей Грудинин, Илья Игашов AILPUXBRHCVTEDH
Содиков Махмуд, Скачков Даниель Agnostic neural networks Code

Paper Slides Video

Радослав Нейчев AILPHUXBRC+VTEDHWJSF Кулагин Петр

Review

Гунаев Руслан Graph Neural Network in Reaction Yield prediction LinkReview

Github Paper Slides Video

Филипп Никитин AILPUXBRHCVTEDHWSF Исламов Рустем

Review

Яушев Фарух Исследование способов согласования моделей с помощью снижения размерности пространства LinkReview

Github Paper Slides Video

Роман Исаченко AILPUXBRHCVTEDHWJS Жолобов Владимир

Review


Задача 58

  • «Название»: Преобразование алгоритма Gerchberg-Saxton с помощью байесовских нейросетей. (или Нейросетевой подход в задаче фазового поиска для изображений с европейского синхротрона)
  • «Задача»: Цель проекта - повысить качество разрешения изображений наноразмерных объектов, полученных в лабораториях Европейского фонда синхротронного излучения.
  • «Данные»: а данными обращаться к консультанту (3GB).

Литература:

  • «Базовый алгоритм»: Переход из прямого пространства в обратное пространство происходит с помощью преобразования Фурье. Преобразование Фурье - это линейное преобразование. Поэтому предлагается его аппроксимировать нейросетью. Например автокодировщик для моделирования прямого и обратного Фурье преобразования.
  • «Решение»: Преобразование алгоритма Gerchberg-Saxton c помощью байесовских нейросетей. Использование информации о физических ограничениях и экспертные знания.
  • «Новизна» Использование информации о физических ограничениях и экспертные знания при построении функции ошибки.
  • «Авторы»: эксперты Сергей Грудинин, Юрий Чушкин, В.В. Стрижов. консультант Марк Потанин

Задача 57

  • «Название»:Аддитивная регуляризация и в задачах привилегированного обучения при решении задачи прогнозирования состояния океана
  • «Задача»: Есть выборка данных с океанских буйков, требуется прогнозировать состояние океана в разные моменты времени.
  • «Данные»: От буйков поступают данные о высоте волн, скорости ветра, направления ветра, периоде волны, давление на уровне моря, температура воздуха и температура поверхности моря с разрешением от 10 минут до 1 часа.
  • Литература:
  • «Базовый алгоритм»: Использование простой нейросети.
  • «Решение»:Добавление к базовому алгоритму(простая нейросеть) системы дифференциальных уравнений. Исследовать свойства пространства параметров учителя и ученика согласно привилегированному подходу.
  • «Новизна» Исследование пространства параметров учителя и ученика и их изменение. Возможно настроить отдельно модели учителя и ученика и проследить на изменением их параметров в процессе оптимизации - дисперсия, изменение качества ученика при добавлении информации учителя, сложность.
  • «Авторы»: В.В. Стрижов, Марк Потанин

Задача 52

  • Название: Предсказание качества моделей белков с помощью сферических сверток на трехмерных графах.
  • Задача: Целью данной работы является создание и исследование новой операции свертки на трехмерных графах в рамках решения задачи оценивания качества трехмерных моделей белков (задача регрессии на узлах графа).
  • Данные: Используются модели, сгенерированные участниками соревнований CASP (http://predictioncenter.org).
  • Литература:
    • [34] Подробно о задаче.
    • [35] Relational inductive biases, deep learning, and graph networks.
    • [36] Geometric deep learning: going beyond euclidean data.
  • Базовой алгоритм: В качестве базового алгоритма будем использовать нейросеть, основанную на методе свертки на графах, который в общем виде описывается в [37].
  • Решение: Наличие в белках пептидной цепи позволяет однозначно вводить локальные системы координат для всех узлов графа, что дает возможность создавать и применять сферические фильтры независимо от топологии графа.
  • Новизна: В общем случае графы являются нерегулярными структурами, а во многих задачах обучения на графах объекты выборки не имеют единой топологии. Поэтому существующие операции сверток на графах очень сильно упрощены, либо не обобщаются на разные топологии. В данной работе предлагается рассмотреть новый способ построения операции свертки на трехмерных графах, для которых возможно однозначно выбрать локальные системы координат, привязанные к каждому узлу.
  • Авторы: Сергей Грудинин, Илья Игашов.

Задача 51

  • Название: Анализ свойств ансамбля локально аппроксимирующих моделей.
  • Задача: В данной работе рассматривается задача построения универсального аппроксиматора --- мультимодели, которая состоит из заданого конечного набора локальных моделей. Каждая локальная модель аппроксимирует связную область в пространстве объектов. Предполагается, что совокупность локальных модели покрывают все пространство объектов. В качестве агрегирующий функции рассматривается выпуклая комбинация локальных моделей. В качестве коэффициентов выпуклой комбинации рассматривается функция зависящая от объекта --- шлюзовой функции.
  • Требуется: построить алгоритм оптимизации параметров локальных моделей и параметров шлюзовой функции. Требуется предложить метрику в пространстве объектов, метрику в пространстве моделей.
  • Данные:
    1. Синтетически сгенерированные данные.
    2. Данные прогнозирования потребления энергии. В качестве локальных моделей перелагается использовать модели: рабочий день, выходной день. (EnergyConsumption, Turk Electricity Consumption GermanSpotPrice).
  • Литература:
    1. Обзор методов для оценки объема выборки
    2. лекции Воронцова по композициям
    3. лекции Воронцова по композициям
    4. Esen Y.S., Wilson J., Gader P.D. Twenty Years of Mixture of Experts. IEEE Transactions on Neural Networks and Learning Systems. 2012. Issues. 23. No 8. P. 1177-1193.
    5. Павлов К.В. Выбор многоуровневых моделей в задачах классификации, 2012
  • Базовый алгоритм: В качестве базового алгоритма предлагается использовать двух уровненную задачу оптимизации, где производится оптимизация локальных моделей на одной итерации и на следующей итерации производится оптимизация параметров шлюзовой функции.
  • Авторы: Грабовой А. В. (консультант), Стрижов В. В. (эксперт)


Задача 53

  • Название: Решение задачи оптимизации, сочетающей классификацию и регрессию, для оценки энергии связывания белка и маленьких молекул.
  • Задача: Целью задачи является решение задачи оптимизации с функциями потерь классификации и регрессии в применении к биологическим данным.
  • Данные: Около 12,000 комплексов белков с маленькими молекулами. Для классификации для каждого из них есть 1 правильное положение в пространстве и 18 сгенерированных неправильных, для регрессии каждому комплексу соответствует значение константы связывания (пропорциональна энергии). Основными дескрипторами являются гистограммы распределений расстояний между различными атомами.
  • Литература:
  • Базовой алгоритм: В задаче классификации мы использовали алгоритм, похожий на линейный SVM, связь которого с оценкой энергии, выходящей за рамки задачи классификации, описана в статье https://hal.inria.fr/hal-01591154/. Для MSE в качестве функции потерь регрессии уже есть сформулированная двойственная задача, с реализации которой можно начать.
  • Решение: Первым этапом будет решение задачи с MSE в функции потерь с использованием удобного для вас солвера. Основной трудностью может стать большая размерность данных, но они разрежены. Далее можно будет менять формулировку задачи.
  • Новизна: Многие модели, используемые для предсказания взаимодействий белков с лигандами, "переобучены" под какую-либо задачу. Например, модели, хорошо предсказывающие энергии связывания, могут плохо выбирать связывающуюся с белком молекулу из множества несвязывающихся, а модели, хорошо определяющие правильную геометрию комплекса, могут плохо предсказывать энергии. В данной задаче предлагается рассмотреть новый подход борьбы с таким переобучением, поскольку сочетание функций потерь классификации и регрессии видится нам очень естественной регуляризацией.
  • Авторы: Сергей Грудинин, Мария Кадукова.

Задача 54

  • Название: Поиск зрачка на изображении глаза методом проекций яркости.
  • Задача: Дано монохромное растровое изображение глаза, см. примеры (https://cloud.mail.ru/public/eaou/4JSamfmrh).

Необходимо определить приблизительные координаты центра зрачка. Слово «приблизительные» означает то, что вычисленный центр зрачка должен лежать внутри окружности с центром в истинном центре зрачка и половинного истинного радиуса. Алгоритм должен быть очень быстрым.

  • Данные: около 200 тыс. изображений глаз. При для каждого размечено положение истинной окружности — в целях обучения и проверки создаваемого метода.
  • Базовой алгоритм: Для ускорения работы с изображением предлагается агрегирование данных при помощи проекций яркости. Яркость изображения — функция двух дискретных аргументов I(x,y). Её проекция на горизонтальную ось равна P(x)=\sum \limits_y I(x,y). Аналогично строятся проекции на оси с наклоном. Построив несколько проекций (две, четыре), исходя из них, можно попытаться определить положение зрачка (компактной тёмной области) при помощи эвристик и/или нейросети. Интересно оценить возможности нейросети в данной задаче.
  • Литература: Zhi-Hua Zhou, Xin Geng Projection functions for eye detection // Pattern Recognition. 2004. V.37ю N.5. P.1049-1056. https://doi.org/10.1016/j.patcog.2003.09.006
  • Авторы: Матвеев И.А.

Задача 55

  • Название: Поиск границ радужки методом круговых проекций
  • Задача: Дано монохромное растровое изображение глаза, см. примеры (https://cloud.mail.ru/public/2DBu/5c6F6e3LC). Также известно приблизительное положение центра зрачка. Слово «приблизительное» означает то, вычисленный центр зрачка отстоит от истинного не более чем на половину его истинного радиуса. Необходимо определить приблизительные положения окружностей, аппроксимирующих зрачок и радужку. Алгоритм должен быть очень быстрым.
  • Данные: около 200 тыс. изображений глаз. При для каждого размечено положение истинной окружности — в целях обучения и проверки создаваемого метода.
  • Базовой алгоритм: Для ускорения работы с изображением предлагается агрегирование данных при помощи круговых проекций яркости. Круговая проекция — функция, зависящая от радиуса, значение которой P(r) равно интегралу направленного градиента яркости изображения по окружности радиуса r (или по дуге окружности). Пример для одной дуги (правой четверти) и для четырёх дуг. Построив сколько-то круговых проекций, исходя из них, можно попытаться определить положение внутренней и внешней границ радужки (кольца) при помощи эвристик и/или нейросети. Интересно оценить возможности нейросети в данной задаче.
  • Литература: Matveev I.A. Detection of Iris in Image By Interrelated Maxima of Brightness Gradient Projections // Applied and Computational Mathematics. 2010. V.9. N.2. P.252-257. https://www.researchgate.net/publication/228396639_Detection_of_iris_in_image_by_interrelated_maxima_of_brightness_gradient_projections
  • Авторы: Матвеев И.А.

Задача 56

  • Название: Построение локальных и универсальных интерпретируемых скоринговых моделей
  • Задача: Построить простую и интерпретируемую скоринговую систему как суперпозицию локальных моделей с учетом требованиям к системе сохранять знания об опорных клиентах и признаках (другими словами, учитывать новые экономические явления). Модель должна являться суперпозицией, причем каждый элемент должен управляться своим критерием качества. Ввести расписание оптимизации структуры и параметров модели: система должна работать в единой оптимизационной цепочке. Предложить алгоритм для отбора признаков и объектов.
  • Данные:
  1. Данные от ОТП Банка. Выборка содержит записи о 15 223 клиентов, классифицированных на два класса: 1 — отклик был (1812 клиентов), 0 — отклика не было (13411 клиентов). Признаковые описания клиентов состоят из 50 признаков, в состав которых входит, в частности, возраст, пол, социальный статус относительно работы, социальный статус относительно пенсии, количество детей, количество иждивенцев, образование, семейное положение, отрасль работы. Данные доступны по следующим адресам: www.machinelearning.ru/wiki/images/2/26/Contest_MMRO15_OTP.rar (выборка А), www.machinelearning.ru/wiki/images/5/52/Contest_MMRO15_OTP_(validation).rar (выборка Б).
  2. Данные от Home Credit: https://www.kaggle.com/c/home-credit-default-risk/data
  • Литература:
  1. Strijov V.V. Error function in regression analysis // Factory Laboratory, 2013, 79(5) : 65-73
  2. Bishop C. M. Linear models for classification / В кн.: Pattern Recognition and Machine Learning. Под ред.: M. Jordan, J. Kleinberg, B. Scholkopf. – New York: Springer Science+Business Media, 2006, pp--203 – 208
  3. Токмакова А.А. Получение устойчивых оценок гиперпараметров линейных регрессионных моделей // Машинное обучение и анализ данных. — 2011. — № 2. — С. 140-155
  4. S. Scitovski and N. Sarlija. Cluster analysis in retail segmentation for credit scoring // CRORR 5. 2014. 235–245
  5. Гончаров А. В. Построение интерпретируемых моделей глубокого обучения в задаче социального ранжирования
  • Базовой алгоритм: Итерационный взвешенный МНК (описан в (2))
  • Решение: Предлагается построить скоринговую систему, содержащий такой блок предобработки, как блок порождения метрических признаков. Предлагается исследовать влияние неравноценности объектов на отбор признаков для модели, исследовать совместный отбор признаков и объектов при построении модели. Требуется реализовать расписание оптимизации структуры модели с использованием алгоритма, основанного на анализе ковариационных матриц гиперпараметров модели. Расписание включает поэтапное пополнение набора признаков и объектов. Объем выборки признаков будет определяться путем контроля дисперсии ошибки. Основной критерий качества системы: ROC AUC (Gini).
  • Новизна:
  1. Расписание оптимизации структуры модели должно удовлетворять требованию перестраивать модель в любое время, не теряя ее характеристик.
  2. Учет неравноценности объектов при отборе признаков
  • Авторы: Пугаева И. В. (консультант), Стрижов В. В. (эксперт)

Задача 44+

  • Название: Ранее прогнозирование достаточного объема выборки для обобщенно линейной модели.
  • Задача: Исследуется проблема планирования эксперимента. Решается задача оценивания достаточного объема выборки по данным. Предполагается, что выборка является простой. Она описывается адекватной моделью. Иначе, выборка порождается фиксированной вероятностной моделью из известного класса моделей. Объем выборки считается достаточным, если модель восстанавливается с достаточной достоверностью. Требуется, зная модель, оценить достаточный объем выборки на ранних этапах сбора данных.
  • Цель: на малой простой iid выборке спрогнозировать ошибку на пополняемой большой. Прогностическая модель гладкая монотонная в двух производных. Выбор модели полный перебор или генетика. Модель зависит от редуцированной (исследовать) матрицы ковариации параметров GLM.
  • Данные: Для вычислительного эксперимента предлагается использовать классические выборки из UCI репозитория. Ссылка на выборки https://github.com/ttgadaev/SampleSizeEstimation/tree/master/datasets
  • Литература:
    1. Обзор методов, мотивания и постановка задачи для оценки объема выборки
    2. http://svn.code.sf.net/p/mlalgorithms/code/PhDThesis/..
    3. Метод бутстреп. https://projecteuclid.org/download/pdf_1/euclid.aos/1..

Bishop, C. 2006. Pattern Recognition and Machine Learning. Berlin: Springer. 758 p.

  • Базовый алгоритм: Будем говорить, что объем выборки достаточный, если логарифм правдоподобия имеет малую дисперсию, на подборке размера m, посчитанную при помощи бутстрепа.

Пытаемся аппроксимировать зависимость среднего значения log-likelihood и его дисперсии от размера выборки.

  • Решение: Методы описанные в обзоре являются асимптотическими или же требуют заведомо большого размера выборки. Новый метод должен заключаться в том, чтобы прогнозировать объем на начальных этапах планирования эксперимента, то есть когда данных мало.
  • Авторы: Малиновский Г. (консультант), Стрижов В. В. (эксперт)

Задача 59

  • Название: Распределенная оптимизация в условиях Поляка-Лоясиевича
  • Задача: Ставится задача эффективного решения больших систем нелинейных уравнений, используя сеть вычислителей.
  • Решение: Предлагается новый метод децентрализованного распределенного решения систем нелинейных уравнений в условиях Поляка-Лоясиевича. Подход основан на том, что задачу распределенной оптимизации можно представить в виде задачи композитной оптимизации (см. 2 из литературы), которую в свою очередь можно решать аналогами метода подобных треугольников или слайдинга (см. 2 из литературы).
  • Базовый алгоритм: предложенный метод сравнивается с градиентным спуском и ускоренным градиентным спуском
  • Литература:
  1. Linear Convergence of Gradient and Proximal-GradientMethods Under the Polyak- Lojasiewicz Condition https://arxiv.org/pdf/1608.04636.pdf
  2. Linear Convergence for Distributed Optimization Under the Polyak-Łojasiewicz Condition https://arxiv.org/pdf/1912.12110.pdf
  3. Optimal Decentralized Distributed Algorithms for Stochastic ConvexOptimization https://arxiv.org/pdf/1911.07363.pdf
  4. Современные численные методы оптимизации, метод универсального градиентного спуска https://arxiv.org/ftp/arxiv/papers/1711/1711.00394.pdf
  • Новизна: сведение задачи распределенной оптимизации к задаче композитной оптимизации и ее решение в условиях Поляка-Лоясиевича
  • Авторы: эксперт — А.В. Гасников, консультант — А.Н. Безносиков
  • Комментарий: важно в этой задаче поставить вычислительный эксперимент, иначе задача будет плохо совместима с курсом.

Задача 12

  • Название: Обучение машинного перевода без параллельных текстов.
  • Задача: Рассматривается задача построения модели перевода текста без использования параллельных текстов, т.е. пар одинаковых предложений на разных языках. Данная задача возникает при построении моделей перевода для низкоресурсных языков (т.е. языков, для которых данных в открытом доступе немного).
  • Данные: Выборка статей из Wikipedia на двух языках.
  • Литература:
    • [38] Unsupervised Machine Translation Using Monolingual Corpora Only
    • [39] Sequence to sequence.
    • [40] Autoencoding.
    • [41] Training with Monolingual Training Data.
  • Базовый алгоритм: Unsupervised Machine Translation Using Monolingual Corpora Only.
  • Решение: В качестве модели перевода предлагается рассмотреть кобминацию двух автокодировщиков, каждый из которых отвечает за представление предложений на одном из языков. Оптимизация моделей проводится таким образом, чтобы скрытые пространства автокодировщиков для разных языков совпадали. В качестве исходного представления предложений предлагается рассматривать их графовое описание, получаемое с использованием мультиязычных онтологий.
  • Новизна: Предложен способ построения модели перевода с учетом графовых описаний предложений.
  • Авторы: О.Ю. Бахтеев, В.В. Стрижов,

Задача 17

  • Название: Прогнозирование намерений. Исследование свойств локальных моделей при пространственном декодировании сигналов головного мозга
  • Задача: При построении систем нейрокомпьютерного интерфейса (brain-computer interface) используются простые, устойчивые модели. Важным этапом построения такой модели является построение адекватного признакового пространства. Ранее такая задача решалась с помощью выделения признаков из частотных характеристик сигналов.
  • Данные: Наборы данных сигналов мозга ECoG/EEG.
  • Литература:
    1. Motrenko A.P., Strijov V.V. Multi-way feature selection for ECoG-based brain-computer Interface // Expert systems with applications. - 2018.
    2. Eliseyev A., Aksenova T. Stable and artifact-resistant decoding of 3D hand trajectories from ECoG signals using the generalized additive model //Journal of neural engineering. – 2014.
  • Базовый алгоритм: Сравнение предлагается производить с алгоритмом частных наименьших квадратов (partial least squares).
  • Решение: В данном работе предлагается учесть пространственную зависимость между сенсорами, которые считывают данные. Для этого необходимо локально смоделировать пространственный импульс/сигнал и построить прогностическую модель на основе локального описания.
  • Новизна: Предлагается существенно новый способ построения признакового описания в задаче декодирования сигналов. Бонус: анализ изменения структуры модели, адаптация структуры при изменении выборки.
  • Авторы: В.В. Стрижов, Роман Исаченко - эксперты, консультанты – Валерий Маркин, Алина Самохина

Задача 9

  • Название: Распознавание текста на основе скелетного представления толстых линий и сверточных сетей
  • Задача: Требуется построить две CNN, одна распознает растровое представление изображения, другая векторное.
  • Данные: Шрифты в растровом представлении.
  • Литература: Список работ [42], в частности arXiv:1611.03199 и
    • Goyal P., Ferrara E. Graph embedding techniques, applications, and performance: A survey. arXiv:1705.02801, 2017.
    • Cai H., Zheng V.W., Chang K.C.-C. A comprehensive survey of graph embedding: Problems, techniques and applications. arXiv:1709.07604, 2017.
    • Grover A., Leskovec J. node2vec: Scalable Feature Learning for Networks. arXiv:1607.00653, 2016.
    • Mestetskiy L., Semenov A. Binary Image Skeleton - Continuous Approach // Proceedings 3rd International Conference on Computer Vision Theory and Applications, VISAPP 2008. P. 251-258. URL
    • Кушнир О.А., Середин О.С., Степанов А.В. Экспериментальное исследование параметров регуляризации и аппроксимации скелетных графов бинарных изображений // Машинное обучение и анализ данных. 2014. Т. 1. № 7. С. 817-827. URL
    • Жукова К.В., Рейер И.А. Связность базового скелета и параметрический дескриптор формы // Машинное обучение и анализ данных. 2014. Т. 1. № 10. С. 1354-1368. URL
    • Kushnir O., Seredin O. Shape Matching Based on Skeletonization and Alignment of Primitive Chains // Communications in Computer and Information Science. 2015. V. 542. P. 123-136. URL
  • Базовый алгоритм: Сверточная сеть для растрового изображения.
  • Решение: Требуется предложить способ свертывания графовых структур, позволяющий породить информативное описание скелета толстой линии.
  • Новизна: Предложен способ повышения качества распознавания толстых линий за счет нового способа порождения их описаний.
  • Авторы: эксперты И.А. Рейер, В.В. Стрижов, Марк Потанин, консультант Денис Ожерелков

Задача 8

  • Название: Порождение признаков с помощью локально-аппроксимирующих моделей (Классификация видов деятельности человека по измерениям фитнес-браслетов).
  • Задача: Требуется проверить выполнимость гипотезы о простоте выборки для порожденных признаков. Признаки - оптимальные параметры аппроксимирующих моделей. При этом вся выборка не является простой и требует смеси моделей для ее аппроксимации. Исследовать информативность порожденных признаков - параметров аппроксимирующих моделей, обученных на сегментах исходного временного ряда. По измерениям акселерометра и гироскопа требуется определить вид деятельности рабочего. Предполагается, что временные ряды измерений содержат элементарные движения, которые образуют кластеры в пространстве описаний временных рядов. Характерная продолжительность движения – секунды. Временные ряды размечены метками вида деятельности: работа, отдых. Характерная продолжительность деятельности – минуты. Требуется по описанию временного ряда и кластера восстановить вид деятельности.
  • Данные: Временные ряды акселерометра WISDM (Временной ряд (библиотека примеров), раздел Accelerometry).
    • WISDM (Kwapisz, J.R., G.M. Weiss, and S.A. Moore. 2011. Activity recognition using cell phone accelerometers. ACM SigKDD Explorations Newsletter. 12(2):74–82.), USC-HAD или сложнее. Данные акселерометра (Human activity recognition using smart phone embedded sensors: A Linear Dynamical Systems method, W Wang, H Liu, L Yu, F Sun - Neural Networks (IJCNN), 2014)
  • Литература:
    • Motrenko A.P., Strijov V.V. Extracting fundamental periods to segment human motion time series // Journal of Biomedical and Health Informatics, 2016, Vol. 20, No. 6, 1466 - 1476. URL
    • Карасиков М.Е., Стрижов В.В. Классификация временных рядов в пространстве параметров порождающих моделей // Информатика и ее применения, 2016.URL
    • Кузнецов М.П., Ивкин Н.П. Алгоритм классификации временных рядов акселерометра по комбинированному признаковому описанию // Машинное обучение и анализ данных. 2015. T. 1, № 11. C. 1471 - 1483. URL
    • Исаченко Р.В., Стрижов В.В. Метрическое обучение в задачах многоклассовой классификации временных рядов // Информатика и ее применения, 2016, 10(2) : 48-57. URL
    • Задаянчук А.И., Попова М.С., Стрижов В.В. Выбор оптимальной модели классификации физической активности по измерениям акселерометра // Информационные технологии, 2016. URL
    • Ignatov A., Strijov V. Human activity recognition using quasiperiodic time series collected from a single triaxial accelerometer // Multimedia Tools and Applications, 2015, 17.05.2015 : 1-14. URL
  • Базовый алгоритм: Базовый алгоритм описан в работах [Карасиков, Стрижов: 2016] и [Кузнецов, Ивкин: 2014].
  • Решение: Требуется построить набор локально-аппроксимирующих моделей и выбрать наиболее адекватные. Найти оптимальный способ сегментации и оптимальное описание временного ряда. Построить метрическое пространство описаний элементарных движений.
  • Новизна: Создан стандарт построения локально-аппроксимирующих моделей. Соединение двух характеристических времен описания жизни человека, комбинированная постановка задачи.
  • Авторы: В.В. Стрижов (эксперт), Александра Гальцева, Данил Сайранов (консультанты)

Задача 60

  • Название: Вариационная оптимизация моделей глубокого обучения с контролем сложности модели
  • Задача: рассматривается задача оптимизации модели глубокого обучения с заранее заданной сложностью модели. Требуется предложить метод оптимизации модели, позволяющий производить порождение новых моделей с заданной сложностью и небольшими вычислительными затратами.
  • Данные:MNIST, CIFAR
  • Литература:
  • Базовый алгоритм: случайный поиск
  • Решение: Предлагаемый метод заключается в представлении модели глубокого обучения в виде гиперсети (сети, которая генерирует параметры другой сети) с использованием байесовского подхода. Вводятся вероятностные предположения о параметрах моделей глубокого обучения, максимизируется вариационная нижняя оценка байесовской обоснованности модели. Вариационная оценка рассматривается как условная величина, зависящая от внешнего параметра сложности.
  • Новизна: предложенный метод позволяет порождать модели в режиме one-shot (практически без переподготовки) с требуемой сложностью модели, что значительно снижает затраты на оптимизацию и дообучение.
  • Авторы: О.Ю. Бахтеев, В.В. Стрижов

Задача 61

  • Название: Выбор модели глубокого обучения на основе триплетной связи модели и выборки
  • Задача: рассматривается задача one-shot выбора модели глубокого обучения: выбор модели под конкретную выборку, выданную из некоторой генеральной совокупнсоти, не должен быть вычислительно затратным.
  • Данные:MNIST, синтетические данные
  • Литература:
  • Базовый алгоритм: случайный поиск
  • Решение: Предлагается рассматривать пространство параметров и моделей как два домена со своими генеративными моделями. Для получения связзи между доменами используется обобщение вариационного вывода на случай триплетных ограничений.
  • Новизна: Новый метод one-shot обучения моделей
  • Авторы: О.Ю. Бахтеев, В.В. Стрижов

Задача 62

  • Название: Построение метода динамического выравнивания многомерных временных рядов, устойчивого к локальным колебаниям сигнала.
  • Задача: В процессе работы с многомерными временными рядами распространена ситуация близкого расположения датчиков, соответствующих различным каналам измерений. В результате малые смещения сигнала в пространстве могут приводить к фиксации пика сигнала соседними датчиками, что ведет к значительным различиям измерений в смысле L2 расстояния.
    Таким образом, малые смещения сигнала приводят к появлению значительных флуктуаций показаний датчиков. Рассматривается задача построения функции расстояния между точками временных рядов, устойчивой к шуму, порожденному малыми пространственными смещениями сигнала. Необходимо рассмотреть задачу в приближении наличия карты расположения датчиков.
  • Данные:
    • Измерения активность мозга обезьян
    • Искусственно созданные данные (надо предложить несколько вариантов, например: движение сигнала в пространстве по часовой и против часовой стрелки)
  • Литература:
  • Базовый алгоритм: L2 расстояние между парой измерений.
  • Решение: использовать функцию расстояния DTW между двумя многомерными временными рядами. Выравниваются две оси времени, при этом внутри функционала DTW выбирается расстояние между i-м и j-м измерениями такое, что оно устойчиво к локальным “сдвигам” сигнала. Требуется предложить такой функционал. Базовое решение - L2, улучшенное решение - DTW между i-м и j-м измерениями (dtw внутри dtw).
    Можно предложить какую-либо модификацию, например расстояния между скрытыми слоями автоэнкодера для точек i и j.
  • Новизна: Предлагается способ выравнивания многомерных временных рядов, учитывающий малые колебания сигнала в пространстве.
  • Авторы: В.В. Стрижов - эксперт, Глеб Моргачев, Алексей Гончаров - консультанты.

Задача 63

  • Название: Иерархическое выравнивание временных последовательностей.
  • Задача: Рассматривается задача выравнивания последовательностей сложных событий. Примером может служить сложносоставное поведение человека: при рассмотрении данных IMU-датчиков можно выдвинуть гипотезу: есть исходный сигнал, есть агрегаты “элементарных действий” и есть агрегаты “действий” человека. Каждый из указанных уровней абстракции можно выделить и оперировать именно им.
    Для того, чтобы проводить точное распознавание последовательности действий возможно применять метрические методы (например DTW, как способ, устойчивый к временным сдвигам). Для более точного качества выравнивания временной шкалы возможно проводить выравнивание на разных уровнях абстракций.
    Предлагается исследовать такой иерархический подход к выравниванию последовательностей, основанный на возможности применения алгоритмов выравнивания к объектам разной структуры, имея функцию расстояние на них.
  • Литература:
  • Базовый алгоритм: классический DTW.
  • Решение: Предлагается выполнять переход от одного уровня абстракции к другому путем применения сверточных и рекуррентных нейронных сетей. Тогда объектом на нижнем уровне абстракции служит исходный сигнал. На втором уровне - сигнал из скрытого слоя модели (построенной на объектах нижнего уровня), размерность которого много меньше, а верхнего слоя - сигнал из скрытого слоя модели (построенной на объектах среднего уровня).
    При этом DTW вычисляется отдельно между нижними, между средними и между верхними уровнями, но формирование объектов для расчета расстояния осуществляется с учетом выравнивающего пути между объектами предыдущего уровня.
    Данный метод рассматривается как способ повышения интерпретируемости процедуры выравнивания и точности классификации действия в связи с переходом к более высокоуровневым паттернам. Кроме того, ожидается существенное увеличение скорости работы.
  • Новизна: Предлагается идея выравнивания временных последовательностей одновременно на нескольких уровнях абстракции. Метод должен существенно улучшить интерпретируемость алгоритмов выравнивания и повысить скорость их работы.
  • Авторы: В.В. Стрижов - эксперт, Глеб Моргачев, Алексей Гончаров - консультанты.

Задача 64

  • Название: Теоретическая обоснованность применения метрических методов классификации с использованием динамического выравнивания (DTW) к пространственно-временным объектам.
  • Задача: Необходимо изучить существующие теоретические обоснования применения методов динамического выравнивания для различных объектов, и исследовать использование таких методов к пространственно-временным рядам.
    При доказательстве применимости методов выравнивания доказывают, что функция, порождаемая алгоритмом динамического выравнивания является ядром. Что, в свою очередь, обосновывает применение метрических методов классификации.
  • Литература:
  • Решение: Для различных формулировок метода DTW (когда внутренняя функция расстояния между отсчетами временных рядов - различна) - найти и собрать в одном месте доказательства того, что функция является ядром.
    Для базового набора датасетов со временными рядами (на которых проверяется точность функций расстояния) проверить выполнение условий из теоремы Мерсера (положительная определенность матрицы). Проделать это для различных модификаций функции расстояния DTW. (Sakoe-Chiba band, Itakura band, weighted DTW.)
  • Новизна: Исследование теоретических обоснований применения алгоритма динамического выравнивания (DTW) и его модификаций к пространственно-временным рядам.
  • Авторы: В.В. Стрижов - эксперт, Глеб Моргачев, Алексей Гончаров - консультанты.

Задача 66

  • Название: Agnostic neural networks
  • Задача: Ввести метрическое пространство в задачу автоматического построения (выбора) агностических сетей.
  • Данные: Данные из области Reinforcement learning. Желательно типа машинок на трассе.
  • Литература:
  • Базовой алгоритм: Сети из статьи в архиве. Символьная регрессия из статьи в ESwA (надо восстановить код).
  • Решение: Создаем генератор моделей в рамках символьной регрессии. Создаем генератор моделей как вариационный автоэнкодер (не успеем в течение курса). Изучаем метрические свойства пространств выборки (евклидово) и моделей (банахово). Создаем пару GAN - генератор-дискриминатор для прогнозирования структур прогностических моделей.
  • Новизна: Пока ни у кого не получалось. Тут обсуждали Томми Яакколу, как он к нам в Яндекc приезжал. У него тоже пока не получилось.
  • Авторы: эксперт В.В. Стрижов, Радослав Нейчев - консультант

Задача 13

  • Название: Deep learning for RNA secondary structure prediction
  • Задача: RNA secondary structure is an important feature which defines RNA functional properties. Its importance can be illustrated by the fact, that it is evolutionary preserved and some types of functional RNAs always * have the same secondary structure, for example all tRNAs fold into cloverleaf. As secondary structure often defines functions, knowing RNAs secondary structure may help investigate functions of novel RNA molecules. RNA folding is not as easy as DNA folding, because RNA is single stranded molecule which forms complicated base-pairing interactions, while DNA mostly exists as fully base paired double helices. Current methods of RNA structure prediction rely on experimentally evaluated thermodynamic rules, but with thermodynamics alone only 80% of structures can be accurately predicted. We propose an AI-driven method for predicting RNA secondary structure inspired by neural machine translation model.
  • Данные: RNA sequences in form of strings of characters
  • Литература: https://arxiv.org/abs/1609.08144
  • Базовой алгоритм: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/16873527
  • Решение: Deep learning recurrent encoder-decoder model with attention
  • Новизна: Currently RNA secondary structure prediction still remains unsolved problem and to the best of our knowledge DL approach has never been introduced in the literature before
  • Авторы: консультант Мария Попова, Александр Исаев (ждем от них отклика, без отклика задача снимается)

Задача 65

  • Название: Аппроксимация выборок малой размерности разнородными моделями
  • Задача: Исследуется проблема передачи знаний (дистилляция Хинтона, привилегированное обучение Вапника) от одной сети другой.
  • Данные: Выбоки UCI, посмотреть, какие выборки используются в работах по этой теме
  • Литература:
  • Базовой алгоритм: описан в работе Нейчева
  • Новизна: Исследование различных способов построения выборки
  • Решение: попробовать различные модели, которые есть в лекциях, от непараметрических, до глубоких, сравнить и визуализировать функции правдоподобия
  • Авторы: консультанты Марк Потанин, (попросить помощи у Андрея Грабового) В.В. Стрижов

Задача 67

  • Название: Отбор тем в тематических моделях для разведочного информационного поиска.
  • Задача: Проверить гипотезу, что при поиске схожих документов по их тематическим векторам не все темы информативны, поэтому отбрасывание некоторых тем может повышать точность и полноту поиска. Рассмотреть альтернативную гипотезу, что вместо отбрасывания тем можно сравнивать векторы по взвешенной косинусной мере близости с настраиваемыми весами.
  • Данные: Текстовые коллекции сайтов habr.com и techcrunch.com. Размеченные выборки: запросы и релевантные им документы.
  • Литература:
    1. Воронцов К. В. Вероятностное тематическое моделирование: обзор моделей и аддитивная регуляризация.
    2. Ianina A., Vorontsov K. Regularized Multimodal Hierarchical Topic Model for Document-by-Document Exploratory Search // FRUCT ISMW, 2019.
  • Базовой алгоритм: тематическая модель с регуляризаторами и модальностями, описанная в статье (имеется исходный код).
  • Новизна: Вопрос об информативности тем для векторного поиска тематически близких документов ранее не исследовался.
  • Решение: Оценить индивидуальную информативность тем, выкидывая их по одной; затем отсортировать темы по индивидуальной информативности и определить порог отсечения неинформативных тем. Наводящее соображение, почему это должно работать: фоновые темы не являются информативными, и их отбрасывание увеличивает точность и полноту поиска на несколько процентов.
  • Авторы: К.В.Воронцов, консультант Анастасия Янина.

Задача 68

  • Название: Метаобучение тематических моделей классификации.
  • Задача: Выработать универсальные эвристики для априорного задания весов модальностей в тематических моделях классификации текстов.
  • Данные: Описание датасетов, Папка с датасетами.
  • Литература:
    1. Воронцов К. В. Вероятностное тематическое моделирование: обзор моделей и аддитивная регуляризация.
  • Базовой алгоритм: Тематические модели классификации для нескольких датасетов.
  • Новизна: В тематическом моделировании до сих пор не решена проблема автоматического подбора весов модальностей.
  • Решение: Оптимизировать веса модальностей по критерию качества классификации текстов. Исследовать зависимость оптимальных относительных весов модальностей от размерных характеристик задачи. Найти формулы для оценивания начальных значений весов модальностей без явного решения задачи. Для размножения датасетов применить семплирование фрагментов исходных документов.
  • Авторы: К.В.Воронцов, консультант Юлиан Сердюк.

Задача 69

  • «Название»: Graph Neural Network in Reaction Yield prediction
  • «Задача»: There are disconnected graphs of source molecules and products in a chemical reaction. The yield of the main product in the reaction is known. It is required to design an algorithm that predicts yield by solving the regression task on given disconnected graphs.
  • «Данные»: Database of reaction from US patents [45]
  • Литература:
    • [46] A general overview.
    • [47] Relational Graph Convolution Neural Network
    • [48] Transformer architecture
    • [49] Graph neural network learning for chemical compounds synthesis
  • «Базовый алгоритм»: Transformer model. The input sequence is a SMILES representation of the source and product molecules.
  • «Решение»: A pipeline for working with disconnected graphs is proposed. The pipeline includes the construction of extended graph with molecule and reaction representation, Relational Graph Convolution Neural Network, Encoder of Transformer. The method is applied to solve yield predictions.
  • «Новизна» A solution for regression problem on the given disconnected graph is constructed; the approach demonstrates better performance compared with other solutions
  • «Авторы»: Nikitin Filipp, Isayev Olexandr

Задача 70

  • Название: Исследование структуры целевого пространства при построении предсказательной модели
  • Задача: Исследуется задача прогнозирования сложной целевой переменной. Под сложностью подразумевается наличие зависимостей (линейных или нелинейных). При этом предполагается, что исходные данные гетерогенны: пространства независимой и целевой переменных имеют разную природу. Требуется построить предсказательную модель, которая бы учитывала зависимость в исходном пространстве независимой переменной, а также в пространстве целевой переменной.
  • Данные: Гетерогенные данные: картинка - текст, картинка - речь и тд
  • Базовой алгоритм: В качестве базовых алгоритмов предлагается использовать линейную модель, а также нелинейную нейросетевую модель.
  • Авторы: В.В. Стрижов - эксперт, консультант: Исаченко Роман.

Задача 71

  • Название: Исследование способов согласования моделей с помощью снижения размерности пространства
  • Задача: Исследуется задача прогнозирования сложной целевой переменной. Под сложностью подразумевается наличие зависимостей (линейных или нелинейных). Предлагается изучить способы учета зависимостей в пространстве целевой переменной, а также условия, при которых данные зависимости влияют на качестве финальной предсказательной модели
  • Данные: Синтетические данные с известной гипотезой порождения данных
  • Базовой алгоритм: В качестве базовых алгоритмов предлагается использовать методы снижения размерности пространства (PCA, PLS, автоэнкодер) и линейные модели согласования.
  • Авторы: В.В. Стрижов - эксперт, консультант: Исаченко Роман.

Задача 72

  • Название: Построение единого скрытого пространства в задаче моделирования гетерогенных данных
  • Задача: Исследуется задача прогнозирования сложной целевой переменной. Под сложностью подразумевается наличие зависимостей (линейных или нелинейных). Предлагается построить единое скрытое пространство для независимой и целевой переменных. Согласование моделей предлагается производить в полученном низкоразмерном пространстве.
  • Данные: Гетерогенные данные: картинка - текст, картинка - речь, текст - текст и тд
  • Базовой алгоритм: В качестве базовых алгоритмов предлагается использовать методы снижения размерности пространства (PCA, PLS, автоэнкодер) и линейные модели согласования.
  • Авторы: В.В. Стрижов - эксперт, консультант: Исаченко Роман.

Задача 73

  • Название: Нелинейное ранжирование результатов разведочного информационного поиска.
  • Задача: Разработать алгоритм для рекомендации порядка чтения документов (reading order, reading list), найденных с помощью разведочного информационного поиска. Документы должны ранжироваться от простого к сложному, от общего к частному, то есть в том порядке, в котором пользователю будет легче разбираться в новой для него тематической области. Алгоритм должен строить граф чтения — отношение частичного порядка на множестве найденных документов; в частности, это может быть совокупность деревьев (лес документов).
  • Данные: Часть Википедии и эталонный граф чтения, получаемый из категорий Википедии.
  • Литература:
    1. Воронцов К. В. Вероятностное тематическое моделирование: обзор моделей и аддитивная регуляризация.
    2. Georgia Koutrika, Lei Liu, and Steven Simske. Generating reading orders over document collections. HP Laboratories, 2014.
    3. James G. Jardine. Automatically generating reading lists. Cambridge, 2014.
  • Базовой алгоритм: описан в статье G.Koutrika.
  • Новизна: Задача мало исследовалась в литературе. Регуляризованные мультимодальные тематические модели (ARTM, BigARTM) никогда не применялись к данной задаче.
  • Решение: Использование тематических моделей ARTM совместно с оценками когнитивной сложности текста.
  • Авторы: К.В.Воронцов, консультант Максим Еремеев.

2019

Автор Тема научной работы Ссылки Консультант Рецензент
Северилов Павел Задача поиска символов в текстах LinkReview

code paper slides video

Мурат Апишев
Григорьев Алексей Распознавание текста на основе скелетного представления толстых линий и сверточных сетей LinkReview

code, paper, slides video

Илья Жариков рецензия Вареник Наталия
Гришанов Алексей Автоматическая настройка параметров BigARTM под широкий класс задач LinkReview code, paperslides

video

Виктор Булатов рецензия Герасименко Николай
Юсупов Игорь Динамическое выравнивание многомерных временных рядов LinkReview code paper slides video Алексей Гончаров
Вареник Наталия Spherical CNN for QSAR prediction LinkReview, code, paper, slides video Мария Попова рецензия Григорьев Алексей
Безносиков Александр Z-learning of linearly-solvable Markov Decision Processes LinkReview

paper code slides video

Yury Maximov
Панченко Святослав Получение простой выборки на выходе слоя нейронной сети LinkReview,

code, paper, slides

Гадаев Тамаз
Веселова Евгения Deep Learning for reliable detection of tandem repeats in 3D protein structures Code link review paper slides video Guillaume Pages, Sergei Grudinin
Аминов Тимур Предсказание качества для процедуры выбора признаков LinkReview code paper

slides

Роман Исаченко
Маркин Валерий Исследование свойств локальных моделей при пространственном декодировании сигналов головного мозга LinkReview

code paper slides video

Роман Исаченко
Абдурахмон Садиев Порождение признаков с помощью локально-аппроксимирующих моделей LinkReview

code, paper, slides video

Анастасия Мотренко
Тагир Саттаров Обучение машинного перевода без параллельных текстов. LinkReview code paper, slides video Олег Бахтеев
Герасименко Николай Тематический поиск схожих дел в коллекции актов арбитражных судов. LinkReview code paper slides video Екатерина Артёмова рецензияГришанов Алексей

Задача 17

  • Название: Прогнозирование намерений. Исследование свойств локальных моделей при пространственном декодировании сигналов головного мозга
  • Задача: При построении систем нейрокомпьютерного интерфейса (brain-computer interface) используются простые, устойчивые модели. Важным этапом построения такой модели является построение адекватного признакового пространства. Ранее такая задача решалась с помощью выделения признаков из частотных характеристик сигналов.
  • Данные: Наборы данных сигналов мозга ECoG/EEG.
  • Литература:
    1. Motrenko A.P., Strijov V.V. Multi-way feature selection for ECoG-based brain-computer Interface // Expert systems with applications. - 2018.
    2. Eliseyev A., Aksenova T. Stable and artifact-resistant decoding of 3D hand trajectories from ECoG signals using the generalized additive model //Journal of neural engineering. – 2014.
  • Базовый алгоритм: Сравнение предлагается производить с алгоритмом частных наименьших квадратов (partial least squares).
  • Решение: В данном работе предлагается учесть пространственную зависимость между сенсорами, которые считывают данные. Для этого необходимо локально смоделировать пространственный импульс/сигнал и построить прогностическую модель на основе локального описания.
  • Новизна: Предлагается существенно новый способ построения признакового описания в задаче декодирования сигналов. Бонус: анализ изменения структуры модели, адаптация структуры при изменении выборки.
  • Авторы: В.В. Стрижов, Tetiana Aksenova, консультант – Роман Исаченко

Задача 40

  • Название: Предсказание качества для процедуры выбора признаков.
  • Задача: Решение задачи выбора признаков сводится к перебору вершин бинарного куба. Данную процедуру невозможно произвести для выборки с большим числом признаком. Предлагается свести данную задачу к оптимизации в линейном пространстве.
  • Данные: Синтетические данные + простые выборки
  • Литература:
    1. Bertsimas D. et al. Best subset selection via a modern optimization lens //The annals of statistics. – 2016. – Т. 44. – №. 2. – С. 813-852.
    2. Luo R. et al. Neural architecture optimization //Advances in Neural Information Processing Systems. – 2018. – С. 7827-7838.
  • Базовый алгоритм: популярные методы выбора признаков.
  • Решение: В данном работе предлагается построить модель, которая по набору признаков прогнозирует качество на тестовой выборке. Для этого строится отображение бинарного куба в линейное пространство. После этого максимизируется качество модели в линейном пространстве. Для реконструкции решения задачи используется модель обратного отображенияв бинарный куб.
  • Новизна: Предлагается конструктивно новый подход к решению задачи выбора моделей.
  • Авторы: В.В. Стрижов, Tetiana Aksenova, консультант – Роман Исаченко

Задача 42

  • Название: Z-learning of linearly-solvable Markov Decision Processes
  • Задача: Adapt Z-learning from [1] to the case of Markov Decision Process discussed in [2] in the context of energy systems. Compare it with standard (in reinforcement learning) Q-learning.
  • Данные: We consider a Markov Process described via transition probability matrix. Given initial state vector (probability of being in a state at time zero), we generate data for the time evolution of the state vector. See [2] for an exemplary process describing evolution of an ensemble of energy consumers.
  • Литература:
    1. E. Todorov. Linearly-solvable Markov decision problems https://homes.cs.washington.edu/~todorov/papers/TodorovNIPS06.pdf
    2. Ensemble Control of Cycling Energy Loads: Markov Decision Approach. Michael Chertkov, Vladimir Y. Chernyak, Deepjyoti Deka. https://arxiv.org/abs/1701.04941
    3. Csaba Szepesvári. Algorithms for Reinforcement Learning. https://sites.ualberta.ca/~szepesva/papers/RLAlgsInMDPs.pdf
  • Базовой алгоритм: Principal comparison should be made with Q learning described in [3]
  • Решение: We suppose that plugging in algorithm from [1] directly into [2] gives faster and more reliable solution.
  • Новизна: In the area of power systems there is a huge demand on fast reinforcement learning algorithms, but there is still a lack of that (in particular the ones respect the physics/underlying graph)
  • Авторы: Yury Maximov (consultant, expert), Michael Chertkov (expert)

Задача 1

  • Название: Прогнозирование направления движения цены биржевых инструментов по новостному потоку.
  • Задача: Построить и исследовать модель прогнозирования направления движения цены. Задано множество новостей S и множество временных меток T, соответствующих времени публикации новостей из S. 2. Временной ряд P, соответствующий значению цены биржевого инструмента, и временной ряд V, соответствующий объему продаж по данному инструменту, за период времени T'. 3. Множество T является подмножеством периода времени T'. 4. Временные отрезки w=[w0, w1], l=[l0, l1], d=[d0, d1], где w0 < w1=l0 < l1=d0 < d1. Требуется спрогнозировать направление движения цены биржевого инструмента в момент времени t=d0 по новостям, вышедшим в период w.
  • Данные:
    1. Финансовые данные: данные о котировках (с интервалом в один тик) нескольких финансовых инструментов (GAZP, SBER, VTBR, LKOH) за 2 квартал 2017 года с сайта Finam.ru; для каждой точки ряда известны дата, время, цена и объем.
    2. Текстовые данные: экономические новости за 2 квартал 2017 года от компании Форексис; каждая новость является отдельным html файлом.
  • Литература:
    1. Usmanova K.R., Kudiyarov S.P., Martyshkin R.V., Zamkovoy A.A., Strijov V.V. Analysis of relationships between indicators in forecasting cargo transportation // Systems and Means of Informatics, 2018, 28(3).
    2. Kuznetsov M.P., Motrenko A.P., Kuznetsova M.V., Strijov V.V. Methods for intrinsic plagiarism detection and author diarization // Working Notes of CLEF, 2016, 1609 : 912-919.
    3. Айсина Роза Мунеровна, Тематическое моделирование финансовых потоков корпоративных клиентов банка по транзакционным данным, выпускная квалификационная работа.
    4. Lee, Heeyoung, et al. "On the Importance of Text Analysis for Stock Price Prediction." LREC. 2014.
  • Базовый алгоритм: Метод, использованный в статье (4).
  • Решение: Использование тематического моделирования (ARTM) и локальных аппроксимирующих моделей для перевода последовательности текстов, соответствующих различным временным меткам, в единое признаковое описание. Критерий качества: F1-score, ROC AUC, прибыльность используемой стратегии.
  • Новизна: Для обоснования связи временных рядов предлагается метод Сходящегося перекрестного отображения.
  • Авторы: Иван Запутляев (консультант), В.В. Стрижов, К.В. Воронцов (эксперты)

Задача 3

  • Название: Динамическое выравнивание многомерных временных рядов.
  • Задача: Характерным многомерным временным рядом является траектория точки в 3х-мерном пространстве. Две траектории необходимо выравнивать оптимальным образом друг относительно друга. Для этого используется расстояние DTW между двумя временными рядами. В классическом представлении DTW строится между одномерными временными рядами. Необходимо ввести различные модификации алгоритма для работы со временными рядами высокой размерности: траекториями, кортикограммами.
  • Данные: Данные описывают 6 классов временных рядов с акселерометра мобильного телефона. https://sourceforge.net/p/mlalgorithms/code/HEAD/tree/Group274/Goncharov2015MetricClassification/data/
  • Литература:
    1. Multidimensional DTW: https://pdfs.semanticscholar.org/76d3/5bd5a52453ebde80faaa1467d7effd74426f.pdf
  • Базовый алгоритм: Использование L_p расстояний между двумя измерениями временного ряда, их модификаций.
  • Решение: Исследование расстояний, устойчивых к изменению порядка координат, исследований расстояний неустойчивых к изменению порядка координат. Эксперименты с другими видами расстояний (косинусное, RBF, прочие).
  • Новизна: Нет полного обзора и исследования методов работы с многомерными временными рядами. Не исследована зависимость качества решения от подобранных расстояний между измерениями.
  • Авторы: Алексей Гончаров - консультант, эксперт, В.В. Стрижов - эксперт

Задача 43

  • Название: Получение простой выборки на выходе слоя нейронной сети
  • Задача: Выход нейронной сети это, как правило, обобщённо линейная модель над выходами предпоследнего слоя. Нужно предложить способ тестирования простоты выборки и её соответствия обобщённо-линейной модели (линейная регрессия, логистическая регрессия) при помощи системы статистических критериев.
  • Данные: Для вычислительного эксперимента предлагается использовать классические выборки из UCI репозитория. Ссылка на выборки https://github.com/ttgadaev/SampleSize/tree/master/datasets
  • Литература: http://www.ccas.ru/avtorefe/0016d.pdf c 49-63 Bishop, C. 2006. Pattern Recognition and Machine Learning. Berlin: Springer. 758 p.
  • Базовой алгоритм: Тест Уайта, Критерий Вальда, Тест Голдфелда-Кванта, Дарбина-Ватсона, Хи-квадрат, Жарка-Бера, Шапиро-Уилка
  • Решение: Система тестов проверки простоты выборки (и адекватности модели), независимые переменные неслучайны, зависимые переменные распределены нормально или биномиально, нет пропусков и выбросов, классы сбалансированы, выборка аппроксимируется единой моделью. Дисперсия функции ошибки не зависит от независимой переменной. Исследование проводится по синтетическим и реальным данным.
  • Авторы: Гадаев Т. Т. (консультант) Стрижов В. В., Грабовой А. В. (эксперты)

Задача 9

  • Название: Распознавание текста на основе скелетного представления толстых линий и сверточных сетей
  • Задача: Требуется построить две CNN, одна распознает растровое представление изображения, другая векторное.
  • Данные: Шрифты в растровом представлении.
  • Литература: Список работ [50], в частности arXiv:1611.03199 и
    • Goyal P., Ferrara E. Graph embedding techniques, applications, and performance: A survey. arXiv:1705.02801, 2017.
    • Cai H., Zheng V.W., Chang K.C.-C. A comprehensive survey of graph embedding: Problems, techniques and applications. arXiv:1709.07604, 2017.
    • Grover A., Leskovec J. node2vec: Scalable Feature Learning for Networks. arXiv:1607.00653, 2016.
    • Mestetskiy L., Semenov A. Binary Image Skeleton - Continuous Approach // Proceedings 3rd International Conference on Computer Vision Theory and Applications, VISAPP 2008. P. 251-258. URL
    • Кушнир О.А., Середин О.С., Степанов А.В. Экспериментальное исследование параметров регуляризации и аппроксимации скелетных графов бинарных изображений // Машинное обучение и анализ данных. 2014. Т. 1. № 7. С. 817-827. URL
    • Жукова К.В., Рейер И.А. Связность базового скелета и параметрический дескриптор формы // Машинное обучение и анализ данных. 2014. Т. 1. № 10. С. 1354-1368. URL
    • Kushnir O., Seredin O. Shape Matching Based on Skeletonization and Alignment of Primitive Chains // Communications in Computer and Information Science. 2015. V. 542. P. 123-136. URL
  • Базовый алгоритм: Сверточная сеть для растрового изображения.
  • Решение: Требуется предложить способ свертывания графовых структур, позволяющий породить информативное описание скелета толстой линии.
  • Новизна: Предложен способ повышения качества распознавания толстых линий за счет нового способа порождения их описаний.
  • Авторы: Илья Жариков (эксперты Л.М. Местецкий, И.А. Рейер, В.В. Стрижов)

Задача 14

  • Название: Deep Learning for reliable detection of tandem repeats in 3D protein structures подробнее в PDF
  • Задача: Deep learning algorithms pushed computer vision to a level of accuracy comparable or higher than a human vision. Similarly, we believe that it is possible to recognize the symmetry of a 3D object with a very high reliability, when the object is represented as a density map. The optimization problem includes i) multiclass classification of 3D data. The output is the order of symmetry. The number of classes is ~10-20 ii) multioutput regression of 3D data. The output is the symmetry axis (a 3-vector). The input data are typically 24x24x24 meshes. The total amount of these meshes is of order a million. Biological motivation : Symmetry is an important feature of protein tertiary and quaternary structures that has been associated with protein folding, function, evolution, and stability. Its emergence and ensuing prevalence has been attributed to gene duplications, fusion events, and subsequent evolutionary drift in sequence. Methods to detect these symmetries exist, either based on the structure or the sequence of the proteins, however, we believe that they can be vastly improved.
  • Данные: Synthetic data are obtained by ‘symmetrizing’ folds from top8000 library (http://kinemage.biochem.duke.edu/databases/top8000.php).
  • Литература: Our previous 3D CNN: [51] Invariance of CNNs (and references therein): [52], [53]
  • Базовый алгоритм: A prototype has already been created using the Tensorflow framework [4], which is capable to detect the order of cyclic structures with about 93% accuracy. The main goal of this internship is to optimize the topology of the current neural network prototype and make it rotational and translational invariant with respect to input data. [4] [54]
  • Решение: The network architecture needs to be modified according to the invariance properties (most importantly, rotational invariance). Please see the links below [55], [56] The code is written using the Tensorflow library, and the current model is trained on a single GPU (Nvidia Quadro 4000)of a desktop machine.
  • Новизна: Applications of convolutional networks to 3D data are still very challenging due to large amount of data and specific requirements to the network architecture. More specifically, the models need to be rotationally and transnationally invariant, which makes classical 2D augmentation tricks loosely applicable here. Thus, new models need to be developed for 3D data.
  • Авторы: эксперт Sergei Grudinin, консультанты Guillaume Pages

Задача 8

  • Название: Порождение признаков с помощью локально-аппроксимирующих моделей (Классификация видов деятельности человека по измерениям фитнес-браслетов).
  • Задача: Требуется проверить выполнимость гипотезы о простоте выборки для порожденных признаков. Признаки - оптимальные параметры аппроксимирующих моделей. При этом вся выборка не является простой и требует смеси моделей для ее аппроксимации. Исследовать информативность порожденных признаков - параметров аппроксимирующих моделей, обученных на сегментах исходного временного ряда. По измерениям акселерометра и гироскопа требуется определить вид деятельности рабочего. Предполагается, что временные ряды измерений содержат элементарные движения, которые образуют кластеры в пространстве описаний временных рядов. Характерная продолжительность движения – секунды. Временные ряды размечены метками вида деятельности: работа, отдых. Характерная продолжительность деятельности – минуты. Требуется по описанию временного ряда и кластера восстановить вид деятельности.
  • Данные: Временные ряды акселерометра WISDM (Временной ряд (библиотека примеров), раздел Accelerometry).
    • WISDM (Kwapisz, J.R., G.M. Weiss, and S.A. Moore. 2011. Activity recognition using cell phone accelerometers. ACM SigKDD Explorations Newsletter. 12(2):74–82.), USC-HAD или сложнее. Данные акселерометра (Human activity recognition using smart phone embedded sensors: A Linear Dynamical Systems method, W Wang, H Liu, L Yu, F Sun - Neural Networks (IJCNN), 2014)
  • Литература:
    • Motrenko A.P., Strijov V.V. Extracting fundamental periods to segment human motion time series // Journal of Biomedical and Health Informatics, 2016, Vol. 20, No. 6, 1466 - 1476. URL
    • Карасиков М.Е., Стрижов В.В. Классификация временных рядов в пространстве параметров порождающих моделей // Информатика и ее применения, 2016.URL
    • Кузнецов М.П., Ивкин Н.П. Алгоритм классификации временных рядов акселерометра по комбинированному признаковому описанию // Машинное обучение и анализ данных. 2015. T. 1, № 11. C. 1471 - 1483. URL
    • Исаченко Р.В., Стрижов В.В. Метрическое обучение в задачах многоклассовой классификации временных рядов // Информатика и ее применения, 2016, 10(2) : 48-57. URL
    • Задаянчук А.И., Попова М.С., Стрижов В.В. Выбор оптимальной модели классификации физической активности по измерениям акселерометра // Информационные технологии, 2016. URL
    • Ignatov A., Strijov V. Human activity recognition using quasiperiodic time series collected from a single triaxial accelerometer // Multimedia Tools and Applications, 2015, 17.05.2015 : 1-14. URL
  • Базовый алгоритм: Базовый алгоритм описан в работах [Карасиков, Стрижов: 2016] и [Кузнецов, Ивкин: 2014].
  • Решение: Требуется построить набор локально-аппроксимирующих моделей и выбрать наиболее адекватные. Найти оптимальный способ сегментации и оптимальное описание временного ряда. Построить метрическое пространство описаний элементарных движений.
  • Новизна: Создан стандарт построения локально-аппроксимирующих моделей. Соединение двух характеристических времен описания жизни человека, комбинированная постановка задачи.
  • Авторы: А.П. Мотренко (консультант), В.В. Стрижов (эксперт) Олег Терехов, Александра Гальцева (команда)

Задача 46

  • Название: Задача поиска символов в текстах
  • Задача: В простейшем случае эта задача сводится к задаче Sequence Labeling на размеченной выборке. Сложность заключается в получении достаточного объёма обучающих данных, то есть требуется по имеющейся небольшой экспертной разметке получить выборку большего размера (автоматически путём поиска закономерностей или же путём составления несложной и качественной инструкции для разметки, например, в Толоке). Наличие разметки позволяет начать эксперименты с подбором оптимальной модели, здесь могут быть интересны разнообразные нейросетевые архитектуры (BiLSTM, Transformer и т.п.).
  • Данные: Словарь символов
, Размеченные художественные тексты

  • Литература: http://www.machinelearning.ru/wiki/images/0/05/Mmta18-rnn.pdf
  • Базовый алгоритм: HMM, RNN
  • Решение: Предлагается сравнить работы нескольких state-of-the-art алгоритмов. Предложить метрику качества классификатора для символов (символ/не символ). Определить применимость методов.
  • Новизна: Предлагаемый подход к анализу текста используется экспертами в ручном режиме и не был автоматизирован
  • Авторы: М. Апишев (консультант), Д. Лемтюжникова

Задача 12

  • Название: Обучение машинного перевода без параллельных текстов.
  • Задача: Рассматривается задача построения модели перевода текста без использования параллельных текстов, т.е. пар одинаковых предложений на разных языках. Данная задача возникает при построении моделей перевода для низкоресурсных языков (т.е. языков, для которых данных в открытом доступе немного).
  • Данные: Выборка статей из Wikipedia на двух языках.
  • Литература:
    • [57] Unsupervised Machine Translation Using Monolingual Corpora Only
    • [58] Sequence to sequence.
    • [59] Autoencoding.
    • [60] Training with Monolingual Training Data.
  • Базовый алгоритм: Unsupervised Machine Translation Using Monolingual Corpora Only.
  • Решение: В качестве модели перевода предлагается рассмотреть кобминацию двух автокодировщиков, каждый из которых отвечает за представление предложений на одном из языков. Оптимизация моделей проводится таким образом, чтобы скрытые пространства автокодировщиков для разных языков совпадали. В качестве исходного представления предложений предлагается рассматривать их графовое описание, получаемое с использованием мультиязычных онтологий.
  • Новизна: Предложен способ построения модели перевода с учетом графовых описаний предложений.
  • Авторы: О.Ю. Бахтеев, В.В. Стрижов, Eric Gaussier

Задача 47

  • Название: Deep learning for RNA secondary structure prediction
  • Задача: RNA secondary structure is an important feature which defines RNA functional properties. Its importance can be illustrated by the fact, that it is evolutionary preserved and some types of functional RNAs always * have the same secondary structure, for example all tRNAs fold into cloverleaf. As secondary structure often defines functions, knowing RNAs secondary structure may help investigate functions of novel RNA molecules. RNA folding is not as easy as DNA folding, because RNA is single stranded molecule which forms complicated base-pairing interactions, while DNA mostly exists as fully base paired double helices. Current methods of RNA structure prediction rely on experimentally evaluated thermodynamic rules, but with thermodynamics alone only 80% of structures can be accurately predicted. We propose an AI-driven method for predicting RNA secondary structure inspired by neural machine translation model.
  • Данные: RNA sequences in form of strings of characters
  • Литература: https://arxiv.org/abs/1609.08144
  • Базовой алгоритм: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/16873527
  • Решение: Deep learning recurrent encoder-decoder model with attention
  • Новизна: Currently RNA secondary structure prediction still remains unsolved problem and to the best of our knowledge DL approach has never been introduced in the literature before
  • Авторы: консультант Мария Попова Chapel-Hill

Задача 4

  • Название: Автоматическая настройка параметров АРТМ под широкий класс задач.
  • Задача: Открытая библиотека bigARTM позволяет строить тематические модели, используя широкий класс возможных регуляризаторов. Однако такая гибкость приводит к тому, что задача настройки коэффициентов оказывается очень сложной. Эту настройку можно значительно упростить, используя механизм относительных коэффициентов регуляризации и автоматический выбор N-грамм. Нужно проверить гипотезу о том, что существует универсальный набор относительных коэффициентов регуляризации, дающий "достаточно хорошие" результаты на широком классе задач. Дано несколько датасетов с каким-то внешним критерием качества (например, классификация документов по категориям или ранжирование). Находим лучшие параметры для конкретного датасета, дающие "локально лучшую модель". Находим алгоритм инициализации bigARTM, производящий тематические модели с качеством, сравнимым с "локально лучшей моделью" на её датасете. Критерий сравнимости по качеству: на данном датасете качество "универсальной модели" не более чем на 5% хуже, чем у "локально лучшей модели".
  • Данные: Victorian Era Authorship Attribution Data Set, 20 Newsgroups, МКБ-10, триплеты для поиска/ранжирования.
  • Литература:
    1. ВКР Никиты Дойкова: http://www.machinelearning.ru/wiki/images/9/9f/2015_417_DoykovNV.pdf
    2. Презентация Виктора Булатова на научном семинаре: https://drive.google.com/file/d/19pJ21LRPeeOxY4mkcSnQCRm93zOO4J5b/view
    3. Черновик с формулами: https://drive.google.com/open?id=1AqS7snUsSJ18ZYBtC-6uP_2dMTDJSGeD
  • Базовый алгоритм: PLSA / LDA / логрегрессия.
  • Решение: bigARTM с фоновыми темами и регуляризаторами сглаживания, разреживания и декорреляции (коэффициенты подобраны автоматически), а также с автоматически выделенными N-граммами.
  • Новизна: Потребность в автоматизированной настройке параметров модели и отсутствие подобных реализаций в научном сообществе.
  • Авторы: консультант Виктор Булатов, эксперт К.В.Воронцов.

Задача 50

  • Название: Тематический поиск схожих дел в коллекции актов арбитражных судов.
  • Задача: Построить алгоритм информационного поиска по коллекции актов арбитражных судов. Запросом может быть произвольный документ коллекции (текст акта). Результатом поиска должен быть список документов коллекции, ранжированный по убыванию релевантности.
  • Данные: коллекция текстовых документов — актов арбитражных судов http://kad.arbitr.ru.
  • Литература:
    1. Анастасия Янина. Тематический разведочный информационный поиск. 2018. ФИВТ МФТИ.
    2. Ianina A., Golitsyn L., Vorontsov K. Multi-objective topic modeling for exploratory search in tech news. AINL-2017. CCIS, Springer, 2018.
    3. Ahmed El-Kishky, Yanglei Song, Chi Wang, Clare Voss, Jiawei Han. Scalable Topical Phrase Mining from Text Corpora. 2015.
  • Базовый алгоритм: BigARTM с регуляризаторами декоррелирования, сглаживания, разреживания. Поиск по TF-IDF слов, по TF-IDF ссылок НПА, по тематическим векторным представлениям документов, с использованием косинусной меры близости. Алгоритм TopMine для выделения коллокаций.
  • Решение: Добавить модальность ссылок на нормативно-правовые акты. Добавить модальность юридических терминов. Подобрать оптимальное число тем и стратегию регуляризации. Организовать процесс разметки пар документов. Реализовать оценивание качества поиска по размеченной выборке пар документов.
  • Новизна: Первая попытка применения АРТМ для тематического поиска по юридическим текстам.
  • Авторы: консультант Екатерина Артёмова, эксперт К.В.Воронцов.

Вторая группа??

Автор Тема научной работы Ссылки Консультант Рецензент
Вишнякова Нина Optimal Approximation of Non-linear Power Flow Problem LinkReview paper code presentation video Yury Maximov рецензент Логинов Роман

review

Кудрявцева Полина Прогнозирование намерений. Построение оптимальной модели декодирования сигналов при моделировании нейрокомпьютерного интерфейса. code

LinkReview paper video presentation

Роман Исаченко Нечепуренко Иван

review

Логинов Роман Мультимоделирование как универсальный способ описания выборки общего вида code

LinkReview paper ChatInvite presentation video

Адуенко А. А. Макаров Михаил review
Михаил Макаров Определение местоположения по сигналам акселерометра code

LinkReview paper презентация video

Анастасия Мотренко Черепков Антон: review
Козинов Алексей Задача поиска символов в изображениях LinkReview

paper code

М. Апишев,

Д. Лемтюжникова

Грачёва Анастасия (рецензия)
Бучнев Валентин Раннее прогнозирование достаточного объема выборки для обобщенной линейной модели. LinkReview

paper code presentation video

Грабовой А. В. рецензент
Нечепуренко Иван Мультимоделирование, привилегированное обучение code,

paper, LinkReview презентация

Р. Г. Нейчев Кудрявцева Полина
Грачева Анастасия Оценка энергии связывания белка и маленьких молекул code

paper LinkReview presentation video

Сергей Грудинин,

Мария Кадукова

рецензент
Черепков Антон Привилегированное обучение в задаче аппроксимации границ радужки глаза paper, slides, code, LinkReview

video

Р. Г. Нейчев Лепехин Михаил

preliminary review

Лепехин Михаил Создание ранжирующих моделей для систем информационного поиска. Алгоритм прогнозирования структуры локально-оптимальных моделей code

LinkReview paper presentation video

Андрей Кулунчаков Вишнякова Нина, рецензия
Гридасов Илья Автоматическое построение нейросети оптимальной сложности LinkReview

paper Presentation code

О. Ю. Бахтеев, В. В. Стрижов Бучнев Валентин
Теленков Дмитрий Декодирование сигналов мозга и прогнозирование намерений LinkReview

git The paper Presentation code

Андрей Задаянчук рецензент

Задача 18

  • Название: Прогнозирование намерений. Построение оптимальной модели декодирования сигналов при моделировании нейрокомпьютерного интерфейса.
  • Задача: Нейрокомпьютерный интерфейс (BCI) позволяет помочь людям с ограниченными возможностями вернуть их мобильность. По имеющемуся описанию сигнала прибора необходимо смоделировать поведение субъекта.
  • Данные: Наборы данных сигналов мозга ECoG/EEG.
  • Литература:
    • Motrenko A.P., Strijov V.V. Multi-way feature selection for ECoG-based brain-computer Interface // Expert systems with applications. - 2018.
  • Базовый алгоритм: Сравнение предлагается производить с алгоритмом частных наименьших квадратов (partial least squares).
  • Решение: В данной работе предлагается построить единую систему, решающую задачу декодирования сигналов. В качестве этапов построения такой системы предлагается решить задачи предобработки данных, выделения признакового пространства, снижения размерности и выбора модели оптимальной сложности. Предлагается использовать тензорный вариант PLS с отбором признаков.
  • Новизна: В постановке задачи учитывается комплексная природа сигнала: непрерывная траектория движения, наличие дискретных структурных переменных (пальцы или движение суставов), наличие непрерывных переменных (позиция пальца или конечности).
  • Авторы: В.В. Стрижов, Tetiana Aksenova, консультант – Роман Исаченко

Задача 41

  • Название: Optimal Approximation of Non-linear Power Flow Problem
  • Задача: Our goal is to approximate the solution of non-linear non-convex optimal power flow problem by solving a sequence of convex optimization problems (aka trust region approach). On this way we propose to compare various approaches for approximate solution of this problem with adaptive approximation of the power flow non-linearities with a sequence of quadratic and/or piece-wise linear functions
  • Данные: Matpower module from MATLAB contains all necessary test cases. Start considering with IEEE 57 bus case.
  • Литература:
    1. Molzahn, D. K., & Hiskens, I. A. (2019). A survey of relaxations and approximations of the power flow equations. Foundations and Trends in Electric Energy Systems, 4(1-2), 1-221. https://www.nowpublishers.com/article/DownloadSummary/EES-012
    2. The QC Relaxation: A Theoretical and Computational Study on Optimal Power Flow. Carleton Coffrin  ; Hassan L. Hijazi ; Pascal Van Hentenryck https://ieeexplore.ieee.org/abstract/document/7271127/
    3. Convex Relaxations in Power System Optimization: A Brief Introduction. Carleton Coffrin and Line Roald. https://arxiv.org/pdf/1807.07227.pdf
    4. Optimal Adaptive Linearizations of the AC Power Flow Equations. Sidhant Misra, Daniel K. Molzahn, and Krishnamurthy Dvijotham https://molzahn.github.io/pubs/misra_molzahn_dvijotham-adaptive_linearizations2018.pdf
  • Базовой алгоритм: A set of algorithms described in [1] should be considered to compare with, details behind the proposed method would be shared by the consultant (a draft of the paper)
  • Решение: to figure out the quality of the solution we propose to compare it with the ones given by IPOPT and numerous relaxations, and do some reverse engineering regarding to our method
  • Новизна: The OPF is a truly hot topic in power systems, and is of higher interest by the discrete optimization community (as a general QCQP problem). Any advance in this area is of higher interest by the community
  • Авторы: Yury Maximov (consultant and expert), Michael Chertkov (expert)
  • Замечания: the problem has both the computational and the theoretical focuses, so 2 students are ok to work on this topic

Задача 4

  • Название: Автоматическая настройка параметров АРТМ под широкий класс задач.
  • Задача: Открытая библиотека bigARTM позволяет строить тематические модели, используя широкий класс возможных регуляризаторов. Однако такая гибкость приводит к тому, что задача настройки коэффициентов оказывается очень сложной. Эту настройку можно значительно упростить, используя механизм относительных коэффициентов регуляризации и автоматический выбор N-грамм. Нужно проверить гипотезу о том, что существует универсальный набор относительных коэффициентов регуляризации, дающий "достаточно хорошие" результаты на широком классе задач. Дано несколько датасетов с каким-то внешним критерием качества (например, классификация документов по категориям или ранжирование). Находим лучшие параметры для конкретного датасета, дающие "локально лучшую модель". Находим алгоритм инициализации bigARTM, производящий тематические модели с качеством, сравнимым с "локально лучшей моделью" на её датасете. Критерий сравнимости по качеству: на данном датасете качество "универсальной модели" не более чем на 5% хуже, чем у "локально лучшей модели".
  • Данные: Victorian Era Authorship Attribution Data Set, 20 Newsgroups, МКБ-10, триплеты для поиска/ранжирования.
  • Литература:
    1. ВКР Никиты Дойкова: http://www.machinelearning.ru/wiki/images/9/9f/2015_417_DoykovNV.pdf
    2. Презентация Виктора Булатова на научном семинаре: https://drive.google.com/file/d/19pJ21LRPeeOxY4mkcSnQCRm93zOO4J5b/view
    3. Черновик с формулами: https://drive.google.com/open?id=1AqS7snUsSJ18ZYBtC-6uP_2dMTDJSGeD
  • Базовый алгоритм: PLSA / LDA / логрегрессия.
  • Решение: bigARTM с фоновыми темами и регуляризаторами сглаживания, разреживания и декорреляции (коэффициенты подобраны автоматически), а также с автоматически выделенными N-граммами.
  • Новизна: Потребность в автоматизированной настройке параметров модели и отсутствие подобных реализаций в научном сообществе.
  • Авторы: консультант Виктор Булатов, эксперт К.В. Воронцов.

Задача 2

  • Название: Исследование опорных объектов в задаче метрической классификации временных рядов.
  • Задача: Функция DTW - это расстояние между двумя временными рядами, которые могут быть нелинейно деформированы друг относительно друга. Она ищет наилучшее выравнивание между двумя объектами, поэтому ее можно использовать в задаче метрической классификации объектов. Один из методов решения задачи метрической классификации - измерение расстояний до опорных объектов и использование вектора этих расстояний в качестве признакового описания объекта. Метод DBA - это алгоритм построения центроидов (опорных объектов) для временных рядов на основе расстояния DTW. При построении расстояния между временным рядом и центроидом различные пары значений (например пиковые значения) более характерны для одного из классов, и влияние таких совпадений на значение расстояния должна быть выше.

Необходимо исследовать различные способы построения опорных объектов, а также определение их оптимального числа. Критерием является качество работы метрического классификатора в задаче. В методе DBA для каждого центроида предлагается создавать вектор весов, который демонстрирует "значимость" измерений центроида, и использовать его в модифицированной функции расстояния weighted-DTW.

  • Данные: Данные описывают 6 классов временных рядов с акселерометра мобильного телефона. https://sourceforge.net/p/mlalgorithms/code/HEAD/tree/Group274/Goncharov2015MetricClassification/data/
  • Литература:
    1. DTW: http://citeseerx.ist.psu.edu/viewdoc/download?doi=10.1.1.215.7850&rep=rep1&type=pdf
    2. DBA: https://hal.sorbonne-universite.fr/hal-01630288/document
    3. weighted DTW: http://www.mathnet.ru/php/archive.phtml?wshow=paper&jrnid=ia&paperid=414&option_lang=rus
  • Базовый алгоритм: Реализовать базовые методы:
    1. Выбор подмножества объектов обучающей выборки как опорных
    2. Предварительная обработка аномальных объектов
    3. Кластеризация объектов обучающей выборки для построения центроидов внутри кластера
    4. Использование метода DBA для построения опорных объектов
    5. Использование методов численной оптимизации для поиска оптимального вектора весов с заданными ограничениями
  • Решение: Расширение типов ограничений на вид вектора весов: бинарный вектор, одинаковый вектор для всех центроидов, бинарный одинаковый вектор для всех центроидов. Такое решение позволит экономить затраты энергии при работе датчиков мобильного устройства.

Исследование литературы и комбинация up-to-date методов.

  • Новизна: Не проводилось комплексного исследования различных способов построения центроидов и опорных элементов вместе с выбором их оптимального числа.
  • Авторы: Алексей Гончаров - консультант, эксперт, В.В. Стрижов - эксперт

Задача 7

  • Название: Привилегированное обучение в задаче аппроксимации границ радужки глаза
  • Задача: По изображению человеческого глаза определить окружности, аппроксимирующие внутреннюю и внешнюю границу радужки.
  • Данные: Растровые монохромные изображения, типичный размер 640*480 пикселей (однако, возможны и другие размеры)[61], [62].
  • Литература:
    • Адуенко А.А. Выбор мультимоделей в задачах классификации (научный руководитель В.В. Стрижов). Московский физико-технический институт, 2017. [63]
    • К.А.Ганькин, А.Н.Гнеушев, И.А.Матвеев Сегментация изображения радужки глаза, основанная на приближенных методах с последующими уточнениями // Известия РАН. Теория и системы управления, 2014, № 2, с. 78–92.
    • Duda, R. O. Use of the Hough transformation to detect lines and curves in pictures / R. O. Duda, P. E. Hart // Communications of the ACM. 1972. Vol. 15, no. 1. Pp.
  • Базовый алгоритм: Ефимов Юрий. Поиск внешней и внутренней границ радужки на изображении глаза методом парных градиентов, 2015.
  • Решение: См. Iris_circle_problem.pdf
  • Новизна: Предложен быстрый беспереборный алгоритм аппроксимации границ с помощью линейных мультимоделей. Дополнительно капсульные нейросети.
  • Консультант: Радослав Нейчев (автор Стрижов В.В., эксперт Матвеев И.А.)

Задача 44

  • Название: Ранее прогнозирование достаточного объема выборки для обобщенно линейной модели.
  • Задача: Исследуется проблема планирования эксперимента. Решается задача оценивания достаточного объема выборки по данным. Предполагается, что выборка является простой. Она описывается адекватной моделью. Иначе, выборка порождается фиксированной вероятностной моделью из известного класса моделей. Объем выборки считается достаточным, если модель восстанавливается с достаточной достоверностью. Требуется, зная модель, оценить достаточный объем выборки на ранних этапах сбора данных.
  • Данные: Для вычислительного эксперимента предлагается использовать классические выборки из UCI репозитория. Ссылка на выборки https://github.com/ttgadaev/SampleSize/tree/master/datasets
  • Литература:
    1. [Обзор методов для оценки объема выборки]
    2. http://svn.code.sf.net/p/mlalgorithms/code/PhDThesis/..
    3. Метод бутстреп. https://projecteuclid.org/download/pdf_1/euclid.aos/1..

Bishop, C. 2006. Pattern Recognition and Machine Learning. Berlin: Springer. 758 p.

  • Базовый алгоритм: Будем говорить, что объем выборки достаточный, если логарифм правдоподобия имеет малую дисперсию, на подборке размера m, посчитанную при помощи бутстрепа.

Пытаемся аппроксимировать зависимость среднего значения log-likelihood и его дисперсии от размера выборки.

  • Решение: Методы описанные в обзоре являются асимптотическими или же требуют заведомо большого размера выборки. Новый метод должен заключаться в том, чтобы прогнозировать объем на начальных этапах планирования эксперимента, то есть когда данных мало.
  • Авторы: Грабовой А. В. (консультант), Гадаев Т. Т Стрижов В. В. (эксперты)
  • Примечание: для определения простоты выборки предлагается новое определение сложности (Сергей Иванычев). Это отдельная работа, +1 задача 44a (? Катруца).

Задача 15

  • Название: Формулировка и решение задачи оптимизации, сочетающей классификацию и регрессию, для оценки энергии связывания белка и маленьких молекул. Описание задачи [64]
  • Задача: С точки зрения биоинформатики, задача заключается в оценке свободной энергии связывания белка с маленькой молекулой (лигандом): наилучший лиганд в своем наилучшем положении имеет наименьшую свободную энергию взаимодействия с белком. (Далее большой текст, см. файл по ссылке вверху.)
  • Данные:
    • Данные для бинарной классификации. Около 12,000 комплексов белков с лигандами: для каждого из них есть 1 нативная поза и 18 ненативных. Основными дескрипторами являются гистограммы распределений расстояний между различными атомами белка и лиганда, размерность вектора дескрипторов ~ 20,000. В случае продолжения исследования и публикации в профильном журнале набор дескрипторов может быть расширен. Данные будут предоставлены в виде бинарных файлов со скриптом на python для чтения.
    • Данные для регрессии. Для каждого из представленных комплексов известно значение величины, которую можно интерпретировать как энергию связывания.
  • Литература:
  • Базовый алгоритм: [68] В задаче классификации мы использовали алгоритм, похожий на линейный SVM, связь которого с оценкой энергии, выходящей за рамки задачи классификации, описана в указанной выше статье. В задаче регрессии можно использовать различные функции потерь.
  • Решение: Необходимо связать использованную ранее оптимизационную задачу с задачей регрессии и решить стандартными методами. Для проверки работы алгоритма будет использована кросс-валидация. Есть отдельный тестовый сет, состоящий из (1) 195 комплексов белков и лигандов, для которых нужно найти наилучшую позу лиганда (алгоритм получения положений лиганда отличается от используемого при обучении), (2) комплексов белков и лигандов, для нативных поз которых нужно предсказать энергию связывания, и (3) 65 белков, для которых нужно найти наиболее сильно связывающийся лиганд.
  • Новизна: В первую очередь, интерес представляет объединение задач классификации и регрессии. Правильная оценка качества связывания белка и лиганда используется при разработке лекарства для поиска молекул, наиболее сильно взаимодействующих с исследуемым белком. Использование описанной выше задачи классификации для предсказания энергии связывания приводит к недостаточно высокой корреляции предсказаний с экспериментальными значениями, в то время как использование одной лишь задачи регрессии приводит к переобучению.
  • Авторы Сергей Грудинин, Мария Кадукова

Задача 27

  • Название: Создание ранжирующих моделей для систем информационного поиска. Алгоритм прогнозирования структуры локально-оптимальных моделей
  • Задача: Требуется спрогнозировать временной ряд с помощью некоторой параметрической суперпозицией алгебраических функций. Предлагается не стоить прогностическую модель, а спрогнозировать ее, то есть предсказать структуру аппроксимирующей суперпозиции. Вводится класс рассматриваемых суперпозиций, и на множестве таких структурных описаний проводится поиск локально-оптимальной модели для рассматриваемой задачи. Задача состоит в 1) поиске подходящего структурного описания модели 2) описания алгоритма поиска той структуры, которая будет соответствовать оптимальной модели 3) описания алгоритма обратного построения модели по ее структурному описанию. В качестве уже имеющегося примера ответа на вопросы 1-3, смотри работы А. А. Варфоломеевой.
  • Данные:
    • Коллекция текстовых документов TREC (!)
    • Набор временных рядов, который подразумевает восстановление функциональных зависимостей. Предлагается сначала использовать синтетические данные или сразу применить алгоритм к прогнозированию временных рядов 1) потребления электроэнергии 2) физической активности с последующим анализом получающихся структур.
  • Литература:
    1. (!) Kulunchakov A.S., Strijov V.V. Generation of simple structured Information Retrieval functions by genetic algorithm without stagnation // Expert Systems with Applications, 2017, 85 : 221—230.
    2. А. А. Варфоломеева Выбор признаков при разметке библиографических списков методами структурного обучения, 2013, [69]
    3. Bin Cao, Ying Li and Jianwei Yin Measuring Similarity between Graphs Based on the Levenshtein Distance, 2012, [70]
  • Базовой алгоритм: Описан в [1]. Развит в работе команды группы 974. Предлагается использовать их код и эксперимент.
  • Решение: Предлагается попробовать повторить эксперимент А. А. Варфоломеевой для другого структурного описания, чтобы понять, что происходит. Суперпозиция алгебраических функций задает ордерево, на вершинах которого заданы метки соответствующих алгебраических функций или переменных. Поэтому структурным описанием такой суперпозиции может являться ее DFS-code. Это строка, состоящая из меток вершин, записанных в порядке обхода дерева поиском в глубину. Зная арности соответствующих алгебраических функций, можем любой такой DFS-code восстановить за O(n) и получить обратно суперпозицию функций. На множестве подобных строковых описаний предлагается искать то строковое описание, которое будет соответствовать оптимальной модели.
  • Авторы: консультант Андрей Кулунчаков (Inria Montbonnot), эксперт В. В. Стрижов

Задача 26

  • Название: Определение местоположения по сигналам акселерометра
  • Задача: Даны исходные координаты, сигналы акселерометра, дополнительная информация (сигналы гироскопа, магнетометра). Возможно, дана неточная карта (задача SLAM)
  • Данные: из работы [1], данные, собранные самостоятельно.
  • Литература:
    1. https://arxiv.org/pdf/1712.09004.pdf
    2. https://ieeexplore.ieee.org/document/1528431
  • Базовый алгоритм: из работы [1].
  • Решение: Поиск априорной и дополнительной информации, которая позволяет повысить точность позиционирования.
  • Новизна: Постановка задачи в терминах Projection to Latent Spaces
  • Авторы: консультант Анастасия Мотренко, эксперт Илья Гарцеев, В. В. Стрижов

Задача 45

  • Название: Задача поиска символов в изображениях
  • Задача: Данная задача в одном из вариантов постановки может быть сведена к двум последовательным операциям: 1) поиск объектов на изображении и определение их класса 2) поиск в базе данных информации о символическом смысле найденных объектов. Основная сложность решения задачи заключена в поиске объектов на изображении. Однако следующая классификация также может быть затруднительной в связи с тем, что изображение объекта может быть неполным, необычно стилизованным и т.п.
  • Данные: Словарь символов
 Сайты-музеи
 Image-net

  • Литература:
    1. http://www.machinelearning.ru/wiki/images/e/e2/IDP18.pdf (с. 116)
    2. http://www.image-net.org
  • Базовый алгоритм: CNN
  • Решение: Предлагается сравнить работы нескольких state-of-the-art алгоритмов. Предложить метрику качества поиска и классификации объектов. Определить применимость методов.
  • Новизна: Предлагаемый подход к анализу изображений используется экспертами в ручном режиме и не был автоматизирован
  • Авторы: М. Апишев (консультант), Д. Лемтюжникова

Задача 28

  • Название: Мультимоделирование как универсальный способ описания выборки общего вида
  • Задача: Построить метод инкрементального уточнения структуры мультимодели при появлении новых объектов. Разработка и сравнение разных алгоритмов обновления структуры мультимоделей. Построение оптимальной схемы уточнения структуры мультимодели в зависимости от полного размера выборки.
  • Данные: На начальном этапе работы используются синтетические данные с известной статистической структурой. Тестирование разработанных методов производится на реальных данных из репозитория UCI.
  • Литература:
  1. Bishop, Christopher M. «Pattern recognition and machine learning». Springer, New York (2006).
  2. Gelman, Andrew, et al. Bayesian data analysis, 3rd edition. Chapman and Hall/CRC, 2013.
  3. MacKay, David JC. «The evidence framework applied to classification networks.» Neural computation 4.5 (1992): 720—736.
  4. Адуенко А. А. «Выбор мультимоделей в задачах классификации» кандидатская диссертация
  5. Motrenko, Anastasiya, Vadim Strijov, and Gerhard-Wilhelm Weber. «Sample size determination for logistic regression.» Journal of Computational and Applied Mathematics 255 (2014): 743—752.
  • Базовой алгоритм: Алгоритм построения адекватных мультимоделей из #4.
  • Решение: Байесовский подход к задаче выбора моделей на основании обоснованности. Анализ свойств обоснованности и ее связи со статистической значимостью.
  • Новизна: Предлагается метод построения оптимальной схемы обновления структуры мультимодели при появлении новых объектов. Исследована связь обоснованности и статистической значимости для некоторых классов моделей.
  • Авторы: Стрижов Вадим Викторович, Адуенко Александр Александрович (GMT-5)

Задача 11

Задача 48

  • Название: Мультимоделирование, привилегированное обучение
  • Задача: Рассматривается задача обучения одной модели с помощью другой
  • Данные: Выборки временных рядов
  • Литература:
    1. https://github.com/neychev/distillation_n_privileged_info_torch
    2. https://github.com/neychev/Multitask_forecast_code
    3. Статья по Mixture Experts
    4. Диплом Нейчева http://www.machinelearning.ru/wiki/images/3/36/NeyhevMS_Thesis.pdf
  • Базовый алгоритм: Смесь экспертов, привилегоированное обучение, дистилляция
  • Решение Выполнить эксперимент, иллюстрирующий эти подходы
  • Новизна: Предложен метод прогнозирования, использующий апроорную информацию о принадлежности выборки модели (опубликовать полученные результаты).
  • Авторы: Р.Г. Нейчев (консультант), В.В. Стрижов


Задача 49

  • Название: Декодирование сигналов мозга и прогнозирование намерений
  • Задача: Требуется построить модель, восстанавливающую движение конечностей по кортикограмме.
  • Данные: neurotycho.org [9] (или пальцы)
  • Литература:
    • Нейчев Р.Г., Катруца А.М., Стрижов В.В. Выбор оптимального набора признаков из мультикоррелирующего множества в задаче прогнозирования // Заводская лаборатория. Диагностика материалов, 2016, 82(3) : 68-74. [10]
    • Isachenko R.V., Strijov V.V. Quadratic Programming Optimization with Feature Selection for Non-linear Models // Lobachevskii Journal of Mathematics, 2018, 39(9) : 1179-1187. Article
  • Базовый алгоритм: Partial Least Squares[11]
  • Решение: Создать алгоритм выбора признаков, альтернативный PLS и учитывающий неортогональную структуру взаимозависимости признаков.
  • Новизна: Предложен способ выбора признаков, учитывающий закономерности как и независимой, так и в зависимой переменной. Бонус: исследовать изменения структуры модели при изменении характера выборки.
  • Авторы: Андрей Задаянчук, В.В. Стрижов

2018

осень 2018

Номер Название проекта Материалы Команда
0 (пример) Метрическая классификация временных рядов code,

LinkReview, Discussion

Алексей Гончаров*, Максим Савинов
1 Прогнозирование направления движения цены биржевых инструментов по новостному потоку0 Code,

LinkReview, Slides, Report

Александр Борисов,

Дробин Максим, Говоров Иван, Мухитдинова София, Валентин Родионов, Валентин Ахияров

2 Построение опорных объектов для множества многомерных временных рядов Code

LinkReview

Исхаков Ришат,

Корепанов Георгий, Степан Солоднев Самирханов Данил

3 Динамическое выравнивание многомерных временных рядов Code

LinkReview Slides Report

Глеб Моргачев,

Владислав Смирнов, Татьяна Липницкая

4 Автоматическая настройка параметров АРТМ под широкий класс задач Code,

LinkReview, Presentation

Голубева Татьяна,

Иванова Екатерина, Матвеева Светлана, Трусов Антон, Царицын Михаил, Черноног Вячеслав

5 Нахождение парафразов Code,

LinkReview

Stas Okrug, Nikita Mokrov

Fedor Kitashov, Polina Proskura, Natalia Basimova, Roman Krasnikov, Akhmedkhan Shabanov

6 On conformational changes of proteins using collective motions in torsion angle space and L1 regularization Code,

LinkReview Presentation

Ryabinina Raisa, Emtsev Daniil
7 Privileged training in the problem of approximating the borders of the iris Code,

LinkReview

Pavel Fedosov, Alexey Gladkov,

Genrikh Kenigsberger, Ivan Korostelev, Nikolay Balakin

8 Порождение признаков с помощью локально-аппроксимирующих моделей Code,

LinkReview

Ибрагим Курашов, Наиль Гильмутдинов,

Альберт Мулюков, Валентин Спивак

9 Распознавание текста на основе скелетного представления толстых линий и сверточных сетей Code, LiteratureReview, Slides, report Kutsevol Polina

Lukoyanov Artem Korobov Nikita Boyko Alexander Litovchenko Leonid Valukov Alexandr Badrutdinov Kamil Yakushevskiy Nikita Valyukov Nikolay Tushin Kirill


10 Сравнение нейросетевых и непрерывно-морфологических методов в задаче детекции текста Code, LinkReview, Discussion, Presentation Гайдученко Николай

Торлак Артём Акимов Кирилл Миронова Лилия Гончар Даниил

11 Автоматическое построение нейросети оптимальной сложности Code, LinkReview, report, slides Николай Горян

Александр Улитин Товкес Артем Таранов Сергей Губанов Сергей Криницкий Константин Забазнов Антон Валерий Маркин

12 Обучение машинного перевода без параллельных текстов. Code,

LinkReview, Отчет, Слайды

Александр Артеменков

Ангелина Ярошенко Андрей Строганов Егор Скиднов Анастасия Борисова Рябов Федор Мазуров Михаил

13 Глубокое обучение для предсказания вторичной структуры РНК Code

Link Review

Дорохин Семён

Пастухов Сергей Пикунов Андрей Нестерова Ирина Курилович Анна chat

14 Deep Learning for reliable detection of tandem repeats in 3D protein structures Code

Link Review

Веселова Евгения
15 Формулировка и решение задачи оптимизации, сочетающей классификацию и регрессию, для оценки энергии связывания белка и маленьких молекул Code

Link Review

Меркулова Анастасия

Плумите Эльвира Жибоедова Анастасия chat

16 Оценка оптимального объема выборки для исследований в медицине Code

Link Review

Артемий Харатян,

Михаил Михеев, Евгин Александр, Сеппар Александр, Коноплёв Максим, Мурлатов Станислав, Макаренко Степан

17 Прогнозирование намерений. Исследование свойств локальных моделей при пространственном декодировании сигналов головного мозга Code,

LinkReview, Presentation

Наталия Болоболова,

Алина Самохина, Шиянов Вадим

18 Прогнозирование намерений. Построение оптимальной модели декодирования сигналов при моделировании нейрокомпьютерного интерфейса. Code,

LinkReview, Presentation, Article

Иван Наседкин, Галия Латыпова,

Нестор Суходольский, Александр Шеменев Иван Бородулин,

19 Исследование зависимости качества распознавания онтологических объектов от глубины гипонимии. Code,

Report, LinkReview, Presentation

Вячеслав Резяпкин, Алексей Русскин,

Виктория Дочкина, Мирон Кузнецов, Ярмошик Демьян

20 Сравнение качества end-to-end обучаемых моделей в задаче ответа на вопросы в диалоге с учетом контекста Code

LinkReview Отчет, Presentation

Агафонов Алексей, Рякин Илья,Литвиенко Владимир,

Хохлов Иван, Великовский Никита, Ануфриенко Олег

21 Методы выпуклой оптимизации высокого порядка Code,

LinkReview, Slides

Селиханович Даниил,

Соколов Игорь

23 Фрактальный анализ и синтез оптических изображений морского волнения code,

LinkReview, Presentation report

Каныгин Юрий
24 Максимизация энтропии при различных видах преобразований над изображением code,

LinkReview, report, slides

Никита Воскресенский,

Алиса Шабалина, Ярослав Мурзаев, Алексей Хохлов, Алексей Казаков, Ольга Грибова, Александр Белозерцев

25 Автоматическое детектирование и распознавание объектов на изображениях code,

code_A, Slides_for_demo, Report2018Project25_30 Report2018Project25_31 slides_30 slides_25_31 LinkReview

Юлия Демидова

Иван Разумов Владислав Томинин Ярослав Томинин Никита Дудоров Леонид Ерлыгин Прошутинский Дмитрий Баймаков Владимир Зубков Александр Черненкова Елена

26 Определение местоположения по сигналам акселерометра Code,

LinkReview, Слайды, Текст

Эльвира Зайнулина

Фатеев Дмитрий Виталий Протасов Никита Божедомов

28 Мультимоделирование как универсальный способ описания выборки общего вида Code,

Linkreview, Slides, report

Владимир Качанов

Евгения Стрелкова

29 Cross-Language Document Extractive Summarization with Neural Sequence Model Code,

Linkreview, Отчет, Слайды

Павел Захаров

Павел Кваша Евгений Дьячков Евгений Петров Илья Сельницкий

31 Pairwise energy matrix construction for inverse folding problem Code,

LinkReview Report Slides

Рубинштейн Александр
32 Smooth orientation-dependent scoring function Code

Отчёт

Носкова Елизавета

Качков Сергей Сидоренко Антон

Задача 1

  • Название: Прогнозирование направления движения цены биржевых инструментов по новостному потоку.
  • Задача: Построить и исследовать модель прогнозирования направления движения цены. Задано множество новостей S и множество временных меток T, соответствующих времени публикации новостей из S. 2. Временной ряд P, соответствующий значению цены биржевого инструмента, и временной ряд V, соответствующий объему продаж по данному инструменту, за период времени T'. 3. Множество T является подмножеством периода времени T'. 4. Временные отрезки w=[w0, w1], l=[l0, l1], d=[d0, d1], где w0 < w1=l0 < l1=d0 < d1. Требуется спрогнозировать направление движения цены биржевого инструмента в момент времени t=d0 по новостям, вышедшим в период w.
  • Данные:
    1. Финансовые данные: данные о котировках (с интервалом в один тик) нескольких финансовых инструментов (GAZP, SBER, VTBR, LKOH) за 2 квартал 2017 года с сайта Finam.ru; для каждой точки ряда известны дата, время, цена и объем.
    2. Текстовые данные: экономические новости за 2 квартал 2017 года от компании Форексис; каждая новость является отдельным html файлом.
  • Литература:
    1. Usmanova K.R., Kudiyarov S.P., Martyshkin R.V., Zamkovoy A.A., Strijov V.V. Analysis of relationships between indicators in forecasting cargo transportation // Systems and Means of Informatics, 2018, 28(3).
    2. Kuznetsov M.P., Motrenko A.P., Kuznetsova M.V., Strijov V.V. Methods for intrinsic plagiarism detection and author diarization // Working Notes of CLEF, 2016, 1609 : 912-919.
    3. Айсина Роза Мунеровна, Тематическое моделирование финансовых потоков корпоративных клиентов банка по транзакционным данным, выпускная квалификационная работа.
    4. Lee, Heeyoung, et al. "On the Importance of Text Analysis for Stock Price Prediction." LREC. 2014.
  • Базовый алгоритм: Метод, использованный в статье (4).
  • Решение: Использование тематического моделирования (ARTM) и локальных аппроксимирующих моделей для перевода последовательности текстов, соответствующих различным временным меткам, в единое признаковое описание. Критерий качества: F1-score, ROC AUC, прибыльность используемой стратегии.
  • Новизна: Для обоснования связи временных рядов предлагается метод Сходящегося перекрестного отображения.
  • Авторы: Иван Запутляев (консультант), В.В. Стрижов, К.В. Воронцов (эксперты)

Задача 2

  • Название: Исследование опорных объектов в задаче метрической классификации временных рядов.
  • Задача: Функция DTW - это расстояние между двумя временными рядами, которые могут быть нелинейно деформированы друг относительно друга. Она ищет наилучшее выравнивание между двумя объектами, поэтому ее можно использовать в задаче метрической классификации объектов. Один из методов решения задачи метрической классификации - измерение расстояний до опорных объектов и использование вектора этих расстояний в качестве признакового описания объекта. Метод DBA - это алгоритм построения центроидов (опорных объектов) для временных рядов на основе расстояния DTW. При построении расстояния между временным рядом и центроидом различные пары значений (например пиковые значения) более характерны для одного из классов, и влияние таких совпадений на значение расстояния должна быть выше.

Необходимо исследовать различные способы построения опорных объектов, а также определение их оптимального числа. Критерием является качество работы метрического классификатора в задаче. В методе DBA для каждого центроида предлагается создавать вектор весов, который демонстрирует "значимость" измерений центриода, и использовать его в модифицированной функции расстояния weighted-DTW.

  • Данные: Данные описывают 6 классов временных рядов с акселерометра мобильного телефона. https://sourceforge.net/p/mlalgorithms/code/HEAD/tree/Group274/Goncharov2015MetricClassification/data/
  • Литература:
    1. DTW: http://citeseerx.ist.psu.edu/viewdoc/download?doi=10.1.1.215.7850&rep=rep1&type=pdf
    2. DBA: https://hal.sorbonne-universite.fr/hal-01630288/document
    3. weighted DTW: http://www.mathnet.ru/php/archive.phtml?wshow=paper&jrnid=ia&paperid=414&option_lang=rus
  • Базовый алгоритм: Реализовать базовые методы:
    1. Выбор подмножества объектов обучающей выборки как опорных
    2. Предварительная обработка аномальных объектов
    3. Кластеризация объектов обучающей выборки для построения центроидов внутри кластера
    4. Использование метода DBA для построения опорных объектов
    5. Использование методов численной оптимизации для поиска оптимального вектора весов с заданными ограничениями
  • Решение: Расширение типов ограничений на вид вектора весов: бинарный вектор, одинаковый вектор для всех центроидов, бинарный одинаковый вектор для всех центроидов. Такое решение позволит экономить затраты энергии при работе датчиков мобильного устройства.

Исследование литературы и комбинация up-to-date методов.

  • Новизна: Не проводилось комплексного исследования различных способов построения центроидов и опорных элементов вместе с выбором их оптимального числа.
  • Авторы: Алексей Гончаров.

Задача 3

  • Название: Динамическое выравнивание многомерных временных рядов.
  • Задача: Характерным многомерным временным рядом является траектория точки в 3х-мерном пространстве. Две траектории необходимо выравнивать оптимальным образом друг относительно друга. Для этого используется расстояние DTW между двумя временными рядами. В классическом представлении DTW строится между одномерными временными рядами. Необходимо ввести различные модификации алгоритма для работы со временными рядами высокой размерности: траекториями, кортикограммами.
  • Данные: Данные описывают 6 классов временных рядов с акселерометра мобильного телефона. https://sourceforge.net/p/mlalgorithms/code/HEAD/tree/Group274/Goncharov2015MetricClassification/data/
  • Литература:
    1. Multidimensional DTW: https://pdfs.semanticscholar.org/76d3/5bd5a52453ebde80faaa1467d7effd74426f.pdf
  • Базовый алгоритм: Использование L_p расстояний между двумя измерениями временного ряда, их модификаций.
  • Решение: Исследование расстояний, устойчивых к изменению порядка координат, исследований расстояний неустойчивых к изменению порядка координат. Эксперименты с другими видами расстояний (косинусное, RBF, прочие).
  • Новизна: Нет полного обзора и исследования методов работы с многомерными временными рядами. Не исследована зависимость качества решения от подобранных расстояний между измерениями.
  • Авторы: Алексей Гончаров.

Задача 4

  • Название: Автоматическая настройка параметров АРТМ под широкий класс задач.
  • Задача: Открытая библиотека bigARTM позволяет строить тематические модели, используя широкий класс возможных регуляризаторов. Однако такая гибкость приводит к тому, что задача настройки коэффициентов оказывается очень сложной. Эту настройку можно значительно упростить, используя механизм относительных коэффициентов регуляризации и автоматический выбор N-грамм. Нужно проверить гипотезу о том, что существует универсальный набор относительных коэффициентов регуляризации, дающий "достаточно хорошие" результаты на широком классе задач. Дано несколько датасетов с каким-то внешним критерием качества (например, классификация документов по категориям или ранжирование). Находим лучшие параметры для конкретного датасета, дающие "локально лучшую модель". Находим алгоритм инициализации bigARTM, производящий тематические модели с качеством, сравнимым с "локально лучшей моделью" на её датасете. Критерий сравнимости по качеству: на данном датасете качество "универсальной модели" не более чем на 5% хуже, чем у "локально лучшей модели".
  • Данные: Victorian Era Authorship Attribution Data Set, 20 Newsgroups, МКБ-10, триплеты для поиска/ранжирования.
  • Литература:
    1. ВКР Никиты Дойкова: http://www.machinelearning.ru/wiki/images/9/9f/2015_417_DoykovNV.pdf
    2. Презентация Виктора Булатова на научном семинаре: https://drive.google.com/file/d/19pJ21LRPeeOxY4mkcSnQCRm93zOO4J5b/view
    3. Черновик с формулами: https://drive.google.com/open?id=1AqS7snUsSJ18ZYBtC-6uP_2dMTDJSGeD
  • Базовый алгоритм: PLSA / LDA / логрегрессия.
  • Решение: bigARTM с фоновыми темами и регуляризаторами сглаживания, разреживания и декорреляции (коэффициенты подобраны автоматически), а также с автоматически выделенными N-граммами.
  • Новизна: Потребность в автоматизированной настройке параметров модели и отсутствие подобных реализаций в научном сообществе.
  • Авторы: консультант Виктор Булатов, эксперт К.В. Воронцов.

Задача 5

  • Название: Нахождение парафразов.
  • Задача: Парафразы — разные вариации одного и того же текста, одинаковые по смыслу, но отличающиеся лексически и грамматически, например: "Куда поехала машина" и "В каком направлении поехал автомобиль". Задача детектирования парафразов заключается в выделении в множестве текстов кластеров, таких что в каждом кластере содержатся только парафразы одного и того же предложения.

Самый простой способ выделения парафразов — кластеризация текстов, где каждый текст представлен "мешком слов".

  • . Данные: Есть открытые датасеты вопросов для тестирования и обучения на kaggle.com, есть открытые данные для тестирования с конференций semeval.
  • Литература:
    1. Будет позже
  • Базовый алгоритм: Использовать для выделения парафразов какой-нибудь из алгоритмов кластеризации документов, где каждый документ представлен мешком слов или tf-idf.
  • Решение: Использовать нейросетевые архитектуры для поиска парафразов, использовать в качестве признаков словосочетания, выделенные с помощью синтаксических анализаторов, использовать многоуровневую кластеризацию.
  • Новизна: Отсутствие реализаций для русского языка, которые будут использовать синтаксические анализаторы для подобной задачи, все текущие решения достаточно "просты".
  • Авторы: Артём Попов.

Задача 6

  • Название: On conformational changes of proteins using collective motions in torsion angle space and L1 regularization.
  • Задача: Torsion angles are the most natural degrees of freedom for describing motions of polymers, such as proteins. This is because bond lengths and bond angles are heavily constrained by covalent forces. Thus, multiple attempts have been done to describe protein dynamics in the torsion angle space. For example, one of us has developed an elastic network model (ENM) [1] in torsion angle space called Torsional Network Model (TNM) [2]. Functional conformational changes in proteins can be described in the Cartesian space using just a subset of collective coordinates [3], or even a sparse representation of these [4]. The latter requires a solution of a LASSO optimization problem [5]. The goal of the current project is to study if a sparse subset of collective coordinates in the torsion subspace can describe functional conformational changes in proteins. This will require a solution of a ridge regression problem with a L1 regularization constraint. The starting point will be the LASSO formulation.
  • . Данные: Experimental conformations will be extracted from the Protein Docking Benchmark v5 (https://zlab.umassmed.edu/benchmark/) and a few others. The TNM model can be downloaded from https://ub.cbm.uam.es/tnm/tnm_soft_main.php
  • Литература:
    1. Tirion MM. (1996) Large Amplitude Elastic Motions in Proteins from a Single-Parameter, Atomic Anal- ysis. Phys Rev Lett. 77:1905–1908.
    2. Mendez R, Bastolla U. (2011) Torsional network model: normal modes in torsion angle space better correlate with conformation changes in proteins. Phys Rev Lett. 2010 104:228103.
    3. SwarmDock and the use of normal modes in protein-protein docking. IH Moal, PA Bates - International journal of molecular sciences, 2010
    4. Modeling protein conformational transition pathways using collective motions and the LASSO method. TW Hayes, IH Moal - Journal of chemical theory and computation, 2017
    5. https://en.wikipedia.org/wiki/Lasso_(statistics)
    6. E. Frezza, R. Lavery, Internal normal mode analysis (iNMA) applied to protein conformational flexibility, Journal of Chemical Theory and Computation 11 (2015) 5503–5512.
  • Базовый алгоритм: The starting point will be a combination of methods from references 2 and 4. It has to be a LASSO formulation with the direction vectors reconstructed from the internal coordinates. The quality will be computed based on the RMSD measure between the prediction and the solution on several benchmarks. Results will be presented with statistical plots (see examples in references 3-4.
  • Новизна: This is an important and open question in computational structural bioinformatics - how to efficiently represent transitions between protein structures. Not much has been done in the torsional angle subspace (internal coordinates)[6] and nearly nothing has been done using L1 regularization [4].
  • Авторы: Ugo Bastolla on the torsional subspace (https://ub.cbm.uam.es/home/ugo.php), Sergei Grudinin on L1 minimization (https://team.inria.fr/nano-d/team-members/sergei-grudinin/)

Задача 7

  • Название: Привилегированное обучение в задаче аппроксимации границ радужки глаза
  • Задача: По изображению человеческого глаза определить окружности, аппроксимирующие внутреннюю и внешнюю границу радужки.
  • Данные: Растровые монохромные изображения, типичный размер 640*480 пикселей (однако, возможны и другие размеры)[74], [75].
  • Литература:
    • Адуенко А.А. Выбор мультимоделей в задачах классификации (научный руководитель В.В. Стрижов). Московский физико-технический институт, 2017. [76]
    • К.А.Ганькин, А.Н.Гнеушев, И.А.Матвеев Сегментация изображения радужки глаза, основанная на приближенных методах с последующими уточнениями // Известия РАН. Теория и системы управления, 2014, № 2, с. 78–92.
    • Duda, R. O. Use of the Hough transformation to detect lines and curves in pictures / R. O. Duda, P. E. Hart // Communications of the ACM. 1972. Vol. 15, no. 1. Pp.
  • Базовый алгоритм: Ефимов Юрий. Поиск внешней и внутренней границ радужки на изображении глаза методом парных градиентов, 2015.
  • Решение: См. Iris_circle_problem.pdf
  • Новизна: Предложен быстрый беспереборный алгоритм аппроксимации границ с помощью линейных мультимоделей. Дополнительно капсульные нейросети.
  • Консультант: Радослав Нейчев (автор Стрижов В.В., эксперт Матвеев И.А.)

Задача 8

  • Название: Порождение признаков с помощью локально-аппроксимирующих моделей (Классификация видов деятельности человека по измерениям фитнес-браслетов).
  • Задача: Требуется проверить выполнимость гипотезы о простоте выборки для порожденных признаков. Признаки - оптимальные параметры аппроксимирующих моделей. При этом вся выборка не является простой и требует смеси моделей для ее аппроксимации. Исследовать информативность порожденных признаков - параметров аппроксимирующих моделей, обученных на сегментах исходного временного ряда. По измерениям акселерометра и гироскопа требуется определить вид деятельности рабочего. Предполагается, что временные ряды измерений содержат элементарные движения, которые образуют кластеры в пространстве описаний временных рядов. Характерная продолжительность движения – секунды. Временные ряды размечены метками вида деятельности: работа, отдых. Характерная продолжительность деятельности – минуты. Требуется по описанию временного ряда и кластера восстановить вид деятельности.
  • Данные: Временные ряды акселерометра WISDM (Временной ряд (библиотека примеров), раздел Accelerometry).
    • WISDM (Kwapisz, J.R., G.M. Weiss, and S.A. Moore. 2011. Activity recognition using cell phone accelerometers. ACM SigKDD Explorations Newsletter. 12(2):74–82.), USC-HAD или сложнее. Данные акселерометра (Human activity recognition using smart phone embedded sensors: A Linear Dynamical Systems method, W Wang, H Liu, L Yu, F Sun - Neural Networks (IJCNN), 2014)
  • Литература:
    • Motrenko A.P., Strijov V.V. Extracting fundamental periods to segment human motion time series // Journal of Biomedical and Health Informatics, 2016, Vol. 20, No. 6, 1466 - 1476. URL
    • Карасиков М.Е., Стрижов В.В. Классификация временных рядов в пространстве параметров порождающих моделей // Информатика и ее применения, 2016.URL
    • Кузнецов М.П., Ивкин Н.П. Алгоритм классификации временных рядов акселерометра по комбинированному признаковому описанию // Машинное обучение и анализ данных. 2015. T. 1, № 11. C. 1471 - 1483. URL
    • Исаченко Р.В., Стрижов В.В. Метрическое обучение в задачах многоклассовой классификации временных рядов // Информатика и ее применения, 2016, 10(2) : 48-57. URL
    • Задаянчук А.И., Попова М.С., Стрижов В.В. Выбор оптимальной модели классификации физической активности по измерениям акселерометра // Информационные технологии, 2016. URL
    • Ignatov A., Strijov V. Human activity recognition using quasiperiodic time series collected from a single triaxial accelerometer // Multimedia Tools and Applications, 2015, 17.05.2015 : 1-14. URL
  • Базовый алгоритм: Базовый алгоритм описан в работах [Карасиков, Стрижов: 2016] и [Кузнецов, Ивкин: 2014].
  • Решение: Требуется построить набор локально-аппроксимирующих моделей и выбрать наиболее адекватные. Найти оптимальный способ сегментации и оптимальное описание временного ряда. Построить метрическое пространство описаний элементарных движений.
  • Новизна: Создан стандарт построения локально-аппроксимирующих моделей. Соединение двух характеристических времен описания жизни человека, комбинированная постановка задачи.
  • Авторы: Р.Г. Нейчев, В.В. Стрижов, Олег Терехов (ответственный)

Задача 9

  • Название: Распознавание текста на основе скелетного представления толстых линий и сверточных сетей
  • Задача: Требуется построить две CNN, одна распознает растровое представление изображения, другая векторное.
  • Данные: Шрифты в растровом представлении.
  • Литература: Список работ [77], в частности arXiv:1611.03199 и
    • Goyal P., Ferrara E. Graph embedding techniques, applications, and performance: A survey. arXiv:1705.02801, 2017.
    • Cai H., Zheng V.W., Chang K.C.-C. A comprehensive survey of graph embedding: Problems, techniques and applications. arXiv:1709.07604, 2017.
    • Grover A., Leskovec J. node2vec: Scalable Feature Learning for Networks. arXiv:1607.00653, 2016.
    • Mestetskiy L., Semenov A. Binary Image Skeleton - Continuous Approach // Proceedings 3rd International Conference on Computer Vision Theory and Applications, VISAPP 2008. P. 251-258. URL
    • Кушнир О.А., Середин О.С., Степанов А.В. Экспериментальное исследование параметров регуляризации и аппроксимации скелетных графов бинарных изображений // Машинное обучение и анализ данных. 2014. Т. 1. № 7. С. 817-827. URL
    • Жукова К.В., Рейер И.А. Связность базового скелета и параметрический дескриптор формы // Машинное обучение и анализ данных. 2014. Т. 1. № 10. С. 1354-1368. URL
    • Kushnir O., Seredin O. Shape Matching Based on Skeletonization and Alignment of Primitive Chains // Communications in Computer and Information Science. 2015. V. 542. P. 123-136. URL
  • Базовый алгоритм: Сверточная сеть для растрового изображения.
  • Решение: Требуется предложить способ свертывания графовых структур, позволяющий породить информативное описание скелета толстой линии.
  • Новизна: Предложен способ повышения качества распознавания толстых линий за счет нового способа порождения их описаний.
  • Авторы: Илья Жариков (эксперты Л.М. Местецкий, И.А. Рейер, В.В. Стрижов)

Задача 10

  • Название: Сравнение нейросетевых и непрерывно-морфологических методов в задаче детекции текста (Text Detection).
  • Задача: Automatically Detect Text in Natural Images.
  • Данные: синтетические сгенерированные данные + подготовленная выборка фотографий + COCO-Text dataset + Конкурс Avito 2014.
  • Литература: COCO benchmark, One of a state-of-the-art architecture
  • Базовой алгоритм: code + морфологические методы, Avito 2014 winner’s solution.
  • Решение: Предлагается сравнить работы нескольких state-of-the-art алгоритмов, которым нужна обширная обучающая выборка, с морфологическими методы, требующие небольшого числа данных. Предлагается определить границы применимости тех или иных методов.
  • Новизна: предложить алгоритм, основанный на использовании как нейросетевых, так и морфологических методов (решение задачи word detection).
  • Авторы: И. Н. Жариков.
  • Эксперт: Л. М. Местецкий (морфологические методы).

Задача 11

  • Название: Автоматическое построение нейросети оптимальной сложности
  • Задача: Рассматривается задача нахождения устойчивой (и не избыточной по параметрам) структуры нейросети. Нейросеть рассматривается как вычислительный граф, ребрами которого выступают примитивные функции, а вершинами --- промежуточные представления выборки, полученные под действием этих функций. Требуется выбрать подграф модели, при котором итоговая нейросеть будет давать приемлемое качество классификации при небольшом количестве параметров.
  • Данные: Выборки Boston, MNIST, CIFAR-10
  • Литература:
    1. Бахтеев О.Ю., Стрижов В.В. Выбор моделей глубокого обучения субоптимальной сложности с использованием вариационной оценки правдоподобия // Автоматика и телемеханика, 2018.
    2. Смердов А.Н., Бахтеев О.Ю., Стрижов В.В. Выбор оптимальной модели рекуррентной сети в задачах поиска парафраза // Информатика и ее применения, 2018.
    3. [78] Вариационный вывод.
    4. [79] Релаксация на основе вариационного вывода.
    5. [80] DARTS.
  • Базовый алгоритм: случайный поиск и алгоритм DARTS (выбор модели с использованием релаксации без вариационного вывода).
  • РешениеПредлагается выбирать структуру нейросети на основе вариационного вывода. Для выбора оптимальной структуры используется релаксация: от строго выбора одной из нескольких рассматриваемых подмоделей нейросети предлагается перейти к композиции этих моделей с различным весом каждой из них.
  • Новизна: Предложен метод автоматического построения модели, учитывающий неточности при оптимизации параметров модели и позволяющий находить наиболее устойчивые модели.
  • Авторы: О.Ю. Бахтеев, В.В. Стрижов, координаторы А.В. Грабовой, Г.С. Малиновский

Задача 12

  • Название: Обучение машинного перевода без параллельных текстов.
  • Задача: Рассматривается задача построения модели перевода текста без использования параллельных текстов, т.е. пар одинаковых предложений на разных языках. Данная задача возникает при построении моделей перевода для низкоресурсных языков (т.е. языков, для которых данных в открытом доступе немного).
  • Данные: Выборка статей из Wikipedia на двух языках.
  • Литература:
    • [81] Unsupervised Machine Translation Using Monolingual Corpora Only
    • [82] Sequence to sequence.
    • [83] Autoencoding.
    • [84] Training with Monolingual Training Data.
  • Базовый алгоритм: Unsupervised Machine Translation Using Monolingual Corpora Only.
  • Решение: В качестве модели перевода предлагается рассмотреть кобминацию двух автокодировщиков, каждый из которых отвечает за представление предложений на одном из языков. Оптимизация моделей проводится таким образом, чтобы скрытые пространства автокодировщиков для разных языков совпадали. В качестве исходного представления предложений предлагается рассматривать их графовое описание, получаемое с использованием мультиязычных онтологий.
  • Новизна: Предложен способ построения модели перевода с учетом графовых описаний предложений.
  • Авторы: А.В. Грабовой, О.Ю. Бахтеев, В.В. Стрижов, Eric Gaussier, координатор Г.С Малиновский

Задача 13

  • Название: Deep learning for RNA secondary structure prediction
  • Задача: RNA secondary structure is an important feature which defines RNA functional properties. Its importance can be illustrated by the fact, that it is evolutionary preserved and some types of functional RNAs always have the same secondary structure, for example all tRNAs fold into cloverleaf. As secondary structure often defines functions, knowing RNAs secondary structure may help investigate functions of novel RNA molecules. RNA folding is not as easy as DNA folding, because RNA is single stranded molecule which forms complicated base-pairing interactions, while DNA mostly exists as fully base paired double helices. Current methods of RNA structure prediction rely on experimentally evaluated thermodynamic rules, but with thermodynamics alone only 80% of structures can be accurately predicted. We propose an AI-driven method for predicting RNA secondary structure inspired by neural machine translation model.
  • Данные: RNA sequences in form of strings of characters
  • Литература: https://arxiv.org/abs/1609.08144
  • Базовый алгоритм: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/16873527
  • Решение: Deep learning recurrent encoder-decoder model with attention
  • Новизна: Currently RNA secondary structure prediction still remains unsolved problem and to the best of our knowledge DL approach has never been introduced in the literature before
  • Авторы: Мария Попова, консультант Филипп Никитин

Задача 14

  • Название: Deep Learning for reliable detection of tandem repeats in 3D protein structures подробнее в PDF
  • Задача: Deep learning algorithms pushed computer vision to a level of accuracy comparable or higher than a human vision. Similarly, we believe that it is possible to recognize the symmetry of a 3D object with a very high reliability, when the object is represented as a density map. The optimization problem includes i) multiclass classification of 3D data. The output is the order of symmetry. The number of classes is ~10-20 ii) multioutput regression of 3D data. The output is the symmetry axis (a 3-vector). The input data are typically 24x24x24 meshes. The total amount of these meshes is of order a million. Biological motivation : Symmetry is an important feature of protein tertiary and quaternary structures that has been associated with protein folding, function, evolution, and stability. Its emergence and ensuing prevalence has been attributed to gene duplications, fusion events, and subsequent evolutionary drift in sequence. Methods to detect these symmetries exist, either based on the structure or the sequence of the proteins, however, we believe that they can be vastly improved.
  • Данные: Synthetic data are obtained by ‘symmetrizing’ folds from top8000 library (http://kinemage.biochem.duke.edu/databases/top8000.php).
  • Литература: Our previous 3D CNN: [85] Invariance of CNNs (and references therein): [86], [87]
  • Базовый алгоритм: A prototype has already been created using the Tensorflow framework [4], which is capable to detect the order of cyclic structures with about 93% accuracy. The main goal of this internship is to optimize the topology of the current neural network prototype and make it rotational and translational invariant with respect to input data. [4] [88]
  • Решение: The network architecture needs to be modified according to the invariance properties (most importantly, rotational invariance). Please see the links below [89], [90] The code is written using the Tensorflow library, and the current model is trained on a single GPU (Nvidia Quadro 4000)of a desktop machine.
  • Новизна: Applications of convolutional networks to 3D data are still very challenging due to large amount of data and specific requirements to the network architecture. More specifically, the models need to be rotationally and transnationally invariant, which makes classical 2D augmentation tricks loosely applicable here. Thus, new models need to be developed for 3D data.
  • Авторы: эксперт Sergei Grudinin, консультанты Guillaume Pages

Задача 15

  • Название: Формулировка и решение задачи оптимизации, сочетающей классификацию и регрессию, для оценки энергии связывания белка и маленьких молекул. Описание задачи [91]
  • Задача: С точки зрения биоинформатики, задача заключается в оценке свободной энергии связывания белка с маленькой молекулой (лигандом): наилучший лиганд в своем наилучшем положении имеет наименьшую свободную энергию взаимодействия с белком. (Далее большой текст, см. файл по ссылке вверху.)
  • Данные:
    • Данные для бинарной классификации. Около 12,000 комплексов белков с лигандами: для каждого из них есть 1 нативная поза и 18 ненативных. Основными дескрипторами являются гистограммы распределений расстояний между различными атомами белка и лиганда, размерность вектора дескрипторов ~ 20,000. В случае продолжения исследования и публикации в профильном журнале набор дескрипторов может быть расширен. Данные будут предоставлены в виде бинарных файлов со скриптом на python для чтения.
    • Данные для регрессии. Для каждого из представленных комплексов известно значение величины, которую можно интерпретировать как энергию связывания.
  • Литература:
  • Базовый алгоритм: [95]

В задаче классификации мы использовали алгоритм, похожий на линейный SVM, связь которого с оценкой энергии, выходящей за рамки задачи классификации, описана в указанной выше статье. В задаче регрессии можно использовать различные функции потерь.

  • Решение: Необходимо связать использованную ранее оптимизационную задачу с задачей регрессии и решить стандартными методами. Для проверки работы алгоритма будет использована кросс-валидация.

Есть отдельный тестовый сет, состоящий из (1) 195 комплексов белков и лигандов, для которых нужно найти наилучшую позу лиганда (алгоритм получения положений лиганда отличается от используемого при обучении), (2) комплексов белков и лигандов, для нативных поз которых нужно предсказать энергию связывания, и (3) 65 белков, для которых нужно найти наиболее сильно связывающийся лиганд.

  • Новизна: В первую очередь, интерес представляет объединение задач классификации и регрессии.

Правильная оценка качества связывания белка и лиганда используется при разработке лекарства для поиска молекул, наиболее сильно взаимодействующих с исследуемым белком. Использование описанной выше задачи классификации для предсказания энергии связывания приводит к недостаточно высокой корреляции предсказаний с экспериментальными значениями, в то время как использование одной лишь задачи регрессии приводит к переобучению.

  • Авторы Сергей Грудинин, Мария Кадукова

Задача 16

  • Название: Оценка оптимального объема выборки для исследований в медицине
  • Задача: В условиях недостаточного числа дорогостоящих измерений требуется спрогнозировать оптимальный объем пополняемой выборки.
  • Данные: Выборки измерений в медицинской диагностике, в частности, выборка иммунологических маркеров.
  • Литература:
    • Мотренко А.П. Материалы по алгоритмам оценки оптимального объема выборки в репозитории MLAlgorithms[96], [97].
  • Базовый алгоритм: Серия эмпирических алгоритмов оценки объема выборки.
  • Решение: Исследование свойств пространства параметров при пополнении выборки.
  • Новизна: Предложена новая методология прогнозирования объема выборки, обоснованная с точки зрения классической и байесовской статистики.
  • Авторы: А.М. Катруца, В.В. Стрижов, координатор Тамаз Гадаев

Задача 17

  • Название: Прогнозирование намерений. Исследование свойств локальных моделей при пространственном декодировании сигналов головного мозга
  • Задача: При построении систем нейрокомпьютерного интерфейса (brain-computer interface) используются простые, устойчивые модели. Важным этапом построения такой модели является построение адекватного признакового пространства. Ранее такая задача решалась с помощью выделения признаков из частотных характеристик сигналов.
  • Данные: Наборы данных сигналов мозга ECoG/EEG.
  • Литература:
    1. Motrenko A.P., Strijov V.V. Multi-way feature selection for ECoG-based brain-computer Interface // Expert systems with applications. - 2018.
    2. Eliseyev A., Aksenova T. Stable and artifact-resistant decoding of 3D hand trajectories from ECoG signals using the generalized additive model //Journal of neural engineering. – 2014.
  • Базовый алгоритм: Сравнение предлагается производить с алгоритмом частных наименьших квадратов (partial least squares).
  • Решение: В данном работе предлагается учесть пространственную зависимость между сенсорами, которые считывают данные. Для этого необходимо локально смоделировать пространственный импульс/сигнал и построить прогностическую модель на основе локального описания.
  • Новизна: Предлагается существенно новый способ построения признакового описания в задаче декодирования сигналов.
  • Авторы: В.В. Стрижов, Tetiana Aksenova+1, консультант – Роман Исаченко

Задача 18

  • Название: Прогнозирование намерений. Построение оптимальной модели декодирования сигналов при моделировании нейрокомпьютерного интерфейса.
  • Задача: Нейрокомпьютерный интерфейс (BCI) позволяет помочь людям с ограниченными возможностями вернуть их мобильность. По имеющемуся описанию сигнала прибора необходимо смоделировать поведение субъекта.
  • Данные: Наборы данных сигналов мозга ECoG/EEG.
  • Литература: kjm_ECoGLibrary_v7
  • Решение: В данной работе предлагается построить единую систему, решающую задачу декодирования сигналов. В качестве этапов построения такой системы предлагается решить задачи предобработки данных, выделения признакового пространства, снижения размерности и выбора модели оптимальной сложности.
  • Новизна: Предлагается систематический подход к решению задачи декодирования сигналов. В постановке задачи учитывается комплексная природа сигнала: непрерывная траектория движения, наличие дискретных структурных переменных (пальцы или движение суставов), наличие непрерывных переменных (позиция пальца или конечности).
  • Авторы: В.В. Стрижов, Tetiana Aksenova+1, консультант – Роман Исаченко

Задача 19

  • Название: Исследование зависимости качества распознавания онтологических объектов от глубины гипонимии.
  • Задача: Необходимо исследовать зависимость качества распознавания онтологических объектов на различных уровнях гипонимии понятий. Классическая постановка задачи распознавания именованных сущностей: https://en.wikipedia.org/wiki/Named-entity_recognition
  • Данные: Гипонимии из https://wordnet.princeton.edu/ , тексты разных доменов предположительно из WebOfScience.
  • Литература: Релевантные статьи для классической постановки http://arxiv-sanity.com/search?q=named+entity+recognition
  • Базовый алгоритм: В качестве алгоритма может использоваться https://arxiv.org/pdf/1709.09686.pdf или упрощенная его версия, исследования производятся с использованием библиотеки DeepPavlov.
  • Решение: Необходимо собрать датасет гипонимии (вложенности понятий) объектов с использованием WordNet, произвести автоматическую разметку онтологических объектов текстов различных доменов для нескольких уровней обобщения понятий, провести ряд экспериментов для определения качества распознавания онтологических объектов для разных уровней вложенности.
  • Новизна: Подобные исследования не производились, готовые датасеты с иерархической разметкой объектов отсутствуют. Распознавание онтологических объектов на различных уровнях гипонимии может быть использовано для производства дополнительных признаков при решении различных NLP (Natural language processing) задач, а также определения являются ли объекты парой гипоним-гипероним.
  • Авторы: Бурцев Михаил Сергеевич (эксперт), Баймурзина Диляра Римовна (консультант).

Задача 20

  • Название: Сравнение качества end-to-end обучаемых моделей в задаче ответа на вопросы в диалоге с учетом контекста
  • Задача: Задан фрагмент текста и несколько последовательных вопросов. Ответы на первые n вопросов известны. Нужно сформировать ответ на n+1 вопрос. В качестве ответа нужно указать непрерывный промежуток в тексте заданного фрагмента текста (номера начального и конечного слов). При оценке качества ответа задача сводится к классификации символов фрагмента на класс 0 (не входит в ответ) и 1 (входит в ответ).
  • Данные: Предоставляется размеченный датасет с фрагментами текста и наборами вопросов с ответами в диалоге
  • Литература: Статья Bi-directional Attention Flow for Machine Comprehension (BiDAF2017) описывает end-to-end модель ответов на вопросы по фрагменту без учета контекста диалога. Статья QuAC: Question Answering in Context (QuAC2018) описывает набор данных, содержит описание используемого базового алгоритма с учетом контекста диалога. Статьи с описанием других моделей вопрос-ответных систем (R-Net, DrQA)
  • Базовый алгоритм: Базовый алгоритм описан статьях и реализован (QuAC2018, BiDAF2017).
  • Решение: Предлагается изучить механизмы учета контекста (k-ctx, append, etc) и исследовать возможность их добавления в другие модели (DrQA, R-NET), либо предложить собственные для повышения качества по мере F1. Для изучения поведения модели используется визуализация внимания (attention visualization), обучаемых эмбеддингов, а также анализ ошибочных ответов. Предоставляется доступ к вычислительным ресурсам, используемые фреймворки: TensorFlow, PyTorch или Keras.
  • Новизна: Исследование проводится на новом датасете, для которого на данный момент имеется только базовый алгоритм. Подтверждение повышения качества от применения механизмов учета контекста диалога в других моделях указывает на применимость предлагаемых подходов для решения более широкого круга задач.
  • Авторы: Антон Сергеевич Хританков

Задача 21

  • Название: Методы выпуклой оптимизации высокого порядка
  • Задача: Для выпуклых задач не очень больших размерностей эффективно (до n ~ 10^3 иногда даже до n ~ 10^4) применяются методы высокого порядка. До недавнего времени принято было считать, что это методы второго порядка (использующие вторые производные оптимизируемой функции). Однако в начале 2018 года Ю.Е. Нестеров [1] предложил в теории эффективный метод третьего порядка, который работает почти по оптимальным оценкам. В пособии [3] в упражнении 1.3 описан пример "плохой" выпуклой функции, предложенной Ю.Е. Нестеровым, на котором хотелось бы сравнить метод Нестерова второго и третьего порядка [1], метод из работы [2] второго и третьего порядка и обычные быстрые градиентные методы (первого порядка). Сравнивать стоит как по числу итераций, так и по общему времени работы.
  • Литература:
  1. https://alfresco.uclouvain.be/alfresco/service/guest/streamDownload/workspace/SpacesStore/aabc2323-0bc1-40d4-9653-1c29971e7bd8/coredp2018_05web.pdf?guest=true
  2. https://arxiv.org/pdf/1809.00382.pdf
  3. https://arxiv.org/pdf/1711.00394.pdf
  • Автор: Евгения Алексеевна Воронцова (доцент ДВФУ, Владивосток), Александр Владимирович Гасников

Задача 22

  • Название: Cutting plane methods for copositive optimization
  • Задача: Conic program over the copositive cone (copositive program) min <C,X> : <A_i,X> = b_i, X \in \Pi_i C^k_i, k_i <= 5 A linear function is minimized over the intersection of an affine subspace with a product of copositive cones of orders k_i <= 5. Подробнее тут
  • Данные: The algorithm will be tested on randomly generated instances
  • Литература:
    • [1] Peter J. C. Dickinson, Mirjam Dür, Luuk Gijben, Roland Hildebrand. Scaling relationship between the copositive cone and Parrilo’s first level approximation. Optim. Lett. 7(8), 1669—1679, 2013.
    • [2] Stefan Bundfuss, Mirjam Dür. Algorithmic copositivity detection by simplicial partition. Linear Alg. Appl. 428, 1511—1523, 2008.
    • [3] Mirjam Dür. Copositive programming — a Survey. In Recent advances in Optimization and its Applications in Engineering, Springer, pp. 3-20, 2010.
  • Базовый алгоритм: The reference algorithm is described in [4] Stefan Bundfuss, Mirjam Dür. An Adaptive Linear Approximation Algorithm for Copositive Programs. SIAM J. Optim., 20(1), 30-53, 2009.
  • Решение: The copositive program will be solved by a cutting plane algorithm. The cutting plane (in the case of an infeasible iterate) will be constructed from the semidefinite representation of the diagonal 1 section of the cone proposed in [1]. The algorithm will be compared to a simplicial division method proposed in [2], [4]. General information about copositive programs and their applications in optimization can be found in [3] .
  • Новизна: The proposed algorithm for optimization over copositive cones up to order 5 uses an exact semi-definite representation. In contrast to all other algorithms existing today the generation of cutting planes is non-iterative.
  • Автор: Roland Hildebrand

Задача 23

  • Название: Фрактальный анализ и синтез оптических изображений морского волнения
  • Задача: Разнообразные физические процессы и явления изучаются с помощью изображений, получаемых дистанционно. Важной задачей является получение адекватной информации об интересующих процессах и явлениях путём измерения определённых характеристик изображений. Линии равной яркости (изолинии) на изображениях многих природных объектов являются фрактальными, то есть представляют собой множества точек, которые не могут быть представлены линиями конечной длины и занимают промежуточное положение между линиями и двумерными плоскими фигурами. Такие множества характеризуются фрактальной размерностью D, которая обобщает классическое понятие размерности множества и может принимать дробные значения. Для уединённой точки на изображении D=0, для гладкой кривой D=1, для плоской фигуры D=2. Фрактальная изолиния имеет размерность 1<D<2. Алгоритм расчёта D приведён, например, в [1]. Фрактальная размерность изолиний морской поверхности, может служить для оценки пространственных спектров морских волн по данным дистанционного зондирования [1]. Задача состоит в следующем. Необходимо провести исследование численными методами зависимости между характеристиками пространственных спектров морских волн и фрактальной размерностью спутниковых изображений Земли в области солнечного блика. Для исследования следует использовать метод численного синтеза оптических изображений морского волнения, описанный в [2]. Численное моделирование должно быть при различных характеристиках морских волн, а также при различных положениях Солнца и пространственном разрешении изображений.
  • Литература:
    1. Лупян Е. А., Мурынин А. Б. Возможности фрактального анализа оптических изображений морской поверхности. // Препринт Института Космических исследований АН СССР Пр.-1521, Москва, 1989, 30 с.
    2. Мурынин А. Б. Восстановление пространственных спектров морской поверхности по оптическим изображениям в нелинейной модели поля яркости // Исследования Земли из космоса, 1990. № 6. С. 60-70.
  • Автор: Иван Алексеевич Матвеев

Задача 24

  • Название Максимизация энтропии при различных видах преобразований над изображением
  • Задача: Паншарпенинг — это алгоритм повышения разрешения мультиспектральных изображений с использованием опорного изображения. Задача паншарпенинга формулируется следующим образом: имея панхроматическое изображение требуемого разрешения и мультиспектральное изображение пониженного разрешения, требуется восстановить мультиспектральное изображение в пространственном разрешении панхроматического. Из эмпирических наблюдений, основанных на большом количестве снимков высокого разрешения, известно, что пространственная вариативность интенсивности отраженного излучения для объектов одной природы гораздо больше, чем вариативность их спектра. Другими словами, можно наблюдать, что спектр отраженного излучения однороден в границах одного объекта, в то время как даже внутри одного объекта интенсивность отраженного излучения варьируется. На практике хороших результатов можно достигнуть, используя упрощенный подход, при котором считается, что если интенсивность соседних областей значительно отличается, то, вероятно, эти области принадлежат разным объектам с разными отраженными спектрами. На этом основан разработанный вероятностный алгоритм повышения разрешения мультиспектральных изображений с использованием опорного изображения [1]
  • Необходимо провести исследование по максимизации энтропии при различных видах преобразований над изображением. Показать, что энтропия может служить индикатором потерь информации, содержащейся в изображении, при преобразованиях над ним. Формулировка обратной задачи по восстановлению изображения: Условие 1: Соответствие интенсивности (в каждой точке) восстановленного изображения интенсивности панхромного изображения. Условие 2: Соответствие низкочастотной составляющей восстановленного изображения исходному мультиспектральному изображению. Условие 3: Однородность (подобность) спектра в пределах одного объекта и допущение скачкообразного изменения спектра на границе двух однородных областей. Условие 4: При соблюдении первых трех условий, локальная энтропия восстановленного изображения должна быть максимизирована.
  • Литература
    1. Гороховский К. Ю., Игнатьев В. Ю., Мурынин А. Б., Ракова К. О. Поиск оптимальных параметров вероятностного алгоритма повышения пространственного разрешения мультиспектральных спутниковых изображений // Известия РАН. Теория и системы управления, 2017, № 6.
  • Автор: Иван Алексеевич Матвеев

Задача 25

  • Название: Автоматическое детектирование и распознавание объектов на изображениях
  • Задача: Автоматическое детектирование и распознавание объектов на изображениях и видео является одной из основных задач компьютерного зрения. Как правило, эти задачи разбиваются на несколько подзадач: предобработка, выделение характерных свойств изображения объекта и классификация. Этап предобработки обычно включает некоторые операции с изображением, такие как фильтрация, выравнивание яркости, геометрические корректирующие преобразования для облегчения устойчивого выделения признаков.

Под характерными свойствами изображения объекта понимается некоторый набор признаков, приближённо описывающий интересующий объект. Признаки можно разбить на два класса: локальные и интегральные. Преимуществом локальных признаков является их универсальность, инвариантность по отношению к неравномерным изменениям яркости и освещённости, но они не уникальны. Интегральные признаки, характеризующие изображение объекта в целом, не устойчивы к изменению структуры объекта и сложным условиям освещения. Существует комбинированный подход — использование локальных признаков в качестве элементов интегрального описания, когда искомый объект моделируется набором областей, каждая из которых характеризуется своим набором признаков — локальным текстурным дескриптором. Совокупность таких дескрипторов характеризует объект в целом. Под классификацией понимают определение принадлежности объекта к тому или иному классу путём анализа вектора признаков, полученного на предыдущем этапе, разделения признакового пространства на подобласти, указывающие на соответствующий класс. Существует множество подходов к классификации: нейросетевые, статистические (Байеса, регрессия, Фишера и др.), решающие деревья и леса, метрические (ближайшие К-соседей, парзеновские окна и т. д.) и ядерные (SVM, RBF, метод потенциальных функций), композиционные (AdaBoost). Для задачи обнаружения объекта на изображении оценивается принадлежность двум классам — классу изображений, содержащих объект, и классу изображений, не содержащих объект (изображениям фона).

Задача 26

  • Название: Определение местоположения по сигналам акселерометра
  • Задача: Даны исходные координаты, сигналы акселерометра, дополнительная информация (сигналы гироскопа, магнетометра). Возможно, дана неточная карта (задача SLAM)
  • Данные: из работы [1], данные, собранные самостоятельно.
  • Литература:
    1. https://arxiv.org/pdf/1712.09004.pdf
    2. https://ieeexplore.ieee.org/document/1528431
  • Базовый алгоритм: из работы [1].
  • Решение: Поиск априорной и дополнительной информации, которая позволяет повысить точность позиционирования.
  • Новизна: Постановка задачи в терминах Projection to Latent Spaces
  • Авторы: консультант Анастасия Мотренко, эксперт Илья Гарцеев, В. В. Стрижов

Задача 27

  • Название: Создание ранжирующих моделей для систем информационного поиска. Алгоритм прогнозирования структуры локально-оптимальных моделей
  • Задача: Требуется спрогнозировать временной ряд с помощью некоторой параметрической суперпозицией алгебраических функций. Предлагается не стоить прогностическую модель, а спрогнозировать ее, то есть предсказать структуру аппроксимирующей суперпозиции. Вводится класс рассматриваемых суперпозиций, и на множестве таких структурных описаний проводится поиск локально-оптимальной модели для рассматриваемой задачи. Задача состоит в 1) поиске подходящего структурного описания модели 2) описания алгоритма поиска той структуры, которая будет соответствовать оптимальной модели 3) описания алгоритма обратного построения модели по ее структурному описанию. В качестве уже имеющегося примера ответа на вопросы 1-3, смотри работы А. А. Варфоломеевой.
  • Данные:
    • Коллекция текстовых документов TREC (!)
    • Набор временных рядов, который подразумевает восстановление функциональных зависимостей. Предлагается сначала использовать синтетические данные или сразу применить алгоритм к прогнозированию временных рядов 1) потребления электроэнергии 2) физической активности с последующим анализом получающихся структур.
  • Литература:
    1. (!) Kulunchakov A.S., Strijov V.V. Generation of simple structured Information Retrieval functions by genetic algorithm without stagnation // Expert Systems with Applications, 2017, 85 : 221—230.
    2. А. А. Варфоломеева Выбор признаков при разметке библиографических списков методами структурного обучения, 2013, [98]
    3. Bin Cao, Ying Li and Jianwei Yin Measuring Similarity between Graphs Based on the Levenshtein Distance, 2012, [99]
  • Базовой алгоритм: Описан в [1]. Развит в работе команды группы 974. Предлагается использовать их код и эксперимент.
  • Решение: Предлагается попробовать повторить эксперимент А. А. Варфоломеевой для другого структурного описания, чтобы понять, что происходит. Суперпозиция алгебраических функций задает ордерево, на вершинах которого заданы метки соответствующих алгебраических функций или переменных. Поэтому структурным описанием такой суперпозиции может являться ее DFS-code. Это строка, состоящая из меток вершин, записанных в порядке обхода дерева поиском в глубину. Зная арности соответствующих алгебраических функций, можем любой такой DFS-code восстановить за O(n) и получить обратно суперпозицию функций. На множестве подобных строковых описаний предлагается искать то строковое описание, которое будет соответствовать оптимальной модели.
  • Авторы: консультант Андрей Кулунчаков (Univ. Grenoble-Alpes), эксперт В. В. Стрижов

Задача 28

  • Название: Мультимоделирование как универсальный способ описания выборки общего вида
  • Задача: Построить метод инкрементального уточнения структуры мультимодели при появлении новых объектов. Разработка и сравнение разных алгоритмов обновления структуры мультимоделей. Построение оптимальной схемы уточнения структуры мультимодели в зависимости от полного размера выборки.
  • Данные: На начальном этапе работы используются синтетические данные с известной статистической структурой. Тестирование разработанных методов производится на реальных данных из репозитория UCI.
  • Литература:
  1. Bishop, Christopher M. «Pattern recognition and machine learning». Springer, New York (2006).
  2. Gelman, Andrew, et al. Bayesian data analysis, 3rd edition. Chapman and Hall/CRC, 2013.
  3. MacKay, David JC. «The evidence framework applied to classification networks.» Neural computation 4.5 (1992): 720—736.
  4. Адуенко А. А. «Выбор мультимоделей в задачах классификации» кандидатская диссертация
  5. Motrenko, Anastasiya, Vadim Strijov, and Gerhard-Wilhelm Weber. «Sample size determination for logistic regression.» Journal of Computational and Applied Mathematics 255 (2014): 743—752.
  • Базовой алгоритм: Алгоритм построения адекватных мультимоделей из #4.
  • Решение: Байесовский подход к задаче выбора моделей на основании обоснованности. Анализ свойств обоснованности и ее связи со статистической значимостью.
  • Новизна: Предлагается метод построения оптимальной схемы обновления структуры мультимодели при появлении новых объектов. Исследована связь обоснованности и статистической значимости для некоторых классов моделей.
  • Авторы: Стрижов Вадим Викторович, Адуенко Александр Александрович (GMT-5)

Задача 29

  • Название: Cross-Language Document Extractive Summarization with Neural Sequence Model.
  • Задача: Предлагается решить задачу переноса обучения для модели сокращения текста выделением предложением (extractive summarization) и исследовать зависимость качества сокращения текста от качества обучения модели перевода. Имея данные для обучения модели сокращения на английском языке и параллельный англо-русский корпус текстов построить модель для сокращения текста на русском языке. Решение задачи оценивается на небольшом наборе данных для тестирования модели на русском языке, качество решения задачи определяется отношением значений критериев ROUGE на английском и русском наборах.
  • Данные: Данные для обучения модели на английском языке (SummaRuNNer2016), параллельный корпус OPUS, данные для проверки на русском языке.
  • Литература: В статье (SummaRuNNer2016) дается описание базового алгоритма сокращения текста, в работе Neural machine translation by jointly learning to align and translate.(NMT2016) дается описание модели перевода. Идея совместного использования моделей представлена в статье Cross-Language Document Summarization Based on Machine Translation Quality Prediction (CrossSum2010).
  • Базовой алгоритм: Одна из идей базового алгоритма представлена в (CrossSum2010), модель перевода реализована (OpenNMT), предоставляется реализация модели сокращения текста (SummaRuNNer2016).
  • Решение: Предлагается исследовать идею решения, предложенную в статье (CrossSum2010) и варианты объединения моделей сокращения и перевода. Базовые модели и предобработка наборов данных реализованы (OpenNMT), библиотеки PyTorch и Tensorflow. Анализ ошибок по сокращению текста производится, как описано в (SummaRuNNer2016), анализ качества обучения моделей стандартными инструментами библиотек, .
  • Новизна: Для базовой модели применимость исследована на паре наборов данных, подтверждение возможности переноса обучения на набор данных на другом языке и указание условий для этого переноса расширит область применения модели и укажет необходимые новые доработки модели или предобработки данных.
  • Авторы: Алексей Романов (консультант), Антон Хританков (эксперт).

Задача 30

  • Название: Метод построения HG-LBP дескриптора на основе гистограмм градиентов для детектирования пешеходов.
  • Задача: Предлагается разработать новый дескриптор, обобщающий LBP дескриптор на основе гистограмм модулей градиентов, имеющий свойства композиции HOG-LBP для задачи детектирования пешеходов на изображении. В качестве анализа качества нового дескриптора предлагается использовать графики ошибок детектирования FAR/FRR на базе INRIA.
  • Данные: База данных пешеходов INRIA: http://pascal.inrialpes.fr/data/human/
  • Литература:
    1. 1. T. Ojala and M. Pietikainen. Multiresolution Gray-Scale and Rotation Invariant Texture Classification with Local Binary Patterns, IEEE Trans on Pattern Analysis and Machine Intelligence, Vol. 24. No.7, July, 2002.
    2. 2. T. Bouwmans, C. Silva, C. Marghes, M. Zitouni, H. Bhaskar, C. Frelicot,, «On the Role and the Importance of Features for Background Modeling and Foreground Detection», https://arxiv.org/pdf/1611.09099v1.pdf
    3. 3. N. Dalal and B. Triggs, Histograms of Oriented Gradients for Human Detection // Proc. IEEE Conference on Computer Vision and Pattern Recognition, 2005, pp.886-893
    4. 4. T. Ahonen, A. Hadid, M. Pietikainen Face Description with Local Binary Patterns: Application to Face Recognition \\ IEEE Transactions on Pattern Analysis and Machine Intelligence, Volume:28 , Issue: 121.
    5. 5. http://www.magicandlove.com/blog/2011/08/26/people-detection-in-opencv-again/
    6. 6. http://www.cse.oulu.fi/CMV/Downloads/LBPMatlab2.
    7. 7. http://www.mathworks.com/help/vision/ref/extractlbpfeatures.html3.
    8. 8. http://www.codeproject.com/Articles/741559/Uniform-LBP-Features-and-Spatial-Histogram-Computa4.
    9. 9. http://www.cse.oulu.fi/CMV/Research
  • Базовой алгоритм: Xiaoyu Wang, Tony X. Han, Shuicheng Yan. An HOG-LBP Human Detector with Partial Occlusion Handling \\ ICCV 2009
  • Решение: Одним из вариантов обобщения LBP может быть использование вместо гистограмм распределения точек по LBP-коду, гистограмм распределения модулей градиентов точек в блоке по LBP-коду (HG-LBP). Предлагается для основы экспериментов использовать библиотеку OpenCV, в которой реализованы алгоритмы HOG и LBP. Необходимо модифицировать исходный код реализации LBP и вставить подсчет модулей градиента и накопление соответствующей гистограммы по LBP. Необходимо написать программу чтения базы INRIA, обучения по ней метода линейного SVM на исходных и модифицированных дескрипторах, сбора статистики детектирования и построения DET-графиков FAR/FRR.
  • Новизна: Разработка вычислительно простых методов для выделения максимально информативных признаков в задачах распознавания является актуальной в области создания встроенных систем, обладающих малыми вычислительными ресурсами. Замена композиции дескрипторов одним, более информативным, чем каждый по отдельности может упростить решение задачи. Использование значений градиента в гистограммах дескриптора LPB является новым.
  • Авторы: Гнеушев Александр Николаевич

Задача 31

  • Название: Использование HOG дескриптора для обучения нейронной сети в задаче детектирования пешеходов
  • Задача: Предлагается заменить линейный SVM классификатор в классическом алгоритме HOG простой сверточной нейронной сетью небольшой глубины, при этом HOG дескриптор должен представляться трехмерным тензором, сохраняющим пространственную структуру локальных блоков. В качестве анализа качества нового дескриптора предлагается использовать графики ошибок детектирования FAR/FRR на базе INRIA.
  • Данные: База данных пешеходов INRIA: http://pascal.inrialpes.fr/data/human/
  • Литература:
    1. 1. N. Dalal and B. Triggs, Histograms of Oriented Gradients for Human Detection // Proc. IEEE Conference on Computer Vision and Pattern Recognition, 2005, pp.886-893
    2. 3. Q. Zhu, S. Avidan, M.-C. Yeh, and K.-T. Cheng. Fast human detection using a cascade of histograms of oriented gradients. In CVPR, pages 1491—1498, 2006 O. Tuzel, F. Porikli, and P. Meer. Human detection via classification on riemannian manifolds. In CVPR, 2007
    3. 4. P. Dollar, C. Wojek, B. Schiele and P. Perona Pedestrian Detection: An Evaluation of the State of the Art / IEEE Transactions on Pattern Analysis and Machine Intelligence (PAMI), Vol 34. Issue 4, pp. 743—761
    4. 5. Xiaoyu Wang, Tony X. Han, Shuicheng Yan, An HOG-LBP Human Detector with Partial Occlusion Handling, ICCV 2009 http://www.xiaoyumu.com/s/PDF/Wang_HOG_LBP.pdf
    5. 6. https://en.wikipedia.org/wiki/Pedestrian_detection
    6. 7. HOG person detector tutorial https://chrisjmccormick.wordpress.com/2013/05/09/hog-person-detector-tutorial/
    7. 8. NavneetDalalThesis.pdf Navneet Dalal. Finding People in Images and Videos. PhD Thesis. Institut National Polytechnique de Grenoble / INRIA Rhone-Alpes, Grenoble, July 2006)
    8. 9. People Detection in OpenCV http://www.magicandlove.com/blog/2011/08/26/people-detection-in-opencv-again/
    9. 10. Andrew G. Howard, Menglong Zhu, Bo Chen, Dmitry Kalenichenko, Weijun Wang, Tobias Weyand, Marco Andreetto, Hartwig Adam. MobileNets: Efficient Convolutional Neural Networks for Mobile Vision Applications
  • Базовой алгоритм:
    1. 1. N. Dalal and B. Triggs, Histograms of Oriented Gradients for Human Detection // Proc. IEEE Conference on Computer Vision and Pattern Recognition, 2005, pp.886-893
    2. 2. Xiaoyu Wang, Tony X. Han, Shuicheng Yan, An HOG-LBP Human Detector with Partial Occlusion Handling, ICCV 2009
  • Решение: Одним из вариантов обобщения алгоритма HOG может быть использование вместо линейного алгоритма SVM другого классификатора, например какой-либо нейронной сети. Предлагается для основы экспериментов использовать библиотеку OpenCV, в которой реализован алгоритм HOG и классификатор SVM. Нужно проанализировать исходный код реализации HOG, формализовать внутреннюю структуру вектора HOG дескриптора в форме трехмерного тензора — две пространственные и одна спектральная размерности. Необходимо написать программу чтения базы INRIA, обучения по ней метода линейного SVM на HOG-дескрипторах, сбора статистики детектирования и построения DET-графиков FAR/FRR. Необходимо на основе какой-либо системы обучения нейросети (например, mxnet) собрать неглубокую (не более 2-3 сверточных слоев) сверточную нейросеть известной архитектуры, обучить ее на базе INRIA и на тензорных дескрипторах HOG, построить соответствующие графики FAR/FRR.
  • Новизна: Разработка вычислительно простых методов для выделения максимально информативных признаков в задачах распознавания является актуальной в области создания встроенных систем, обладающих малыми вычислительными ресурсами. Использование небольшого количества наиболее информативных дескрипторов может уменьшить вычислительную сложность, по сравнению с использованием большой композиции простых признаков, например в глубокой сверточной нейросети. Обычно классификаторы используют HOG дескриптор как вектор в целом, однако при этом теряется информация о локальной пространственной структуре и спектре признаков. Новизна заключается в использовании свойства локальности блоков в HOG дескрипторе и представление HOG в виде трехмерного тензора. Использование этой информации позволяет достичь устойчивости детектирования к перекрытию пешехода.
  • Авторы: Гнеушев Александр Николаевич

YEAR

Автор Тема научной работы Ссылка Консультант Рецензент Доклад Буквы \Sigma=3+13
Гончаров Алексей (пример) Метрическая классификация временных рядов code,

paper, slides

Мария Попова Задаянчук Андрей BMF AILSBRCVTDSWH>
Астахов Антон Восстановление структуры прогностической модели по вероятностному представлению folder

code paper

Александр Катруца Кислинский Вадим BHF A-I-L0S0B0R0C0V0T0 [A-I-L-S-B0R0C0V0T0E0D0W0S] + [AILSBRCBTEDWS] 2+4
Гаврилов Юрий Выбор интерпретируемых мультимоделей в задачах кредитного скоринга folder

code paper video

А.В. Гончаров Остроухов Петр BF A+IL-S0B-R0 [A+ILSBRC-VT0E0D0W0S] + (W) 2+9+1
Гадаев Тамаз Оценка оптимального объема выборки folder

code paper slides video

Александр Катруца Шульгин Егор BHF A-IL>SB-R-C0V0T0 [AILSBR0CVT0E-D0W0S] 2+9
Гладин Егор Экономия заряда акселерометра на основе прогнозирования временных рядов folder

code paper slides

Мария Владимирова Козлинский Евгений

review

.F AILS [A-I-L-SB0R0C000V0T0E0D0W0S] 1+4
Грабовой Андрей Автоматическое определение релевантности параметров нейросети. folder

code paper slides video

Бахтеев О.Ю. Кульков Александр BHMF A+ILS+BRC+VTE>D> [AILSBRCVTEDWS] [\emptyset] 3+13
Нурланов Жакшылык Deep Learning for reliable detection of tandem repeats in 3D protein structures folder

code paper slides video

С. В. Грудинин, Guillaume Pages Плетнев Никита

Review

BHF AILB [A-I-LS-BRC0V0T-E0D0W0S] 2+7
Рогозина Анна Deep learning for RNA secondary structure prediction folder

code paper slides video

Мария Попова Гадаев Тамаз BHMF AILSBR> [AILSBRC0V0T0E0D0W0S]+CW 3+9
Терехов Олег Порождение признаков с помощью локально-аппроксимирующих моделей folder

code paper slides

С.Д. Иванычев, Р.Г.Нейчев Гладин Егор

review

BHM AILSBRCVTDSW [AIL0SB0R0C0V0TE0D0W0S] 2+12
Шульгин Егор Порождение признаков, инвариантных к изменению частоты временного ряда folder

code paper

Р.Г.Нейчев Терехов Олег BHM AIL [AI-LS-BR0CV0T0E0D0W0S] 2+5
Малиновский Григорий Предсказание графовой структуры нейросетевой модели folder

code paper slides video

Бахтеев О.Ю. Грабовой Андрей

review

BHMF A+I+L+SBR>C>V>T>E>D> [AILSBRC0VTED0WS]+(C) 3+11
Кульков Александр Декодирование сигналов мозга и прогнозирование намерений folder

code paper slides video

Р.В. Исаченко Малиновский Григорий

review

BHMF AILSBR [AILSBRCVTED0W0S] 3+11
Плетнев Никита Аппроксимация границ радужки глаза paper

slides [ video]

Александр Адуенко Нурланов Жакшылык BF AILSB>R> [AILSTWS] 2+7
Остроухов Петр Selection of models superposition for identification of a person on the basis of a ballistocardiogram folder

paper code slides

Александр Прозоров Гаврилов Юрий

review

BhF AIL>S?B?R? [AILSBRCVT-E0D0W0S] 2+10
Кислинский Вадим Предсказание музыкальных плейлистов пользователей в рекомендательной системе. folder

code slides paper video

Евгений Фролов Астахов Антон .F (AIL)------(SB)---(RCVT)-- [AILS-BRCVTED0W0S] 1+11
Козлинский Евгений Анализ банковских транзакционных данных физических лиц для выявления паттернов потребления клиентов. folder

code paper slides video

Роза Айсина Рогозина Анна

review

BHMF AILSBR>CV> [AILSBR0C0V0TE0D0WS]+(С) 3+8+1


Задача 1

  • Название: Аппроксимация границ радужки глаза
  • Задача: По изображению человеческого глаза определить окружности, аппроксимирующие внутреннюю и внешнюю границу радужки.
  • Данные: Растровые монохромные изображения, типичный размер 640*480 пикселей (однако, возможны и другие размеры)[100], [101].
  • Литература:
    • Адуенко А.А. Выбор мультимоделей в задачах классификации (научный руководитель В.В. Стрижов). Московский физико-технический институт, 2017. [102]
    • К.А.Ганькин, А.Н.Гнеушев, И.А.Матвеев Сегментация изображения радужки глаза, основанная на приближенных методах с последующими уточнениями // Известия РАН. Теория и системы управления, 2014, № 2, с. 78–92.
    • Duda, R. O. Use of the Hough transformation to detect lines and curves in pictures / R. O. Duda, P. E. Hart // Communications of the ACM. 1972. Vol. 15, no. 1. Pp.
  • Базовый алгоритм: Ефимов Юрий. Поиск внешней и внутренней границ радужки на изображении глаза методом парных градиентов, 2015.
  • Решение: См. Iris_circle_problem.pdf
  • Новизна: Предложен быстрый беспереборный алгоритм аппроксимации границ с помощью линейных мультимоделей.
  • Консультант: Александр Адуенко (автор Стрижов В.В., эксперт Матвеев И.А.)

Задача 2

  • Название: Оценка оптимального объема выборки
  • Задача: В условиях недостаточного числа дорогостоящих измерений требуется спрогнозировать оптимальный объем пополняемой выборки.
  • Данные: Выборки измерений в медицинской диагностике, в частности, выборка иммунологических маркеров.
  • Литература:
    • Мотренко А.П. Материалы по алгоритмам оценки оптимального объема выборки в репозитории MLAlgorithms[103], [104].
  • Базовый алгоритм: Алгоритмы оценки объема выборки при .
  • Решение: Исследование свойств пространства параметров при пополнении выборки.
  • Новизна: Предложена новая методология прогнозирования объема выборки, обоснованная с точки зрения классической и байесовской статистики.
  • Авторы: А.М. Катруца, В.В. Стрижов, эксперт А.П. Мотренко

Задача 3

  • Название: Восстановление структуры прогностической модели по вероятностному представлению
  • Задача: Требуется восстановить дерево суперпозиции по порожденному графу вероятностей связей.
  • Данные: Сегменты временных, пространственно-временных рядов (и текстовые коллекции).
  • Литература:
    • Работы Tommy Yakkola и других в LinkReview [105].
  • Базовый алгоритм: Метод ветвей и границ, динамическое пограммирование при построении полносвязного графа.
  • Решение: Построение модели в виде GAN, VAE порождает взвешенный граф, NN аппроксимирует структуру дерева.
  • Новизна: Предложен способ оштрафовать граф за то, что он не является деревом. Предложен способ прогнозирования структур прогностических моделей.
  • Авторы: А.М. Катруца, В.В. Стрижов

Задача 4

  • Название: Распознавание текста на основе скелетного представления толстых линий и сверточных сетей
  • Задача: Требуется построить две CNN, одна распознает растровое представление изображения, другая векторное.
  • Данные: Шрифты в растровом представлении.
  • Литература: Список работ [106], в частности arXiv:1611.03199 и
  • Базовый алгоритм: Сверточная сеть для растрового изображения.
  • Решение: Требуется предложить способ свертывания графовых структур, позволяющий породить информативное описание скелета толстой линии.
  • Новизна: Предложен способ повышения качества распознавания толстых линий за счет нового способа порождения их описаний.
  • Авторы: Л.М. Местецкий, И.А. Рейер, В.В. Стрижов

Задача 5

  • Название: Порождение признаков с помощью локально-аппроксимирующих моделей
  • Задача: Требуется проверить выполнимость гипотезы о простоте выборки для порожденных признаков. Признаки - оптимальные параметры аппроксимирующих моделей. При этом вся выборка не является простой и требует смеси моделей для ее аппроксимации. Исследовать информативность порожденных признаков - параметров аппроксимирующих моделей, обученных на сегментах исходного временного ряда.
  • Данные:
    • WISDM (Kwapisz, J.R., G.M. Weiss, and S.A. Moore. 2011. Activity recognition using cell phone accelerometers. ACM SigKDD Explorations Newsletter. 12(2):74–82.), USC-HAD или сложнее. Данные акселерометра (Human activity recognition using smart phone embedded sensors: A Linear Dynamical Systems method, W Wang, H Liu, L Yu, F Sun - Neural Networks (IJCNN), 2014)
    • (Временной ряд (библиотека примеров), раздел Accelerometry).
  • Литература:
    • Кузнецов М.П., Ивкин Н.П. Алгоритм классификации временных рядов акселерометра по комбинированному признаковому описанию // Машинное обучение и анализ данных. 2015. T. 1, № 11. C. 1471-1483.[107]
    • Карасиков М.Е., Стрижов В.В. Классификация временных рядов в пространстве параметров порождающих моделей // Информатика и ее применения, 2016.URL
    • Кузнецов М.П., Ивкин Н.П. Алгоритм классификации временных рядов акселерометра по комбинированному признаковому описанию // Машинное обучение и анализ данных. 2015. T. 1, № 11. C. 1471 - 1483. URL
    • Исаченко Р.В., Стрижов В.В. Метрическое обучение в задачах многоклассовой классификации временных рядов // Информатика и ее применения, 2016, 10(2) : 48-57. URL
    • Задаянчук А.И., Попова М.С., Стрижов В.В. Выбор оптимальной модели классификации физической активности по измерениям акселерометра // Информационные технологии, 2016. URL
    • Motrenko A.P., Strijov V.V. Extracting fundamental periods to segment human motion time series // Journal of Biomedical and Health Informatics, 2016, Vol. 20, No. 6, 1466 - 1476. URL
    • Ignatov A., Strijov V. Human activity recognition using quasiperiodic time series collected from a single triaxial accelerometer // Multimedia Tools and Applications, 2015, 17.05.2015 : 1-14. URL
  • Базовый алгоритм: Описан в работе Кузнецова, Ивкина.
  • Решение: Требуется построить набор локально-аппроксимирующих моделей и выбрать наиболее адекватные.
  • Новизна: Создан стандарт построения локально-аппроксимирующих моделей.
  • Авторы: С.Д. Иванычев, Р.Г. Нейчев, В.В. Стрижов

Задача 6

  • Название: Декодирование сигналов мозга и прогнозирование намерений
  • Задача: Требуется построить модель, восстанавливающую движение конечностей по кортикограмме.
  • Данные: neurotycho.org [108]
  • Литература:
    • Нейчев Р.Г., Катруца А.М., Стрижов В.В. Выбор оптимального набора признаков из мультикоррелирующего множества в задаче прогнозирования // Заводская лаборатория. Диагностика материалов, 2016, 82(3) : 68-74. [109]
    • MLAlgorithms: Motrenko, Isachenko (submitted)
  • Базовый алгоритм: Partial Least Squares[110]
  • Решение: Создать алгоритм выбора признаков, альтернативный PLS и учитывающий неортогональную структуру взаимозависимости признаков.
  • Новизна: Предложен способ выбора признаков, учитывающий закономерности как и независимой, так и в зависимой переменной.
  • Авторы: Р.В. Исаченко, В.В. Стрижов

Задача 7

  • Название: Автоматическое определение релевантности параметров нейросети.
  • Задача: Рассматривается задача нахождения устойчивой (и не избыточной по параметрам) структуры нейросети. Для отсечения избыточных параметров предлагается ввести априорные вероятностные предположения о распределении параметров и удалить из нейросети неинформативные параметры методом Белсли. Для настройки априорного распределения предлагается использовать градиентные методы.
  • Данные: Выборка рукописных цифр MNIST
  • Базовый алгоритм: Optimal Brain Damage, прореживание на основе вариацинного вывода. Структуру итоговой модели предлагается сравнивать с моделью, полученной алгоритмом AdaNet.
  • Литература:
    • [111] Градиентные методы оптимизации гиперпараметров.
    • [112] Градиентные методы оптимизации гиперпараметров.
    • [113] Optimal Brain Damage.
    • [114] AdaNet
    • [115] Метод Белсли
  • Авторы: О.Ю. Бахтеев, В.В. Стрижов

Задача 8

  • Название: Предсказание графовой структуры нейросетевой модели.
  • Задача: Рассматривается задача нахождения устойчивой (и не избыточной по параметрам) структуры сверточной нейросети. Предлагается предсказывать структуру нейросети с использованием doubly-recurrent нейросетей. В качестве обучающей выборки предлагается использовать структуры моделей, показавших хорошее качество на подвыборках небольшой мощности.
  • Данные: Выборки MNIST, CIFAR-10
  • Базовый алгоритм: случайный поиск. Возможно сравнение с работами по обучению с подкреплением.
  • Литература:
    • [116] doubly-recurrent нейросети.
    • [117] Схожий подход с использованием обучения с подкреплением.
  • Авторы: О.Ю. Бахтеев. В.В. Стрижов

Задача 9

  • Название: Deep Learning for reliable detection of tandem repeats in 3D protein structures подробнее в PDF
  • Задача: Deep learning algorithms pushed computer vision to a level of accuracy comparable or higher than a human vision. Similarly, we believe that it is possible to recognize the symmetry of a 3D object with a very high reliability, when the object is represented as a density map. The optimization problem includes i) multiclass classification of 3D data. The output is the order of symmetry. The number of classes is ~10-20 ii) multioutput regression of 3D data. The output is the symmetry axis (a 3-vector). The input data are typically 24x24x24 meshes. The total amount of these meshes is of order a million. Biological motivation : Symmetry is an important feature of protein tertiary and quaternary structures that has been associated with protein folding, function, evolution, and stability. Its emergence and ensuing prevalence has been attributed to gene duplications, fusion events, and subsequent evolutionary drift in sequence. Methods to detect these symmetries exist, either based on the structure or the sequence of the proteins, however, we believe that they can be vastly improved.
  • Данные: Synthetic data are obtained by ‘symmetrizing’ folds from top8000 library (http://kinemage.biochem.duke.edu/databases/top8000.php).
  • Литература: Our previous 3D CNN: [118] Invariance of CNNs (and references therein): [119], [120]
  • Базовой алгоритм: A prototype has already been created using the Tensorflow framework [4], which is capable to detect the order of cyclic structures with about 93% accuracy. The main goal of this internship is to optimize the topology of the current neural network prototype and make it rotational and translational invariant with respect to input data. [4] [121]
  • Решение: The network architecture needs to be modified according to the invariance properties (most importantly, rotational invariance). Please see the links below [122],

[123] The code is written using the Tensorflow library, and the current model is trained on a single GPU (Nvidia Quadro 4000)of a desktop machine.

  • Новизна: Applications of convolutional networks to 3D data are still very challenging due to large amount of data and specific requirements to the network architecture. More specifically, the models need to be rotationally and transnationally invariant, which makes classical 2D augmentation tricks loosely applicable here. Thus, new models need to be developed for 3D data.
  • Авторы: эксперт Sergei Grudinin, консультанты Guillaume Pages, Vadim Strijov

Задача 10

  • Название: Semi-supervised representation learning with attention
  • Задача: обучение векторных представлений с использованием механизма attention, благодаря которому значительно выросло качество машинного перевода. Предлагается использовать его в сети архитектуры encoder-decoder для получения векторов фрагментов текста произвольной длины.
  • Данные: Предлагается рассмотреть две выборки: Microsoft Paraphrase Corpus (небольшой набор предложений, https://www.microsoft.com/en-us/download/details.aspx?id=52398) и PPDB(набор коротких сегментов, не всегда корректная разметка. http://sitem.herts.ac.uk/aeru/ppdb/en/)
  • Литература:

1. Ashish Vaswani, Noam Shazeer, Niki Parmar, Jakob Uszkoreit, Llion Jones, Aidan N. Gomez, Lukasz Kaiser, Illia Polosukhin. Attention Is All You Need (https://arxiv.org/abs/1706.03762). 2. John Wieting, Mohit Bansal, Kevin Gimpel, Karen Livescu. Towards Universal Paraphrastic Sentence Embeddings (https://arxiv.org/abs/1511.08198). 3. Ryan Kiros, Yukun Zhu, Ruslan Salakhutdinov, Richard S. Zemel, Antonio Torralba, Raquel Urtasun, Sanja Fidler. Skip-Thought Vectors (https://arxiv.org/abs/1506.06726). 4. Keras seq2seq (https://github.com/farizrahman4u/seq2seq).

  • Базовый алгоритм: решение [3] или векторные представления, полученные с использованием seq2seq [].
  • Решение: в задаче предлагается обучить векторные представления для фраз, используя механизм attention и метод частичного обучения. В качестве внутреннего функционала качества предлагается использовать усовершенствованную функцию ошибки из [2]. В качестве прикладной задачи можно рассмотреть задачу детектирования перефразирований и сентимент-анализ. Причем, исходя из результатов, полученный в [1], можно сделать предположение о том, что механизм attention в большей степени влияет на получение универсальных векторов для фраз, чем архитектура сети. Предлагается протестировать эту гипотезу с использованием двух различных архитектур - стандартной рекуррентной и feed-forward сети.
  • Новизна: новый метод.
  • Авторы: Рита Кузнецова, консультант

Задача 11

  • Название: Выбор интерпретируемых мультимоделей в задачах кредитного скоринга
  • Задача: Задача кредитного скоринга заключается в определении уровня кредитоспособности заемщика. Для этого используется анкета заемщика, содержащая как числовые (возраст, доход), так и категориальные признаки (пол, профессия). Требуется, имея историческую информацию о возвратах кредитов другими заемщиками, определить, вернет ли заемщик кредит. Данные могут быть разнородными (например, в случае наличия в стране разных регионов по доходу), и для адекватной классификации потребуется несколько моделей. Необходимо определить оптимальное число моделей. По набору параметров моделей необходимо составить портрет заемщика.
  • Данные: Предлагается рассмотреть пять выборок из репозиториев UCI и Kaggle, мощностью от 50000 объектов.
  • Литература: Диссертация А.А. Адуенко \MLAlgorithms\PhDThesis; С. Bishop, Pattern recognition and machine learning, последняя глава; 20 years of Mixture experts.
  • Базовой алгоритм: Кластеризация и построение независимых моделей логистической регрессии, Адабуст, Решающий лес (с ограничениями на сложность), Смесь экспертов.
  • Решение: Предлагается алгоритм выбора мультимодели (смеси моделей или смеси экспертов) и определения оптимального числа моделей.
  • Новизна: Предлагается функция расстояния между моделями, в которых распределения параметров заданы на разных носителях.
  • Авторы: А.В. Гончаров, В.В. Стрижов.

Задача 12

  • Название: Порождение признаков, инвариантных к изменению частоты временного ряда.
  • Задача: Неформально: есть набор временных рядов определенной частоты (s1), причем интересующая нас информация различима и при меньшей частоте дискретизации (например, отсчеты происходят каждую миллисекунду, а интересующие нас события происходят на интервале 0.1 с). Данные ряды интегрируются, снижая частоту в 10 раз (т.е. каждые 10 значений просто суммируются) и получается набор временных рядов s2.Предлагается найти такие преобразования над временным рядом, зависящие от частоты, что временные ряды высокой частоты s1и более низкой частоты s2 будут описываться одинаково. Формально: Задан набор временных рядов s1, ..., sNSс высокой частотой дискретизации 1. Целевая информация (например, движение рукой/cуточное колебание цены/…) различима и при меньшей частоте дискретизации 2 < 1. Необходимо найти такое отображение f: S G, -частота ряда, что оно будет порождать похожие признаковые описания для рядов различной частоты. Т.е.

f* = argminf E(f1(s1) -f2(s2)) , где E- некоторая функция ошибки.

  • Данные: Наборы временных рядов физической активности людей с акселерометров; временные ряды ЭЭГ человека; временные ряды энергопотребления городов/промышленных объектов. Ссылка на выборку: репозиторий UCI, наши выборки по ЭЭГ и акселерометрам.
  • Литература: См выше про Акселерометры
  • Базовой алгоритм: Преобразование Фурье.
  • Решение: Построение автоэнкодера с частично фиксированным внутренним представлением в виде того же временного ряда с меньшей частотой.
  • Новизна: Для временных рядов отсутствует “общепринятый подход” к анализу, в отличие, например, от анализа изображений. Если посмотреть на проблему отвлеченно, сейчас кот определяется так же хорошо, как и кот, занимающий вдвое меньшее пространство на изображении. Напрашивается аналогия с временными рядами. Тем более, природа данных в картинках и во временных рядах похожа: в картинках иерархия между значениями есть по двум осям (x и y), а во временных рядах - по одной - по оси времени. Гипотеза заключается в том, что сходные с анализом изображений методы позволят получить качественные результаты. Полученное признаковое представление может в дальнейшем использоваться для классификации и предсказания временных рядов.
  • Авторы: Р. Г. Нейчев, В.В. Стрижов.

Задача 13

  • Название: Deep learning for RNA secondary structure prediction
  • Задача: RNA secondary structure is an important feature which defines RNA functional properties. Its importance can be illustrated by the fact, that it is evolutionary preserved and some types of functional RNAs always * have the same secondary structure, for example all tRNAs fold into cloverleaf. As secondary structure often defines functions, knowing RNAs secondary structure may help investigate functions of novel RNA molecules. RNA folding is not as easy as DNA folding, because RNA is single stranded molecule which forms complicated base-pairing interactions, while DNA mostly exists as fully base paired double helices. Current methods of RNA structure prediction rely on experimentally evaluated thermodynamic rules, but with thermodynamics alone only 80% of structures can be accurately predicted. We propose an AI-driven method for predicting RNA secondary structure inspired by neural machine translation model.
  • Данные: RNA sequences in form of strings of characters
  • Литература: https://arxiv.org/abs/1609.08144
  • Базовой алгоритм: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/16873527
  • Решение: Deep learning recurrent encoder-decoder model with attention
  • Новизна: Currently RNA secondary structure prediction still remains unsolved problem and to the best of our knowledge DL approach has never been introduced in the literature before
  • Авторы: консультант Мария Попова

Задача 14

to be done

Задача 15

to be done

  • Название: Иерархическое тематическое моделирование текстовой коллекции
  • Задача: (варианты: новостной поток на русском / выпускные работы студентов на русском / научные статьи на английском / научпоп на русском).
  • Данные:
  • Литература:
    1. Воронцов К.В. Обзор вероятностных тематических моделей. 2017.
  • Базовой алгоритм:
  • Решение: построение тематической модели с помощью библиотеки BigARTM.
  • Новизна:
  • Авторы: К.В.Воронцов

Задача 16

to be done

  • Название: Анализ банковских транзакционных данных физических лиц для выявления паттернов потребления клиентов.
  • Задача:
  • Данные:
  • Литература:
    1. Воронцов К.В. Обзор вероятностных тематических моделей. 2017.
  • Базовой алгоритм:
  • Решение: построение тематической модели с помощью библиотеки BigARTM.
  • Новизна:
  • Авторы: К.В.Воронцов, консультанты Роза Айсина, Филипп Никитин.

Задача 17

to be done

Задача 18

  • Название: Сравнение нейросетевых и непрерывно-морфологических методов в задаче детекции текста (Text Detection).
  • Задача: Automatically Detect Text in Natural Images.
  • Данные: синтетические сгенерированные данные + подготовленная выборка фотографий + COCO-Text dataset + Конкурс Avito 2014.
  • Литература: COCO benchmark, One of a state-of-the-art architecture
  • Базовой алгоритм: code + морфологические методы, Avito 2014 winner's solution.
  • Решение: Предлагается сравнить работы нескольких state-of-the-art алгоритмов, которым нужна обширная обучающая выборка, с морфологическими методы, требующие небольшого числа данных. Предлагается определить границы применимости тех или иных методов.
  • Новизна: предложить алгоритм, основанный на использовании как нейросетевых, так и морфологических методов (решение задачи word detection).
  • Авторы: И.Н. Жариков.
  • Эксперт: Л.М. Местецкий (морфологические методы).

YEAR

Задачи группы 594

Автор Тема научной работы Ссылка Консультант Рецензент Доклад Буквы \Sigma=3+13
Гончаров Алексей (пример) Метрическая классификация временных рядов code,

paper, slides

Мария Попова Задаянчук Андрей BMF AILSBRCVTDSWH>
Белых Евгений Проскурин Александр Классификация суперпозиций движений физической активности paper

slides code

Мария Владимирова, Александра Малькова Романенко Илья, Поповкин Андрей, review

video

MF AILSBRC>V> [AILSBRC0VT0E0D0WS] CTD 2+9
Зуева Надежда Style Change Detection paper

slides video

Рита Кузнецова Игашов Илья, review BHMF AIL-S-B-R- [AILSBRCV0TE0D0WS] 3+10
Игашов Илья Формулировка и решение задачи оптимизации, сочетающей классификацию и регрессию, для оценки энергии связывания белка и маленьких молекул. paper

slides video

Сергей Грудинин, Мария Кадукова Манучарян Вардан, review, correction BHMF AILBS+BRHC>V> [AILSBRCVTE0D0WS] 3+11
Калугин Дмитрий Предсказание графовой структуры нейросетевой модели paper

slides

Бахтеев Олег Зуева Надежда review BHM AI-L-S--B0R0C0V0 [A-ILSBR0CVT0ED0WS] 2+11
Манучарян Вардан Предсказание свойств и типов атомов в молекулярных графах при помощи сверточных сетей paper,

slides, code video

Сергей Грудинин, Мария Кадукова Фаттахов Артур review BMF AILS>B> [AILSB0R0CV0TE0D0WS] VED 3+7
Муравьев Кирилл Определение параметров нейросети, подлежащих оптимизации. paper,

slides, code video

Бахтеев Олег Калугин Дмитрий review BHMF A+IL-S-B-RCVTED [AILSBRCV0TE0DWS] 3+12
Мурзин Дмитрий Данилов Андрей Распознавание текста на основе скелетного представления толстых линий и свёрточных сетей paper, slides, code

[video]

Л. М. Местецкий, Иван Рейер, Жариков И. Н. Муравьев Кирилл review BHMF A+IL> [AILSB0R0CV0TE0D0WS] 3+8
Поповкин Андрей Романенко Илья Создание ранжирующих моделей для систем информационного поиска. Алгоритм прогнозирования структуры локально-оптимальных моделей paper

slides code video

Кулунчаков Андрей, В. В. Стрижов Проскурин Александр, Белых Евгений, review BHMF AILS0BC>V> [AILSBRC0VTED0WS] 3+11
Фаттахов Артур Style Change Detection paper

slides code video

Рита Кузнецова Данилов Андрей, Мурзин Дмитрий, рецензия BMF AIL-S-B-R-CVTDSWH [AILSBRCVTE0D0WS] 3+11


Задача 1 (1-2)

  • Название: Классификация суперпозиций движений физической активности
  • Задача: Анализ поведения человека по измерениям датчиков мобильного телефона: по данным акселерометра определить движения человека. Данные акселерометра представляют собой сигнал, не имеющий точной периодики, который содержит неизвестную суперпозицию физических моделей. Будем рассматривать суперпозицию моделей: тело + рука/сумка/рюкзак.

Классификация видов деятельности человека по измерениям фитнес-браслетов. По измерениям акселерометра и гироскопа требуется определить вид деятельности рабочего. Предполагается, что временные ряды измерений содержат элементарные движения, которые образуют кластеры в пространстве описаний временных рядов. (Развитие: Характерная продолжительность движения — секунды. Временные ряды размечены метками вида деятельности: работа, отдых. Характерная продолжительность деятельности — минуты. Требуется по описанию временного ряда и кластера восстановить вид деятельности.)

  • Данные:
  • Литература:
    • Карасиков М. Е., Стрижов В. В. Классификация временных рядов в пространстве параметров порождающих моделей // Информатика и ее применения, 2016. [URL]
    • Кузнецов М. П., Ивкин Н. П. Алгоритм классификации временных рядов акселерометра по комбинированному признаковому описанию // Машинное обучение и анализ данных. 2015. T. 1, № 11. C. 1471—1483. [URL]
    • Исаченко Р. В., Стрижов В. В. Метрическое обучение в задачах многоклассовой классификации временных рядов // Информатика и ее применения, 2016, 10(2) : 48-57. [URL]
    • Задаянчук А. И., Попова М. С., Стрижов В. В. Выбор оптимальной модели классификации физической активности по измерениям акселерометра // Информационные технологии, 2016. [URL]
    • Motrenko A.P., Strijov V.V. Extracting fundamental periods to segment human motion time series // Journal of Biomedical and Health Informatics, 2016, Vol. 20, No. 6, 1466—1476. [URL]
    • Ignatov A., Strijov V. Human activity recognition using quasiperiodic time series collected from a single triaxial accelerometer // Multimedia Tools and Applications, 2015, 17.05.2015 : 1-14. [URL]
  • Базовой алгоритм: Базовый алгоритм описан в работах [Карасиков, Стрижов: 2016] и [Кузнецов, Ивкин: 2014].
  • Решение: Найти оптимальный способ сегментации и оптимальное описание временного ряда. Построить метрическое пространство описаний элементарных движений.
  • Новизна: Предложен способ классификации и анализа сложных движений (Развитие: Соединение двух характеристических времен описания жизни человека, комбинированная постановка задачи.)
  • Авторы: Александра Малькова, Мария Владимирова, Р. Г. Нейчев, В. В. Стрижов,

Задача 2 (1)

  • Название: Сравнение нейросетевых и непрерывно-морфологических методов в задаче детекции текста (Text Detection).
  • Задача: Automatically Detect Text in Natural Images.
  • Данные: синтетические сгенерированные данные + подготовленная выборка фотографий + COCO-Text dataset + Конкурс Avito 2014.
  • Литература: COCO benchmark, One of a state-of-the-art architecture
  • Базовой алгоритм: code + морфологические методы, Avito 2014 winner’s solution.
  • Решение: Предлагается сравнить работы нескольких state-of-the-art алгоритмов, которым нужна обширная обучающая выборка, с морфологическими методы, требующие небольшого числа данных. Предлагается определить границы применимости тех или иных методов.
  • Новизна: предложить алгоритм, основанный на использовании как нейросетевых, так и морфологических методов (решение задачи word detection).
  • Авторы: И. Н. Жариков.
  • Эксперт: Л. М. Местецкий (морфологические методы).

Задача 3 (1-2)

  • Название: Распознавание текста на основе скелетного представления толстых линий и сверточных сетей
  • Задача: Требуется построить две CNN, одна распознает растровое представление изображения, другая векторное. (Развитие: порождение толстых линий нейросетями)
  • Данные: Шрифты в растровом представлении.
  • Литература: Список работ [124], в частности arXiv:1611.03199 и
  • Базовый алгоритм: Сверточная сеть для растрового изображения.
  • Решение: Требуется предложить способ свертывания графовых структур, позволяющий породить информативное описание скелета толстой линии.
  • Новизна: Предложен способ повышения качества распознавания толстых линий за счет нового способа порождения их описаний.
  • Авторы: Л. М. Местецкий, И. А. Рейер, В. В. Стрижов

Задача 4 (1-2)

  • Название: Создание ранжирующих моделей для систем информационного поиска. Алгоритм прогнозирования структуры локально-оптимальных моделей
  • Задача: Требуется спрогнозировать временной ряд с помощью некоторой параметрической суперпозицией алгебраических функций. Предлагается не стоить прогностическую модель, а спрогнозировать ее, то есть предсказать структуру аппроксимирующей суперпозиции. Вводится класс рассматриваемых суперпозиций, и на множестве таких структурных описаний проводится поиск локально-оптимальной модели для рассматриваемой задачи. Задача состоит в 1) поиске подходящего структурного описания модели 2) описания алгоритма поиска той структуры, которая будет соответствовать оптимальной модели 3) описания алгоритма обратного построения модели по ее структурному описанию. В качестве уже имеющегося примера ответа на вопросы 1-3, смотри работы А. А. Варфоломеевой.
  • Данные:
    • Коллекция текстовых документов TREC (!)
    • Набор временных рядов, который подразумевает восстановление функциональных зависимостей. Предлагается сначала использовать синтетические данные или сразу применить алгоритм к прогнозированию временных рядов 1) потребления электроэнергии 2) физической активности с последующим анализом получающихся структур.
  • Литература:
    • (!) Kulunchakov A.S., Strijov V.V. Generation of simple structured Information Retrieval functions by genetic algorithm without stagnation // Expert Systems with Applications, 2017, 85 : 221—230.
    • А. А. Варфоломеева Выбор признаков при разметке библиографических списков методами структурного обучения, 2013, [125]
    • Bin Cao, Ying Li and Jianwei Yin Measuring Similarity between Graphs Based on the Levenshtein Distance, 2012, [126]
  • Базовой алгоритм: Конкретно к предлагаемой проблеме базового алгоритма нет. Предлагается попробовать повторить эксперимент А. А. Варфоломеевой для другого структурного описания, чтобы понять, что происходит.
  • Решение: Суперпозиция алгебраических функций задает ордерево, на вершинах которого заданы метки соответствующих алгебраических функций или переменных. Поэтому структурным описанием такой суперпозиции может являться ее DFS-code. Это строка, состоящая из меток вершин, записанных в порядке обхода дерева поиском в глубину. Зная арности соответствующих алгебраических функций, можем любой такой DFS-code восстановить за O(n) и получить обратно суперпозицию функций. На множестве подобных строковых описаний предлагается искать то строковое описание, которое будет соответствовать оптимальной модели.
  • Авторы: Кулунчаков Андрей, В. В. Стрижов

Задача 5 (1)

  • Название: Определение параметров нейросети, подлежащих оптимизации.
  • Задача: Рассматривается задача оптимизации нейросети. Требуется разделить параметры модели на две группы:
    • а) Параметры модели, подлежащие оптимизации
    • б) Параметры модели, оптимизация которых завершилась. Дальнейшая оптимизация данных параметров не даст улучшения качества модели.

Предлагается рассматривать оптимизацию параметров как стохастический процесс. Основываясь на истории процесса найдем те параметры, чья оптимизация больше не требуется.

  • Данные: Выборка рукописных цифр MNIST
  • Базовый алгоритм: Случайный выбор параметров.
  • Литература:
    • [127] SGD как стохастический процесс.
    • [128] Вариационный вывод в нейросетях.
  • Новизна: полученный алгоритм позволит существенно снизить вычислительную стоимость оптимизации нейросетей. Возможным дальнейшим развитием метода является получение оценок на параметры сети, полученной из исходной операциями расширения, сжатия, добавления и удаления слоев.
  • Авторы: Бахтеев Олег, В. В. Стрижов

Задача 6 (1)

  • Название: Предсказание графовой структуры нейросетевой модели.
  • Задача: Рассматривается задача нахождения устойчивой (и не избыточной по параметрам) структуры сверточной нейросети. Предлагается предсказывать структуру нейросети с использованием doubly-recurrent нейросетей. В качестве обучающей выборки предлагается использовать структуры моделей, показавших хорошее качество на подвыборках небольшой мощности.
  • Данные: Выборки MNIST, CIFAR-10
  • Базовый алгоритм: случайный поиск. Возможно сравнение с работами по обучению с подкреплением.
  • Литература:
    • [129] doubly-recurrent нейросети.
    • [130] Схожий подход с использованием обучения с подкреплением.
  • Авторы: Бахтеев Олег, В. В. Стрижов

Задача 7 (1)

PAN 2017 (http://pan.webis.de/clef17/pan17-web/author-identification.html) PAN 2016 (http://pan.webis.de/clef16/pan16-web/author-identification.html)

  • Литература:

1. Ian Goodfellow. NIPS 2016 Tutorial: Generative Adversarial Networks (https://arxiv.org/pdf/1701.06547.pdf) 2. Jiwei Li, Will Monroe, Tianlin Shi, Sebastien Jean, Alan Ritter and Dan Jurafsky. Adversarial Learning for Neural Dialogue Generation(https://arxiv.org/pdf/1701.06547.pdf) 3. M. Kuznetsov, A. Motrenko, R. Kuznetsova, V. Strijov. Methods for Intrinsic Plagiarism Detection and Author Diarization (https://pdfs.semanticscholar.org/1011/6d82a8438c78877a8a142be47c4ee8662138.pdf) 4. K. Safin, R. Kuznetsova. Style Breach Detection with Neural Sentence Embeddings (https://pdfs.semanticscholar.org/c70e/7f8fbc561520accda7eea2f9bbf254edb255.pdf)

  • Базовый алгоритм: решение, описанное в [3, 4].
  • Решение: предлагается решать задачу, используя generative adversarial networks — генеративная модель порождает тексты в одном авторском стиле, дискриминативная модель — бинарный классификатор.
  • Новизна: предполагается, что решение этой задачи предлагаемым методом может дать прирост качества по сравнению с типичными методами решениями этой задачи, а также связанных с ней задач кластеризации авторов.
  • Авторы: Рита Кузнецова (консультант), В. В. Стрижов

Задача 8 (1)

  • Название: Получение оценок правдоподобия с использованием автокодировщиков
  • Задача: предполагается, что рассматриваемые объекты подчиняются гипотезе многообразия (manifold learning) — вектора высокий размерности сосредоточились вокруг некоторого подпространства меньшей размерности. Работы [1, 2] показывают, что некоторые модификации автокодировщиков ищут k-мерное многообразие в пространстве объектов, которое наиболее полно передает структуру данных. В работе [2] выводится оценка плотности вероятности данных с помощью автокодировщика. Требуется получить эту оценку на правдоподобие модели.
  • Данные: предлагается провести эксперимент на коротких текстовых фрагментах Google ngrams (http://storage.googleapis.com/books/ngrams/books/datasetsv2.html)
  • Литература:
    1. Pascal Vincent, Hugo Larochelle, Isabelle Lajoie, Yoshua Bengio, Pierre-Antoine Manzagol. Stacked Denoising Autoencoders: Learning Useful Representations in a Deep Network with a Local Denoising Criterion (http://www.jmlr.org/papers/volume11/vincent10a/vincent10a.pdf).
    2. Guillaume Alain, Yoshua Bengio. What Regularized Auto-Encoders Learn from the Data Generating Distribution (https://arxiv.org/pdf/1211.4246.pdf)
    3. Hanna Kamyshanska, Roland Memisevic. The Potential Energy of an Autoencoder (https://www.iro.umontreal.ca/~memisevr/pubs/AEenergy.pdf)
  • Базовый алгоритм:
  • Решение: в задаче предлагается обучить векторные представления для фраз (n-грамм) с использованием автокодировщика, с помощью теоремы 2 в работе [2] получить оценку на правдоподобие выборки и, с помощью этой оценки, вывести правдоподобие модели. С помощью полученных оценок можно также рассмотреть процесс сэмплирования.
  • Новизна: получение оценок правдоподобия данных и правдоподобия модели, порождение текстов с помощью полученных оценок.
  • Авторы: Рита Кузнецова (консультант).

Задача 9 (1)

  • Название: Предсказание свойств и типов атомов в молекулярных графах при помощи сверточных сетей.
  • Задача: Multilabel classification using convolutional neural networks (CNN) on graphs.

Для предсказания взаимодействия молекул друг с другом зачастую необходимо правильно описать составляющие их атомы, поставив им в соответствие некоторые типы. Для маленьких молекул доступно не так много дескрипторов: координаты и химические элементы атомов, длины связей и величины углов между ними. Используя эти признаки, мы успешно предсказываем гибридизации атомов и типы связей. При таком подходе каждый атом рассматривается «по отдельности», информация о соседних атомах, необходимая для определения типа атома, практически не используется, и типы атомов определяются с помощью проверки большого числа условий. В то же время, молекулы представимы в виде трехмерных молекулярных графов, и было бы интересно использовать это для предсказания их типов методами машинного обучения, например, с помощью CNN. Необходимо предсказать типы вершин и рёбер молекулярных графов :

    • тип атома (тип вершины графа, около 150 классов),
    • гибридизацию атома (вспомогательный признак, тип вершины, 4 класса),
    • тип связи (вспомогательный признак, тип ребра, 5 классов).

Тип атома (вершины графа) основан на информации о его гибридизации и свойствах соседних с ним атомов. Поэтому в случае успешного решения задачи классификации можно провести кластеризацию для поиска других способов определения типов атомов.

  • Данные: Около 15 тысяч молекул, представленных в виде молекулярных графов. Для каждой вершины (атома) известны 3D координаты и химический элемент. Дополнительно посчитаны длины связей, величины углов и двугранных углов между атомами (3D координаты графа), бинарные признаки, отражающие, входит ли атом в цикл и является ли он терминальным. Выборка размечена, однако в размеченных данных может содержаться ~5 % ошибок.

Если данных будет недостаточно, возможно увеличение выборки (до 200 тысяч молекул), сопряженное с увеличением неточности в разметке.

  • Литература:
  • Базовой алгоритм: Предсказание гибридизаций и порядков связей с помощью мультиклассового нелинейного SVM с небольшим числом дескрипторов. https://hal.inria.fr/hal-01381010/document
  • Решение: Предлагаемое решение задачи и способы проведения исследования.

Способы представления и визуализации данных и проведения анализа ошибок, анализа качества алгоритма. На первом этапе нужно будет определить операции на графах, необходимые для построения архитектуры сети. Далее нужно будет обучить сеть для мульти-классовой классификации типов вершин (и ребер) входного графа. Для оценки качества алгоритма предполагается оценивать точность с помощью кросс-валидации. Для конечной публикации (в профильном журнале) нужно будет сделать специфический тест на качество предсказаний: на основе предсказанных типов связи молекула записывается в виде строки (в формате SMILES) и сравнивается с образцом. В этом случае для каждой молекулы предсказание будет считаться верным, только если типы всех связей в ней были предсказаны без ошибок.

  • Новизна: Предложенные молекулярные графы обладают 3D структурой и внутренней иерархией, что делает их идеальным объектом применения CNN.
  • Авторы: Сергей Грудинин, Мария Кадукова, В. В. Стрижов.

Задача 10 (1)

  • Название: Формулировка и решение задачи оптимизации, сочетающей классификацию и регрессию, для оценки энергии связывания белка и маленьких молекул. Описание задачи [134]
  • Задача:

С точки зрения биоинформатики, задача заключается в оценке свободной энергии связывания белка с маленькой молекулой (лигандом): наилучший лиганд в своем наилучшем положении имеет \textbf{наименьшую свободную энергию} взаимодействия с белком. (Далее большой текст, см. файл по ссылке вверху.)

  • Данные:
    • Данные для бинарной классификации.

Около 12,000 комплексов белков с лигандами: для каждого из них есть 1 нативная поза и 18 ненативных. Основными дескрипторами являются гистограммы распределений расстояний между различными атомами белка и лиганда, размерность вектора дескрипторов ~ 20,000. В случае продолжения исследования и публикации в профильном журнале набор дескрипторов может быть расширен. Данные будут предоставлены в виде бинарных файлов со скриптом на python для чтения.

    • Данные для регрессии.

Для каждого из представленных комплексов известно значение величины, которую можно интерпретировать как энергию связывания.

  • Литература:
  • Базовой алгоритм: [138]

В задаче классификации мы использовали алгоритм, похожий на линейный SVM, связь которого с оценкой энергии, выходящей за рамки задачи классификации, описана в указанной выше статье. В задаче регрессии можно использовать различные функции потерь.

  • Решение: Необходимо связать использованную ранее оптимизационную задачу с задачей регрессии и решить стандартными методами. Для проверки работы алгоритма будет использована кросс-валидация.

Есть отдельный тестовый сет, состоящий из (1) 195 комплексов белков и лигандов, для которых нужно найти наилучшую позу лиганда (алгоритм получения положений лиганда отличается от используемого при обучении), (2) комплексов белков и лигандов, для нативных поз которых нужно предсказать энергию связывания, и (3) 65 белков, для которых нужно найти наиболее сильно связывающийся лиганд.

  • Новизна': В первую очередь, интерес представляет объединение задач классификации и регрессии.

Правильная оценка качества связывания белка и лиганда используется при разработке лекарства для поиска молекул, наиболее сильно взаимодействующих с исследуемым белком. Использование описанной выше задачи классификации для предсказания энергии связывания приводит к недостаточно высокой корреляции предсказаний с экспериментальными значениями, в то время как использование одной лишь задачи регрессии приводит к переобучению.

  • Авторы Сергей Грудинин, Мария Кадукова, В. В. Стрижов.

2017

Автор Тема научной работы Ссылка Консультант Рецензент Доклад Буквы
Гончаров Алексей (пример) Метрическая классификация временных рядов code,

paper, slides

Мария Попова Задаянчук Андрей BMF AILSBRCVTDSWH>
Алексеев Василий Внутритекстовая когерентность как мера интерпретируемости тематических моделей текстовых коллекций code

data paper slides video

Виктор Булатов Захаренков Антон BMF AILSB+RC+V+TDHW
Аникеев Дмитрий Локальная аппроксимация временных рядов для построения прогностических метамоделей code

paper slides

В.В. Стрижов Смердов Антон BMF AILS>B0R0C0V0T0D0H0W0
Гасанов Эльнур Построение аппроксимирующего описания скалограммы в задаче прогнозирования движений по электрокортикограмме code paper

slides

Анастасия Мотренко Ковалев Дмитрий BMF AILSBRCVTDH0W0
Захаренков Антон Massively multitask deep learning for drug discovery code

paper slides video

Мария Попова Алексеев Василий BMF AILSBRCVT>D>H0W0
Ковалев Дмитрий Unsupervised representation for molecules code

paper slides

Мария Попова Гасанов Эльнур BMF AILSBRCVT>D>H0W0
Новицкий Василий Выбор признаков в задачах авторегрессионного прогнозирования биомедицинских сигналов paper

code slides

Александр Катруца B - F AILS>B0R0C0V0T0D0H0W0
Селезнева Мария Агрегирование гетерогенных текстовых коллекций в иерархической тематической модели русскоязычного научно-популярного контента paper

code slides video

Ирина Ефимова Шолохов Алексей BMF A+IL+SBRCVTDHW
Смердов Антон Выбор оптимальной модели рекуррентной сети в задачах поиска парафраза paper

code slides video

Олег Бахтеев Дмитрий Аникеев BMF AIL+SB+RC>V+M-T>D0H0W0
Уваров Никита Оптимальный алгоритм для восстановления динамических моделей paper

slides code video

Юрий Максимов BMF AILS0B0R0C0V0T0D0H0W0
Усманова Карина Multiple Manifold Learning (Joint diagonalization for 3D shapes - AJD on Hessian matrices) paper

slides code video

Михаил Карасиков Иннокентий Шибаев BMF AILSBRC+VT+EDH>W
Шибаев Иннокентий Convex relaxations for multiple structure alignment (synchronization problem for SO(3)) paper

slides code video

Михаил Карасиков Карина Усманова BMF AILS-BRCVT>D>H>W
Шолохов Алексей Помехоустойчивость методов информационного анализа ЭКГ-сигналов

paper code slides video

Влада Бунакова Селезнева Мария BMF AILSBRCVTDHW


Академ или новые

Автор Тема научной работы Ссылка Консультант Рецензент Доклад Буквы
Кульков Александр Адаптивные релаксации NP трудных задач через машинное обучение paper Юрий Максимов академ A>I>L>B0R0C0V0T0D0H0W0
Калошин Павел Применение сетей глубокого обучения для переноса моделей классификации в случае недостаточного объема данных.

paper code data

Антон Хританков - MF AIL-SBRC-VT+D>H>W0
Малиновский Григорий Выбор интерпретируемых мультимоделей в задачах кредитного скоринга paper

code

Александр Адуенко академ B - - AILS-B>R>C>V>T0D0H0W0
Плетнев Никита Детектирование внутреннего плагиата paper Рита Кузнецова академ - - - A-I-L-S>B0R0C0V0T0D0H0W0
Гревцев Александр Параллельные алгоритмы параметрической идентификации потенциала Терсоффа для AlN

paper

Каринэ Абгарян
Зайцев Никита Автоматическая классификация научных статей по кристаллографии

paper readme

Евгений Гаврилов
Дилигул Александр Определение оптимальных параметров потенциала для модели Rosato-Guillope-Legrand (RGL) по экспериментальным данным и результатам квантово-механических расчетов

paper

Каринэ Абгарян
Дарья Фокина Отбор кандидатов в задаче поиска текстовых заимствований с перефразированием, основанный на векторизации текстовых фрагментов Алексей Романов AILSB0R0C0V0T0D0H0W0

Задача 1

  • Название: Классификация видов деятельности человека по измерениям фитнес-браслетов.
  • Задача: По измерениям акселерометра и гироскопа требуется определить вид деятельности рабочего. Предполагается, что временные ряды измерений содержат элементарные движения, которые образуют кластеры в пространстве описаний временных рядов. Характерная продолжительность движения – секунды. Временные ряды размечены метками вида деятельности: работа, отдых. Характерная продолжительность деятельности – минуты. Требуется по описанию временного ряда и кластера восстановить вид деятельности.
  • Данные: Временные ряды акселерометра WISDM (Временной ряд (библиотека примеров), раздел Accelerometry).
  • Литература:
    • Карасиков М.Е., Стрижов В.В. Классификация временных рядов в пространстве параметров порождающих моделей // Информатика и ее применения, 2016. [URL]
    • Кузнецов М.П., Ивкин Н.П. Алгоритм классификации временных рядов акселерометра по комбинированному признаковому описанию // Машинное обучение и анализ данных. 2015. T. 1, № 11. C. 1471 - 1483. [URL]
    • Исаченко Р.В., Стрижов В.В. Метрическое обучение в задачах многоклассовой классификации временных рядов // Информатика и ее применения, 2016, 10(2) : 48-57. [URL]
    • Задаянчук А.И., Попова М.С., Стрижов В.В. Выбор оптимальной модели классификации физической активности по измерениям акселерометра // Информационные технологии, 2016. [URL]
    • Motrenko A.P., Strijov V.V. Extracting fundamental periods to segment human motion time series // Journal of Biomedical and Health Informatics, 2016, Vol. 20, No. 6, 1466 - 1476. [URL]
    • Ignatov A., Strijov V. Human activity recognition using quasiperiodic time series collected from a single triaxial accelerometer // Multimedia Tools and Applications, 2015, 17.05.2015 : 1-14. [URL]
  • Базовой алгоритм: Базовый алгоритм описан в работах [Карасиков, Стрижов: 2016] и [Кузнецов, Ивкин: 2014].
  • Решение: Найти оптимальный способ сегментации и оптимальное описание временного ряда. Построить метрическое пространство описаний элементарных движений.
  • Новизна:: Соединение двух характеристических времен описания жизни человека, комбинированная постановка задачи.
  • Авторы: В.В. Стрижов, М.П. Кузнецов, П.В. Левдик.

Задача 2

  • Название: Построение аппроксимирующего описания скалограммы в задаче прогнозирования движений по электрокортикограмме.
  • Задача: В рамках решения задачи декодирования сигналов ECoG решается задача классификации движений по временным рядам показаний электродов. Инструментами для извлечения признаков из временных рядов ECoG являются коэффициенты вейвлет-преобразования исследуемого сигнала [Макарчук 2016], на основе которых для каждого электрода строится скалограмма - двумерный массив признаков в пространстве частота-время. Объединение скалограмм для каждого электрода даёт признаки временного ряда в пространственно-частотно-временной области. Построенное таким образом признаковое описание заведомо содержит мультикоррелирующие признаки и является избыточным. Требуется предложить метод снижения размерности признакового пространства.
  • Данные: Измерения положений пальцев при совершении простых жестов. Описание экспериментов данные.
  • Литература:
    • Макарчук Г.И., Задаянчук А.И. Стрижов В.В. 2016. Использование метода частичных наименьших квадратов для декодирования движения руки с помощью ECoG сигналов у обезьян. pdf
    • Карасиков М.Е., Стрижов В.В. Классификация временных рядов в пространстве параметров порождающих моделей // Информатика и ее применения, 2016. [URL]
    • Кузнецов М.П., Ивкин Н.П. Алгоритм классификации временных рядов акселерометра по комбинированному признаковому описанию // Машинное обучение и анализ данных. 2015. T. 1, № 11. C. 1471 - 1483.
  • Базовой алгоритм: PLS

Chen C, Shin D, Watanabe H, Nakanishi Y, Kambara H, et al. (2013) Prediction of Hand Trajectory from Electrocorticography Signals in Primary Motor Cortex. PLoS ONE 8(12): e83534.

  • Решение: Для снижения размерности предлагается использовать метод локальной аппроксимации, предложенный в [Кузнецов 2015] использованный для классификации акселерометрических временных рядов [Карасиков 2016].
  • Новизна: Предложен новый метод восстановления движений на основе электрокортикограмм.
  • Авторы: В.В. Стрижов, А.П. Мотренко

Задача 3

  • Название: Multiple Manifold Learning (Joint diagonalization for 3D shapes - AJD on Hessian matrices).
  • Задача: Построение оптимального алгоритма для задачи Multiple Manifold Learning. Даны две конформации белка (две третичные труктуры). В окрестности каждого состояния задана модель эластичного тела (колебания структуры в окрестности данных состояний). Задача состоит в построении общей модели эластичного тела для нахождения промежуточных состояний с максимальным совпадением с данными моделями в окрестностях заданных конформаций. Пространство движений эластичного тела задается собственными векторами гессиана. Требуется найти общее low-rank приближение пространства движений двух эластичных тел.
  • Данные: Белковые структуры в двойных конформациях из PDB, около 100 наборов из статьи https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4677049/
  • Литература: Список научных работ, дополненный 1) формулировкой решаемой задачи, 2) ссылками на новые результаты (недавняя статья, близкая по результатам), 3) основной информацией об исследуемой проблеме.

Tirion, M. M. (1996). Large amplitude elastic motions in proteins from a single-parameter, atomic analysis. Physical Review Letters, 77(9), 1905. Moal, I. H., & Bates, P. A. (2010). {SwarmDock} and the Use of Normal Modes in Protein-Protein Docking. IJMS, 11(10), 3623–3648. https://doi.org/10.3390/ijms11103623

  • Базовой алгоритм: AJD algorithm: http://perso.telecom-paristech.fr/~cardoso/jointdiag.html, AJD algorithms implemented as part of Shogun ML toolbox http://shogun-toolbox.org, http://shogun-toolbox.org/api/latest/classshogun_1_1CApproxJointDiagonalizer.html.
  • Решение: Вычисление гессианов (C++ код у Сергея), изучение и запуск стандартных алгоритмов совместной диагонализации для первых n нетривиальных собственных векторов, анализ функций потерь, адаптирование стандартного алгоритма для решения исходной задачи.
  • Новизна: При помощи простых моделей теории эластичности с одним или несколькими свободными параметрами можно описать тепловые флуктуации в белках. Однако такие модели не описывают переходы между несколькими стабильными конформациями в белках. Целью данной работы является доработка эластичной модели так, чтобы она также описывала пространство конформационных изменений.
  • Авторы: Грудинин Сергей, консультант: Карасиков Михаил / Максимов Юрий.

Задача 4

  • Название: Convex relaxations for multiple structure alignment (synchronization problem for SO(3)).
  • Задача: Найти преобразования для одновременного выравнивания третичных структур белков (простыми словами: найти ортогональные преобразования, совмещающие данные в R^3 молекулы, имеющие одинаковые химические формулы). Если структуры одинаковые (RMSD после выравнивания равно нулю, структуры совмещаются точно), то выравнивать можно попарно. Однако, если это не так, то базовый алгоритм, вообще говоря, не находит оптимум исходной задачи с функцией потерь для одновременного выравнивания.
  • Данные: Структуры белков в PDB формате в различных состояниях и системах координат.
  • Литература:
    • Multiple structural alignment:
      1. Kearsley.S.K. (1990)7. Comput. Chem., 11, 1187-1192.
      2. Shapiro., BothaJ.D., PastorA and Lesk.A.M. (1992) Acta Crystallogr., A48, 11-14.
      3. Diamond,R. (1992) Protein Sci., 1, 1279-1287.
      4. May AC, Johnson MS, Improved genetic algorithm-based protein structure comparisons: pairwise and multiple superpositions. Protein Eng. 1995 Sep;8(9):873-82.
    • Synchronisation problem:
      1. O. Özyeşil, N. Sharon, A. Singer, ``Synchronization over Cartan motion groups via contraction”, Available at arXiv.
      2. L. Wang, A. Singer, ``Exact and Stable Recovery of Rotations for Robust Synchronization”, Information and Inference: A Journal of the IMA, 2(2), pp. 145--193 (2013).
      3. Semidefinite relaxations for optimization problems over rotation matrices J Saunderson, PA Parrilo… - Decision and Control ( …, 2014 - ieeexplore.ieee.org
      4. Spectral synchronization of multiple views in SE (3) F Arrigoni, B Rossi, A Fusiello - SIAM Journal on Imaging Sciences, 2016 - SIAM
      5. Robust Rotation Synchronization via Low-rank and Sparse Matrix Decomposition, F Arrigoni, A Fusiello, B Rossi, P Fragneto - arXiv preprint arXiv: …, 2015 - arxiv.org
    • Spectral relaxation for SO(2)
      1. A. Singer, Angular synchronization by eigenvectors and semidefinite programming, Applied and Computational Harmonic Analysis 30 (1) (2011) 20 – 36.
    • Spectral relaxation for SO(3)
      1. M.Arie-Nachimson,S.Z.Kovalsky,I.Kemelmacher-Shlizerman,A.Singer,R.Basri,Global motion estimation from point matches, in: International Conference on 3D Imaging, Modeling, Processing, Visualization and Transmission, 2012, pp. 81–88.
      2. A. Singer, Y. Shkolnisky, Three-dimensional structure determination from common lines in cryo-em by eigenvectors and semidefinite programming, SIAM Journal on Imaging Sciences 4 (2) (2011) 543– 572.
  • Базовой алгоритм: Алгоритм локального (попарного) выравнивания. Kearsley.S.K. (1989) Acta Crystallogr., A45, 208-210 ; Rapid determination of RMSDs corresponding to macromolecular rigid body motions

Petr Popov, Sergei Grudinin, Journal of Computational Chemistry, Wiley, 2014, 35 (12), pp.950-956. <10.1002/jcc.23569> DOI : 10.1002/jcc.23569

  • Решение: Два варианта постановки оптимизационных задач (через матрицы поворота и через кватернионы). Релаксация полученных задач выпуклыми, сравнение решений задачи базовым алгоритмом и релаксациями (spectral relaxation, SDP).
  • Новизна: Метод, выравнивающий структуры, минимизируя функцию потерь, учитывающую все попарные потери.
  • Авторы: Грудинин Сергей, консультант: Карасиков Михаил.

Задача 5

  • Название: Локальная аппроксимация временных рядов для построения прогностических метамоделей.
  • Задача: Исследуется физическая активность человека по временным рядам - измерениям акселерометра. Целью проекта является создание инструмента для анализа проблемы созания моделей прогнозирования моделей - метамоделей. Исследуется сегмент временного ряда. Требуется спрогнозировать класс сегмента. (Вариант: спрогнозировать окончание сегмента, последующий сегмент, его класс. При этом класс последующего сегмента может отличаться от класса предыдущего).
  • Данные: Взять за основу выборку Santa Fe или WISDM (выборки состоят из сегментов со многими элементарными движениями и соответствующими сегментам метками классов), вариант OPPORTUNITY Activity Recognition Challenge.
  • Литература:
    • Карасиков М.Е., Стрижов В.В. Классификация временных рядов в пространстве параметров порождающих моделей // Информатика и ее применения, 2016. [URL]
    • Кузнецов М.П., Ивкин Н.П. Алгоритм классификации временных рядов акселерометра по комбинированному признаковому описанию // Машинное обучение и анализ данных. 2015. T. 1, № 11. C. 1471 - 1483. [URL]
  • Базовой алгоритм: [Карасиков 2016]
  • Решение: См. описание задачи.
  • Новизна: При создании метапрогностических моделей (моделей прогнозирования прогностических моделей) остается открытой проблема использования значений параметров локальных моделей при создании метамоделей. Цель нижеприведенного проекта - создание инструмента для анализа этой проблемы.
  • Авторы: В.В. Стрижов

Задача 6

  • Название: Выбор оптимальной модели рекуррентной сети в задачах поиска парафраза
  • Задача: Задана выборка пар предложений с метками <<похожие>> и <<непохожие>>. Требуется построить рекуррентную сеть небольшой сложности (т.е. с небольшим количеством параметров), доставляющую минимум ошибке классификации пар предложений.
  • Данные: Предлагается рассмотреть две выборки: Microsoft Paraphrase Corpus (небольшой набор предложений) и PPDB (набор коротких сегментов, не всегда корректная разметка)
  • Литература:
    • [1] Пошаговое описание реализации рекуррентной сети LSTM
    • [2] Алгоритм прореживания, основанный на построении сети, обладающей минимальной длиной описания
    • [3] Optimal Brain Damage
  • Базовый алгоритм: В качестве базового алгоритма могут выступать:
    1. Решение без прореживания
    2. Решение, описанное в [3]
    3. Otimal Brain Damage
  • Решение: Предлагается рассмотреть метод прореживания, описанный в [3] с блочной матрицей ковариаций: в качестве блоков выступают либо нейроны, либо параметры с группировкой по входным признакам.
  • Новизна: Предложенный метод позволит эффективно снижать сложность рекуррентной сети с учетом взаимосвязи между нейронами или входными признаками.
  • Авторы: Олег Бахтеев, консультант

Задача 7

  • Название: Детектирование внутреннего плагиата
  • Задача: Решается задача выявления внутренних заимствований в тексте. Требуется проверить гипотезу о том, что заданный текст написан единственным автором, и в случае ее невыполнения выделить заимствованные части текста. Заимствованием считается часть текста, предположительно написанная другим автором и содержащая характерные отличия от стиля основного автора. Требуется разработать такую стилевую функцию, которая позволяет с высокой степенью достоверности отличить стиль основного автора текста от заимствований.
  • Данные: Предлагается рассмотреть корпус PAN-2011, PAN-2016
  • Литература:
    • [1] Пошаговое описание реализации рекуррентной сети LSTM
    • [2] Алгоритм кластеризации авторов
    • [3] Statistical Language Models Based on Neural Networks
    • [4] Methods for intrinsic plagiarism detection and author diarization
  • Базовый алгоритм: В качестве базового алгоритма может выступать решение, описанное в [4].
  • Решение: Предлагается рассмотреть метод, описанный в [2] и строить стилевую функцию, основываясь на выходах нейронной сети.
  • Новизна: Предполагается, что построение стилевой функции предлагаемым методом может дать прирост качества по сравнению с типичными решениями этой задачи.
  • Авторы: Рита Кузнецова, консультант

Задача 8

  • Название: Адаптивные релаксации NP трудных задач через машинное обучение
  • Задача: Современные задачи оптимизации потоков мощности в энергетических сетях приводят к невыпуклым задачам оптимизации с большим количеством ограничений. Аналогичные по структуре постановки возникают также в ряде других инженерных задач и в классических задачах комбинаторной оптимизации. Традиционный подход к решению подобных NP трудных задач состоит в написании их выпуклых релаксаций (semidefinite/SDP, second order conic/SOCP, etc), имеющих как правило существенно большее множество допустимых решений, чем в исходной задаче. И последующей проекцией полученного решения в область, где выполнены ограничения исходной задачи. Во многих практических случаях, качество полученного таким образом решения невелико. Альтернативные подходы, например MILP (mixed integer linear programming) релаксации, существенно более трудоемки по времени, но приводят к более точно у ответу.

Основная проблема состоит в невозможности применения известных методов для решения задач большой размерности (сети из 1000 узлов и более). Одним из ключевых препятствий является не столько размерность задачи, сколько большое число ограничений. Вместе с тем, в реальных задачах можно выделить небольшое множество ограничений такое, что множества допустимых точек в выделенном множестве и в исходном весьма близки. Это позволит заменить задачу на иную, с меньшим числом ограничений, что повысит скорость используемых алгоритмов. Предлагается использовать методы машинного обучения для построения указанного множества наиболее важных ограничений.

  • Литература: Методы семплинга/машинного обучения:
    1. Beygelzimer, A., Dasgupta, S., & Langford, J. (2009, June). Importance weighted active learning. In Proceedings of the 26th annual international conference on machine learning (pp. 49-56). ACM.
    2. Tong, S., & Koller, D. (2001). Support vector machine active learning with applications to text classification. Journal of machine learning research, 2(Nov), 45-66.
    3. Owen, A., & Zhou, Y. (2000). Safe and effective importance sampling. Journal of the American Statistical Association, 95(449), 135-143.

Релаксации: Nagarajan, H., Lu, M., Yamangil, E., & Bent, R. (2016). Tightening McCormick Relaxations for Nonlinear Programs via Dynamic Multivariate Partitioning. arXiv preprint arXiv:1606.05806.

  • Данные: данные ieee + matpower содержащие описания энергетических сетей и режимов их функционирования.
  • Новизна: указанный подход, по видимому, является первым применением методов прикладной статистики/машинного обучения для решения трудных оптимизационных задач. Мы ожидаем существенный выигрыш в трудоемки стиль методов
  • Автор: консультант: Юрий Максимов, эксперт: Михаил Чертков

Задача 9

  • Название: Оптимальный алгоритм для восстановления динамических моделей.
  • Задача: Стандартная постановка задач машинного обучения в контексте обучения без учителя (unsupervised learning) предполагает, что примеры (samples) независимы и получены из одного распределения вероятности. Однако зачастую наблюдаемые данные имеют динамическое происхождение и являются коррелироваными. Задача состоит в разработке эффективного метода для восстановления динамической графической модели (графа и параметров модели) по наблюдаемым коррелированным динамическим конфигурациям. Эта задача важна с теоретической точки зрения и имеет массу приложений. Основой алгоритма будет служить адаптация нового оптимального метода экранирования взаимодействий (interaction screening), разработанного для модели Изинга. Процесс решения будет сочетать в себе знакомство с теоретическими методами компьютерных наук / машинного обучения и численные эксперименты.
  • Данные: Симулированные динамические конфигурации спинов в кинетической модели Изинга.
  • Литература:
    1. Lokhov et al., "Optimal structure and parameter learning of Ising models", arXiv:1612.05024 (2016) {https://arxiv.org/abs/1612.05024}
    2. Vuffray et al., "Interaction screening: efficient and sample-optimal learning of Ising models", NIPS 2016 {https://arxiv.org/abs/1605.07252}
    3. Decelle and Zhang, "Inference of the sparse kinetic Ising model using the decimation method", Phys. Rev. E 2016 {https://arxiv.org/abs/1502.01660}
    4. Bresler et al., "Learning graphical models from the Glauber dynamics", Allerton 2014 {https://arxiv.org/abs/1410.7659}
    5. Zeng et al., "Maximum likelihood reconstruction for Ising models with asynchronous updates", Phys. Rev. Lett. 2013 {https://arxiv.org/abs/1209.2401}
  • Базовой алгоритм: Динамический метод экранирования взаимодействий. Сравнение с методом максимального правдоподобия.
  • Новизна: В настоящее время оптимальный (т.е. использующий минимальное возможное количество примеров) алгоритм для данной задачи неизвестен. Динамический метод экранирования взаимодействия имеет хорошие шансы окончательно "закрыть" эту задачу, т.к. является оптимальным для статической задачи.
  • Автор: Консультанты Андрей Лохов, Юрий Максимов. Эксперт Михаил Чертков

Задача 10

  • Название: Выбор интерпретируемых мультимоделей в задачах кредитного скоринга
  • Задача: Задача кредитного скоринга заключается в определении уровня кредитоспособности заемщика. Для этого используется анкета заемщика, содержащая как числовые (возраст, доход), так и категориальные признаки (пол, профессия). Требуется, имея историческую информацию о возвратах кредитов другими заемщиками, определить, вернет ли заемщик кредит. Данные могут быть разнородными (например, в случае наличия в стране разных регионов по доходу), и для адекватной классификации потребуется несколько моделей. Необходимо определить оптимальное число моделей. По набору параметров моделей необходимо составить портрет заемщика.
  • Данные: Предлагается рассмотреть пять выборок из репозиториев UCI и Kaggle, мощностью от 50000 объектов.
  • Литература: Диссертация А.А. Адуенко \MLAlgorithms\PhDThesis; С. Bishop, Pattern recognition and machine learning, последняя глава; 20 years of Mixture experts.
  • Базовой алгоритм: Кластеризация и построение независимых моделей логистической регрессии, Адабуст, Решающий лес (с ограничениями на сложность), Смесь экспертов.
  • Решение: Предлагается алгоритм выбора мультимодели (смеси моделей или смеси экспертов) и определения оптимального числа моделей.
  • Новизна: Предлагается функция расстояния между моделями, в которых распределения параметров заданы на разных носителях.
  • Авторы: А.А. Адуенко, В.В. Стрижов.

Задача 11

  • Название: Выбор признаков в задачах авторегрессионного прогнозирования биомедицинских сигналов.
  • Задача: Решается задача прогнозирования биомедицинских сигналов и сигналов интернета вещей. Требуется спрогнозировать вектор – несколько следующих отсчетов сигнала. Предполагается, что собственную размерность пространства как прогнозируемой переменной, так и независимой переменной можно существенно снизить, увеличив тем самым устойчивость прогноза без существенной потери точности. Для этого используется подход Partial Least Squares в авторегрессионном прогнозировании.
  • Данные: Выборка биомедицинских временных рядов SantaFe, выборка сигналов интернета вещей.
  • Литература: Katrutsa A.M., Strijov V.V. Stresstest procedure for feature selection algorithms // Chemometrics and Intelligent Laboratory Systems, 2015, 142 : 172-183; : Katrutsa A.M., Strijov V.V. Comprehensive study of feature selection methods to solve multicollinearity problem according to evaluation criteria // Expert Systems with applications, 2017; Kee Siong Ng A Simple Explanation of Partial Least Squares keesiong.ng@gopivotal.com Draft, April 27, 2013, http://users.cecs.anu.edu.au/~kee/pls.pdf
  • Базовой алгоритм: PLS, алгоритм квадратичной оптимизации для выбора признаков.
  • Решение: построить матрицу плана с субоптимальным набором объектов и признаков, предложить функцию ошибки квадратичной оптимизации (по возможности развить на случай тензорного представления матрицы плана).
  • Новизна: Обобщен алгоритм выбора признаков (опубликованный две недели назад) для случая PLS.
  • Авторы: А.М. Катруца, В.В. Стрижов.

Задача 12

  • Название: Massively multitask deep learning for drug discovery
  • Задача: Разработать мультитасковую рекурентную нейронную сеть для предсказания биологической активности. Для каждой пары "молекула-протеин" требуется предсказать бинарную величину 0/1, означающую, что молекула связывается/не связывается с протеином.
  • Данные: разреженные данные биологической активности для ~100K молекул против ~ 1000 протеинов. Молекулы представлены в формате SMILES строк (последовательность символов, кодирующая молекулу)
  • Литература: https://arxiv.org/pdf/1502.02072
  • Базовой алгоритм: мультитасковая нейросеть, предсказывающая активность по числовым признакам, однотасковая рекурентная нейросеть
  • Решение: Мультитасковость означает, что требуется построить модель, которая получается на вход молекулу и предсказывает её биологическую активность против всех протеинов в выборке.
  • Новизна: Существующие методы не показали существенного улучшения качества DL модели по сравнению со стандартными ML моделями
  • Авторы: эксперт -- Александр Исаев, консультант -- Мария Попова

Задача 13

  • Название: Unsupervised representation for molecules
  • Задача: Разработать unsupervised метод для репрезентации молекул
  • Данные: ~1.5M молекул в формате SMILES строк (последовательность символов, кодирующая молекулу)
  • Литература: https://www.cs.toronto.edu/~hinton/science.pdf
  • Базовой алгоритм: в настоящее время в качестве такой репрезентации используются выделенные вручную числовые признаки. Качество полученых репрезентаций можно сравнить с датасетом tox21 (10К молекул против 12 протеинов)
  • Решение: использовать свёрточные или рекуррентные сети для построения автоэнкодера.
  • Новизна: построение end-to-end модели для получения информативных признаков
  • Авторы: эксперт -- Александр Исаев, консультант -- Мария Попова

Задача 14

  • Название: Внутритекстовая когерентность как мера интерпретируемости тематических моделей текстовых коллекций.
  • Задача: Интерпретируемость – это субъективная характеристика качества тематических моделей, измеряемая с помощью экспертных оценок. Когерентность – это мера совстречаемости тематических слов, вычислимая по тексту автоматически и хорошо коррелирующая с интерпретируемостью, как показано в серии публикаций Ньюмана и Мимно. Первая задача – оценить репрезентативность последовательности слов текста, по которым оценивается когерентность. Вторая задача – сравнить несколько новых методов измерения интерпретируемости и когерентности, основанных на выделении наиболее репрезентативной последовательности слов в исходном тексте.
  • Данные: Коллекция научно-популярного контента ПостНаука, коллекция новостного контента.
  • Литература:
    1. Воронцов К. В. Обзор вероятностных тематических моделей, 2017.
    2. N.Aletras, M.Stevenson. Evaluating Topic Coherence Using Distributional Semantics, 2013.
    3. D.Newman et al. Automatic evaluation of topic coherence, 2010
    4. D.Mimno et al. Optimizing semantic coherence in topic models, 2011
    5. http://palmetto.aksw.org/palmetto-webapp/
  • Базовой алгоритм: Стандартные методы оценивания интерпретируемости и когерентности тем в тематических моделях.
  • Решение: Новый метод измерения интерпретируемости и когерентности, эксперименты по поиску максимально коррелирующих мер интерпретируемости и когерентности, аналогичные [D.Newman, 2010].
  • Новизна: внутритекстовые меры интерпретируемости и когерентности ранее не предлагались.
  • Авторы: К.В.Воронцов. Консультанты: Виктор Булатов, Анна Потапенко, Артём Попов.

Задача 15

  • Название: Агрегирование гетерогенных текстовых коллекций в иерархической тематической модели русскоязычного научно-популярного контента.
  • Задача: Реализовать и сравнить несколько способов объединения текстовых коллекций из различных источников в одну иерархическую тематическую модель. Построить классификатор, определяющий наличие темы в источнике.
  • Данные: Коллекция научно-популярного контента ПостНаука, коллекция Википедии.
  • Литература:
    1. Воронцов К. В. Обзор вероятностных тематических моделей, 2017.
    2. Чиркова Н. А, Воронцов К. В. Аддитивная регуляризация мультимодальных иерархических тематических моделей // Машинное обучение и анализ данных, 2016. T. 2. № 2.
  • Базовой алгоритм: Алгоритм построения тематической иерархии в BigARTM, реализованный Надеждой Чирковой. Инструмент для разметки
  • Решение: Построить тематическую модель с модальностями источников и выделить темы, характерные только для одного из источников. Подготовить выборку для обучения классификатора, определяющего наличие темы в источнике.
  • Новизна: Аддитивная регуляризация тематических моделей к данной задаче ранее не применялась.
  • Авторы: К.В.Воронцов. Консультанты: Александр Романенко, Ирина Ефимова, Надежда Чиркова.

Задача 16

  • Название: Применение методов символьной динамики в технологии информационного анализа электрокардиосигналов.
  • Задача: Технология информационного анализа электрокардиосигналов, предложенная В.М.Успенским, предполагает преобразование сырого сигнала в символьную последовательность и поиск паттернов заболеваний в даннйо последовательности. До сих пор для поиска паттернов использовались преимущественно символьные n-граммы. В рамках данной работы предлагается расширить класс шаблонов, в котором производится поиск диагностических признаков заболеваний. Критерий качества -- AUC и MAP ранжирования диагнозов.
  • Данные: Выборка электрокардиограмм с известными диагнозами.
  • Литература:
    1. Успенский В.М. Информационная функция сердца. Теория и практика диагностики заболеваний внутренних органов методом информационного анализа электрокардиосигналов.- М.:«Экономика и информация», 2008. - 116с
    2. Технология информационного анализа электрокардиосигналов.
  • Базовой алгоритм: Методы классификации .
  • Решение: Поиск логических закономерностей в символьных строках, методы символьной динамики, сравнение алгоритмов по критериям качества AUC и MAP (ранжирования диагнозов).
  • Новизна: До сих пор для поиска паттернов использовались преимущественно символьные n-граммы.
  • Авторы: К.В.Воронцов. Консультанты: Влада Целых.

Задача Воронцов +

  • Название: Динамическая иерархическая тематическая модель новостного потока.
  • Задача: Разработать алгоритм классификации тем в новостных потоках на новые и продолжающиеся. Применить полученные критерии создания новых тем на всех уровнях иерархии тематической модели при добавлении в текстовую коллекцию очередной порции данных (например, всех новостей за один день).
  • Данные: Коллекция новостей на русском языке. Подвыборка новостей, размеченных на два класса: новые и продолжающиеся темы.
  • Литература:
    1. Воронцов К. В. Обзор вероятностных тематических моделей, 2017.
    2. Чиркова Н. А, Воронцов К. В. Аддитивная регуляризация мультимодальных иерархических тематических моделей // Машинное обучение и анализ данных, 2016. T. 2. № 2.
  • Базовой алгоритм: Алгоритм построения тематической иерархии в BigARTM, реализованный Надеждой Чирковой. Известные алгоритмы Topic Detection & Tracking.
  • Решение: Использование BigARTM, подбор регуляризаторов и их параметров, использование регуляризатора отбора тем. Построение алгоритма классификации тем на новые и продолжающиеся.
  • Новизна: Аддитивная регуляризация тематических моделей к данной задаче ранее не применялась.
  • Авторы: К.В.Воронцов. Консультанты: Александр Романенко, Артём Попов.

Задача Антиплагиат +

  • Название: Отбор кандидатов в задаче поиска текстовых заимствований с перефразированием, основанный на векторизации текстовых фрагментов.
  • Задача: Поиск текстовых заимствований по коллекции документов предполагает отбор небольшого множества кандидатов для последующего детального анализа. Задача отбора кандидатов формулируется как поиск оптимального ранжирования документов коллекции по запросу относительно некоторой функции, являющейся оценкой для общей длины заимствований из документа коллекции в документ-запрос.
  • Данные: PAN
  • Литература:
    1. Романов А.В., Хританков А.С. Отбор кандидатов при поиске заимствований в коллекции документов на иностранном языке pdf
  • Базовый алгоритм: метод шинглов с построением обратного индекса.
  • Решение: Векторизация фрагментов текста (word embeddings + свёрточные / рекуррентные нейронные сети) и последующий поиск ближайших объектов в многомерном метрическом пространстве.
  • Новизна: новый подход к решению задачи.
  • Авторы: Алексей Романов (консультант)

Дополнительные задачи

Задача Воронцов +

  • Название: Тематическое моделирование отрасли экономики по транзакционным данным банка.
  • Задача: Проверить гипотезу, что большая выборка транзакций между фирмами достаточно хорошо описывается относительно небольшим множеством видов экономической деятельности (они же темы). Задача сводится к разложению матрицы транзакционных данных «покупатели × продавцы» в произведение трёх неотрицательных матриц «покупатели × темы», «темы × темы», «темы × продавцы», при этом средняя матрица описывает направленный граф финансовых потоков в отрасли. Требуется сравнить несколько методов построения таких разложений и найти число тем, при котором наблюдаемое множество транзакций моделируется с достаточной точностью.
  • Данные: выборка транзакций между фирмами, вида «покупатель, продавец, объём».
  • Литература:
    1. Воронцов К. В. Обзор вероятностных тематических моделей, 2017.
  • Базовой алгоритм: Стандартные методы неотрицательных матричных разложений.
  • Решение: Регуляризованный ЕМ-алгоритм для разреженных неотрицательных матричных разложений. Визуализация графа финансовых потоков. Тестирование алгоритма на синтетических данных, проверка гипотезы об устойчивости разреженных решений.
  • Новизна: тематическое моделирование ранее не применялось к анализу финансовых транзакционных данных.
  • Авторы: К.В.Воронцов. Консультанты: Виктор Сафронов, Роза Айсина.

Задача скоринг +

  • Название: Порождение и выбор признаков при построении модели кредитного скоринга.
  • Задача: Построение кредитных скоринговых моделей выполняется по шагам. В частности, выполняется ряд независимых преобразований отдельных признаков, порождаются новые признаки. На каждом шаге используется собственный критерий качества. Требуется построить скоринговую модель, адекватно описывающую выборку. Максимизация качества модели на каждом шаге не гарантирует максимального качества полученной модели. Предлагается отказаться от пошагового построения скоринговой модели. Для этого критерий качества должен включать все оптимизируемые параметры модели.
  • Данные: Вычислительный эксперимент будет выполнен на 5-7 выборках, которые требуется найти. Желательно, чтобы выборки имели одну природу, например, выборки анкет потребительского кредита.
  • Литература: Siddique N. Constructing scoring models, SAS. Hosmer D., Lemeshow S., Applied logistic regression, Wiley. Katrutsa A.M., Strijov V.V. Comprehensive study of feature selection methods to solve multicollinearity problem according to evaluation criteria // Expert Systems with applications, 2017.
  • Базовой алгоритм: Алгоритм построения скоринговой модели, рекомендуемый SAS.
  • Решение: Каждый шаг процедуры представляется в виде задачи оптимизации. Оптимизируемые параметры объединяются, включается задача выбора признаков как задача смешанной оптимизации.
  • Новизна: Предложена функция ошибки, при использовании который порождение и выбор признаков, а также оптимизация параметров модели выполняются совместно.
  • Авторы: Т.В. Вознесенская, В.В. Стрижов.

Задача Попова +

  • Название: Representation of molecules in 3D
  • Задача: Разработать репрезентации 3D структуры молекул, которые обладали бы свойством вращательной и трансляционной инвариантности.
  • Данные: Миллионы молекул, заданные 3D координатами
  • Литература: https://arxiv.org/abs/1610.08935, http://journals.aps.org/prl/abstract/10.1103/PhysRevLett.98.146401
  • Базовой алгоритм: low rank matrix/tensor factorization
  • Решение: Молекулы имеют различное число атомов, и поэтому матрица их 3D координат имеет размерность Nx3. Нужно найти математическое преобразование, которое бы независило от N (N - число атомов).
  • Новизна: существующие алгоритмы зависят от числа атомов в молекуле
  • Авторы: эксперт -- Александр Исаев, консультант -- Мария Попова

Задача Максимов +

  • Название: Оптимальный алгоритм для восстановления блочных гамильтонианов (моделей XY и Гейзенберга).
  • Задача: Задача состоит в восстановлении блочных гамильтонианов с непрерывными спинами (обощение модели Изинга на двух- и трёхмерные спины) по наблюдаемым данным. Эта постановка представляет собой частный случай области машинного обучения, известной как обучение без учителя (unsupervised learning). Восстановление графической спиновой модели по данным наблюдений является важной задачей в физике. Основой алгоритма будет служить адаптация нового оптимального метода экранирования взаимодействий (interaction screening), разработанного для модели Изинга. Процесс решения будет сочетать в себе знакомство с теоретическими методами компьютерных наук / машинного обучения и численные эксперименты.
  • Данные: Симулированные конфигурации блочных спиновых моделей.
  • Литература:
    1. Lokhov et al., "Optimal structure and parameter learning of Ising models", arXiv:1612.05024 (2016) {https://arxiv.org/abs/1612.05024}
    2. Vuffray et al., "Interaction screening: efficient and sample-optimal learning of Ising models", NIPS 2016 {https://arxiv.org/abs/1605.07252}
    3. Tyagi et al., "Regularization and decimation pseudolikelihood approaches to statistical inference in XY spin models", Phys. Rev. B 2016 {https://arxiv.org/abs/1603.05101}
  • Базовой алгоритм: Динамический метод экранирования взаимодействий. Сравнение с методом максимального псевдо-правдоподобия (pseudolikelihood).
  • Новизна: Алгоритм основанный на динамическом методе экранирования взаимодействия имеет хорошие шансы быть оптимальным для данной задачи, т.к. соотествующий метод является оптимальным для обратной задачи Изинга.
  • Автор: Консультанты Андрей Лохов, Юрий Максимов. Эксперт Михаил Чертков

Задача Хританкова (Transfer Learning)

  • Название: Применение сетей глубокого обучения для переноса моделей классификации в случае недостаточного объема данных.
  • Задача:
    1. Разработать алгоритм вычисления набора скрытых признаков в задаче symmetric homogeneous transfer learning , решение задачи классификации в котором не зависит от исходной области, и который не хуже, чем при решении для каждого области отдельно (transfer error) для случая небольших размеров выборки с ошибками в разметке
    2. Разработать алгоритм перехода к скрытому набору признаков без использования разметки (unsupervised domain adaptation)
  • Данные: teraPromise-CK (33 датасета с одинаковыми признаками, но разными распределениями).
  • Литература:Базовая статья: Xavier Glorot , Antoine Bordes , Yoshua Bengio. (2011) Domain Adaptation for Large-Scale sentiment classification: A Deep Learning approach / In Proceedings of the Twenty-eight International Conference on Machine Learning, ICML.

Статьи с идеями по доработкам алгоритма будут выданы на руки (несколько).

  • Базовой алгоритм: SDA (Stacked Denoising Autoencoder) – описан в статье базовой статье Glorot et al.
  • Решение: Взять базовый алгоритм, а) попробовать улучшить для применения к небольшим датасетам 100-1000 объектов (когда и применяется transfer learning) путем применения регуляризаторов, корректировкой архитектуры автокодировшика, корректировки алгоритма обучения (например, bootstrapping) б) исследовать модель на устойчивость к ошибкам в разметке (label corruption / noisy labels) и предложить доработку для повышения устойчивости (robustness).
  • Новизна: Получение устойчивого алгоритма переноса моделей классификации на небольших объемах данных с ошибками в разметке.
  • Авторы: Хританков


Задача INRIA-МТФИ +

  • Название: Оценка энергии связывания белка и маленьких молекул.
  • Задача: Моделирование связывания белка и маленькой молекулы (далее -- лиганда) основывается на том, что наилучший лиганд в своем наилучшем положении имеет наименьшую свободную энергию взаимодействия с белком. Необходимо оценить свободную энергию связывания белка и лиганда. Для обучения могут использоваться комплексы белков с лигандами, причем для каждого белка есть несколько положений лиганда: 1 правильное, "нативное", для которых энергия минимальна, и несколько сгенерированных неправильных. Для трети набора данных известны значения, пропорциональные искомой энергии связывания лигандов в нативных положениях с белком. Есть отдельный тестовый сет, состоящий из 1) комплексов белков и лигандов, для которых нужно найти наилучшую позу лиганда (алгоритм получения положений лиганда отличается от используемого при обучении), 2) комплексов белков и лигандов, для нативных поз которых нужно предсказать энергию связывания, и 3) белков, для которых нужно найти наиболее сильно связывающийся лиганд.
  • Данные: Около 10000 комплексов: для каждого из них есть 1 нативная поза и 18 (можно сгенерировать больше) ненативных. Основными дескрипторами являются гистограммы распределений расстояний между различными атомами белка и лиганда, размерность вектора дескрипторов ~ 20,000. Набор дескрипторов может быть расширен (можно генерировать позы с разным отклонением и использовать его как дескриптор, можно добавить свойства маленьких молекул: число связей, вокруг которых в молекуле возможен поворот, площадь ее поверхности, разбиение ее поверхности диаграммой Вороного. Данные будут предоставлены в виде бинарных файлов со скриптом на python для чтения.
  • Литература: PEPSI-Dock: a detailed data-driven protein–protein interaction potential accelerated by polar Fourier correlation Predicting Binding Poses and Affinities in the CSAR 2013―2014 Docking Exercises Using the Knowledge-Based Convex-PL Potential
  • Базовой алгоритм: Мы использовали линейный SVM (это просто lecture notes, я не вижу смысла тут давать Вапника, тем более что все это, включая эти lecture notes, гуглится), связь которого с оценкой энергии, выходящей за рамки задачей классификации, описана в перечисленных выше статьях. Для учета известных из эксперимента значений, пропорциональных энергии, предлагается использовать линейную регрессию SVR .
  • Решение: Необходимо свести использованную ранее задачу SVM к задаче регрессии и решить стандартными методами. Для проверки работы алгоритма будет использован как описанный выше тест, так и несколько других тестовых сетов с аналогичными задачами, но другими данными.
  • Новизна: Правильная оценка качества связывания белка и лиганда используется при разработке лекарства для поиска молекул, наиболее сильно взаимодействующих с исследуемым белком.

Особую важность представляет оценка значений энергии связывания белка с лигандом: определенный разными группами на предложенном тесте коэффициент корреляции (Пирсона) энергии с ее экспериментальными значениями не превышает 0.7. Предсказание наиболее сильно связывающегося лиганда из большого числа не связывающихся с белком молекул также вызывает трудности. Целью данной работы является получение метода, позволяющего достаточно точно оценивать связывание белка с лигандами. С точки зрения машинного обучения и оптимизации интерес представляет объединение задач классификации и регрессии.

  • Добавление Даны несколько наборов данных, описывающие атом в молекуле или связь между атомами, с маленьким feature вектором (обычно это 3-10 дескрипторов) и несколькими классами, соответствующими гибридизации атома или порядку связи. Самих данных может быть от ~ 100 до 20,000 векторов в зависимости от типа атома. Нужно протестировать на этом какое-нибудь мультиклассовое машинное обучение (random forests, нейронную сеть, что-то другое), можно что угодно делать с дескрипторами. Мы сейчас используем SVM. Важна не только точность, но и вычислительная сложность предсказания.
  • Авторы: Сергей Грудинин, Мария Кадукова

Задача Стрижова и Кулунчакова +

  • Название: Creation of delay-operators for multiscale forecasting by means of symbolic regression
  • Задача: Suppose that one needs to build a forecasting machine for a response variable. Given a large set of time series, one can advance a hypothesis that they are related to this variable. Relying upon this hypothesis, we can use given time series as features for the forecasting machine. However, the values of time series could be produced with different frequencies. Therefore, we should take into account not only the values, but the delays as well. The simplest model for forecast is a linear one. In the presence of large set of features this model can approximate the response quite well. To avoid the problem of multiscaling, we introduce a definition of delay-operators. Each delay-operator corresponds to one time series and represents continuous correlation function. This correlation function shows a dependence between the response variable and corresponding time series. Therefore, each delay-operator put weights on the values of corresponding time series depending on the greatness of the delay. Having these delay-operators, we avoid the problem of multiscaling. To find them, we use genetic programming and symbolic regression. If the resulted weighted linear regression model would produce poor approximation, we can use a nonlinear one instead. To find good nonlinear function, we would use symbolic regression as well.
  • Данные: Any data from the domain of multiscalse forecating of time series. See the full version of this introduction.
  • Литература: to be handed by V.V.Strijov
  • Базовой алгоритм: to be handed by V.V.Strijov
  • Решение: Use genetic algorithms applied to symbolic regression to create and test delay-operators in multiscale forecasting.
  • Новизна: to be handed by V.V.Strijov
  • Авторы: supervisor: V.V.Strijov, consultant: A.S. Kulunchakov


2016

Автор Тема научной работы Ссылка Консультант Рецензент Доклад Буквы Оценка Журнал
Гончаров Алексей (пример) Метрическая классификация временных рядов code,

paper, slides

Мария Попова Задаянчук Андрей BMF AILSBRCVTDSWH> 10 ИИП
Баяндина Анастасия Тематические модели дистрибутивной семантики для выделения этнорелевантных тем в социальных сетях paper

slides video

Анна Потапенко Олег Городницкий BF AILSB++RCVTDEWHS 10
Белозерова Анастасия Согласование логических и линейных моделей классификации в информационном анализе электрокардиосигналов code

paper slides video

Влада Целых Малыгин Виталий BF AILSB+RC+VTD>E0WH>S 10
Владимирова Мария Бэггинг нейронных сетей в задаче предсказания биологической активности клеточных рецепторов code

paper slides vido

Мария Попова Володин Сергей BMF AILSBRCVTD>E>WHS 10
Володин Сергей Вероятностный подход для задачи предсказания биологической активности ядерных рецепторов code paper slides

video, itis

Мария Попова Мария Владимирова BMF AILSBRCVTDEWHS 10
Городницкий Олег Адаптивный нелинейный метод восстановления матрицы по частичным наблюдениям code

paper slides, itis

Михаил Трофимов Анастасия Баяндина M A++I++L++S+B+R+C++VTDE+WH 10
Иванычев Сергей Синергия алгоритмов классификации (SVM Multimodelling) code

paper slides

Александр Адуенко BM A+I+L++S+BRCVTDEW+H 10
Ковалева Валерия Регулярная структура редких макромолекулярных кластеров code

paper slides video, itis

Ольга Вальба, Юрий Максимов Дмитрий Федоряка BM A+IL+SBRCVTD0E0WH 10
Макарчук Глеб Преобразования временных рядов для декодирование движения руки с помощью ECoG сигналов (electrocorticographic signals) у обезьян code,

paper slides video

Андрей Задаянчук BF AI+L+S+BRС>V>T+D>E0WH>S 10
Малыгин Виталий Применение комбинаторных оценок переобучения пороговых решающих правил для отбора признаков в задаче медицинской диагностики методом В. М. Успенского code,

paper, slides

Шаура Ишкина Белозёрова Анастасия B AILSBRCVTDEWH 10
Молибог Игорь Использование методов снижения размерности при построении признакового пространства в задаче обнаружения внутреннего плагиата

paper, doc, slides, itis

Анастасия Мотренко Сафин Камиль BMF AILSBRCVTDEWHS 10
Погодин Роман Определение положения белков по электронной карте code, paper, slides

video, itis

Александр Катруца Андрей Рязанов BMF AILSBRСVTDEWHS 10
Рязанов Андрей Восстановление первичной структуры белка по геометрии его главной цепи folder

paper slides video, itis

Михаил Карасиков Роман Погодин BMF AIL+SBRC++VTD+EWHS 10
Сафин Камиль Определение заимствований в тексте без указания источника code, paper

slides video

Михаил Кузнецов Молибог Игорь BMF AIL+SBRC>V>T>D>E0WHS 10
Федоряка Дмитрий Смеси моделей векторной авторегрессии в задаче прогнозирования временных рядов code,

slides, paper

Радослав Нейчев Ковалева Валерия BM AILSBRCV-T>D0E0WH> 10
Цветкова Ольга Построение скоринговых моделей в системе SAS code,

paper slides

Раиса Джамтырова Чигринский Виктор BF A+I+L+S+B+R+C+V0T0D0E0WH>S 10
Чигринский Виктор Аппроксимация границ радужки глаза code paper

slides video

Юрий Ефимов B AI+L+SBRCV+TDEHFS 10

Задача 1

  • Данные: Синергия алгоритмов классификации. Данные из репозитория UCI, чтобы можно было сравнивать напрямую с другими работами, в частности работами Вапника.
  • Литература: существуют разные подходы к комбинированию SVM: например, bagging (http://www.ecse.rpiscrews.us/~cvrl/FaceProject/Homepage/Publication/ICPR04_final_cameraready_v4.pdf), также пробуют и boosting (http://www.researchgate.net/profile/Hong-Mo_Je/publication/3974309_Pattern_classification_using_support_vector_machine_ensemble/links/09e415091bdc559051000000.pdf).
  • Базовой алгоритм: Описан в постановке задачи
  • Решение: модификация базового алгоритма, или просто сам базовый алгоритм. Главное - сравнить с другими методами и сделать выводы, в частности о связи наличия улучшения в качестве и разнообразия множеств опорных объектов, построенных разными SVM ами.
  • Новизна: известно (например, из лекций Константина Вячеславовича), что строить короткие композиции из сильных классификаторов (например, SVM) с помощью бустинга не получается (хотя все же пробуют (см. литературу)). Поэтому предлагается вместо линейной комбинации строить нелинейную. Предполагается, что такая композиция может дать прирост качества по сравнению с одиночным SVM.
  • Консультант: Александр Адуенко

Задача 2

  • Название: Темпоральная тематическая модель коллекции пресс-релизов.
  • Задача: Разработка методов анализа тематической структуры большой текстовой коллекции и её динамики во времени. Проблемой является оценка качества построенной структуры. Требуется реализовать критерии устойчивости и полноты темпоральной тематической модели с использованием ручного отбора найденных тем по их интерпретируемости, различности и событийности.
  • Данные: Коллекция пресс-релизов внешнеполитических ведомств ряда стран за 10 лет, на английском языке.
  • Литература:
    1. Дойков Н.В. Адаптивная регуляризация вероятностных тематических моделей. ВКР бакалавра, ВМК МГУ. 2015.
  • Базовой алгоритм: Классический LDA Д.Блэя c post-hoc анализом времени.
  • Решение: Реализация аддитивно регуляризованной тематической модели с помощью библиотеки BigARTM. Построение серий тематических моделей. Оценивание их интерпретируемости, устойчивости и полноты.
  • Новизна: Критерии устойчивости и полноты тематических моделей являются новыми.
  • Консультант: Никита Дойков, автор задачи К.В.Воронцов.

Задача 3

  • Название: Согласование логических и линейных моделей классификации в информационном анализе электрокардиосигналов.
  • Задача: Имеются логические классификаторы, основанные на выявлении диагностических эталонов для каждого заболевания и построенные экспертом в полуручном режиме. Для этих классификаторов определены оценки активностей заболеваний, которые уже много лет используются в диагностической системе и удовлетворяют пользователей-врачей. Мы строим линейные классификаторы, которые обучаются полностью автоматически и по качеству классификации опережают логические. Однако прямой перенос методики оценивания активности на линейные классификаторы оказался невозможен. Требуется построить линейную модель активности, настроив её на воспроизведение известных оценок активности логического классификатора.
  • Данные: Выборка более 10 тысяч электрокардиограмм с диагнозами по 32 заболеваниям.
  • Литература: выдадим :)
  • Базовой алгоритм: Линейный классификатор.
  • Решение: Методы линейной регрессии, линейной классификации, отбора признаков.
  • Новизна: Задача согласования двух моделей различной природы может рассматриваться как обучение с привилегированной информацией (learning with privileged information) — перспективное направление, предложенное классиком машинного обучения В.Н.Вапником несколько лет назад.
  • Консультант: Влада Целых, автор задачи К.В.Воронцов.

Задача 4

  • Название: Тематическая модель классификации для диагностики заболеваний по электрокардиограмме.
  • Задача: Технология информационного анализа электрокардиосигналов по В.М.Успенскому основана на преобразовании ЭКГ в символьную строку и выделении информативных наборов слов — диагностических эталонов каждого заболевания. Линейный классификатор строит один диагностический эталон для каждого заболевания. В системе скрининговой диагностики «Скринфакс» сейчас используется четыре эталона для каждого заболевания, построенных в полуручном режиме. Требуется полностью автоматизировать процесс построения диагностических эталонов и определять их оптимальное количество для каждого заболевания. Для этого предполагается доработать тематическую модель классификации С.Цыгановой, выполнить новую реализацию под BigARTM, расширить вычислительные эксперименты, улучшить качество классификации.
  • Данные: Выборка более 10 тысяч электрокардиограмм с диагнозами по 32 заболеваниям.
  • Литература: выдадим :)
  • Базовой алгоритм: Модели классификации В.Целых, тематическая модель С.Цыгановой.
  • Решение: Тематическая модель, реализованная с помощью библиотеки BigARTM.
  • Новизна: Тематические модели ранее не применялись для классификации дискретизированных биомедицинских сигналов.
  • Консультант: Светлана Цыганова, автор задачи К.В.Воронцов.

Задача 5

  • Название: Тематические модели дистрибутивной семантики для выделения этнорелевантных тем в социальных сетях.
  • Задача: Тематическое моделирование текстовых коллекций социальных медиа сталкивается с проблемой сверх-коротких документов. Не всегда ясно, где проводить границы между документами (возможные варианты: отдельный пост, стена пользователя, все сообщения данного пользователя, все сообщения за данный день в данном регионе, и т.д.). Тематические модели дают интерпретируемые векторные представления слов и документов, но их качество зависит от распределения длин документов. Модель word2vec независима от длин документов, так как учитывает лишь локальные контексты слов, но координаты векторных представлений не допускают тематическую интерпретацию. Задачей проекта является построение гибридной модели, объединяющей достоинства и свободной от недостатков обеих моделей.
  • Данные: Коллекции социальных сетей ЖЖ и ВК.
  • Литература: выдадим :)
  • Базовой алгоритм: Тематические модели, ранее построенные на этих данных.
  • Решение: Реализация регуляризатора дистрибутивной семантики, аналогичного языковой модели vord2vec, в библиотеке BigARTM.
  • Новизна: Пока в литературе нет языковых моделей, объединяющих основные преимущества вероятностных тематических моделей и модели word2vec.
  • Консультант: Анна Потапенко, по техническим вопросам Мурат Апишев, автор задачи К.В.Воронцов.

Задача 6

  • Название: Sparse Regularized Regression on Protein Complex Data
  • Задача: найти лучшую модель регрессии на данных связывания белковых комплексов
  • Данные: признаковое описание белковых комплексов и константы связывания для них
  • Литература: статьи по регрессии и сравнению методов на схожих данных
  • Базовой алгоритм: регуляризованная линейная регрессия (Lasso, Ridge, ...), SVR, kernel methods, etc..
  • Решение: сравнение различных алгоритмов регрессии на данных, выбор оптимальной модели и оптимизация параметров
  • Новизна: получение лучшей модели регрессии для данных связывания белковых комплексов
  • Консультант: Александр Катруца, автор задачи: Сергей Грудинин.
  • Желательные навыки: готовность быстро разобраться в различных подходах к регрессии, знание или готовность к освоению С++ на среднем уровне (для более полного исследования нужно будет попробовать библиотеки на С++)

Задача 7

  • Название: определение положения белков по электронной карте
  • Задача: неформально --- есть наборы экспериментально определённых карт расположения белков в комплексах, часть из них известна в высоком разрешении, необходимо восстановить всю карту в высоком разрешении; формально --- есть матрицы и вектора энергий соответствующие каждой карте белкового комплекса, нужно определить какой набор белков минимизирует квадратичную форму, образованую матрицей и вектором.
  • Данные: экспериментальные данные с сайта http://www.emdatabank.org/ будуь преобразованы в матрицы в вектора энергий. Понимание биофизической природы не обязательно.
  • Литература: статьи по методам решения задач квадратичного программирования и различным релаксациям
  • Базовой алгоритм: методы квадратичного программирования с различными релаксациями
  • Решение: минимизация суммарной энергии белкового комплекса
  • Новизна: применение методов квадратичного программирования и исследование их точности в задачах восстановления электронных карт
  • Консультант: Александр Катруца, автор задачи: Сергей Грудинин.
  • Желательные навыки: понимание и интерес к методам оптимизации, работа с пакетом CVX

Задача 8

  • Название: Классификация физической активности: исследование изменения пространства параметров при дообучении и модификации моделей глубокого обучения
  • Задача: Дана модель классификации по выборке временных сегментов, записанных с акселерометра мобильного телефона. Модель представляет собой многослойную нейросеть. Требуется 1) исследовать дисперсию и матрицу ковариаций параметров нейросети при различных расписаниях оптимизации (т.е. при различных подходах к поэтапному обучению). 2) на основе полученной матрицы ковариаций параметров предложить эффективный способ модификации модели глубокого обучении.
  • Данные: Выборка WISDM http://www.cis.fordham.edu/wisdm/dataset.php.
  • Литература:
    • Задаянчук А.И., Попова М.С., Стрижов В.В. Выбор оптимальной модели классификации физической активности по измерениям акселерометра http://strijov.com/papers/Zadayanchuk2015OptimalNN4.pdf
    • Попова М. С., Стрижов В.В. Построение сетей глубокого обучения для классификации временных рядов - http://strijov.com/papers/PopovaStrijov2015DeepLearning.pdf
    • Бахтеев О.Ю., Попова М.С., Стрижов В.В. Системы и средства глубокого обучения в задачах классификации
    • LeCun Y. Optimal Brain Damage - yann.lecun.com/exdb/publis/pdf/lecun-90b.pdf
    • Работы по пред-обучению (pre-training) и дообучению (fine-tuning)
  • Базовой алгоритм: Базовая модель описана в статье "Построение сетей глубокого обучения для классификации временных рядов". Алгоритм можно реализовать как с помощью библиотеки PyLearn или keras (другие библиотеки и языки программирования также допустимы).
  • Решение: Анализ матрицы ковариаций, построение add-del метода на основе полученных данных.
  • Новизна: Методика исследования ковариационной матрицы большой размерности, а также полученный алгоритм модификации модели важны и будут использоваться в дальнейшем при анализе моделей глубокого обучения.
  • Консультант: Олег Бахтеев

Задача 9

  • Название: восстановление первичной структуры белка по геометрии его главной цепи
  • Задача: на основе главной цепи белка, то есть по сути его геометрии, надо восстановить первичную структуру белка, то есть какой последовательности аминокислот соотвествует заданная геометрия главной цепи. Предлагается это делать на основе минимизации суммарной энергии белка, выраженной квадратичной формой скорее всего не положительно определённой.
  • Данные: на выбор студента: собранные матрицы энергий для различных белков на основе их описаний в формате PDB или сами PDB-файлы; в последнем случае необходимо будет собрать матрицы для дальнейшей работы
  • Литература: статьи по методам решения задач квадратичного программирования и различным релаксациям
  • Базовой алгоритм: методы квадратичного программирования с различными релаксациями
  • Решение: минимизация суммарной энергии белка
  • Новизна: применение методов квадратичного программирования и исследование их точности
  • Консультант: Михаил Карасиков, автор задачи: Сергей Грудинин.
  • Желательные навыки: понимание и интерес к методам оптимизации, работа с пакетом CVX

Задача 10

  • Название: Multi-task learning подход для задачи предсказания биологической активности ядерных рецепторов
  • Задача: В задаче необходимо построить multi-task модель, предсказывающую взаимодействие двух типов молекул: рецепторов и протеинов. Решение этой задачи необходимо для разработки новых лекарств (drug design).
  • Данные: описание 8500+ протеинов и метки для 12 рецепторов
  • Литература: будет отправлена студенту
  • Базовой алгоритм: multi-task lasso регрессия из библиотеки python scikit-learn
  • Решение: обобщение линейной регрересси на случай multi-task в вероятностной интерпретации
  • Новизна: Multi-task learning подход является новаторским в области drug design
  • Консультант: Мария Попова
  • Желательные навыки: понимание и интерес к теории вероятности, готовность быстро разобраться в различных подходах к регрессии, знание или готовность к освоению Python

Задача 11

  • Название: Бэггинг нейронных сетей в задаче предсказания биологической активности ядерных рецепторов.
  • Задача: В задаче необходимо реализовать бэггинг (bootstrap aggregating) для двухслойной нейронной сети. Такая модель будет являться мультитасковой и предсказывать взаимодействие двух типов молекул: рецепторов и протеинов. Решение этой задачи необходимо для разработки новых лекарств (drug design).
  • Данные: описание 8500+ протеинов и метки для 12 рецепторов
  • Литература: будет отправлена студенту
  • Базовой алгоритм: двухслойная нейронная сеть
  • Решение: Композиция базовых классификаторов бэггинг
  • Новизна: Такой подход является новаторским в области drug design
  • Консультант: Мария Попова

Задача 12

  • Название: Смеси моделей в векторной авторегрессии в задаче прогнозирования (больших) временных рядов.
  • Задача: Имеется набор временных рядов длины T, содержащих показания различных датчиков, отражающих состояние устройства. Необходимо предсказать следующие t показаний датчиков. Практическая значимость: перед поломкой состояние устройства меняется, предсказание "аномального" поведения поможет своевременно принять меры и избежать поломки или минимизировать потери.
  • Данные: Многомерные временные ряды с показаниями различных датчиков серверов (загрузка ЦП, памяти, температура)
  • Литература: Ключевые слова: mixture models, boosting, Adaboost, векторная авторегрессия.
    • Александр Цыплаков. Введение в прогнозирование в классических моделях временных рядов. [139]
    • Нейчев Р.Г., Катруца А.М., Стрижов В.В. Выбор оптимального набора признаков из мультикоррелирующего множества в задаче прогнозирования[140]
    • Christopher M. Bishop. Pattern Recognition and Machine Learning. Страница 667
  • Базовый алгоритм: Бустинг, алгоритм Adaboost.
  • Решение: Использовать для построения проноза смесь нескольких линейных моделей вместо одной сложной.
  • Новизна: Доработано пространство параметров для смеси моделей в векторной авторегрессии.
  • Консультант: Радослав Нейчев

Задача 13

  • Название: Отбор мультикоррелирующих признаков в задаче векторной авторегрессии.
  • Задача: Имеется набор временных рядов, содержащих показания различных датчиков, отражающих состояние устройства. Показания датчиков коррелируют между собой. Необходимо отобрать оптимальный набор признаков для решения задачи прогнозирования.
  • Данные: Многомерные временные ряды с показаниями различных датчиков серверов (загрузка ЦП, памяти, температура)
  • Литература: Ключевые слова: bootstrap aggreagation, метод Белсли, векторная авторегрессия.
    • Нейчев Р.Г., Катруца А.М., Стрижов В.В. Выбор оптимального набора признаков из мультикоррелирующего множества в задаче прогнозирования[141]
  • Базовый алгоритм: метод Белсли для одномерной авторегрессии (см. статью из списка литературы).
  • Решение: Применить метод Белсли для обнаружения коррелирующих признаков.
  • Новизна: Метод Белсли применяется для векторной авторегрессии.
  • Консультант: Радослав Нейчев

Задача 14

  • Название: Порождение признаков в задаче прогнозирования.
  • Задача: Имеется набор временных рядов, содержащих показания различных датчиков, отражающих состояние устройства. Необходимо расширить пространство признаков с помощью нелинейных параметрический порождающих функций.
  • Данные: Многомерные временные ряды с показаниями различных датчиков серверов (загрузка ЦП, памяти, температура)
  • Литература: Ключевые слова: криволинейная регрессия, порождение признаков, нелинейная регрессия, аппроксимация временных рядов.
    • М.П. Кузнецов, В.В. Стрижов, М.М. Медведникова. Алгоритм многоклассовой классификации объектов, описанных в ранговых шкалах.[142]
  • Базовый алгоритм: Непараметрические порождающие функициии.
  • Решение: Применить к признакам квазилинейные и нелинейные преобразования зависящие от параметра.
  • Новизна: Предложен новый набор признаков для решения авторегрессионных задач.
  • Консультант: Роман Исаченко

Задача 15

  • Название: Преобразования временных рядов для декодирование движения руки с помощью ECoG сигналов (electrocorticographic signals) у обезьян.
  • Задача: Имеется набор временных рядов, записи ECoG сигналов. Необходимо выделить признаки с помощью преобразований временных рядов (например, оконного преобразования Фурье).
  • Данные: Многомерные временные ряды с показаниями ECOG и данные о движении обезьян [143]
  • Литература: Ключевые слова: выделение признаков, преобразования временных рядов, ECoG signal processing
    • Zenas C. Chao, Yasuo Nagasaka and Naotaka Fujii. Long-term asynchronous decoding of arm motion using electrocorticographic signals in monkeys[144]
  • Базовый алгоритм: Вейвлет-преобразование (англ. Wavelet transform)
  • Решение: Выделение признаков из ECoG различными методами.
  • Новизна: Анализ оптимальности Вейвлет-преобразования в задачах обработки ECoG сигналов
  • Консультант: Задаянчук Андрей

Задача 16

  • Название: Адаптивный нелинейный метод восстановления матрицы по частичным наблюдениям
  • Задача: Пусть есть неизвестная (возможно многомерная) матрица A, позиция элемента в ней описывается целочисленным вектором p. Известны значения матрицы на некотором подмножестве ее элементов. Требуется найти параметризацию и параметры такие, что на некотором некотором подмножестве элементов минимизируется квадратичное отклонение. Более подробное описание по ссылке [145]
  • Данные: модельные данные, Netflix Prize Data Set, MovieLens 20M Dataset, Criteo Display Advertising Challenge Dataset
  • Литература:
    • "ACCAMS: Additive Co-Clustering to Approximate Matrices Succinctly" (Beutel, Amr Ahmed, Smola)
    • "Non-linear Matrix Factorization with Gaussian Processes" (Neil D. Lawrence)
    • "Low-rank matrix completion using alternating minimization" (Prateek Jain, Praneeth Netrapalli, Sujay Sanghavi)
  • Базовый алгоритм: Низкоранговое приближение
  • Решение: И параметры, и параметризацию искать из данных.
  • Новизна: Обобщение работ в данной области; предложена новая модель, эфективность которой предлагается проверить
  • Консультант: Михаил Трофимов
  • Желательные навыки: python

Задача 17

  • Название: Построение скоринговых моделей в системе SAS (либо MATLAB).
  • Задача: Описать основные этапы построения скоринговых моделей. На этапе подготовки данных решается задача фильтрации выборов (удаления шумовых объектов). Так как выборка содержит значительное число признаков, не коррелирующих с платежеспособностью, необходимо решать задачу отбора признаков. Кроме того, в силу неоднородности данных (например, по регионам) предлагается строить смесь моделей, в которой каждая модель описывает свое подмножество выборки. При этом различным компонентам смеси могут соответствовать разные наборы признаков.
  • Данные: Кредитная история/анкеты потенциальных заемщиков [146], [147].
  • Литература:
  • Базовый алгоритм: Логистическая регрессия
  • Решение: Смесь моделей
  • Новизна: Описан способ построения скоринговых карт, в котором в задачу оптимизации включены как порождение признаков, так и мультимоделирование.
  • Консультант: Раиса Джамтырова
  • Желательные навыки: SAS

Задача 18

  • Название: Аппроксимация границ радужки глаза.
  • Задача: По изображению человеческого глаза определить окружности, аппроксимирующие внутреннюю и внешнюю границу радужки.
  • Данные: Растровые монохромные изображения, типичный размер 640*480 пикселей (однако, возможны и другие размеры)

[148], [149].

  • Литература:
    • К.А.Ганькин, А.Н.Гнеушев, И.А.Матвеев Сегментация изображения радужки глаза, основанная на приближенных методах с последующими уточнениями // Известия РАН. Теория и системы управления, 2014, № 2, с. 78–92.
    • Duda, R. O. Use of the Hough transformation to detect lines and curves in pictures / R. O. Duda, P. E. Hart // Communications of the ACM. 1972. Vol. 15, no. 1. Pp.
  • Базовый алгоритм: Ефимов Юрий. Поиск внешней и внутренней границ радужки на изображении глаза методом парных градиентов, 2015.
  • Решение: См. Iris_circle_problem.pdf
  • Новизна: Предложен быстрый беспереборный алгоритм аппроксимации границ с помощью линейных мультимоделей.
  • Консультант: Юрий Ефимов (автор Стрижов, эксперт Матвеев)

Задача 19

  • Название: Аппроксимация комбинаторных оценок переобучения для отбора признаков в задаче медицинской диагностики.
  • Задача: Технология информационного анализа электрокардиосигналов по В. М. Успенскому применяется для диагностики заболеваний внутренних органов по электрокардиограмме. Линейный наивный байесовский классификатор с отбором признаков хорошо зарекомендовал себя в этой задаче. Однако для отбора признаков до сих пор использовались только очень простые жадные стратегии. Предлагается использовать более интенсивные переборные стратегии, чтобы найти лучшие и более короткие диагностические наборы признаков. Однако чем интенсивнее перебор, тем выше вероятность переобучения. Для сокращения переобучения предлагается использовать комбинаторные оценки переобучения пороговых решающих правил. Для эффективного вычисления этих оценок предлагается использовать суррогатное моделирование.
  • Данные: Выборки векторов признаковых описаний ЭКГ, полученные с помощью системы скрининговой диагностики «Скринфакс». Будут выданы.
  • Литература:
  • Базовой алгоритм: линейный наивный байесовский классификатор с отбором признаков.
  • Решение: Для оценивания переобучения используются точные комбинаторные формулы. Для аппроксимации (суррогатного моделирования) этих формул используется MVR Composer. Для отбора признаков используются эвристические полужадные алгоритмы комбинаторной оптимизации.
  • Новизна: Ранее для отбора признаков комбинаторные оценки переобучения не применялись. Данный метод позволяет сокращать диагностические наборы признаков и улучшать качество классификации.
  • Консультант: Ишкина Шаура, Кулунчаков Андрей (MVR Composer), автор задачи: К.В.Воронцов

Задача 20

  • Название: Модель порождения объектов в задаче прогнозирования временных рядов
  • Задача: Построить модель порождения объектов для задачи прогнозирования, которая будет создавать качественную выборку для последующего решения задачи прогнозирования.
  • Данные: Временные ряды потребления электроэнергии, временные ряды акселерометра мобильного телефона
  • Литература:
    • Keogh E. J., Pazzani M. J. Scaling up dynamic time warping to massive datasets
    • Salvador S., Chan P. Fastdtw: Toward accurate dynamic time warping in linear time and space
    • Кузнецов М.П., Ивкин Н.П. Алгоритм классификации временных рядов акселерометра по комбинированному признаковому описанию
    • Карасиков М. Е. Классификация временных рядов в пространстве параметров порождающих моделей [150]
  • Базовой алгоритм: Различные эвристики
  • Постановка задачи: Формулировка и подробное описание задачи приведено по ссылке [151]
  • Новизна: рассмотрение модели порождения данных в подобной задаче
  • Консультант: Гончаров Алексей

Задача 21

  • Название: Алгоритм прогнозирования структуры локально-оптимальных моделей
  • Задача: Требуется спрогнозировать временной ряд с помощью некоторой параметрической суперпозицией алгебраических функций. Предлагается не стоить прогностическую модель, а спрогнозировать ее, то есть предсказать структуру аппроксимирующей суперпозиции. Вводится класс рассматриваемых суперпозиций, и на множестве таких структурных описаний проводится поиск локально-оптимальной модели для рассматриваемой задачи. Задача состоит в 1) поиске подходящего структурного описания модели 2) описания алгоритма поиска той структуры, которая будет соответствовать оптимальной модели 3) описания алгоритма обратного построения модели по ее структурному описанию. В качестве уже имеющегося примера ответа на вопросы 1-3, смотри работы А. А. Варфоломеевой.
  • Данные: Набор временных рядов, который подразумевает восстановление функциональных зависимостей. Предлагается сначала использовать синтетические данные или сразу применить алгоритм к прогнозированию временных рядов 1) потребления электроэнергии 2) физической активности с последующим анализом получающихся структур.
  • Литература:
    • А. А. Варфоломеева Выбор признаков при разметке библиографических списков методами структурного обучения, 2013, [152]
    • Bin Cao, Ying Li and Jianwei Yin Measuring Similarity between Graphs Based on the Levenshtein Distance, 2012, [153]
  • Базовой алгоритм: Конкретно к предлагаемой проблеме базового алгоритма нет. Предлагается попробовать повторить эксперимент А. А. Варфоломеевой для другого структурного описания, чтобы понять, что происходит.
  • Решение: Суперпозиция алгебраических функций задает ордерево, на вершинах которого заданы метки соответствующих алгебраических функций или переменных. Поэтому структурным описанием такой суперпозиции может являться ее DFS-code. Это строка, состоящая из меток вершин, записанных в порядке обхода дерева поиском в глубину. Зная арности соответствующих алгебраических функций, можем любой такой DFS-code восстановить за O(n) и получить обратно суперпозицию функций. На множестве подобных строковых описаний предлагается искать то строковое описание, которое будет соответствовать оптимальной модели.
  • Консультант: Кулунчаков Андрей

Задача 22

  • Название: Определение заимствований в тексте без указания источника
  • Задача: Решается задача выявления внутренних заимствований в тексте. Требуется проверить гипотезу о том, что заданный текст написан единственным автором, и в случае ее невыполнения выделить заимствованные части текста. Заимствованием считается часть текста, предположительно написанная другим автором и содержащая характерные отличия от стиля основного автора. Требуется разработать такую стилевую функцию, которая позволяет с высокой степенью достоверности отличить стиль основного автора текста от заимствований.
  • Данные: Коллекция конкурса PAN-2011.
  • Литература:
    1. Oberreuter, G., L’Huillier, G., Rıos, S. A., & Velásquez, J. D. (2011). Approaches for intrinsic and external plagiarism detection. Proceedings of the PAN.
  • Базовый алгоритм, решение: На текущий момент реализован базовый метод выявления зависимостей, основанный на анализе частотностей слов и символьных n-грамм в предложении. Для каждого текста формируется словарь, в котором каждому слову (n-грамме) поставлено в соответствие значение его встречаемости в тексте. На основе значений встречаемости формируется признаковое описание каждого сегмента-предложения. Выполняется классификация сегментов текста на основе экспертной разметки заимствований. Качество базового алгоритма составляет 0.29 по F1-мере (Pladget 0.21) на коллекции PAN-2011, в то время как качество лучшего алгоритма, принимавшего участие в соревновании 2011 года [Oberreuter], составляет 0.32 по F1-мере (Pladget 0.32). Предлагается реализовать этот алгоритм и сравнить его с базовым методом.
  • Консультант: Михаил Кузнецов

Задача 23

  • Название: Использование методов снижения размерности при построении признакового пространства в задаче обнаружения внутреннего плагиата
  • Задача: Для более эффективного решения задачи обнаружения внутреннего плагиата использовать методы снижения размерности, сохраняющие расстояние между объектами. Требуется доработать метод tSNE [2], включив в модель информацию о разметке данных и возможность добавления ранее не рассмотренных объектов в пространство сниженной размерности. Подробнее см. [1]
  • Данные: Коллекция конкурса PAN-2011.
  • Литература:
    1. Problem_statement_dim_reduce.pdf‎
    2. Laurens van der Maaten. Visualizing Data using t-SNE Journal of Machine Learning Research, 9 (2008) 2579-2605.
    3. Julian Brooke and Graeme Hirst. Paragraph Clustering for Intrinsic Plagiarism Detection using a Stylistic Vector-Space Model with Extrinsic Features, 2012.
  • Базовой алгоритм, решение: См. [1]
  • Консультант: Мотренко Анастасия


Задача 25

  • Название: Устойчивость дискретизации электрокардиосигналов относительно частотной фильтрации.
  • Задача: Технология информационного анализа электрокардиосигналов по В.М.Успенскому основана на преобразовании электрокардиограммы в символьную строку (кодограмму) и выделении информативных наборов слов — диагностических эталонов каждого заболевания. Проблема в том, что для дискретизации необходимо достаточно точно определять амплитуду R-пиков. На амплитуду может влиять частотная фильтрация сигнала, которая производится электрокардиографом на аппаратном или программном уровне. Задача заключается в том, чтобы оценить, насколько сильно различные частотные фильтры (например, фильтр 50.4Гц, подавляющий воздействие электрической сети, высокочастотный фильтр) могут влиять на частоты слов в кодограмме и на качество классификации.
  • Данные: электрокардиограммы в формате KDM.
  • Литература: выдадим :)
  • Базовой алгоритм: Линейный классификатор.
  • Решение: Прямое и обратное преобразование Фурье, алгоритм детекции R-пиков на электрокардиограмме, алгоритм определения амплитуды R-пиков.
  • Новизна: Исследование устойчивости кодограмм по отношению к частотной фильтрации с различными параметрами ранее не проводилось в информационном анализе электрокардиосигналов.
  • Консультант: Виктор Сафронов (Научный центр им. В.И.Кулакова)

Задача 26

  • Название: Построение отображений с минимальной деформацией для сравнения изображений с эталоном.
  • Задача: Применить вариационный метод построения квазиизометрических отображений для решения классической задачи геометрической морфологии и регистрации изображений - построения двумерной или трехмерной деформации для сравнения с эталоном.
  • Данные: Изображения в формате bmp. На первом этапе можно задавать простые тела посредством ч/б раскраски декартовой решетки.
  • Литература:
    1. Michael I. Miller, Alain Trouve, Laurent Younes. ON THE METRICS AND EULER-LAGRANGE EQUATIONS OF COMPUTATIONAL ANATOMY. Annu. Rev. Biomed. Eng. 2002. 4:375–405
    2. Beg MF, Miller MI, Trouve A, Younes L. Computing large deformation metric mappings via geodesics flows of diffeomorphisms. International Journal of Computer Vision. 2005; V.61(2):139-157.
    3. Trouve A. An approach of pattern recognition through infinite dimensional group action. Research report LMENS-95-9. 1995.
    4. Garanzha VA. Maximum norm optimization of quasi-isometric mappings. Num. Linear Algebra Appl. 2002; V.9(6-7):493--510.
    5. Garanzha V.A., Kudryavtseva L.N., Utyzhnikov S.V. Untangling and optimization of spatial meshes // Journal of Computational and Applied Mathematics. -- 2014. -- October. -- V. 269 -- P. 24--41.
  • Базовой алгоритм: Использовать вариационный метод построения отображений, который ранее был предложен для построения пространственных отображений с заданным отображением границы [4], [5], в случае, когда задается мера близости функций, описывающих геометрические тела, например, как среднеквадратичная мера близости функций яркости.
  • Решение: Для существующего кода, который реализует вариационный метод построения двумерных отображений с минимальным искажением, необходимо дописать модуль, реализующий добавку к функционалу, являющуюся мерой близости геометрических тел. Это включает вычисление самого функционала, его градиента, и поправки к предобусловливателю.
  • Новизна: Сравнить полученный метод с методом геодезического потока диффеоморфизмов, предложенного в работах Алэна Труве (см. ссылки [1]-[3]). Оценить качество приближения и быстродействие полученного алгоритма.
  • Консультант: Владимир Анатольевич Гаранжа (ВЦ РАН).

Задача 27

  • Название: Кросс-язычный тематический поиск научных публикаций.
  • Задача: Содание прототипа поискового сервиса, который принимает в качестве запроса текст научной статьи на русском языке и выдаёт в качестве результата поиска тематически близкие статьи на английском языке из коллекции arXiv.org.
  • Данные: Коллекция текстов arXiv.org, двуязычная коллекция текстов Википедии.
  • Литература: выдадим.
  • Базовой алгоритм: Тематическая модель, построенная по объединённой коллекции англоязычного arXiv и двуязычной англо-русской Википедии.
  • Решение: Построение регуляризованной тематической модели средствами библиотеки BigARTM. Применение стандартных средств построения инвертированных индексов.
  • Новизна: Такого сервиса в русскоязычном интернете пока нет.
  • Консультант: Марина Суворова.


Задача 28

  • Название: Поиск резонансных частот в растворах полимеров.
  • Задача: Математически задача сводиться к поиску спектральной плотности случайных графов в окрестности точки перколяции.
  • Данные: Симуляционные данные (графы Эрдеша-Реньи в окрестности точки перколяции).
  • Литература: Nazarov L. I. et al. A statistical model of intra-chromosome contact maps //Soft matter. – 2015. – Т. 11. – №. 5. – С. 1019-1025.
  • Базовой алгоритм: Монте-Карло.
  • Новизна: В настоящее известен алгоритм оценка спектральной плотности линейных цепочек, вопрос с оценкой спектральной плотности ансамблей деревьев открытый.
  • Консультант: Ольга Вальба, Юрий Максимов, Автор задачи: Нечаев Сергей.

YEAR

Автор Тема научной работы Ссылка Консультант Рецензент Доклад Буквы Оценка Журнал
Гончаров Алексей (пример) Метрическая классификация временных рядов code,

paper, slides

Мария Попова Задаянчук Андрей BMF AILSBRCVTDSW 10 ИИП
Ахтямов Павел Отбор мультикоррелирующих признаков в задаче векторной авторегрессии code,

paper, slides

Радослав Нейчев Медведева Анна BF AI+LSB++R+CVTDEH 10
Батаев Владислав Тематическая модель классификации для диагностики заболеваний по электрокардиограмме code,

paper

Светлана Цыганова B AIL-S++B>R>C0V0T0D0E0W0H> >26.05 (7)
Иванов Илья Классификация физической активности: исследование изменения пространства параметров при дообучении и модификации моделей глубокого обучения code,

paper, slides

Олег Бахтеев BF A+ILS+B+R++C+VT+DEW0H 10
Медведева Анна Модель порождения объектов в задаче прогнозирования временных рядов code

paper slides

Гончаров Алексей Ахтямов Павел BF AILS-BRCVTD0EWS 10
Персиянов Дмитрий Темпоральная тематическая модель коллекции пресс-релизов code

paper slides

Никита Дойков BF A+I+L+S++B+R+C+V+T0DEW0H 10
Семененко Денис Алгоритм прогнозирования структуры локально-оптимальных моделей code

paper

Кулунчаков Андрей B AI+L+SB0R0C0V0T0D0E0W0H0
Софиенко Александр Согласование логических и линейных моделей классификации в информационном анализе электрокардиосигналов code,

paper

Влада Целых B A-I-L-S-C0V0T0D0E0W0H> >26.05
Яронская Любовь Sparse Regularized Regression on Protein Complex Data code